src/jalview/ws/SequenceFetcher.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws;
  22
  23 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  24 import jalview.ext.ensembl.EnsemblGene;
  25 import jalview.ws.dbsources.Uniprot;
  26 import jalview.ws.seqfetcher.ASequenceFetcher;
  27 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  28
  29 import java.util.ArrayList;
  30 import java.util.Collections;
  31 import java.util.List;
  32
  33 /**
  34  * This implements the run-time discovery of sequence database clients.
  35  *
  36  */
  37 public class SequenceFetcher extends ASequenceFetcher
  38 {
  39   /**
  40    * Thread safe construction of database proxies TODO: extend to a configurable
  41    * database plugin mechanism where classes are instantiated by reflection and
  42    * queried for their DbRefSource and version association.
  43    *
  44    */
  45   public SequenceFetcher()
  46   {
  47     addAllDatabases();
  48   }
  49
  50   public void addAllDatabases()
  51   {
  52     addDBRefSourceImpl(EnsemblGene.class); // includes EnsemblGenomes.class
  53     addDBRefSourceImpl(Uniprot.class); // includes UniprotName.class
  54     // addDBRefSourceImpl(EmblSource.class);
  55     // addDBRefSourceImpl(EmblCdsSource.class);
  56     // addDBRefSourceImpl(Pdb.class);
  57     // addDBRefSourceImpl(PfamFull.class);
  58     // addDBRefSourceImpl(PfamSeed.class);
  59     // addDBRefSourceImpl(RfamSeed.class);
  60     addDBRefSourceImpl(DBRefSource.EMBL,
  61             "jalview.ws.dbsources.EmblSource");
  62     addDBRefSourceImpl(DBRefSource.EMBLCDS,
  63             "jalview.ws.dbsources.EmblCdsSource");
  64     addDBRefSourceImpl(DBRefSource.PDB, "jalview.ws.dbsources.Pdb");
  65     addDBRefSourceImpl(DBRefSource.PFAM_FULL,
  66             "jalview.ws.dbsources.PfamFull");
  67     addDBRefSourceImpl(DBRefSource.PFAM_SEED,
  68             "jalview.ws.dbsources.PfamSeed");
  69     addDBRefSourceImpl(DBRefSource.RFAM_SEED,
  70             "jalview.ws.dbsources.RfamSeed");
  71   }
  72
  73   /**
  74    * return an ordered list of database sources excluding alignment only
  75    * databases
  76    */
  77   public String[] getNonAlignmentSources()
  78   {
  79     String[] srcs = this.getSupportedDb();
  80     List<String> src = new ArrayList<>();
  81     outer: for (int i = 0; i < srcs.length; i++)
  82     {
  83       for (DbSourceProxy dbs : getSourceProxy(srcs[i]))
  84       {
  85         // Skip the alignment databases for the moment - they're not useful for
  86         // verifying a single sequence against its reference source
  87         if (dbs.isAlignmentSource())
  88         {
  89           continue outer;
  90         }
  91       }
  92       src.add(srcs[i]);
  93     }
  94     Collections.sort(src, String.CASE_INSENSITIVE_ORDER);
  95     return src.toArray(new String[src.size()]);
  96   }
  97 }