runner/compbio/runner/psiblast/PsiBlast.java

   1 /* Copyright (c) 2009 Peter Troshin\r
   2  *  \r
   3  *  JAva Bioinformatics Analysis Web Services (JABAWS) @version: 1.0\r
   4  * \r
   5  *  This library is free software; you can redistribute it and/or modify it under the terms of the\r
   6  *  Apache License version 2 as published by the Apache Software Foundation\r
   7  * \r
   8  *  This library is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY WARRANTY; without\r
   9  *  even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the Apache \r
  10  *  License for more details.\r
  11  * \r
  12  *  A copy of the license is in apache_license.txt. It is also available here:\r
  13  * @see: http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0.txt\r
  14  * \r
  15  * Any republication or derived work distributed in source code form\r
  16  * must include this copyright and license notice.\r
  17  */\r
  18 \r
  19 package compbio.runner.psiblast;\r
  20 \r
  21 import compbio.engine.client.Executable;\r
  22 import compbio.engine.client.SkeletalExecutable;\r
  23 import compbio.metadata.Limit;\r
  24 import compbio.metadata.LimitsManager;\r
  25 import compbio.metadata.ResultNotAvailableException;\r
  26 \r
  27 public class PsiBlast extends SkeletalExecutable<PsiBlast> {\r
  28 \r
  29     public PsiBlast() {\r
  30 \r
  31     }\r
  32 \r
  33     void getSupportedDatabases() {\r
  34 \r
  35     }\r
  36 \r
  37     @Override\r
  38     public <V> V getResults(String directory)\r
  39             throws ResultNotAvailableException {\r
  40         // TODO Auto-generated method stub\r
  41         return null;\r
  42     }\r
  43 \r
  44     @Override\r
  45     public Limit<PsiBlast> getLimit(String presetName) {\r
  46         // TODO Auto-generated method stub\r
  47         return null;\r
  48     }\r
  49 \r
  50     @Override\r
  51     public LimitsManager<PsiBlast> getLimits() {\r
  52         // TODO Auto-generated method stub\r
  53         return null;\r
  54     }\r
  55 \r
  56     @Override\r
  57     public Class<? extends Executable<?>> getType() {\r
  58         return this.getClass();\r
  59     }\r
  60 \r
  61 }\r