testsrc/testdata/MafftParameters.xml

   1 <?xml version="1.0" encoding="US-ASCII" standalone="yes" ?>\r
   2 <runnerConfig >\r
   3  <runnerClassName>compbio.runner.mafft.Mafft</runnerClassName>\r
   4     <options isRequired="false">\r
   5         <name>Shared 6mers distance calculation</name>\r
   6         <description>Distance is calculated based on the number of shared 6mers. Default: on</description>\r
   7         <optionNames>--6merpair</optionNames>\r
   8         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
   9         <defaultValue>--6merpair</defaultValue>\r
  10     </options>\r
  11     <options isRequired="true">\r
  12         <name>Output sequences order</name>\r
  13         <description>--inputorder - Output order: same as input. \r
  14         --reorder - Output order: aligned. Default: same as input</description>\r
  15         <optionNames>--inputorder</optionNames>\r
  16         <optionNames>--reorder</optionNames>\r
  17         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
  18         <defaultValue>--inputorder</defaultValue>\r
  19     </options>\r
  20         <options isRequired="false">\r
  21         <name>Sequence type</name>\r
  22         <description>\r
  23         --nuc - Assume the sequences are nucleotide.\r
  24         --amino - Assume the sequences are amino acid. </description>\r
  25         <optionNames>--amino</optionNames>\r
  26         <!-- This is for testing only!  <optionNames>nuc</optionNames>  -->\r
  27         <optionNames>--auto</optionNames>\r
  28         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
  29         <defaultValue>--auto</defaultValue>\r
  30     </options>\r
  31     <options isRequired="false">\r
  32         <name>Pairwise alignment computation method</name>\r
  33         <description>\r
  34         --globalpair\r
  35                 All pairwise alignments are computed with the Needleman-Wunsch algorithm. More accurate but slower than --6merpair. Suitable for a set of globally alignable sequences. Applicable to up to ~200 sequences. A combination with --maxiterate 1000 is recommended (G-INS-i). Default: off (6mer distance is used)\r
  36         --genafpair \r
  37         All pairwise alignments are computed with a local algorithm with the generalized affine gap cost (Altschul 1998). More accurate but slower than --6merpair. Suitable when large internal gaps are expected. Applicable to up to ~200 sequences. A combination with --maxiterate 1000 is recommended (E-INS-i). Default: off (6mer distance is used)\r
  38         --fastapair\r
  39         All pairwise alignments are computed with FASTA (Pearson and Lipman 1988). FASTA is required. Default: off (6mer distance is used)\r
  40         --localpair\r
  41         All pairwise alignments are computed with the Smith-Waterman algorithm. More accurate but slower than --6merpair. Suitable for a set of locally alignable sequences. Applicable to up to ~200 sequences. A combination with --maxiterate 1000 is recommended (L-INS-i). Default: off (6mer distance is used)\r
  42         </description>\r
  43         <optionNames>--fastapair</optionNames>\r
  44         <optionNames>--genafpair</optionNames>\r
  45         <optionNames>--localpair</optionNames>\r
  46         <optionNames>--globalpair</optionNames>\r
  47         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
  48         <defaultValue>--localpair</defaultValue>\r
  49     </options>\r
  50     <options isRequired="false">\r
  51         <name>FFT approximation</name>\r
  52         <description>Use / Do not use FFT approximation in group-to-group alignment. Default: off</description>\r
  53         <optionNames>--nofft</optionNames>\r
  54         <optionNames>--fft</optionNames>\r
  55         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
  56         <defaultValue>--nofft</defaultValue>\r
  57     </options>\r
  58     <options isRequired="false">\r
  59         <name>No score</name>\r
  60         <description>Alignment score is not checked in the iterative refinement stage. Default: off (score is checked)</description>\r
  61         <optionNames>--noscore</optionNames>\r
  62         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
  63     </options>\r
  64         <options isRequired="false">\r
  65         <name>Part tree</name>\r
  66                 <description>\r
  67         --parttree - Use a fast tree-building method (PartTree, Katoh and Toh 2007) with the 6mer distance. \r
  68                 --dpparttree - the PartTree algorithm is used with distances based on DP. \r
  69                 Slightly more accurate and slower than --parttree. \r
  70         --fastaparttree - The PartTree algorithm is used with distances based on FASTA. \r
  71         Slightly more accurate and slower than --parttree. \r
  72         All methods recommended for a large number (> ~10,000) of sequences are input.\r
  73         </description> \r
  74         <optionNames>--dpparttree</optionNames>\r
  75         <optionNames>--parttree</optionNames>\r
  76         <optionNames>--fastaparttree</optionNames>\r
  77         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
  78         <defaultValue>--parttree</defaultValue>\r
  79     </options>\r
  80     <prmSeparator> </prmSeparator>\r
  81         <parameters isRequired="false">\r
  82         <name>Max iteration number</name>\r
  83         <description>number cycles of iterative refinement are performed. Default: 0</description>\r
  84         <optionNames>--maxiterate</optionNames>\r
  85         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
  86         <defaultValue>0</defaultValue>\r
  87         <validValue>\r
  88                 <type>Integer</type>\r
  89             <min>0</min>\r
  90             <max>1000</max>\r
  91         </validValue>\r
  92     </parameters>\r
  93     <parameters isRequired="false">\r
  94         <name>Partsize</name>\r
  95         <description>The number of partitions in the PartTree algorithm. Default: 50</description>\r
  96         <optionNames>--partsize</optionNames>\r
  97         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
  98         <defaultValue>50</defaultValue>\r
  99         <validValue>\r
 100                 <type>Integer</type>\r
 101                 <min>1</min>\r
 102         </validValue>\r
 103      </parameters>\r
 104         <parameters isRequired="false">\r
 105         <name>Group size</name>\r
 106         <description>Do not make alignment larger than number sequences. Valid only with the --*parttree options. Default: the number of input sequences</description>\r
 107         <optionNames>--groupsize</optionNames>\r
 108         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
 109         <defaultValue>20</defaultValue>\r
 110         <validValue>\r
 111                 <type>Integer</type>\r
 112                 <min>0</min>\r
 113         </validValue>\r
 114       </parameters>\r
 115     <parameters isRequired="false">\r
 116         <name>Guide tree rebuild</name>\r
 117         <description>Guide tree is built number times in the progressive stage. Valid with 6mer distance. Default: 2</description>\r
 118         <optionNames>--retree</optionNames>\r
 119         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
 120         <defaultValue>2</defaultValue>\r
 121         <validValue>\r
 122                 <type>Integer</type>\r
 123                 <min>1</min>\r
 124                 <max>100</max>\r
 125         </validValue>\r
 126      </parameters>\r
 127     <parameters isRequired="false">\r
 128         <name>Gap opening penalty</name>\r
 129         <description>Gap opening penalty at group-to-group alignment. Default: 1.53</description>\r
 130         <optionNames>--op</optionNames>\r
 131         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
 132         <defaultValue>1.53</defaultValue>\r
 133          <validValue>\r
 134                 <type>Float</type>\r
 135                 <min>0</min>\r
 136         </validValue>\r
 137      </parameters> \r
 138     <parameters isRequired="false">\r
 139         <name>Group-to-group gap extension penalty</name>\r
 140         <description>Offset value, which works like gap extension penalty, for group-to-group alignment. Deafult: 0.123</description>\r
 141         <optionNames>--ep</optionNames>\r
 142         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
 143         <defaultValue>0.123</defaultValue>\r
 144          <validValue>\r
 145                 <type>Float</type>\r
 146                 <min>0</min>\r
 147         </validValue>\r
 148      </parameters> \r
 149    <parameters isRequired="false">\r
 150         <name>Gap opening penalty at local pairwise alignment</name>\r
 151         <description>Gap opening penalty at local pairwise alignment. Valid when the --localpair or --genafpair option is selected. Default: -2.00</description>\r
 152         <optionNames>--lop</optionNames>\r
 153         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
 154                 <defaultValue>-2.00</defaultValue>\r
 155         <validValue>\r
 156                 <type>Float</type>\r
 157                 <max>0</max>\r
 158         </validValue>\r
 159    </parameters>  \r
 160    <parameters isRequired="false">\r
 161         <name>Matrix</name>\r
 162         <description>Substitution Matrix to use</description>\r
 163         <optionNames>--aamatrix</optionNames>\r
 164         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
 165         <defaultValue>BLOSUM62</defaultValue>\r
 166                 <possibleValues>BLOSUM100</possibleValues>\r
 167                 <possibleValues>BLOSUM30</possibleValues>\r
 168                 <possibleValues>BLOSUM35</possibleValues>\r
 169                 <possibleValues>BLOSUM40</possibleValues>\r
 170                 <possibleValues>BLOSUM45</possibleValues>\r
 171                 <possibleValues>BLOSUM50</possibleValues>\r
 172                 <possibleValues>BLOSUM55</possibleValues>\r
 173                 <possibleValues>BLOSUM60</possibleValues>\r
 174                 <possibleValues>BLOSUM62</possibleValues>\r
 175                 <possibleValues>BLOSUM65</possibleValues>\r
 176                 <possibleValues>BLOSUM70</possibleValues>\r
 177                 <possibleValues>BLOSUM75</possibleValues>\r
 178                 <possibleValues>BLOSUM80</possibleValues>\r
 179                 <possibleValues>BLOSUM85</possibleValues>\r
 180                 <possibleValues>BLOSUM90</possibleValues>\r
 181                 <possibleValues>BLOSUMN</possibleValues>\r
 182                 <possibleValues>DAYHOFF</possibleValues>\r
 183                 <possibleValues>GONNET</possibleValues>\r
 184                 <possibleValues>IDENTITY</possibleValues>\r
 185                 <possibleValues>MATCH</possibleValues>\r
 186                 <possibleValues>PAM10</possibleValues>\r
 187                 <possibleValues>PAM100</possibleValues>\r
 188                 <possibleValues>PAM110</possibleValues>\r
 189                 <possibleValues>PAM120</possibleValues>\r
 190                 <possibleValues>PAM130</possibleValues>\r
 191                 <possibleValues>PAM140</possibleValues>\r
 192                 <possibleValues>PAM150</possibleValues>\r
 193                 <possibleValues>PAM160</possibleValues>\r
 194                 <possibleValues>PAM170</possibleValues>\r
 195                 <possibleValues>PAM180</possibleValues>\r
 196                 <possibleValues>PAM190</possibleValues>\r
 197                 <possibleValues>PAM20</possibleValues>\r
 198                 <possibleValues>PAM200</possibleValues>\r
 199                 <possibleValues>PAM210</possibleValues>\r
 200                 <possibleValues>PAM220</possibleValues>\r
 201                 <possibleValues>PAM230</possibleValues>\r
 202                 <possibleValues>PAM240</possibleValues>\r
 203                 <possibleValues>PAM250</possibleValues>\r
 204                 <possibleValues>PAM260</possibleValues>\r
 205                 <possibleValues>PAM270</possibleValues>\r
 206                 <possibleValues>PAM280</possibleValues>\r
 207                 <possibleValues>PAM290</possibleValues>\r
 208                 <possibleValues>PAM30</possibleValues>\r
 209                 <possibleValues>PAM300</possibleValues>\r
 210                 <possibleValues>PAM310</possibleValues>\r
 211                 <possibleValues>PAM320</possibleValues>\r
 212                 <possibleValues>PAM330</possibleValues>\r
 213                 <possibleValues>PAM340</possibleValues>\r
 214                 <possibleValues>PAM350</possibleValues>\r
 215                 <possibleValues>PAM360</possibleValues>\r
 216                 <possibleValues>PAM370</possibleValues>\r
 217                 <possibleValues>PAM380</possibleValues>\r
 218                 <possibleValues>PAM390</possibleValues>\r
 219                 <possibleValues>PAM40</possibleValues>\r
 220                 <possibleValues>PAM400</possibleValues>\r
 221                 <possibleValues>PAM410</possibleValues>\r
 222                 <possibleValues>PAM420</possibleValues>\r
 223                 <possibleValues>PAM430</possibleValues>\r
 224                 <possibleValues>PAM440</possibleValues>\r
 225                 <possibleValues>PAM450</possibleValues>\r
 226                 <possibleValues>PAM460</possibleValues>\r
 227                 <possibleValues>PAM470</possibleValues>\r
 228                 <possibleValues>PAM480</possibleValues>\r
 229                 <possibleValues>PAM490</possibleValues>\r
 230                 <possibleValues>PAM50</possibleValues>\r
 231                 <possibleValues>PAM500</possibleValues>\r
 232                 <possibleValues>PAM60</possibleValues>\r
 233                 <possibleValues>PAM70</possibleValues>\r
 234                 <possibleValues>PAM80</possibleValues>\r
 235                 <possibleValues>PAM90</possibleValues>\r
 236     </parameters>\r
 237 </runnerConfig>\r