webservices/compbio/ws/client/Jws2Client.java

   1 /* Copyright (c) 2009 Peter Troshin\r
   2  *  \r
   3  *  JAva Bioinformatics Analysis Web Services (JABAWS) @version: 1.0     \r
   4  * \r
   5  *  This library is free software; you can redistribute it and/or modify it under the terms of the\r
   6  *  Apache License version 2 as published by the Apache Software Foundation\r
   7  * \r
   8  *  This library is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY WARRANTY; without\r
   9  *  even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the Apache \r
  10  *  License for more details.\r
  11  * \r
  12  *  A copy of the license is in apache_license.txt. It is also available here:\r
  13  * @see: http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0.txt\r
  14  * \r
  15  * Any republication or derived work distributed in source code form\r
  16  * must include this copyright and license notice.\r
  17  */\r
  18 \r
  19 package compbio.ws.client;\r
  20 \r
  21 import java.io.BufferedReader;\r
  22 import java.io.Closeable;\r
  23 import java.io.File;\r
  24 import java.io.FileInputStream;\r
  25 import java.io.FileNotFoundException;\r
  26 import java.io.FileOutputStream;\r
  27 import java.io.FileReader;\r
  28 import java.io.IOException;\r
  29 import java.io.OutputStream;\r
  30 import java.net.MalformedURLException;\r
  31 import java.net.URL;\r
  32 import java.util.ArrayList;\r
  33 import java.util.Arrays;\r
  34 import java.util.List;\r
  35 import java.util.logging.Level;\r
  36 import java.util.logging.Logger;\r
  37 \r
  38 import javax.xml.namespace.QName;\r
  39 import javax.xml.ws.Service;\r
  40 import javax.xml.ws.WebServiceException;\r
  41 \r
  42 import compbio.data.msa.MsaWS;\r
  43 import compbio.data.sequence.Alignment;\r
  44 import compbio.data.sequence.ClustalAlignmentUtil;\r
  45 import compbio.data.sequence.FastaSequence;\r
  46 import compbio.data.sequence.SequenceUtil;\r
  47 import compbio.metadata.JobSubmissionException;\r
  48 import compbio.metadata.Limit;\r
  49 import compbio.metadata.LimitsManager;\r
  50 import compbio.metadata.Option;\r
  51 import compbio.metadata.Preset;\r
  52 import compbio.metadata.PresetManager;\r
  53 import compbio.metadata.ResultNotAvailableException;\r
  54 import compbio.metadata.RunnerConfig;\r
  55 import compbio.metadata.WrongParameterException;\r
  56 \r
  57 /**\r
  58  * A command line client for JAva Bioinformatics Analysis Web Services\r
  59  * \r
  60  * @author pvtroshin\r
  61  * @version 1.0\r
  62  */\r
  63 public class Jws2Client {\r
  64 \r
  65     /*\r
  66      * Use java.util.Logger instead of log4j logger to reduce the size of the\r
  67      * client package\r
  68      */\r
  69     private static final Logger log = Logger.getLogger(Jws2Client.class\r
  70             .getCanonicalName());\r
  71 \r
  72     final static String pseparator = "=";\r
  73 \r
  74     // Parameters for required command line options\r
  75     final static String hostkey = "-h";\r
  76     final static String servicekey = "-s";\r
  77 \r
  78     // Actions\r
  79     final static String inputkey = "-i";\r
  80 \r
  81     final static String paramList = "-parameters";\r
  82     final static String presetList = "-presets";\r
  83     final static String limitList = "-limits";\r
  84 \r
  85     // Options\r
  86     final static String paramFile = "-f";\r
  87     final static String outputkey = "-o";\r
  88     final static String parameterkey = "-p";\r
  89     final static String presetkey = "-r";\r
  90 \r
  91     //JABAWS version 1.0 service name\r
  92     static final String qualifiedServiceName = "http://msa.data.compbio/01/01/2010/";\r
  93 \r
  94     /**\r
  95      * Searches the command line keys in the array of parameters\r
  96      * \r
  97      * @param cmd\r
  98      *            command line options\r
  99      * @return true is the list of Parameters is requested, false otherwise\r
 100      */\r
 101     private boolean listParameters(String[] cmd) {\r
 102         return keyFound(cmd, paramList);\r
 103     }\r
 104 \r
 105     /**\r
 106      * Check whether presetList is set in the command line\r
 107      * \r
 108      * @param cmd\r
 109      *            command line options\r
 110      * @return true if presetList is found, false otherwise\r
 111      */\r
 112     boolean listPresets(String[] cmd) {\r
 113         return keyFound(cmd, presetList);\r
 114     }\r
 115 \r
 116     /**\r
 117      * Returns {@code Preset} by its name\r
 118      * \r
 119      * @see Preset\r
 120      * @param <T>\r
 121      * @param msaws\r
 122      * @param presetName\r
 123      * @return Return a Preset by its optionName\r
 124      */\r
 125     <T> Preset<T> getPreset(MsaWS<T> msaws, String presetName) {\r
 126         assert presetName != null;\r
 127         PresetManager<T> presets = getPresetList(msaws);\r
 128         if (presets == null) {\r
 129             System.out\r
 130                     .println("No presets are supported by the service! Ignoring -r directive!");\r
 131             return null;\r
 132         }\r
 133         Preset<T> pre = presets.getPresetByName(presetName);\r
 134         if (pre == null) {\r
 135             System.out.println("Cannot find preset: " + presetName\r
 136                     + " WARN: ignoring -r directive!");\r
 137         }\r
 138         return pre;\r
 139     }\r
 140 \r
 141     /**\r
 142      * Extracts preset name from the command line is any\r
 143      * \r
 144      * @param cmd\r
 145      *            command line options\r
 146      * @return presetName or null if no presets is defined\r
 147      */\r
 148     String getPresetName(String[] cmd) {\r
 149         String preset = null;\r
 150         for (int i = 0; i < cmd.length; i++) {\r
 151             String presetPrm = cmd[i];\r
 152             if (presetPrm.trim().toLowerCase().startsWith(\r
 153                     presetkey + pseparator)) {\r
 154                 preset = presetPrm.substring(presetPrm.indexOf(pseparator) + 1);\r
 155                 break;\r
 156             }\r
 157         }\r
 158         return preset;\r
 159     }\r
 160 \r
 161     /**\r
 162      * Checks whether limitList parameter is in the command line\r
 163      * \r
 164      * @param cmd\r
 165      *            - command line options\r
 166      * @return true if it is, false otherwise\r
 167      */\r
 168     boolean listLimits(String[] cmd) {\r
 169         return keyFound(cmd, limitList);\r
 170     }\r
 171 \r
 172     /**\r
 173      * Checks whether the key is in the command line\r
 174      * \r
 175      * @param cmd\r
 176      * @param key\r
 177      * @return true if it is, false otherwise\r
 178      */\r
 179     boolean keyFound(String[] cmd, String key) {\r
 180         assert cmd != null && cmd.length > 0;\r
 181         assert key != null;\r
 182         for (int i = 0; i < cmd.length; i++) {\r
 183             String listPresets = cmd[i];\r
 184             if (listPresets.trim().equalsIgnoreCase(key)) {\r
 185                 return true;\r
 186             }\r
 187         }\r
 188         return false;\r
 189     }\r
 190 \r
 191     /**\r
 192      * Attempt to construct the URL object from the string\r
 193      * \r
 194      * @param urlstr\r
 195      * @return true if it succeed false otherwise\r
 196      */\r
 197     public static boolean validURL(String urlstr) {\r
 198         try {\r
 199             if (urlstr == null || urlstr.trim().length() == 0) {\r
 200                 return false;\r
 201             }\r
 202             new URL(urlstr);\r
 203         } catch (MalformedURLException e) {\r
 204             return false;\r
 205         }\r
 206         return true;\r
 207     }\r
 208 \r
 209     /**\r
 210      * Extracts service name from the command line\r
 211      * \r
 212      * @param cmd\r
 213      *            command line options\r
 214      * @return service name or null if it is not defined\r
 215      */\r
 216     public static String getServiceName(String[] cmd) {\r
 217         for (int i = 0; i < cmd.length; i++) {\r
 218             String serv = cmd[i];\r
 219             if (serv.trim().toLowerCase().startsWith(servicekey + pseparator)) {\r
 220                 return serv.substring(serv.indexOf(pseparator) + 1);\r
 221             }\r
 222         }\r
 223         return null;\r
 224     }\r
 225 \r
 226     /**\r
 227      * Extracts host name from the command line\r
 228      * \r
 229      * @param cmd\r
 230      *            command line options\r
 231      * @return host name or null if it is not defined\r
 232      */\r
 233     public static String getHost(String[] cmd) {\r
 234         for (int i = 0; i < cmd.length; i++) {\r
 235             String host = cmd[i];\r
 236             if (host.trim().toLowerCase().startsWith(hostkey + pseparator)) {\r
 237                 return host.substring(host.indexOf(pseparator) + 1);\r
 238             }\r
 239         }\r
 240         return null;\r
 241     }\r
 242 \r
 243     /**\r
 244      * Checks -i options and return the File if one was provided, null otherwise\r
 245      * \r
 246      * @param cmd\r
 247      * @param key\r
 248      * @param mustExist\r
 249      * @return\r
 250      * @throws IOException\r
 251      */\r
 252     File getFile(String[] cmd, String key, boolean mustExist)\r
 253             throws IOException {\r
 254         assert key != null && key.trim().length() != 0;\r
 255         for (int i = 0; i < cmd.length; i++) {\r
 256             String filename = cmd[i];\r
 257             filename = filename.trim();\r
 258             if (filename.toLowerCase().startsWith(key + pseparator)) {\r
 259                 filename = filename.substring((key + pseparator).length());\r
 260                 File file = new File(filename);\r
 261                 if (mustExist && !file.exists()) {\r
 262                     System.out.println(key + " file " + file.getAbsolutePath()\r
 263                             + " does not exist");\r
 264                     return null;\r
 265                 }\r
 266                 if (!mustExist && !file.exists()) {\r
 267                     file.createNewFile();\r
 268                 }\r
 269                 if (!file.canRead()) {\r
 270                     System.out.println("Cannot read " + key + " file "\r
 271                             + file.getAbsolutePath());\r
 272                     return null;\r
 273                 }\r
 274                 return file;\r
 275             }\r
 276         }\r
 277         return null;\r
 278     }\r
 279 \r
 280     /**\r
 281      * Connects to the service and do the job as requested, if something goes\r
 282      * wrong reports or/and prints usage help.\r
 283      * \r
 284      * @param <T>\r
 285      *            web service type\r
 286      * @param cmd\r
 287      *            command line options\r
 288      * @throws IOException\r
 289      */\r
 290     <T> Jws2Client(String[] cmd) throws IOException {\r
 291 \r
 292         String hostname = getHost(cmd);\r
 293         if (hostname == null) {\r
 294             System.out.println("Host name is not provided!");\r
 295             printUsage(1);\r
 296         }\r
 297 \r
 298         if (!validURL(hostname)) {\r
 299             System.out.println("Host name is not valid!");\r
 300             printUsage(1);\r
 301         }\r
 302         String serviceName = getServiceName(cmd);\r
 303         if (serviceName == null) {\r
 304             System.out.println("Service name is no provided!");\r
 305             printUsage(1);\r
 306         }\r
 307         Services service = Services.getService(serviceName);\r
 308         if (service == null) {\r
 309             System.out.println("Service " + serviceName\r
 310                     + " is no supported! Valid values are: "\r
 311                     + Arrays.toString(Services.values()));\r
 312             printUsage(1);\r
 313         }\r
 314         File inputFile = getFile(cmd, inputkey, true);\r
 315         File outFile = getFile(cmd, outputkey, false);\r
 316         File parametersFile = getFile(cmd, paramFile, true);\r
 317         String presetName = getPresetName(cmd);\r
 318 \r
 319         MsaWS<T> msaws = connect(hostname, service);\r
 320         Preset<T> preset = null;\r
 321         if (presetName != null) {\r
 322             preset = getPreset(msaws, presetName);\r
 323         }\r
 324         List<Option<T>> customOptions = null;\r
 325         if (parametersFile != null) {\r
 326             List<String> prms = loadParameters(parametersFile);\r
 327             customOptions = processParameters(prms, msaws.getRunnerOptions());\r
 328         }\r
 329         Alignment alignment = null;\r
 330         if (inputFile != null) {\r
 331             alignment = align(inputFile, msaws, preset, customOptions);\r
 332             OutputStream outStream = null;\r
 333             if (outFile != null) {\r
 334                 outStream = getOutStream(outFile);\r
 335             } else {\r
 336                 // this stream is going to be closed later which is fine as\r
 337                 // std.out will not be\r
 338                 outStream = System.out;\r
 339             }\r
 340             writeOut(outStream, alignment);\r
 341             // stream is closed in the method no need to close it here\r
 342         }\r
 343 \r
 344         boolean listParameters = listParameters(cmd);\r
 345         if (listParameters) {\r
 346             System.out.println(getParametersList(msaws));\r
 347         }\r
 348         boolean listPreset = listPresets(cmd);\r
 349         if (listPreset) {\r
 350             System.out.println(getPresetList(msaws));\r
 351         }\r
 352         boolean listLimits = listLimits(cmd);\r
 353         if (listLimits) {\r
 354             System.out.println(getLimits(msaws));\r
 355         }\r
 356         log.fine("Disconnecting...");\r
 357         ((Closeable) msaws).close();\r
 358         log.fine("Disconnected successfully!");\r
 359     }\r
 360 \r
 361     /**\r
 362      * Load parameters from file\r
 363      * \r
 364      * @throws IOException\r
 365      */\r
 366     List<String> loadParameters(File paramsfile) throws IOException {\r
 367         assert paramsfile != null && paramsfile.exists();\r
 368         BufferedReader reader = new BufferedReader(new FileReader(paramsfile));\r
 369         String line = null;\r
 370         ArrayList<String> params = new ArrayList<String>();\r
 371         while ((line = reader.readLine()) != null) {\r
 372             line = line.trim();\r
 373             if (line.length() == 0)\r
 374                 continue;\r
 375             params.add(line);\r
 376         }\r
 377         return params;\r
 378     }\r
 379 \r
 380     /**\r
 381      * Converts options supplied via parameters file into {@code Option} objects\r
 382      * \r
 383      * @param <T>\r
 384      *            web service type\r
 385      * @param params\r
 386      * @param options\r
 387      * @return List of Options of type T\r
 388      */\r
 389     <T> List<Option<T>> processParameters(List<String> params,\r
 390             RunnerConfig<T> options) {\r
 391         List<Option<T>> chosenOptions = new ArrayList<Option<T>>();\r
 392         for (String param : params) {\r
 393             String oname = null;\r
 394             if (isParameter(param)) {\r
 395                 oname = this.getParamName(param);\r
 396             } else {\r
 397                 oname = param;\r
 398             }\r
 399             Option<T> o = options.getArgumentByOptionName(oname);\r
 400             if (o == null) {\r
 401                 System.out.println("WARN ignoring unsuppoted parameter: "\r
 402                         + oname);\r
 403                 continue;\r
 404             }\r
 405             if (isParameter(param)) {\r
 406                 try {\r
 407                     o.setValue(getParamValue(param));\r
 408                 } catch (WrongParameterException e) {\r
 409                     System.out\r
 410                             .println("Problem setting value for the parameter: "\r
 411                                     + param);\r
 412                     e.printStackTrace();\r
 413                 }\r
 414             }\r
 415             chosenOptions.add(o);\r
 416         }\r
 417         return chosenOptions;\r
 418     }\r
 419 \r
 420     String getParamName(String fullName) {\r
 421         assert isParameter(fullName);\r
 422         return fullName.substring(0, fullName.indexOf(pseparator));\r
 423     }\r
 424 \r
 425     String getParamValue(String fullName) {\r
 426         assert isParameter(fullName);\r
 427         return fullName.substring(fullName.indexOf(pseparator) + 1);\r
 428     }\r
 429 \r
 430     boolean isParameter(String param) {\r
 431         return param.contains(pseparator);\r
 432     }\r
 433 \r
 434     OutputStream getOutStream(File file) {\r
 435         assert file != null && file.exists();\r
 436         try {\r
 437             return new FileOutputStream(file);\r
 438         } catch (FileNotFoundException e) {\r
 439             e.printStackTrace();\r
 440         }\r
 441         return null;\r
 442     }\r
 443 \r
 444     /**\r
 445      * Outputs clustal formatted alignment into the file represented by the\r
 446      * outStream\r
 447      * \r
 448      * @param outStream\r
 449      * @param align\r
 450      *            the alignment to output\r
 451      */\r
 452     void writeOut(OutputStream outStream, Alignment align) {\r
 453         try {\r
 454             ClustalAlignmentUtil.writeClustalAlignment(outStream, align);\r
 455         } catch (IOException e) {\r
 456             System.err\r
 457                     .println("Problems writing output file! Stack trace is below: ");\r
 458             e.printStackTrace();\r
 459         } finally {\r
 460             if (outStream != null) {\r
 461                 try {\r
 462                     outStream.close();\r
 463                 } catch (IOException ignored) {\r
 464                     // e.printStackTrace();\r
 465                 }\r
 466             }\r
 467         }\r
 468     }\r
 469 \r
 470     /**\r
 471      * Connects to a web service by the host and the service name\r
 472      * \r
 473      * @param <T>\r
 474      *            web service type\r
 475      * @param host\r
 476      * @param service\r
 477      * @return MsaWS<T>\r
 478      * @throws WebServiceException\r
 479      */\r
 480     public static <T> MsaWS<T> connect(String host, Services service)\r
 481             throws WebServiceException {\r
 482         URL url = null;\r
 483         log.log(Level.FINE, "Attempt to connect...");\r
 484         try {\r
 485             url = new URL(host + "/" + service.toString() + "?wsdl");\r
 486         } catch (MalformedURLException e) {\r
 487             e.printStackTrace();\r
 488             // ignore as the host name is already verified\r
 489         }\r
 490         QName qname = new QName(qualifiedServiceName, service.toString());\r
 491         Service serv = Service.create(url, qname);\r
 492         MsaWS<T> msaws = serv.getPort(new QName(qualifiedServiceName, service\r
 493                 + "Port"), MsaWS.class);\r
 494         log.log(Level.FINE, "Connected successfully!");\r
 495         return msaws;\r
 496     }\r
 497 \r
 498     /**\r
 499      * Align sequences from the file using MsaWS\r
 500      * \r
 501      * @param <T>\r
 502      *            web service type e.g. Clustal\r
 503      * @param file\r
 504      *            to write the resulting alignment to\r
 505      * @param msaws\r
 506      *            MsaWS required\r
 507      * @param preset\r
 508      *            Preset to use optional\r
 509      * @param customOptions\r
 510      *            file which contains new line separated list of options\r
 511      * @return Alignment\r
 512      */\r
 513     static <T> Alignment align(File file, MsaWS<T> msaws, Preset<T> preset,\r
 514             List<Option<T>> customOptions) {\r
 515         FileInputStream instream = null;\r
 516         List<FastaSequence> fastalist = null;\r
 517         Alignment alignment = null;\r
 518         try {\r
 519             instream = new FileInputStream(file);\r
 520             fastalist = SequenceUtil.readFasta(instream);\r
 521             instream.close();\r
 522             String jobId = null;\r
 523             if (customOptions != null && preset != null) {\r
 524                 System.out\r
 525                         .println("WARN: Parameters (-f) are defined together with a preset (-r) ignoring preset!");\r
 526             }\r
 527             if (customOptions != null) {\r
 528                 jobId = msaws.customAlign(fastalist, customOptions);\r
 529             } else if (preset != null) {\r
 530                 jobId = msaws.presetAlign(fastalist, preset);\r
 531             } else {\r
 532                 jobId = msaws.align(fastalist);\r
 533             }\r
 534             Thread.sleep(1000);\r
 535             alignment = msaws.getResult(jobId);\r
 536 \r
 537         } catch (IOException e) {\r
 538             System.err\r
 539                     .println("Exception while reading the input file. "\r
 540                             + "Check that the input file contains a list of fasta formatted sequences! "\r
 541                             + "Exception details are below:");\r
 542             e.printStackTrace();\r
 543         } catch (JobSubmissionException e) {\r
 544             System.err\r
 545                     .println("Exception while submitting job to a web server. "\r
 546                             + "Exception details are below:");\r
 547             e.printStackTrace();\r
 548         } catch (ResultNotAvailableException e) {\r
 549             System.err.println("Exception while waiting for results. "\r
 550                     + "Exception details are below:");\r
 551             e.printStackTrace();\r
 552         } catch (InterruptedException ignored) {\r
 553             // ignore and propagate an interruption\r
 554             Thread.currentThread().interrupt();\r
 555         } catch (WrongParameterException e) {\r
 556             e.printStackTrace();\r
 557         } finally {\r
 558             if (instream != null) {\r
 559                 try {\r
 560                     instream.close();\r
 561                 } catch (IOException ignored) {\r
 562                     // ignore\r
 563                 }\r
 564             }\r
 565         }\r
 566         return alignment;\r
 567     }\r
 568 \r
 569     /**\r
 570      * Returns a list of options supported by web service\r
 571      * \r
 572      * @param <T>\r
 573      *            web service type\r
 574      * @param msaws\r
 575      *            web service proxy\r
 576      * @return List of options supported by a web service\r
 577      */\r
 578     <T> List<Option<T>> getParametersList(MsaWS<T> msaws) {\r
 579         assert msaws != null;\r
 580         return msaws.getRunnerOptions().getArguments();\r
 581     }\r
 582 \r
 583     /**\r
 584      * Returns an objects from which the list of presets supported by web\r
 585      * service <T> can be obtained\r
 586      * \r
 587      * @param <T>\r
 588      *            web service type\r
 589      * @param msaws\r
 590      *            web service proxy\r
 591      * @return PresetManager, object which operates on presets\r
 592      */\r
 593     <T> PresetManager<T> getPresetList(MsaWS<T> msaws) {\r
 594         assert msaws != null;\r
 595         PresetManager<T> presetman = msaws.getPresets();\r
 596         return presetman;\r
 597     }\r
 598 \r
 599     /**\r
 600      * Returns a list of limits supported by web service Each limit correspond\r
 601      * to a particular preset.\r
 602      * \r
 603      * @param <T>\r
 604      *            web service type\r
 605      * @param msaws\r
 606      *            web service proxy\r
 607      * @return List of limits supported by a web service\r
 608      */\r
 609     <T> List<Limit<T>> getLimits(MsaWS<T> msaws) {\r
 610         assert msaws != null;\r
 611         LimitsManager<T> lmanger = msaws.getLimits();\r
 612 \r
 613         return lmanger != null ? lmanger.getLimits() : null;\r
 614     }\r
 615 \r
 616     /**\r
 617      * Prints Jws2Client usage information to standard out\r
 618      * \r
 619      * @param exitStatus\r
 620      */\r
 621     static void printUsage(int exitStatus) {\r
 622         System.out.println();\r
 623         System.out.println("Usage: <Class or Jar file name> " + hostkey\r
 624                 + pseparator + "host_and_context " + servicekey + pseparator\r
 625                 + "serviceName ACTION [OPTIONS] ");\r
 626         System.out.println();\r
 627         System.out\r
 628                 .println(hostkey\r
 629                         + pseparator\r
 630                         + "<host_and_context> - a full URL to the JWS2 web server including context path e.g. http://10.31.1.159:8080/ws");\r
 631         System.out.println(servicekey + pseparator + "<ServiceName> - one of "\r
 632                 + Arrays.toString(Services.values()));\r
 633         System.out.println();\r
 634         System.out.println("ACTIONS: ");\r
 635         System.out\r
 636                 .println(inputkey\r
 637                         + pseparator\r
 638                         + "<inputFile> - full path to fasta formatted sequence file, from which to align sequences");\r
 639         System.out.println(paramList\r
 640                 + " - lists parameters supported by web service");\r
 641         System.out.println(presetList\r
 642                 + " - lists presets supported by web service");\r
 643         System.out.println(limitList + " - lists web services limits");\r
 644         System.out\r
 645                 .println("Please note that if input file is specified other actions are ignored");\r
 646 \r
 647         System.out.println();\r
 648         System.out.println("OPTIONS (only for use with -i action):");\r
 649 \r
 650         System.out.println(presetkey + pseparator\r
 651                 + "<presetName> - name of the preset to use");\r
 652         System.out\r
 653                 .println(outputkey\r
 654                         + pseparator\r
 655                         + "<outputFile> - full path to the file where to write an alignment");\r
 656         System.out\r
 657                 .println("-f=<parameterInputFile> - the name of the file with the list of parameters to use.");\r
 658         System.out\r
 659                 .println("Please note that -r and -f options cannot be used together. "\r
 660                         + "Alignment is done with either preset or a parameters from the file, but not both!");\r
 661 \r
 662         System.exit(exitStatus);\r
 663     }\r
 664 \r
 665     /**\r
 666      * Starts command line client, if no parameter are supported print help. Two\r
 667      * parameters are required for successfull call the JWS2 host name and a\r
 668      * service name.\r
 669      * \r
 670      * @param args\r
 671      *            Usage: <Class or Jar file name> -h=host_and_context\r
 672      *            -s=serviceName ACTION [OPTIONS]\r
 673      * \r
 674      *            -h=<host_and_context> - a full URL to the JWS2 web server\r
 675      *            including context path e.g. http://10.31.1.159:8080/ws\r
 676      * \r
 677      *            -s=<ServiceName> - one of [MafftWS, MuscleWS, ClustalWS,\r
 678      *            TcoffeeWS, ProbconsWS] ACTIONS:\r
 679      * \r
 680      *            -i=<inputFile> - full path to fasta formatted sequence file,\r
 681      *            from which to align sequences\r
 682      * \r
 683      *            -parameters - lists parameters supported by web service\r
 684      * \r
 685      *            -presets - lists presets supported by web service\r
 686      * \r
 687      *            -limits - lists web services limits Please note that if input\r
 688      *            file is specified other actions are ignored\r
 689      * \r
 690      *            OPTIONS: (only for use with -i action):\r
 691      * \r
 692      *            -r=<presetName> - name of the preset to use\r
 693      * \r
 694      *            -o=<outputFile> - full path to the file where to write an\r
 695      *            alignment -f=<parameterInputFile> - the name of the file with\r
 696      *            the list of parameters to use. Please note that -r and -f\r
 697      *            options cannot be used together. Alignment is done with either\r
 698      *            preset or a parameters from the file, but not both!\r
 699      * \r
 700      */\r
 701     public static void main(String[] args) {\r
 702 \r
 703         if (args == null) {\r
 704             printUsage(1);\r
 705         }\r
 706         if (args.length < 2) {\r
 707             System.out.println("Host and service names are required!");\r
 708             printUsage(1);\r
 709         }\r
 710 \r
 711         try {\r
 712             new Jws2Client(args);\r
 713         } catch (IOException e) {\r
 714             log.log(Level.SEVERE, "IOException in client! " + e.getMessage(), e\r
 715                     .getCause());\r
 716             System.err.println("Cannot write output file! Stack trace: ");\r
 717             e.printStackTrace();\r
 718         }\r
 719     }\r
 720 }\r