testsrc/testdata/MuscleParameters.xml

   1 <?xml version="1.0" encoding="US-ASCII" standalone="yes"?>\r
   2 <runnerConfig>\r
   3  <runnerClassName>compbio.runner.muscle.Muscle</runnerClassName>\r
   4     <options isRequired="false">\r
   5         <name>Group sequences</name>\r
   6         <description>Group sequences by similarity (this is the default) or preserve the input order</description>\r
   7         <optionNames>-group</optionNames>\r
   8         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
   9         <defaultValue>-group</defaultValue>\r
  10     </options>\r
  11     <!-- optionNames>-stable</optionNames  this is commented out as it contain bug see muscle web site-->\r
  12     <options isRequired="false">\r
  13         <name>Anchor optimisation</name>\r
  14         <description>Enable/disable anchor optimization in tree dependent refinement iterations</description>\r
  15         <optionNames>-anchors</optionNames>\r
  16         <optionNames>-noanchors</optionNames>\r
  17         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
  18         <defaultValue>-anchors</defaultValue>\r
  19     </options>\r
  20     <!-- Programs failures often with this option \r
  21     <options isRequired="false">\r
  22         <name>Window refine</name>\r
  23         <description>Refine an alignment by dividing it into non-overlapping windows and re-aligning each window. Typically used for whole-genome nucleotide alignments</description>\r
  24         <optionNames>-refinew</optionNames>\r
  25         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
  26         <defaultValue>-refinew</defaultValue>\r
  27     </options>\r
  28      -->\r
  29     <options isRequired="false">\r
  30         <name>Root alignment computation method</name>\r
  31         <description>Use Steven Brenner's method for computing the root alignment.</description>\r
  32         <optionNames>-brenner</optionNames>\r
  33         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
  34     </options>\r
  35        <!-- This option make sense only in conjunction with -tree which we do not currently support\r
  36    <options isRequired="false">\r
  37         <name>Fast clustering of input sequences</name>\r
  38         <description>Perform fast clustering of input sequences.</description>\r
  39         <optionNames>-cluster</optionNames>\r
  40         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
  41    </options>\r
  42    -->\r
  43    <options isRequired="false">\r
  44         <name>dimer</name>\r
  45         <description>Use dimer approximation for the SP score (faster, slightly less accurate)</description>\r
  46         <optionNames>-dimer</optionNames>\r
  47         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
  48    </options>\r
  49     <options isRequired="false">\r
  50         <name>Diagonal</name>\r
  51         <description>Use diagonal optimizations. Faster, especially for closely related sequences, but may be less accurate.</description>\r
  52         <optionNames>-diags</optionNames>\r
  53         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
  54     </options>\r
  55     <options isRequired="false">\r
  56         <name>Diagonal 1</name>\r
  57         <description>Use diagonal optimizations in first iteration (faster for similar sequences)</description>\r
  58         <optionNames>-diags1</optionNames>\r
  59         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
  60     </options>\r
  61    <options isRequired="false">\r
  62         <name>Profile scoring method</name>\r
  63         <description>le - use log-expectation profile score VTML240 (default for amino acid sequences.)\r
  64                                  sp - use sum-of-pairs protein profile score (PAM200).\r
  65                                  sv - use sum-of-pairs profile score (VTML240)</description>\r
  66         <optionNames>-le</optionNames>\r
  67         <optionNames>-sp</optionNames>\r
  68         <optionNames>-sv</optionNames>\r
  69         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
  70                 <defaultValue>-le</defaultValue>\r
  71     </options>\r
  72     <prmSeparator> </prmSeparator>\r
  73         <parameters isRequired="false">\r
  74         <name>Sequence type</name>\r
  75         <description>Sequence type - Amino acid/Nucleotide </description>\r
  76         <optionNames>-seqtype</optionNames>\r
  77         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
  78         <defaultValue>auto</defaultValue>\r
  79         <possibleValues>auto</possibleValues>\r
  80         <possibleValues>protein</possibleValues>\r
  81         <possibleValues>dna</possibleValues>\r
  82         <possibleValues>rna</possibleValues>\r
  83     </parameters>\r
  84         <parameters isRequired="false">\r
  85         <name>Maxiters</name>\r
  86         <description>Maximum number of iterations (integer, default 16)</description>\r
  87         <optionNames>-maxiters</optionNames>\r
  88         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
  89         <defaultValue>16</defaultValue>\r
  90         <validValue>\r
  91                 <type>Integer</type>\r
  92             <min>1</min>\r
  93             <max>100</max>\r
  94         </validValue>\r
  95     </parameters>\r
  96     <!-- disable as refinew is disabled \r
  97     <parameters isRequired="false">\r
  98         <name>Maxiters</name>\r
  99         <description>Length of window for Window Refine (-refinew)</description>\r
 100         <optionNames>-refinewindow</optionNames>\r
 101         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 102         <defaultValue>200</defaultValue>\r
 103         <validValue>\r
 104                 <type>Integer</type>\r
 105             <min>1</min>\r
 106             <max>1000</max>\r
 107         </validValue>\r
 108     </parameters>\r
 109      -->\r
 110     <parameters isRequired="false">\r
 111         <name>Diagonal break</name>\r
 112         <description>Maximum distance between two diagonals that allows them to merge into one diagonal</description>\r
 113         <optionNames>-diagbreak</optionNames>\r
 114         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 115         <defaultValue>1</defaultValue>\r
 116         <validValue>\r
 117                 <type>Integer</type>\r
 118             <min>1</min>\r
 119             <max>100</max>\r
 120         </validValue>\r
 121     </parameters>\r
 122     <parameters isRequired="false">\r
 123         <name>Diagonal length</name>\r
 124         <description>Minimum length of diagonal</description>\r
 125         <optionNames>-diaglength</optionNames>\r
 126         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 127         <defaultValue>24</defaultValue>\r
 128         <validValue>\r
 129                 <type>Integer</type>\r
 130             <min>2</min>\r
 131             <max>100</max>\r
 132         </validValue>\r
 133     </parameters>\r
 134     <parameters isRequired="false">\r
 135         <name>Diagonal margin</name>\r
 136         <description>Discard this many positions at ends of diagonal</description>\r
 137         <optionNames>-diagmargin</optionNames>\r
 138         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 139         <defaultValue>5</defaultValue>\r
 140         <validValue>\r
 141                 <type>Integer</type>\r
 142             <min>1</min>\r
 143             <max>100</max>\r
 144         </validValue>\r
 145     </parameters>\r
 146     <parameters isRequired="false">\r
 147         <name>Anchor spacing</name>\r
 148         <description>Minimum spacing between anchor columns</description>\r
 149         <optionNames>-anchorspacing</optionNames>\r
 150         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 151         <defaultValue>32</defaultValue>\r
 152         <validValue>\r
 153                 <type>Integer</type>\r
 154             <min>2</min>\r
 155             <max>1000</max>\r
 156         </validValue>\r
 157     </parameters>\r
 158 <!--\r
 159         <parameters isRequired="false">\r
 160         <name>Matrix</name>\r
 161         <description>Substitution Matrix to use</description>\r
 162         <optionNames>-matrix</optionNames>\r
 163         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 164         <defaultValue>BLOSUM62</defaultValue>\r
 165                 <possibleValues>BLOSUM100</possibleValues>\r
 166                 <possibleValues>BLOSUM30</possibleValues>\r
 167                 <possibleValues>BLOSUM35</possibleValues>\r
 168                 <possibleValues>BLOSUM40</possibleValues>\r
 169                 <possibleValues>BLOSUM45</possibleValues>\r
 170                 <possibleValues>BLOSUM50</possibleValues>\r
 171                 <possibleValues>BLOSUM55</possibleValues>\r
 172                 <possibleValues>BLOSUM60</possibleValues>\r
 173                 <possibleValues>BLOSUM62</possibleValues>\r
 174                 <possibleValues>BLOSUM65</possibleValues>\r
 175                 <possibleValues>BLOSUM70</possibleValues>\r
 176                 <possibleValues>BLOSUM75</possibleValues>\r
 177                 <possibleValues>BLOSUM80</possibleValues>\r
 178                 <possibleValues>BLOSUM85</possibleValues>\r
 179                 <possibleValues>BLOSUM90</possibleValues>\r
 180                 <possibleValues>BLOSUMN</possibleValues>\r
 181                 <possibleValues>DAYHOFF</possibleValues>\r
 182                 <possibleValues>GONNET</possibleValues>\r
 183                 <possibleValues>IDENTITY</possibleValues>\r
 184                 <possibleValues>MATCH</possibleValues>\r
 185                 <possibleValues>NUC.4.2</possibleValues>\r
 186                 <possibleValues>NUC.4.4</possibleValues>\r
 187                 <possibleValues>PAM10</possibleValues>\r
 188                 <possibleValues>PAM100</possibleValues>\r
 189                 <possibleValues>PAM110</possibleValues>\r
 190                 <possibleValues>PAM120</possibleValues>\r
 191                 <possibleValues>PAM130</possibleValues>\r
 192                 <possibleValues>PAM140</possibleValues>\r
 193                 <possibleValues>PAM150</possibleValues>\r
 194                 <possibleValues>PAM160</possibleValues>\r
 195                 <possibleValues>PAM170</possibleValues>\r
 196                 <possibleValues>PAM180</possibleValues>\r
 197                 <possibleValues>PAM190</possibleValues>\r
 198                 <possibleValues>PAM20</possibleValues>\r
 199                 <possibleValues>PAM200</possibleValues>\r
 200                 <possibleValues>PAM210</possibleValues>\r
 201                 <possibleValues>PAM220</possibleValues>\r
 202                 <possibleValues>PAM230</possibleValues>\r
 203                 <possibleValues>PAM240</possibleValues>\r
 204                 <possibleValues>PAM250</possibleValues>\r
 205                 <possibleValues>PAM260</possibleValues>\r
 206                 <possibleValues>PAM270</possibleValues>\r
 207                 <possibleValues>PAM280</possibleValues>\r
 208                 <possibleValues>PAM290</possibleValues>\r
 209                 <possibleValues>PAM30</possibleValues>\r
 210                 <possibleValues>PAM300</possibleValues>\r
 211                 <possibleValues>PAM310</possibleValues>\r
 212                 <possibleValues>PAM320</possibleValues>\r
 213                 <possibleValues>PAM330</possibleValues>\r
 214                 <possibleValues>PAM340</possibleValues>\r
 215                 <possibleValues>PAM350</possibleValues>\r
 216                 <possibleValues>PAM360</possibleValues>\r
 217                 <possibleValues>PAM370</possibleValues>\r
 218                 <possibleValues>PAM380</possibleValues>\r
 219                 <possibleValues>PAM390</possibleValues>\r
 220                 <possibleValues>PAM40</possibleValues>\r
 221                 <possibleValues>PAM400</possibleValues>\r
 222                 <possibleValues>PAM410</possibleValues>\r
 223                 <possibleValues>PAM420</possibleValues>\r
 224                 <possibleValues>PAM430</possibleValues>\r
 225                 <possibleValues>PAM440</possibleValues>\r
 226                 <possibleValues>PAM450</possibleValues>\r
 227                 <possibleValues>PAM460</possibleValues>\r
 228                 <possibleValues>PAM470</possibleValues>\r
 229                 <possibleValues>PAM480</possibleValues>\r
 230                 <possibleValues>PAM490</possibleValues>\r
 231                 <possibleValues>PAM50</possibleValues>\r
 232                 <possibleValues>PAM500</possibleValues>\r
 233                 <possibleValues>PAM60</possibleValues>\r
 234                 <possibleValues>PAM70</possibleValues>\r
 235                 <possibleValues>PAM80</possibleValues>\r
 236                 <possibleValues>PAM90</possibleValues>\r
 237     </parameters>\r
 238 -->\r
 239     <parameters>\r
 240         <name>Gap open penalty</name>\r
 241         <description>Gap opening penalty.  Must be negative</description>\r
 242         <optionNames>-gapopen</optionNames>\r
 243         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 244         <defaultValue>-12.0</defaultValue>\r
 245         <validValue>\r
 246                 <type>Float</type>\r
 247             <min>-100</min>\r
 248             <max>0</max>\r
 249         </validValue>\r
 250     </parameters>\r
 251     <parameters>\r
 252         <name>Gap extension penalty</name>\r
 253         <description>Gap extension penalty.  Must be negative</description>\r
 254         <optionNames>-gapextend</optionNames>\r
 255         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 256         <defaultValue>-1.0</defaultValue>\r
 257         <validValue>\r
 258                 <type>Float</type>\r
 259             <min>-100</min>\r
 260             <max>0</max>\r
 261         </validValue>\r
 262     </parameters>\r
 263     <parameters>\r
 264         <name>Center</name>\r
 265         <description>Center parameter. Should be negative.</description>\r
 266         <optionNames>-center</optionNames>\r
 267         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 268         <defaultValue>0.0</defaultValue>\r
 269         <validValue>\r
 270                 <type>Float</type>\r
 271             <min>-100</min>\r
 272             <max>0</max>\r
 273         </validValue>\r
 274     </parameters>\r
 275     <parameters>\r
 276         <name>Hydro</name>\r
 277         <description>Window size for determining whether a region is hydrophobic.</description>\r
 278         <optionNames>-hydro</optionNames>\r
 279         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 280         <defaultValue>5</defaultValue>\r
 281         <validValue>\r
 282                 <type>Integer</type>\r
 283             <min>0</min>\r
 284             <max>100</max>\r
 285         </validValue>\r
 286     </parameters>\r
 287     <parameters>\r
 288         <name>Hydrofactor</name>\r
 289         <description>Multiplier for gap open/close penalties in hydrophobic regions.</description>\r
 290         <optionNames>-hydrofactor</optionNames>\r
 291         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 292         <defaultValue>1.2</defaultValue>\r
 293         <validValue>\r
 294                 <type>Float</type>\r
 295             <min>0</min>\r
 296             <max>10</max>\r
 297         </validValue>\r
 298     </parameters>\r
 299      <parameters>\r
 300         <name>Minimum anchor score</name>\r
 301         <description>Minimum score a column must have to be an anchor (default depends on the profile scoring function!)</description>\r
 302         <optionNames>-minbestcolscore</optionNames>\r
 303         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 304         <defaultValue>1.2</defaultValue>\r
 305         <validValue>\r
 306                 <type>Float</type>\r
 307             <min>0</min>\r
 308             <max>10</max>\r
 309         </validValue>\r
 310     </parameters>\r
 311     <parameters>\r
 312         <name>Minimum smoothed anchor score</name>\r
 313         <description>Minimum smoothed score a column must have to be an anchor (default depends on the profile scoring function!)</description>\r
 314         <optionNames>-minsmoothscore</optionNames>\r
 315         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 316         <defaultValue>1.2</defaultValue>\r
 317         <validValue>\r
 318                 <type>Float</type>\r
 319             <min>0</min>\r
 320             <max>10</max>\r
 321         </validValue>\r
 322     </parameters>\r
 323         <parameters isRequired="false">\r
 324         <name>cluster1</name>\r
 325         <description>Clustering method to use on the iteration 1</description>\r
 326         <optionNames>-cluster1</optionNames>\r
 327         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 328         <defaultValue>upgma</defaultValue>\r
 329         <possibleValues>upgma</possibleValues>\r
 330     </parameters>\r
 331         <parameters isRequired="false">\r
 332         <name>cluster2</name>\r
 333         <description>Clustering method to use on the iteration 2 and all subsequent itarations</description>\r
 334         <optionNames>-cluster2</optionNames>\r
 335         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 336         <defaultValue>upgmb</defaultValue>\r
 337         <possibleValues>upgmb</possibleValues>\r
 338         <possibleValues>neighborjoining</possibleValues>\r
 339     </parameters>\r
 340     <parameters isRequired="false">\r
 341         <name>Sequence weighting scheme 1</name>\r
 342         <description>Sequence weighting scheme to use on the iteration 1 and 2 \r
 343                 none=all sequences have equal weight.\r
 344                 henikoff=Henikoff &amp; Henikoff weighting scheme.\r
 345                 henikoffpb=Modified Henikoff scheme as used in PSI-BLAST.\r
 346                 clustalw=CLUSTALW method.\r
 347                 threeway=Gotoh three-way method</description>\r
 348         <optionNames>-weight1</optionNames>\r
 349         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 350         <defaultValue>clustalw</defaultValue>\r
 351         <possibleValues>none</possibleValues>\r
 352         <possibleValues>henikoff</possibleValues>\r
 353         <possibleValues>henikoffpb</possibleValues>\r
 354         <possibleValues>gsc</possibleValues>\r
 355         <possibleValues>clustalw</possibleValues>\r
 356         <possibleValues>threeway</possibleValues>\r
 357     </parameters>\r
 358     <parameters isRequired="false">\r
 359         <name>Sequence weighting scheme 2</name>\r
 360         <description>Sequence weighting scheme to use on the iteration 3 and all subsequent \r
 361         iterations for tree-dependent refinement.\r
 362                 none=all sequences have equal weight.\r
 363                 henikoff=Henikoff &amp; Henikoff weighting scheme.\r
 364                 henikoffpb=Modified Henikoff scheme as used in PSI-BLAST.\r
 365                 clustalw=CLUSTALW method.\r
 366                 threeway=Gotoh three-way method</description>\r
 367         <optionNames>-weight2</optionNames>\r
 368         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 369         <defaultValue>clustalw</defaultValue>\r
 370         <possibleValues>none</possibleValues>\r
 371         <possibleValues>henikoff</possibleValues>\r
 372         <possibleValues>henikoffpb</possibleValues>\r
 373         <possibleValues>gsc</possibleValues>\r
 374         <possibleValues>clustalw</possibleValues>\r
 375         <possibleValues>threeway</possibleValues>\r
 376     </parameters>\r
 377         <parameters isRequired="false">\r
 378         <name>Distance1</name>\r
 379         <description>Distance measure for iteration 1. Defaults Kmer6_6 (for amino ) or Kmer4_6 (for nucleo)</description>\r
 380         <optionNames>-distance1</optionNames>\r
 381         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 382         <defaultValue>kmer6_6</defaultValue>\r
 383         <possibleValues>kmer6_6</possibleValues>\r
 384         <possibleValues>kmer20_3</possibleValues>\r
 385         <possibleValues>kbit20_3</possibleValues>\r
 386         <possibleValues>kmer20_4</possibleValues>\r
 387         <possibleValues>kmer4_6</possibleValues>\r
 388     </parameters>\r
 389 </runnerConfig>\r