testsrc/testdata/ProbconsParameters.xml

   1 <?xml version="1.0" encoding="US-ASCII" standalone="yes"?>\r
   2 <runnerConfig>\r
   3  <runnerClassName>compbio.runner.probcons.Probcons</runnerClassName>\r
   4  <!-- \r
   5     <options>\r
   6         <name>Reestimate EP</name>\r
   7         <description>Reestimate emission probabilities</description>\r
   8         <optionNames>-e</optionNames>\r
   9         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
  10     </options>\r
  11      -->\r
  12     <options>\r
  13         <name>Output aligned</name>\r
  14         <description>Output sequences in alignment order rather than input order</description>\r
  15         <optionNames>-a</optionNames>\r
  16         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
  17     </options>\r
  18     <prmSeparator> </prmSeparator>\r
  19         <!-- TODO This needs matrix file accessible to the program \r
  20         <parameters>\r
  21         <name>MATRIX</name>\r
  22         <description>Protein weight matrix. Specifies the emission probabilities that are to be used for scoring alignments.</description>\r
  23         <optionNames>-m</optionNames>\r
  24         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
  25         <defaultValue>BLOSUM62</defaultValue>\r
  26         <possibleValues>BLOSUM62</possibleValues>\r
  27         <possibleValues>PAM</possibleValues>\r
  28         <possibleValues>ID</possibleValues>\r
  29         <possibleValues>GONNET</possibleValues>\r
  30     </parameters>\r
  31      -->\r
  32     <parameters>\r
  33         <name>Rounds of pre-training before aligning the sequences</name>\r
  34         <description>This specifies the number of rounds of EM to be applied on the set of sequences being\r
  35 aligned. This option is used in case the default parameters are not appropriate for the\r
  36 particular sequences being aligned; in general, this option is not recommended as it may\r
  37 lead to unstable alignment parameters.</description>\r
  38         <optionNames>-pre</optionNames>\r
  39         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
  40         <defaultValue>0</defaultValue>\r
  41          <validValue>\r
  42                 <type>Integer</type>\r
  43             <min>0</min>\r
  44             <max>20</max>\r
  45         </validValue>\r
  46     </parameters>\r
  47     <parameters>\r
  48         <name>Passes of iterative refinement</name>\r
  49         <description>This specifies the number of iterations of iterative refinement to be performed. In each\r
  50 stage of iterative refinement, the set of sequences in the alignment is randomly\r
  51 partitioned into two groups. After projecting the alignments to these groups, the two\r
  52 groups are realigned, resulting in an alignment whose objective score is guaranteed to be\r
  53 at least that of the original alignment</description>\r
  54         <optionNames>-ir</optionNames>\r
  55         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
  56          <defaultValue>100</defaultValue>\r
  57          <validValue>\r
  58                 <type>Integer</type>\r
  59             <min>0</min>\r
  60             <max>1000</max>\r
  61         </validValue>\r
  62     </parameters>\r
  63     <parameters>\r
  64         <name>Passes of consistency transformation</name>\r
  65         <description>Each pass applies one round of the consistency transformation on the set of sequences.\r
  66         The consistency transformation is described in detail in the mentioned papers. In each\r
  67         round, the aligner computes the consistency transformation for each pair of sequences\r
  68         using all other sequences. The aligner then updates the posterior probability matrices of\r
  69         the pairwise alignments.</description>\r
  70         <optionNames>-c</optionNames>\r
  71         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
  72         <defaultValue>2</defaultValue>\r
  73          <validValue>\r
  74                 <type>Integer</type>\r
  75             <min>0</min>\r
  76             <max>5</max>\r
  77         </validValue>\r
  78     </parameters>\r
  79 </runnerConfig>\r