testsrc/compbio/data/sequence/ClustalAlignmentUtilTester.java

   1 /* Copyright (c) 2009 Peter Troshin\r
   2  *  \r
   3  *  JAva Bioinformatics Analysis Web Services (JABAWS) @version: 1.0     \r
   4  * \r
   5  *  This library is free software; you can redistribute it and/or modify it under the terms of the\r
   6  *  Apache License version 2 as published by the Apache Software Foundation\r
   7  * \r
   8  *  This library is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY WARRANTY; without\r
   9  *  even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the Apache \r
  10  *  License for more details.\r
  11  * \r
  12  *  A copy of the license is in apache_license.txt. It is also available here:\r
  13  * @see: http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0.txt\r
  14  * \r
  15  * Any republication or derived work distributed in source code form\r
  16  * must include this copyright and license notice.\r
  17  */\r
  18 \r
  19 package compbio.data.sequence;\r
  20 \r
  21 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;\r
  22 import static org.testng.AssertJUnit.assertNotNull;\r
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;\r
  24 import static org.testng.AssertJUnit.fail;\r
  25 \r
  26 import java.io.FileInputStream;\r
  27 import java.io.FileNotFoundException;\r
  28 import java.io.FileOutputStream;\r
  29 import java.io.IOException;\r
  30 \r
  31 import org.testng.annotations.Test;\r
  32 \r
  33 import compbio.metadata.AllTestSuit;\r
  34 \r
  35 public class ClustalAlignmentUtilTester {\r
  36 \r
  37     @Test()\r
  38     public void testReadClustalFile() {\r
  39         try {\r
  40             readWriteClustal("TO1381.aln");\r
  41         } catch (FileNotFoundException e) {\r
  42             e.printStackTrace();\r
  43             fail(e.getMessage());\r
  44         } catch (Exception e) {\r
  45             e.printStackTrace();\r
  46             fail(e.getMessage());\r
  47         }\r
  48     }\r
  49 \r
  50     static void readWriteClustal(String fname) throws IOException,\r
  51             UnknownFileFormatException {\r
  52         FileInputStream fio = new FileInputStream(AllTestSuit.TEST_DATA_PATH\r
  53                 + fname);\r
  54         Alignment seqAl = ClustalAlignmentUtil.readClustalFile(fio);\r
  55         assertTrue(seqAl != null);\r
  56         assertTrue(seqAl.getSize() == 3);\r
  57         assertNotNull(seqAl.getSequences());\r
  58         assertEquals(3, seqAl.getSequences().size());\r
  59 \r
  60         // Now try to write the alignment read\r
  61         FileOutputStream os = new FileOutputStream(AllTestSuit.TEST_DATA_PATH\r
  62                 + fname + ".written");\r
  63         ClustalAlignmentUtil.writeClustalAlignment(os, seqAl);\r
  64         fio.close();\r
  65         os.close();\r
  66 \r
  67         fio = new FileInputStream(AllTestSuit.TEST_DATA_PATH + fname\r
  68                 + ".written");\r
  69         Alignment readseqs = ClustalAlignmentUtil.readClustalFile(fio);\r
  70         assertTrue(readseqs != null);\r
  71         assertTrue(readseqs.getSize() == 3);\r
  72         fio.close();\r
  73     }\r
  74 \r
  75     @Test()\r
  76     public void testReadClustalFileShortNames() {\r
  77         try {\r
  78             readWriteClustal("TO1381s.aln");\r
  79         } catch (FileNotFoundException e) {\r
  80             e.printStackTrace();\r
  81             fail(e.getMessage());\r
  82         } catch (Exception e) {\r
  83             e.printStackTrace();\r
  84             fail(e.getMessage());\r
  85         }\r
  86     }\r
  87 \r
  88     @Test()\r
  89     public void testReadClustalFileLongNames() {\r
  90         try {\r
  91             readWriteClustal("TO1381L.aln");\r
  92         } catch (FileNotFoundException e) {\r
  93             e.printStackTrace();\r
  94             fail(e.getMessage());\r
  95         } catch (Exception e) {\r
  96             e.printStackTrace();\r
  97             fail(e.getMessage());\r
  98         }\r
  99     }\r
 100 \r
 101 }\r