website/prog_docs/muscle.html

   1 <html><head>\r
   2 <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=windows-1252">\r
   3 <meta name="Generator" content="Microsoft Word 12 (filtered)">\r
   4 <title>MUSCLE User Guide</title>\r
   5 <style>\r
   6 <!--\r
   7  /* Font Definitions */\r
   8  @font-face\r
   9         {font-family:"MS Mincho";\r
  10         panose-1:2 2 6 9 4 2 5 8 3 4;}\r
  11 @font-face\r
  12         {font-family:"Cambria Math";\r
  13         panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}\r
  14 @font-face\r
  15         {font-family:Calibri;\r
  16         panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}\r
  17 @font-face\r
  18         {font-family:"Arial Black";\r
  19         panose-1:2 11 10 4 2 1 2 2 2 4;}\r
  20 @font-face\r
  21         {font-family:"\@MS Mincho";\r
  22         panose-1:2 2 6 9 4 2 5 8 3 4;}\r
  23  /* Style Definitions */\r
  24  p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal\r
  25         {margin:0in;\r
  26         margin-bottom:.0001pt;\r
  27         font-size:10.0pt;\r
  28         font-family:"Times New Roman","serif";}\r
  29 h1\r
  30         {margin-top:12.0pt;\r
  31         margin-right:0in;\r
  32         margin-bottom:3.0pt;\r
  33         margin-left:0in;\r
  34         text-indent:0in;\r
  35         page-break-after:avoid;\r
  36         font-size:16.0pt;\r
  37         font-family:"Arial","sans-serif";}\r
  38 h2\r
  39         {margin-top:12.0pt;\r
  40         margin-right:0in;\r
  41         margin-bottom:3.0pt;\r
  42         margin-left:0in;\r
  43         text-indent:0in;\r
  44         page-break-after:avoid;\r
  45         font-size:12.0pt;\r
  46         font-family:"Arial","sans-serif";\r
  47         font-weight:normal;}\r
  48 h3\r
  49         {margin-top:12.0pt;\r
  50         margin-right:0in;\r
  51         margin-bottom:3.0pt;\r
  52         margin-left:0in;\r
  53         text-indent:0in;\r
  54         page-break-after:avoid;\r
  55         font-size:10.0pt;\r
  56         font-family:"Times New Roman","serif";}\r
  57 p.MsoToc1, li.MsoToc1, div.MsoToc1\r
  58         {margin:0in;\r
  59         margin-bottom:.0001pt;\r
  60         font-size:10.0pt;\r
  61         font-family:"Times New Roman","serif";}\r
  62 p.MsoToc2, li.MsoToc2, div.MsoToc2\r
  63         {margin-top:0in;\r
  64         margin-right:0in;\r
  65         margin-bottom:0in;\r
  66         margin-left:10.0pt;\r
  67         margin-bottom:.0001pt;\r
  68         font-size:10.0pt;\r
  69         font-family:"Times New Roman","serif";}\r
  70 p.MsoToc3, li.MsoToc3, div.MsoToc3\r
  71         {margin-top:0in;\r
  72         margin-right:0in;\r
  73         margin-bottom:0in;\r
  74         margin-left:20.0pt;\r
  75         margin-bottom:.0001pt;\r
  76         font-size:10.0pt;\r
  77         font-family:"Times New Roman","serif";}\r
  78 p.MsoHeader, li.MsoHeader, div.MsoHeader\r
  79         {margin:0in;\r
  80         margin-bottom:.0001pt;\r
  81         font-size:10.0pt;\r
  82         font-family:"Times New Roman","serif";}\r
  83 p.MsoFooter, li.MsoFooter, div.MsoFooter\r
  84         {margin:0in;\r
  85         margin-bottom:.0001pt;\r
  86         font-size:10.0pt;\r
  87         font-family:"Times New Roman","serif";}\r
  88 p.MsoDate, li.MsoDate, div.MsoDate\r
  89         {margin:0in;\r
  90         margin-bottom:.0001pt;\r
  91         font-size:10.0pt;\r
  92         font-family:"Times New Roman","serif";}\r
  93 a:link, span.MsoHyperlink\r
  94         {color:blue;\r
  95         text-decoration:underline;}\r
  96 a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed\r
  97         {color:purple;\r
  98         text-decoration:underline;}\r
  99 p.EquationNumber, li.EquationNumber, div.EquationNumber\r
 100         {mso-style-name:EquationNumber;\r
 101         margin-top:0in;\r
 102         margin-right:0in;\r
 103         margin-bottom:0in;\r
 104         margin-left:.5in;\r
 105         margin-bottom:.0001pt;\r
 106         text-align:right;\r
 107         text-indent:-.25in;\r
 108         font-size:10.0pt;\r
 109         font-family:"Times New Roman","serif";}\r
 110 p.Code, li.Code, div.Code\r
 111         {mso-style-name:Code;\r
 112         margin-top:0in;\r
 113         margin-right:0in;\r
 114         margin-bottom:0in;\r
 115         margin-left:.25in;\r
 116         margin-bottom:.0001pt;\r
 117         font-size:9.0pt;\r
 118         font-family:"Courier New";}\r
 119  /* Page Definitions */\r
 120  @page WordSection1\r
 121         {size:8.5in 11.0in;\r
 122         margin:1.0in 1.25in 1.0in 1.25in;}\r
 123 div.WordSection1\r
 124         {page:WordSection1;}\r
 125  /* List Definitions */\r
 126  ol\r
 127         {margin-bottom:0in;}\r
 128 ul\r
 129         {margin-bottom:0in;}\r
 130 -->\r
 131 </style>\r
 132 \r
 133 </head>\r
 134 \r
 135 <body lang="EN-US" link="blue" vlink="purple">\r
 136 \r
 137 <div class="WordSection1">\r
 138 \r
 139 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
 140 \r
 141 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
 142 \r
 143 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
 144 \r
 145 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
 146 \r
 147 <p class="MsoNormal"><span style="font-size:24.0pt;font-family:&quot;Arial Black&quot;,&quot;sans-serif&quot;">MUSCLE\r
 148 User Guide</span></p>\r
 149 \r
 150 <p class="MsoNormal" style="text-align:right" align="right"><u>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</u></p>\r
 151 \r
 152 <p class="MsoNormal" style="text-align:right" align="right"><b><span style="font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">&nbsp;</span></b></p>\r
 153 \r
 154 <p class="MsoNormal"><span style="font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">&nbsp;</span></p>\r
 155 \r
 156 <p class="MsoNormal"><span style="font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">&nbsp;</span></p>\r
 157 \r
 158 <p class="MsoNormal"><span style="font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">&nbsp;</span></p>\r
 159 \r
 160 <p class="MsoNormal"><span style="font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">&nbsp;</span></p>\r
 161 \r
 162 <p class="MsoNormal"><span style="font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">&nbsp;</span></p>\r
 163 \r
 164 <p class="MsoNormal"><span style="font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">Multiple\r
 165 sequence comparison by log-expectation</span></p>\r
 166 \r
 167 <p class="MsoNormal"><span style="font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">by Robert C.\r
 168 Edgar</span></p>\r
 169 \r
 170 <p class="MsoNormal"><span style="font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">&nbsp;</span></p>\r
 171 \r
 172 <p class="MsoNormal"><span style="font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">Version 3.8</span></p>\r
 173 \r
 174 <p class="MsoNormal"><span style="font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">May 2010</span></p>\r
 175 \r
 176 <p class="MsoNormal"><span style="font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">&nbsp;</span></p>\r
 177 \r
 178 <p class="MsoNormal"><span style="font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">&nbsp;</span></p>\r
 179 \r
 180 <p class="MsoNormal"><span style="font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;"><a href="http://www.drive5.com/muscle">http://www.drive5.com/muscle</a></span></p>\r
 181 \r
 182 <p class="MsoNormal"><span style="font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">&nbsp;</span></p>\r
 183 \r
 184 <p class="MsoNormal"><span style="font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;"><a href="mailto:robert@drive5.com">robert@drive5.com</a></span></p>\r
 185 \r
 186 <p class="MsoNormal"><span style="font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">&nbsp;</span></p>\r
 187 \r
 188 <p class="MsoNormal"><span style="font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">&nbsp;</span></p>\r
 189 \r
 190 <p class="MsoNormal"><i><span style="font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">Citation:</span></i></p>\r
 191 \r
 192 <p class="MsoNormal"><span style="font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">&nbsp;</span></p>\r
 193 \r
 194 <p class="MsoNormal"><span style="font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;"><a href="http://nar.oupjournals.org/cgi/content/full/32/5/1792?ijkey=48Nmt1tta0fMg&amp;keytype=ref">Edgar,\r
 195 Robert C. (2004), MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and\r
 196 high throughput, <i>Nucleic Acids Research</i> <b>32</b>(5), 1792-97</a>.</span></p>\r
 197 \r
 198 <p class="MsoNormal"><span style="font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">&nbsp;</span></p>\r
 199 \r
 200 <p class="MsoNormal"><i><span style="font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">For a\r
 201 complete description of the algorithm, see also:</span></i></p>\r
 202 \r
 203 <p class="MsoNormal"><span style="font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">&nbsp;</span></p>\r
 204 \r
 205 <p class="MsoNormal"><span style="font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;"><a href="http://www.biomedcentral.com/1471-2105/5/113">Edgar, Robert C (2004), MUSCLE:\r
 206 a multiple sequence alignment method with reduced time and space complexity. <i>BMC\r
 207 Bioinformatics</i>, <b>5</b>(1):113</a>.<br style="page-break-before:\r
 208 always" clear="all">\r
 209 </span><b><span style="font-size:16.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">Table\r
 210 of Contents</span></b></p>\r
 211 \r
 212 <p class="MsoToc1"><span class="MsoHyperlink"><a href="#_Toc260497010">1 Introduction<span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">. </span><span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">3</span></a></span></p>\r
 213 \r
 214 <p class="MsoToc1"><span class="MsoHyperlink"><a href="#_Toc260497011">2 Quick\r
 215 Start<span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none"> </span><span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">3</span></a></span></p>\r
 216 \r
 217 <p class="MsoToc2"><span class="MsoHyperlink"><a href="#_Toc260497012">2.1\r
 218 Installation<span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">. </span><span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">3</span></a></span></p>\r
 219 \r
 220 <p class="MsoToc2"><span class="MsoHyperlink"><a href="#_Toc260497013">2.2 Making\r
 221 an alignment<span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none"> </span><span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">3</span></a></span></p>\r
 222 \r
 223 <p class="MsoToc2"><span class="MsoHyperlink"><a href="#_Toc260497014">2.3 Large\r
 224 alignments<span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">. </span><span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">3</span></a></span></p>\r
 225 \r
 226 <p class="MsoToc2"><span class="MsoHyperlink"><a href="#_Toc260497015">2.4 Faster\r
 227 speed<span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">. </span><span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">4</span></a></span></p>\r
 228 \r
 229 <p class="MsoToc2"><span class="MsoHyperlink"><a href="#_Toc260497016">2.5 Huge\r
 230 alignments<span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">. </span><span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">4</span></a></span></p>\r
 231 \r
 232 <p class="MsoToc2"><span class="MsoHyperlink"><a href="#_Toc260497017">2.6\r
 233 Pipelining<span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">. </span><span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">4</span></a></span></p>\r
 234 \r
 235 <p class="MsoToc2"><span class="MsoHyperlink"><a href="#_Toc260497018">2.7 Refining\r
 236 an existing alignment<span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:\r
 237 none"> </span><span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">4</span></a></span></p>\r
 238 \r
 239 <p class="MsoToc2"><span class="MsoHyperlink"><a href="#_Toc260497019">2.8 Using a\r
 240 pre-computed guide tree<span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:\r
 241 none">. </span><span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">4</span></a></span></p>\r
 242 \r
 243 <p class="MsoToc2"><span class="MsoHyperlink"><a href="#_Toc260497020">2.9\r
 244 Profile-profile alignment<span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:\r
 245 none"> </span><span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">5</span></a></span></p>\r
 246 \r
 247 <p class="MsoToc2"><span class="MsoHyperlink"><a href="#_Toc260497021">2.10 Adding\r
 248 sequences to an existing alignment<span style="color:windowtext;display:none;\r
 249 text-decoration:none"> </span><span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">5</span></a></span></p>\r
 250 \r
 251 <p class="MsoToc2"><span class="MsoHyperlink"><a href="#_Toc260497022">2.11\r
 252 Specifying a protein substitution matrix<span style="color:windowtext;\r
 253 display:none;text-decoration:none">. </span><span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">5</span></a></span></p>\r
 254 \r
 255 <p class="MsoToc2"><span class="MsoHyperlink"><a href="#_Toc260497023">2.12\r
 256 Specifying a nucleotide substitution matrix<span style="color:windowtext;\r
 257 display:none;text-decoration:none">. </span><span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">5</span></a></span></p>\r
 258 \r
 259 <p class="MsoToc2"><span class="MsoHyperlink"><a href="#_Toc260497024">2.13\r
 260 Refining a long alignment<span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:\r
 261 none"> </span><span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">6</span></a></span></p>\r
 262 \r
 263 <p class="MsoToc1"><span class="MsoHyperlink"><a href="#_Toc260497025">3 File\r
 264 Formats<span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">. </span><span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">6</span></a></span></p>\r
 265 \r
 266 <p class="MsoToc2"><span class="MsoHyperlink"><a href="#_Toc260497026">3.1 Input\r
 267 files<span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">. </span><span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">6</span></a></span></p>\r
 268 \r
 269 <p class="MsoToc3"><span class="MsoHyperlink"><a href="#_Toc260497027">3.1.1 Amino\r
 270 acid sequences<span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">. </span><span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">6</span></a></span></p>\r
 271 \r
 272 <p class="MsoToc3"><span class="MsoHyperlink"><a href="#_Toc260497028">3.1.2\r
 273 Nucleotide sequences<span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:\r
 274 none">. </span><span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">6</span></a></span></p>\r
 275 \r
 276 <p class="MsoToc3"><span class="MsoHyperlink"><a href="#_Toc260497029">3.1.3\r
 277 Determining sequence type<span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:\r
 278 none">. </span><span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">6</span></a></span></p>\r
 279 \r
 280 <p class="MsoToc2"><span class="MsoHyperlink"><a href="#_Toc260497030">3.2 Output\r
 281 files<span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">. </span><span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">7</span></a></span></p>\r
 282 \r
 283 <p class="MsoToc3"><span class="MsoHyperlink"><a href="#_Toc260497031">3.2.1\r
 284 Sequence grouping<span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:\r
 285 none">. </span><span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">7</span></a></span></p>\r
 286 \r
 287 <p class="MsoToc3"><span class="MsoHyperlink"><a href="#_Toc260497032">3.2.2 Output\r
 288 to multiple file formats<span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:\r
 289 none">. </span><span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">7</span></a></span></p>\r
 290 \r
 291 <p class="MsoToc2"><span class="MsoHyperlink"><a href="#_Toc260497033">3.3 CLUSTALW\r
 292 format<span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none"> </span><span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">7</span></a></span></p>\r
 293 \r
 294 <p class="MsoToc2"><span class="MsoHyperlink"><a href="#_Toc260497034">3.4 MSF\r
 295 format<span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none"> </span><span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">7</span></a></span></p>\r
 296 \r
 297 <p class="MsoToc2"><span class="MsoHyperlink"><a href="#_Toc260497035">3.5 HTML\r
 298 format<span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none"> </span><span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">8</span></a></span></p>\r
 299 \r
 300 <p class="MsoToc2"><span class="MsoHyperlink"><a href="#_Toc260497036">3.6 Phylip\r
 301 format<span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none"> </span><span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">8</span></a></span></p>\r
 302 \r
 303 <p class="MsoToc1"><span class="MsoHyperlink"><a href="#_Toc260497037">4 Using\r
 304 MUSCLE<span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">.. </span><span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">8</span></a></span></p>\r
 305 \r
 306 <p class="MsoToc2"><span class="MsoHyperlink"><a href="#_Toc260497038">4.1 How the\r
 307 algorithm works<span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">. </span><span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">8</span></a></span></p>\r
 308 \r
 309 <p class="MsoToc2"><span class="MsoHyperlink"><a href="#_Toc260497039">4.2\r
 310 Command-line options<span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:\r
 311 none">. </span><span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">9</span></a></span></p>\r
 312 \r
 313 <p class="MsoToc2"><span class="MsoHyperlink"><a href="#_Toc260497040">4.3 The\r
 314 maxiters option<span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">. </span><span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">9</span></a></span></p>\r
 315 \r
 316 <p class="MsoToc2"><span class="MsoHyperlink"><a href="#_Toc260497041">4.4 The\r
 317 maxtrees option<span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">. </span><span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">10</span></a></span></p>\r
 318 \r
 319 <p class="MsoToc2"><span class="MsoHyperlink"><a href="#_Toc260497042">4.5 The\r
 320 maxhours option<span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">. </span><span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">10</span></a></span></p>\r
 321 \r
 322 <p class="MsoToc2"><span class="MsoHyperlink"><a href="#_Toc260497043">4.6 The\r
 323 profile scoring function<span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:\r
 324 none">. </span><span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">10</span></a></span></p>\r
 325 \r
 326 <p class="MsoToc2"><span class="MsoHyperlink"><a href="#_Toc260497044">4.7 Diagonal\r
 327 optimization<span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">. </span><span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">10</span></a></span></p>\r
 328 \r
 329 <p class="MsoToc2"><span class="MsoHyperlink"><a href="#_Toc260497045">4.8 Anchor\r
 330 optimization<span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">. </span><span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">10</span></a></span></p>\r
 331 \r
 332 <p class="MsoToc2"><span class="MsoHyperlink"><a href="#_Toc260497046">4.9 Log file<span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">. </span><span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">11</span></a></span></p>\r
 333 \r
 334 <p class="MsoToc2"><span class="MsoHyperlink"><a href="#_Toc260497047">4.10\r
 335 Progress messages<span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:\r
 336 none">. </span><span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">11</span></a></span></p>\r
 337 \r
 338 <p class="MsoToc2"><span class="MsoHyperlink"><a href="#_Toc260497048">4.11 Running\r
 339 out of memory<span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">. </span><span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">11</span></a></span></p>\r
 340 \r
 341 <p class="MsoToc2"><span class="MsoHyperlink"><a href="#_Toc260497049">4.12\r
 342 Troubleshooting<span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">. </span><span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">12</span></a></span></p>\r
 343 \r
 344 <p class="MsoToc2"><span class="MsoHyperlink"><a href="#_Toc260497050">4.13\r
 345 Technical support<span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:\r
 346 none"> </span><span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">12</span></a></span></p>\r
 347 \r
 348 <p class="MsoToc1"><span class="MsoHyperlink"><a href="#_Toc260497051">5 Command\r
 349 Line Reference<span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">. </span><span style="color:windowtext;display:none;text-decoration:none">12</span></a></span></p>\r
 350 \r
 351 <p class="MsoNormal"><span style="font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">&nbsp;</span></p>\r
 352 \r
 353 <b><span style="font-size:16.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;"><br style="page-break-before:always" clear="all">\r
 354 </span></b>\r
 355 \r
 356 <h1 style="margin-left:0in;text-indent:0in"><a name="_Toc260497010">1 Introduction</a></h1>\r
 357 \r
 358 <p class="MsoNormal">MUSCLE is a program for creating multiple alignments of\r
 359 amino acid or nucleotide sequences. A range of options is provided that give\r
 360 you the choice of optimizing accuracy, speed, or some compromise between the\r
 361 two. Default parameters are those that gave the best average benchmark accuracy\r
 362 in my tests. However, benchmark accuracy is a rather dubious measure; see:</p>\r
 363 \r
 364 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
 365 \r
 366 <p class="MsoNormal"><a href="http://nar.oxfordjournals.org/cgi/content/short/gkp1196v1?rss=1">Edgar,\r
 367 R.C. (2010) Quality measures for protein alignment benchmarks, <i>Nucleic Acids\r
 368 Res.</i>, 2010, 1\969.</a></p>\r
 369 \r
 370 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
 371 \r
 372 <p class="MsoNormal"><b><span style="color:white;background:red">WARNING</span></b></p>\r
 373 \r
 374 <p class="MsoNormal"><b><span style="background:yellow">THE <i>-stable</i> OPTION\r
 375 HAD A SERIOUS BUG IN VERSIONS OF MUSCLE PRIOR TO v3.8 AND IS CURRENTLY NOT\r
 376 SUPPORTED.</span> Go to this link for latest news and work-arounds:</b></p>\r
 377 \r
 378 <p class="MsoNormal"><b>&nbsp;</b></p>\r
 379 \r
 380 <p class="MsoNormal"><b><a href="http://drive5.com/muscle/stable.html">http://drive5.com/muscle/stable.html</a></b></p>\r
 381 \r
 382 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
 383 \r
 384 <h1 style="margin-left:0in;text-indent:0in"><a name="_Toc260497011">2 Quick Start</a></h1>\r
 385 \r
 386 <p class="MsoNormal">The MUSCLE algorithm is delivered as a command-line program\r
 387 called <i>muscle</i>. If you are running under Linux or Unix you will be\r
 388 working at a shell prompt. If you are running under Windows, you should be in a\r
 389 command window (nostalgically known to us older people as a DOS prompt). If you\r
 390 don't know how to use command-line programs, you should get help from a local\r
 391 guru.</p>\r
 392 \r
 393 <h2 style="margin-left:0in;text-indent:0in"><a name="_Toc260497012">2.1 Installation</a></h2>\r
 394 \r
 395 <p class="MsoNormal">Copy the <i>muscle</i> binary file to a directory that is\r
 396 accessible from your computer. That's it\97there are no configuration files,\r
 397 libraries, environment variables or other settings to worry about. If you are\r
 398 using Windows, then the binary file is named something like <i>muscle3.8.31_i86win32.exe</i>.\r
 399 From now on <i>muscle</i> should be understood to mean "the file or path\r
 400 name of your executable file".</p>\r
 401 \r
 402 <h2 style="margin-left:0in;text-indent:0in"><a name="_Toc260497013">2.2 Making\r
 403 an alignment</a></h2>\r
 404 \r
 405 <p class="MsoNormal">Make a FASTA file containing some sequences. (If you are not\r
 406 familiar with FASTA format, it is described in detail later in this Guide.) For\r
 407 now, just to make things fast, limit the number of sequence in the file to no\r
 408 more than 50 and the sequence length to be no more than 500. Call the input\r
 409 file <i>seqs.fa</i>. Make sure the directory containing the <i>muscle</i>\r
 410 binary is in your path. (If it isn't, you can run it by typing the full path\r
 411 name, and the following example command lines must be changed accordingly). Now\r
 412 type:</p>\r
 413 \r
 414 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
 415 \r
 416 <p class="Code">muscle -in seqs.fa -out seqs.afa</p>\r
 417 \r
 418 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
 419 \r
 420 <p class="MsoNormal">You should see some progress messages. If <i>muscle</i>\r
 421 completes successfully, it will create a file <i>seqs.afa</i> containing the\r
 422 alignment. By default, output is created in "aligned FASTA" format (hence\r
 423 the <i>.afa</i> extension). This is just like regular FASTA except that gaps\r
 424 are added in order to align the sequences. This is a nice format for computers\r
 425 but not very readable for people, so to look at the alignment you will want an\r
 426 alignment viewer such as Belvu, or a script that converts FASTA to a more readable\r
 427 format. You can also use the \96<i>clw</i> command-line option to request output\r
 428 in CLUSTALW format, which is easier to understand for people. If <i>muscle</i>\r
 429 gives an error message and you don't know how to fix it, please read the\r
 430 Troubleshooting section.</p>\r
 431 \r
 432 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
 433 \r
 434 <p class="MsoNormal">The default settings are designed to give the best accuracy,\r
 435 so this may be all you need to know.</p>\r
 436 \r
 437 <h2 style="margin-left:0in;text-indent:0in"><a name="_Toc260497014">2.3 Large\r
 438 alignments</a></h2>\r
 439 \r
 440 <p class="MsoNormal">If you have a large number of sequences (a few thousand), or\r
 441 they are very long, then the default settings of may be too slow for practical\r
 442 use. A good compromise between speed and accuracy is to run just the first two\r
 443 iterations of the algorithm. This is done by the option <i>\96maxiters 2</i>, as\r
 444 in the following example.</p>\r
 445 \r
 446 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
 447 \r
 448 <p class="Code">muscle -in seqs.fa -out seqs.afa -maxiters 2</p>\r
 449 \r
 450 <h2 style="margin-left:0in;text-indent:0in"><a name="_Toc260497015">2.4 Faster speed</a></h2>\r
 451 \r
 452 <p class="MsoNormal">The <i>\96diags</i> option enables an optimization for speed\r
 453 by finding common words (6-mers in a compressed amino acid alphabet) between\r
 454 the two sequences as seeds for diagonals. This is related to optimizations in\r
 455 programs such as BLAST and FASTA: you get faster speed, but sometimes lower\r
 456 average accuracy. For large numbers of closely related sequences, this option\r
 457 works very well.</p>\r
 458 \r
 459 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
 460 \r
 461 <p class="MsoNormal">If you want the fastest possible speed, then the following\r
 462 example shows the applicable options for proteins.</p>\r
 463 \r
 464 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
 465 \r
 466 <p class="Code">muscle -in seqs.fa -out seqs.afa -maxiters 1 -diags -sv\r
 467 -distance1 kbit20_3</p>\r
 468 \r
 469 <p class="Code">&nbsp;</p>\r
 470 \r
 471 <p class="MsoNormal">For nucleotides, use:</p>\r
 472 \r
 473 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
 474 \r
 475 <p class="Code">muscle -in seqs.fa -out seqs.afa -maxiters 1 -diags</p>\r
 476 \r
 477 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
 478 \r
 479 <p class="MsoNormal">The alignments are not bad, especially when the sequences\r
 480 are closely related. However, as you might expect, this blazing speed comes at\r
 481 the cost of the lowest average accuracy of the options that <i>muscle</i>\r
 482 provides.</p>\r
 483 \r
 484 <h2 style="margin-left:0in;text-indent:0in"><a name="_Toc260497016">2.5 Huge\r
 485 alignments</a></h2>\r
 486 \r
 487 <p class="MsoNormal">If you have thousands of sequences, then attempting to\r
 488 create a multiple alignment is dubious for many technical reasons. It may be\r
 489 better to cluster first, then align the reduced set of sequences. Clustering\r
 490 can be done using UCLUST, which is an algorithm implemented in the USEARCH\r
 491 program:</p>\r
 492 \r
 493 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
 494 \r
 495 <p class="MsoNormal">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="http://www.drive5.com/usearch">http://www.drive5.com/usearch</a></p>\r
 496 \r
 497 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
 498 \r
 499 <p class="MsoNormal">At the time of writing (May 2010), I'm working on methods\r
 500 for leveraging a combination of UCLUST and MUSCLE to create very large but\r
 501 still reasonably accurate alignments. If you're interested, <a href="mailto:robert@drive5.com">email me</a> and let's discuss.</p>\r
 502 \r
 503 <h2 style="margin-left:0in;text-indent:0in"><a name="_Toc260497017">2.6 Pipelining</a></h2>\r
 504 \r
 505 <p class="MsoNormal">Input can be taken from standard input, and output can be\r
 506 written to standard output. This is the default, so our first example would\r
 507 also work like this:</p>\r
 508 \r
 509 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
 510 \r
 511 <p class="Code">muscle &lt; seqs.fa &gt; seqs.afa</p>\r
 512 \r
 513 <h2 style="margin-left:0in;text-indent:0in"><a name="_Toc260497018">2.7 Refining\r
 514 an existing alignment</a></h2>\r
 515 \r
 516 <p class="MsoNormal">You can ask <i>muscle</i> to try to improve an existing\r
 517 alignment by using the \96<i>refine</i> option. The input file must then be a\r
 518 FASTA file containing an alignment. All sequences must be of equal length, gaps\r
 519 can be specified using dots "." or dashes "\96". For example:</p>\r
 520 \r
 521 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
 522 \r
 523 <p class="Code">muscle -in seqs.afa -out refined.afa -refine</p>\r
 524 \r
 525 <h2 style="margin-left:0in;text-indent:0in"><a name="_Toc260497019">2.8 Using a\r
 526 pre-computed guide tree</a></h2>\r
 527 \r
 528 <p class="MsoNormal">The \96<i>usetree</i> option allows you to provide your own\r
 529 guide tree. For example,</p>\r
 530 \r
 531 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
 532 \r
 533 <p class="Code">muscle -in seqs.fa -out seqs.afa -usetree mytree.phy</p>\r
 534 \r
 535 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
 536 \r
 537 <p class="MsoNormal">The tree must by in Newick format, as used by the Phylip\r
 538 package (hence the <i>.phy</i> extension). The Newick format is described here:</p>\r
 539 \r
 540 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
 541 \r
 542 <p class="MsoNormal">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/newicktree.html">http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/newicktree.html</a></p>\r
 543 \r
 544 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
 545 \r
 546 <p class="MsoNormal"><b>WARNING</b>. Do not use this option just because you\r
 547 believe that you have an accurate evolutionary tree for your sequences. The\r
 548 best guide tree for multiple alignment is <i>not</i> in general the correct\r
 549 evolutionary tree. This can be understood by the following argument. Alignment\r
 550 accuracy decreases with lower sequence identity. It follows that given a set of\r
 551 profiles, the two that can be aligned most accurately will tend to be the pair\r
 552 with the highest identity, i.e. at the shortest evolutionary distance. This is\r
 553 exactly the pair selected by the nearest-neighbor criterion which MUSCLE uses\r
 554 by default. When mutation rates are variable, the <i>evolutionary </i>neighbor\r
 555 may not be the <i>nearest </i>neighbor. This explains why a nearest-neighbor\r
 556 tree may be superior to the true evolutionary tree for guiding a progressive\r
 557 alignment.</p>\r
 558 \r
 559 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
 560 \r
 561 <p class="MsoNormal">You will get a warning if you use the \96<i>usetree</i>\r
 562 option. To disable the warning, use \ad<i>\96usetree_nowarn</i> instead, </p>\r
 563 \r
 564 <p class="MsoNormal">e.g.:</p>\r
 565 \r
 566 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
 567 \r
 568 <p class="Code">muscle -in seqs.fa -out seqs.afa -usetree_nowarn mytree.phy</p>\r
 569 \r
 570 <h2 style="margin-left:0in;text-indent:0in"><a name="_Toc260497020">2.9 Profile-profile\r
 571 alignment</a></h2>\r
 572 \r
 573 <p class="MsoNormal">A fundamental step in the MUSCLE algorithm is aligning two\r
 574 multiple sequence alignments. This operation is sometimes called\r
 575 "profile-profile alignment". If you have two existing alignments of\r
 576 related sequences you can use the <i>\96profile</i> option of MUSCLE to align\r
 577 those two sequences. Typical usage is:</p>\r
 578 \r
 579 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
 580 \r
 581 <p class="Code">muscle -profile -in1 one.afa -in2 two.afa -out both.afa</p>\r
 582 \r
 583 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
 584 \r
 585 <p class="MsoNormal">The alignments in <i>one.afa</i> and <i>two.afa</i>, which\r
 586 must be in aligned FASTA format, are aligned to each other, keeping input\r
 587 columns intact and inserting columns of gaps where needed. Output is stored in <i>both.afa</i>.</p>\r
 588 \r
 589 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
 590 \r
 591 <p class="MsoNormal">MUSCLE does not compute a similarity measure or measure of\r
 592 statistical significance (such as an E-value), so this option is not useful for\r
 593 discriminating homologs from unrelated sequences. For this task, I recommend\r
 594 Sadreyev &amp; Grishin's COMPASS program.</p>\r
 595 \r
 596 <h2 style="margin-left:0in;text-indent:0in"><a name="_Toc260497021">2.10 Adding\r
 597 sequences to an existing alignment</a></h2>\r
 598 \r
 599 <p class="MsoNormal">To add a sequence to an existing alignment that you wish to\r
 600 keep intact, use profile-profile alignment with the new sequence as a profile.\r
 601 For example, if you have an existing alignment <i>existing_aln.afa</i> and want\r
 602 to add a new sequence in <i>new_seq.fa</i>, use the following commands:</p>\r
 603 \r
 604 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
 605 \r
 606 <p class="Code">muscle -profile -in1 existing_aln.afa -in2 new_seq.fa -out\r
 607 combined.afa</p>\r
 608 \r
 609 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
 610 \r
 611 <p class="MsoNormal">If you have more than one new sequences, you can align them\r
 612 first then add them, for example:</p>\r
 613 \r
 614 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
 615 \r
 616 <p class="Code">muscle -in new_seqs.fa -out new_seqs.afa</p>\r
 617 \r
 618 <p class="Code">muscle -profile -in1 existing_aln.afa -in2 new_seqs.afa -out\r
 619 combined.afas</p>\r
 620 \r
 621 <h2 style="margin-left:0in;text-indent:0in"><a name="_Toc260497022">2.11 Specifying\r
 622 a protein substitution matrix</a></h2>\r
 623 \r
 624 <p class="MsoNormal">You can specify your own substitution matrix by using the <i>-matrix</i>\r
 625 option. This reads a protein substitution matrix in NCBI or WU-BLAST format.\r
 626 The alphabet is assumed to be amino acid, and sum-of-pairs scoring is used. The\r
 627 \ad<i>-gapopen</i>, <i>-gapextend</i> and -<i>center</i> parameters should be\r
 628 specified; normally you will specify a zero value for the center. Note that gap\r
 629 penalties MUST be negative. The environment variable MUSCLE_MXPATH can be used\r
 630 to specify a path where the matrices are stored. For example,</p>\r
 631 \r
 632 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
 633 \r
 634 <p class="Code">muscle -in seqs.fa -out seqs.afa -matrix /data/matrix/blosum62</p>\r
 635 \r
 636 <p class="Code">&nbsp;&nbsp; &nbsp;-gapopen -12.0 -gapextend -1.0 -center 0.0</p>\r
 637 \r
 638 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
 639 \r
 640 <p class="MsoNormal">Example matrices can be downloaded from the NCBI FTP site.\r
 641 At the time of writing they are found here:</p>\r
 642 \r
 643 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
 644 \r
 645 <p class="MsoNormal">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/matrices/">ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/matrices/</a></p>\r
 646 \r
 647 <h2 style="margin-left:0in;text-indent:0in"><a name="_Toc260497023">2.12 Specifying\r
 648 a nucleotide substitution matrix</a></h2>\r
 649 \r
 650 <p class="MsoNormal">MUSCLE isn't really designed to support a nucleotide matrix,\r
 651 but you can hack it by pretending that AGCT are amino acids and making a 20x20\r
 652 matrix out of the original 4x4 matrix. You MUST specify the <i>-seqtype protein</i>\r
 653 option to fool MUSCLE into believing that it is aligning amino acid sequences. For\r
 654 more information, see:</p>\r
 655 \r
 656 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
 657 \r
 658 <p class="MsoNormal"><a href="http://drive5.com/muscle/nucmx.html">http://drive5.com/muscle/nucmx.html</a></p>\r
 659 \r
 660 <h2 style="margin-left:0in;text-indent:0in"><a name="_Toc260497024">2.13 Refining\r
 661 a long alignment</a></h2>\r
 662 \r
 663 <p class="MsoNormal">A long alignment can be refined using the \96<i>refinew</i>\r
 664 option, which is primarily designed for refining whole-genome nucleotide\r
 665 alignments. Usage is:</p>\r
 666 \r
 667 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
 668 \r
 669 <p class="Code">muscle -refinew -in input.afa -out output.afa</p>\r
 670 \r
 671 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
 672 \r
 673 <p class="MsoNormal">MUSCLE divides the input alignment into non-overlapping\r
 674 windows and re-aligns each window from scratch, i.e. all gap characters are\r
 675 discarded. The \96<i>refinewindow</i> option may be used to change the window\r
 676 length, which is 200 columns by default.</p>\r
 677 \r
 678 <h1 style="margin-left:0in;text-indent:0in"><a name="_Toc260497025">3 File\r
 679 Formats</a></h1>\r
 680 \r
 681 <p class="MsoNormal">MUSCLE uses FASTA format for both input and output. For\r
 682 output only, it also offers CLUSTALW, MSF, HTML, Phylip sequential and Phylip\r
 683 interleaved formats. See the following command-line options: &#8209;<i>clw</i>,\r
 684 &#8209;<i>clwstrict, </i>\96<i>msf</i>, \96<i>html</i>, \96<i>phys</i>, \96<i>phyi,</i>\r
 685 &#8209;<i>clwout</i>, &#8209;<i>clwstrictout, </i>\96<i>msfout</i>, \96<i>htmlout</i>,\r
 686 \96<i>physout </i>and \96<i>phyiout</i>.</p>\r
 687 \r
 688 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
 689 \r
 690 <h2 style="margin-left:0in;text-indent:0in"><a name="_Toc260497026">3.1 Input\r
 691 files</a></h2>\r
 692 \r
 693 <p class="MsoNormal">Input files must be in FASTA format. These are plain text\r
 694 files (word processing files such as Word documents are not understood!). Unix,\r
 695 Windows and DOS text files are supported (end-of-line may be NL or CR NL). There\r
 696 is no explicit limit on the length of a sequence, however if you are running a\r
 697 32-bit version of <i>muscle</i> then the maximum will be very roughly 10,000 letters\r
 698 due to maximum addressable size of tables required in memory. Each sequence\r
 699 starts with an annotation line, which is recognized by having a greater-than\r
 700 symbol "&gt;" as its first character. There is no limit on the length\r
 701 of an annotation line (this is new as of version 3.5), and there is no\r
 702 requirement that the annotation be unique. The sequence itself follows on one\r
 703 or more subsequent lines, and is terminated either by the next annotation line\r
 704 or by the end of the file. </p>\r
 705 \r
 706 <h3 style="margin-left:0in;text-indent:0in"><a name="_Toc260497027">3.1.1 Amino\r
 707 acid sequences</a></h3>\r
 708 \r
 709 <p class="MsoNormal">The standard single-letter amino acid alphabet is used. Upper\r
 710 and lower case is allowed, the case is not significant. The special characters\r
 711 X, B, Z and U are understood. X means "unknown amino acid", B is D or\r
 712 N, Z is E or Q. U is understood to be the 21st amino acid Selenocysteine. White\r
 713 space (spaces, tabs and the end-of-line characters CR and NL) is allowed inside\r
 714 sequence data. Dots "." and dashes "\96" in sequences are\r
 715 allowed and are discarded unless the input is expected to be aligned (e.g. for\r
 716 the \96<i>refine</i> option). </p>\r
 717 \r
 718 <h3 style="margin-left:0in;text-indent:0in"><a name="_Toc260497028">3.1.2 Nucleotide\r
 719 sequences</a></h3>\r
 720 \r
 721 <p class="MsoNormal">The usual letters A, G, C, T and U stand for nucleotides.\r
 722 The letters T and U are equivalent as far as MUSCLE is concerned. N is the\r
 723 wildcard meaning "unknown nucleotide". R means A or G, Y means C or\r
 724 T/U. Other wildcards, such as those used by RFAM, are not understood in this\r
 725 version and will be replaced by Ns. If you would like support for other DNA /\r
 726 RNA alphabets, please let me know.</p>\r
 727 \r
 728 <h3 style="margin-left:0in;text-indent:0in"><a name="_Toc260497029">3.1.3 Determining\r
 729 sequence type</a></h3>\r
 730 \r
 731 <p class="MsoNormal">By default, MUSCLE looks at the first 100 letters in the\r
 732 input sequence data (excluding gaps). If 95% or more of those letters are valid\r
 733 nucleotides (AGCTUN), then the file is treated as nucleotides, otherwise as\r
 734 amino acids. This method almost always guesses correctly, but you can make sure\r
 735 by specifying the sequence type on the command line. This is done using the \96<i>seqtype</i>\r
 736 option, which can take the following values:</p>\r
 737 \r
 738 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
 739 \r
 740 <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; \96\ad<i>seqtype protein</i>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;\r
 741  Amino\r
 742 acid</p>\r
 743 \r
 744 <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; \96s<i>eqtype dna</i>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;\r
 745  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; \r
 746 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;\r
 747  DNA\r
 748 (ACGT alphabet)</p>\r
 749 \r
 750 <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; \96s<i>eqtype rna</i>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;\r
 751  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; \r
 752 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;\r
 753  DNA\r
 754 (ACGT alphabet)</p>\r
 755 \r
 756 <p class="MsoNormal">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; \96<i>seqtype auto</i>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;\r
 757  Automatic\r
 758 detection (default).</p>\r
 759 \r
 760 <h2 style="margin-left:0in;text-indent:0in"><a name="_Toc260497030">3.2 Output\r
 761 files</a></h2>\r
 762 \r
 763 <p class="MsoNormal">By default, output is also written in FASTA format. All\r
 764 letters are upper-case and gaps are represented by dashes "\96". Output\r
 765 is written to the following destination(s):</p>\r
 766 \r
 767 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
 768 \r
 769 <p class="MsoNormal">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; If no other output option is given, then standard\r
 770 output.</p>\r
 771 \r
 772 <p class="MsoNormal">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; If <i>-out</i> <i>&lt;filename&gt;</i> is given, to\r
 773 the specified file.</p>\r
 774 \r
 775 <p class="MsoNormal">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; For all of the <i>-xxxout</i> options (e.g. -<i>fastaout</i>,\r
 776 -<i>clwout</i>), to the specified files.</p>\r
 777 \r
 778 <h3 style="margin-left:0in;text-indent:0in"><a name="_Toc260497031">3.2.1 Sequence\r
 779 grouping</a></h3>\r
 780 \r
 781 <p class="MsoNormal">By default, MUSCLE re-arranges sequences so that similar\r
 782 sequences are adjacent in the output file. (This is done by ordering sequences\r
 783 according to a prefix traversal of the guide tree). This makes the alignment\r
 784 easier to evaluate by eye. If you want to the sequences to be output in the\r
 785 same order as the input file, you can use the \96<i>stable</i> option.</p>\r
 786 \r
 787 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
 788 \r
 789 <p class="MsoNormal"><b><span style="color:white;background:red">WARNING</span></b></p>\r
 790 \r
 791 <p class="MsoNormal"><b><span style="background:yellow">THE <i>-stable</i> OPTION\r
 792 HAD A SERIOUS BUG IN VERSIONS OF MUSCLE PRIOR TO v3.8 AND IS CURRENTLY NOT\r
 793 SUPPORTED.</span></b></p>\r
 794 \r
 795 <h3 style="margin-left:0in;text-indent:0in"><a name="_Toc260497032">3.2.2 Output\r
 796 to multiple file formats</a></h3>\r
 797 \r
 798 <p class="MsoNormal">You can request output to more than one file format by using\r
 799 the -<i>xxxout</i> options. For example, to get both FASTA and CLUSTALW\r
 800 formats:</p>\r
 801 \r
 802 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
 803 \r
 804 <p class="Code">muscle -in seqs.fa -fastaout seqs.afa -clwout seqs.aln</p>\r
 805 \r
 806 <h2 style="margin-left:0in;text-indent:0in"><a name="_Toc260497033">3.3 CLUSTALW\r
 807 format</a></h2>\r
 808 \r
 809 <p class="MsoNormal">You can request CLUSTALW output by using the \96<i>clw</i>\r
 810 option. This should be compatible with CLUSTALW, with the exception of the\r
 811 program name in the file header. You can ask MUSCLE to impersonate CLUSTALW by\r
 812 writing "CLUSTAL W (1.81)" as the program name by using \96<i>clwstrict</i>\r
 813 or <i>&#8209;clwstrictout</i>. Note that MUSCLE allows duplicate sequence\r
 814 labels, while CLUSTALW forbids duplicates. If you use the \96<i>stable</i> option\r
 815 of <i>muscle</i>, then the order of the input sequences is preserved and\r
 816 sequences can be unambiguously identified even if the labels differ. If you\r
 817 have problems parsing MUSCLE output with scripts designed for CLUSTALW, please\r
 818 let me know and I'll do my best to provide a fix.</p>\r
 819 \r
 820 <h2 style="margin-left:0in;text-indent:0in"><a name="_Toc260497034">3.4 MSF\r
 821 format</a></h2>\r
 822 \r
 823 <p class="MsoNormal">MSF format, as used in the GCG package, is requested by\r
 824 using the \96<i>msf</i> option. As with CLUSTALW format, this is easier for\r
 825 people to read than FASTA. As of MUSCLE 3.52, the MSF format has been tweaked\r
 826 to be more compatible with GCG. The following differences remain.</p>\r
 827 \r
 828 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
 829 \r
 830 <p class="MsoNormal">(a) MUSCLE truncates at the first white space or after 63\r
 831 characters, which ever comes first. The GCG package apparently truncates after\r
 832 10 characters. If this is a problem for you, please let me know and I'll add an\r
 833 option to truncate after 10 in a future version.</p>\r
 834 \r
 835 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
 836 \r
 837 <p class="MsoNormal">(b) MUSCLE allows duplicate sequence labels, while GCG\r
 838 forbids duplicates. If you use the \96<i>stable</i> option of <i>muscle</i>, then\r
 839 the order of the input sequences is preserved and sequences can be\r
 840 unambiguously identified even if the labels differ.</p>\r
 841 \r
 842 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
 843 \r
 844 <p class="MsoNormal">Thanks to Eric Martel for help with improving GCG\r
 845 compatibility.</p>\r
 846 \r
 847 <h2 style="margin-left:0in;text-indent:0in"><a name="_Toc260497035">3.5 HTML\r
 848 format</a></h2>\r
 849 \r
 850 <p class="MsoNormal">I added an experimental feature starting in version 3.4. To\r
 851 get a Web page as output, use the \96<i>html</i> option. The alignment is colored\r
 852 using a color scheme from Eric Sonnhammer's Belvu editor, which is my personal\r
 853 favorite. A drawback of this option is that the Web page typically contains a\r
 854 very large number of HTML tags, which can be slow to display in the Internet\r
 855 Explorer browser. The Netscape browser works much better. If you have any ideas\r
 856 about good ways to make Web pages, please let me know.</p>\r
 857 \r
 858 <h2 style="margin-left:0in;text-indent:0in"><a name="_Toc260497036">3.6 Phylip\r
 859 format</a></h2>\r
 860 \r
 861 <p class="MsoNormal">The Phylip package supports two different multiple sequence\r
 862 alignment file formats, called sequential and interleaved respectively.</p>\r
 863 \r
 864 <h1 style="margin-left:0in;text-indent:0in"><a name="_Toc260497037">4 Using\r
 865 MUSCLE</a></h1>\r
 866 \r
 867 <p class="MsoNormal">In this section we give more details of the MUSCLE algorithm\r
 868 and the more important options offered by the <i>muscle</i> implementation.</p>\r
 869 \r
 870 <h2 style="margin-left:0in;text-indent:0in"><a name="_Toc260497038">4.1 How the\r
 871 algorithm works</a></h2>\r
 872 \r
 873 <p class="MsoNormal">I won't give a complete description of the MUSCLE algorithm\r
 874 here\97for that, you will have to read the papers. (See citations on title page\r
 875 above). But hopefully a summary will help explain what some of the command-line\r
 876 options do and how they might be useful in your work.</p>\r
 877 \r
 878 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
 879 \r
 880 <p class="MsoNormal">The first step is to calculate a tree. In CLUSTALW, this is\r
 881 done as follows. Each pair of input sequences is aligned, and used to compute\r
 882 the pair-wise identity of the pair. Identities are converted to a measure of\r
 883 distance. Finally, the distance matrix is converted to a tree using a\r
 884 clustering method (CLUSTALW uses neighbor-joining). If you have 1,000\r
 885 sequences, there are (1,000 <span style="font-family:Symbol">´</span> 999)/2 =\r
 886 499,500 pairs, so aligning every pair can take a while. MUSCLE uses a much\r
 887 faster, but somewhat more approximate, method to compute distances: it counts\r
 888 the number of short sub-sequences (known as <i>k</i>-mers, <i>k</i>-tuples or\r
 889 words) that two sequences have in common, without constructing an alignment.\r
 890 This is typically around 3,000 times faster that CLUSTALW's method, but the trees\r
 891 will generally be less accurate. We call this step "<i>k</i>-mer\r
 892 clustering".</p>\r
 893 \r
 894 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
 895 \r
 896 <p class="MsoNormal">The second step is to use the tree to construct what is\r
 897 known as a progressive alignment. At each node of the binary tree, a pair-wise\r
 898 alignment is constructed, progressing from the leaves towards the root. The\r
 899 first alignment will be made from two sequences. Later alignments will be one\r
 900 of the three following types: sequence-sequence, profile-sequence or\r
 901 profile-profile, where "profile" means the multiple alignment of the sequences\r
 902 under a given internal node of the tree. This is very similar to what CLUSTALW\r
 903 does once it has built a tree.</p>\r
 904 \r
 905 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
 906 \r
 907 <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">Now we have a multiple\r
 908 alignment, which has been built very quickly compared with conventional\r
 909 methods, mainly because of the distance calculation using <i>k</i>-mers rather\r
 910 than alignments. The quality of this alignment is typically pretty good\97it will\r
 911 often tie or beat a T-Coffee alignment on our tests. However, on average, we\r
 912 find that it can be improved by proceeding through the following steps.</p>\r
 913 \r
 914 <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">&nbsp;</p>\r
 915 \r
 916 <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">From the multiple alignment,\r
 917 we can now compute the pair-wise identities of each pair of sequences. This\r
 918 gives us a new distance matrix, from which we estimate a new tree. We compare\r
 919 the old and new trees, and re-align subgroups where needed to produce a\r
 920 progressive multiple alignment from the new tree. If the two trees are\r
 921 identical, there is nothing to do; if there are no subtrees that agree (very unusual),\r
 922 then the whole progressive alignment procedure must be repeated from scratch.\r
 923 Typically we find that the tree is pretty stable near the leaves, but some\r
 924 re-alignments are needed closer the root. This procedure (compute pair-wise\r
 925 identities, estimate new tree, compare trees, re-align) is iterated until the\r
 926 tree stabilizes or until a specified maximum number of iterations has been\r
 927 done. We call this process "tree refinement", although it also tends\r
 928 to improve the alignment.</p>\r
 929 \r
 930 <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">&nbsp;</p>\r
 931 \r
 932 <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">We now keep the tree fixed\r
 933 and move to a new procedure which is designed to improve the multiple\r
 934 alignment. The set of sequences is divided into two subsets (i.e., we make a\r
 935 bipartition on the set of sequences). A profile is constructed for each of the\r
 936 two subsets based on the current multiple alignment. These two profiles are\r
 937 then re-aligned to each other using the same pair-wise alignment algorithm as\r
 938 used in the progressive stage. If this improves an "objective score"\r
 939 that measures the quality of the alignment, then the new multiple alignment is\r
 940 kept, otherwise it is discarded. By default, the objective score is the classic\r
 941 sum-of-pairs score that takes the (sequence weighted) average of the pair-wise\r
 942 alignment score of every pair of sequences in the alignment. Bipartitions are\r
 943 chosen by deleting an edge in the guide tree, each of the two resulting\r
 944 subtrees defines a subset of sequences. This procedure is called "tree\r
 945 dependent refinement". One iteration of tree dependent refinement tries\r
 946 bipartitions produced by deleting every edge of the tree in depth order moving\r
 947 from the leaves towards the center of the tree. Iterations continue until\r
 948 convergence or up to a specified maximum.</p>\r
 949 \r
 950 <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">&nbsp;</p>\r
 951 \r
 952 <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">For convenience, the major\r
 953 steps in MUSCLE are described as "iterations", though the first three\r
 954 iterations all do quite different things and may take very different lengths of\r
 955 time to complete. The tree-dependent refinement iterations 3, 4 ... are true\r
 956 iterations and will take similar lengths of time. </p>\r
 957 \r
 958 <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">&nbsp;</p>\r
 959 \r
 960 <table class="MsoNormalTable" style="border-collapse: collapse;" border="0" cellpadding="0" cellspacing="0">\r
 961  <tbody><tr>\r
 962   <td style="width: 66.6pt; border-width: medium medium 1pt; border-style: none none solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color windowtext; -moz-border-top-colors: none; -moz-border-right-colors: none; -moz-border-bottom-colors: none; -moz-border-left-colors: none; -moz-border-image: none; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="89">\r
 963   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><b><span style="font-size:\r
 964   9.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">Iteration</span></b></p>\r
 965   </td>\r
 966   <td style="width: 4.8in; border-width: medium medium 1pt; border-style: none none solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color windowtext; -moz-border-top-colors: none; -moz-border-right-colors: none; -moz-border-bottom-colors: none; -moz-border-left-colors: none; -moz-border-image: none; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="461">\r
 967   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><b><span style="font-size:\r
 968   9.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">Actions</span></b></p>\r
 969   </td>\r
 970  </tr>\r
 971  <tr>\r
 972   <td style="width: 66.6pt; border: medium none; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="89">\r
 973   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">1</p>\r
 974   </td>\r
 975   <td style="width: 4.8in; border: medium none; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="461">\r
 976   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">Distance matrix by <i>k</i>-mer\r
 977   clustering, estimate tree, progressive alignment according to this tree.</p>\r
 978   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">&nbsp;</p>\r
 979   </td>\r
 980  </tr>\r
 981  <tr>\r
 982   <td style="width: 66.6pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="89">\r
 983   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">2</p>\r
 984   </td>\r
 985   <td style="width: 4.8in; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="461">\r
 986   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">Distance matrix by\r
 987   pair-wise identities from current multiple alignment, estimate tree,\r
 988   progressive alignment according to new tree, repeat until convergence or specified\r
 989   maximum number of times.</p>\r
 990   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">&nbsp;</p>\r
 991   </td>\r
 992  </tr>\r
 993  <tr>\r
 994   <td style="width: 66.6pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="89">\r
 995   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">3, 4 ...</p>\r
 996   </td>\r
 997   <td style="width: 4.8in; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="461">\r
 998   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">Tree-dependent refinement.\r
 999   One iteration visits every edge in the tree one time.</p>\r
1000   </td>\r
1001  </tr>\r
1002 </tbody></table>\r
1003 \r
1004 <h2 style="margin-left:0in;text-indent:0in"><a name="_Toc260497039">4.2 Command-line\r
1005 options</a></h2>\r
1006 \r
1007 <p class="MsoNormal">There are two types of command-line options: value options\r
1008 and flag options. Value options are followed by the value of the given\r
1009 parameter, for example \96<i>in &lt;filename&gt;</i>; flag options just stand for\r
1010 themselves, such as \96<i>msf</i>. All options are a dash (not two dashes!)\r
1011 followed by a long name; there are no single-letter equivalents. Value options\r
1012 must be separated from their values by white space in the command line. Thus, <i>muscle</i>\r
1013 does not follow Unix, Linux or Posix standards, for which we apologize. The\r
1014 order in which options are given is irrelevant unless two options contradict,\r
1015 in which case the right-most option silently wins.</p>\r
1016 \r
1017 <h2 style="margin-left:0in;text-indent:0in"><a name="_Toc260497040">4.3 The\r
1018 maxiters option</a></h2>\r
1019 \r
1020 <p class="MsoNormal">You can control the number of iterations that MUSCLE does by\r
1021 specifying the <i>\96maxiters</i> option. If you specify 1, 2 or 3, then this is\r
1022 exactly the number of iterations that will be performed. If the value is\r
1023 greater than 3, then <i>muscle</i> will continue up to the maximum you specify\r
1024 or until convergence is reached, which ever happens sooner. The default is 16.\r
1025 If you have a large number of sequences, refinement may be rather slow.</p>\r
1026 \r
1027 <h2 style="margin-left:0in;text-indent:0in"><a name="_Toc260497041">4.4 The\r
1028 maxtrees option</a></h2>\r
1029 \r
1030 <p class="MsoNormal">This option controls the maximum number of new trees to\r
1031 create in iteration 2. Our experience suggests that a point of diminishing\r
1032 returns is typically reached after the first tree, so the default value is 1.\r
1033 If a larger value is given, the process will repeat until convergence or until\r
1034 this number of trees has been created, which ever comes first.</p>\r
1035 \r
1036 <h2 style="margin-left:0in;text-indent:0in"><a name="_Toc260497042">4.5 The\r
1037 maxhours option</a></h2>\r
1038 \r
1039 <p class="MsoNormal">If you have a large alignment, <i>muscle</i> may take a long\r
1040 time to complete. It is sometimes convenient to say "I want the best\r
1041 alignment I can get in 24 hours" rather than specifying a set of options\r
1042 that will take an unknown length of time. This is done by using <i>\96maxhours</i>,\r
1043 which specifies a floating-point number of hours. If this time is exceeded, <i>muscle</i>\r
1044 will write out current alignment and stop. For example,</p>\r
1045 \r
1046 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
1047 \r
1048 <p class="Code">muscle -in huge.fa -out huge.afa -maxiters 9999 -maxhours 24.0</p>\r
1049 \r
1050 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
1051 \r
1052 <p class="MsoNormal">Note that the actual time may exceed the specified limit by\r
1053 a few minutes while <i>muscle</i> finishes up on a step. It is also possible\r
1054 for no alignment to be produced if the time limit is too small.</p>\r
1055 \r
1056 <h2 style="margin-left:0in;text-indent:0in"><a name="_Toc260497043">4.6 The\r
1057 profile scoring function</a></h2>\r
1058 \r
1059 <p class="MsoNormal">Three different protein profile scoring functions are\r
1060 supported, the log-expectation score (\96<i>le</i> option) and a sum of pairs\r
1061 score using either the PAM200 matrix (\96<i>sp</i>) or the VTML240 matrix (\96<i>sv</i>).\r
1062 The log-expectation score is the default as it gives better results on our\r
1063 tests, but is typically somewhere between two or three times slower than the\r
1064 sum-of-pairs score. For nucleotides, \96<i>spn</i> is currently the only option\r
1065 (which is of course the default for nucleotide data, so you don't need to\r
1066 specify this option).</p>\r
1067 \r
1068 <h2 style="margin-left:0in;text-indent:0in"><a name="_Toc260497044">4.7 Diagonal\r
1069 optimization</a></h2>\r
1070 \r
1071 <p class="MsoNormal">Creating a pair-wise alignment by dynamic programming\r
1072 requires computing an <i>L</i><sub>1</sub> <span style="font-family:Symbol">´</span>\r
1073 <i>L</i><sub>2</sub> matrix, where <i>L</i><sub>1</sub> and <i>L</i><sub>2</sub>\r
1074 are the sequence lengths. A trick used in algorithms such as BLAST is to reduce\r
1075 the size of this matrix by using fast methods to find "diagonals", also\r
1076 called "gapless high-scoring segment pairs", i.e. short regions of\r
1077 high similarity between the two sequences. This speeds up the algorithm at the\r
1078 expense of some reduction in accuracy. MUSCLE uses a technique called <i>k</i>-mer\r
1079 extension to find diagonals, which is described in this paper:</p>\r
1080 \r
1081 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
1082 \r
1083 <p class="MsoNormal"><a href="http://nar.oxfordjournals.org/cgi/content/full/32/1/380">Edgar, R.C.\r
1084 (2004) Local homology recognition and distance measures in linear time using\r
1085 compressed amino acid alphabets, <i>Nucleic Acids Res.</i>, <b>32,</b> 1</a>.</p>\r
1086 \r
1087 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
1088 \r
1089 <p class="MsoNormal">It is disabled by default because of the slight reduction in\r
1090 average accuracy and can be turned on by specifying the \96<i>diags</i> option.\r
1091 To enable diagonal optimization in the first iteration, use \96<i>diags1</i>, to\r
1092 enable diagonal optimization in the second iteration, use \96<i>diags2</i>. These\r
1093 are provided separately because it would be a reasonable strategy to enable\r
1094 diagonals in the first iteration but not the second (because the main goal of\r
1095 the first iteration is to construct a multiple alignment quickly in order to\r
1096 improve the distance matrix, which is not very sensitive to alignment quality;\r
1097 whereas the goal of the second iteration is to make the best possible\r
1098 progressive alignment).</p>\r
1099 \r
1100 <h2 style="margin-left:0in;text-indent:0in"><a name="_Toc260497045">4.8 Anchor\r
1101 optimization</a></h2>\r
1102 \r
1103 <p class="MsoNormal">Tree-dependent refinement (iterations 3, 4 ... ) can be\r
1104 speeded up by dividing the alignment vertically into blocks. Block boundaries\r
1105 are found by identifying high-scoring columns (e.g., a perfectly conserved\r
1106 column of Cs or Ws would be a candidate). Each vertical block is then refined\r
1107 independently before reassembling the complete alignment, which is faster\r
1108 because of the <i>L</i><sup>2</sup> factor in dynamic programming (e.g.,\r
1109 suppose the alignment is split into two vertical blocks, then 2 <span style="font-family:Symbol">´</span> 0.5<sup>2</sup> = 0.5, so the dynamic\r
1110 programming time is roughly halved). The \96<i>noanchors</i> option is used to disable\r
1111 this feature. This option has no effect if <i>\96maxiters 1</i> or \96<i>maxiters 2</i>\r
1112 is specified. On benchmark tests, enabling anchors has little or no effect on\r
1113 accuracy, but if you want to be very conservative and are striving for the best\r
1114 possible accuracy then \96<i>noanchors</i> is a reasonable choice.</p>\r
1115 \r
1116 <h2 style="margin-left:0in;text-indent:0in"><a name="_Toc260497046">4.9 Log\r
1117 file</a></h2>\r
1118 \r
1119 <p class="MsoNormal">You can specify a log file by using \96<i>log &lt;filename&gt;</i>\r
1120 or \96<i>loga &lt;filename&gt;</i>. Using \96<i>log</i> causes any existing file to\r
1121 be deleted, \96<i>loga</i> appends to any existing file. A message will be\r
1122 written to the log file when <i>muscle</i> starts and stops. Error and warning\r
1123 messages will also be written to the log. If \96<i>verbose</i> is specified, then\r
1124 more information will be written, including the command line used to invoke <i>muscle</i>,\r
1125 the resulting internal parameter settings, and also progress messages. The\r
1126 content and format of verbose log file output is subject to change in future\r
1127 versions. </p>\r
1128 \r
1129 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
1130 \r
1131 <p class="MsoNormal">The use of a log file may seem contrary to Unix conventions for\r
1132 using standard output and standard error. I like these conventions, but never\r
1133 found a fully satisfactory way to use them. I like progress messages (see\r
1134 below), but they mess up a file if you re-direct standard error and there are\r
1135 errors or warning messages too. I could try to detect whether a standard file\r
1136 handle is a <i>tty</i> device or a disk file and change behavior accordingly,\r
1137 but I regard this as too complicated and too hard for the user to understand. On\r
1138 Windows it can be hard to re-direct standard file handles, especially when\r
1139 working in a GUI debugger. Maybe one day I will figure out a better solution\r
1140 (suggestions welcomed).</p>\r
1141 \r
1142 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
1143 \r
1144 <p class="MsoNormal">I highly recommend using \96<i>verbose </i>and \ad\96<i>log[a]</i>,\r
1145 especially when running <i>muscle</i> in a batch mode. This enables you to\r
1146 verify whether a particular alignment was completed and to review any errors or\r
1147 warnings that occurred.</p>\r
1148 \r
1149 <h2 style="margin-left:0in;text-indent:0in"><a name="_Toc260497047">4.10 Progress\r
1150 messages</a></h2>\r
1151 \r
1152 <p class="MsoNormal">By default, <i>muscle</i> writes progress messages to\r
1153 standard error periodically so that you know it's doing something and get some\r
1154 feedback about the time and memory requirements for the alignment. Here is a\r
1155 typical progress message.</p>\r
1156 \r
1157 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
1158 \r
1159 <p class="Code">00:00:23&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 25 Mb (5%)&nbsp; Iter&nbsp;&nbsp; 2&nbsp; 87.20%&nbsp; Build guide tree</p>\r
1160 \r
1161 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
1162 \r
1163 <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">The fields are as follows.</p>\r
1164 \r
1165 <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">&nbsp;</p>\r
1166 \r
1167 <table class="MsoNormalTable" style="border-collapse: collapse;" border="0" cellpadding="0" cellspacing="0">\r
1168  <tbody><tr>\r
1169   <td style="width: 88.2pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="118">\r
1170   <p class="Code" style="page-break-after:avoid">00:00:23</p>\r
1171   </td>\r
1172   <td style="width: 306.05pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="408">\r
1173   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">Elapsed time since <i>muscle</i>\r
1174   started.</p>\r
1175   </td>\r
1176  </tr>\r
1177  <tr>\r
1178   <td style="width: 88.2pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="118">\r
1179   <p class="Code" style="page-break-after:avoid">25 Mb (5%)</p>\r
1180   </td>\r
1181   <td style="width: 306.05pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="408">\r
1182   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">Peak memory use in megabytes\r
1183   (i.e., not the current usage, but the maximum amount of memory used since <i>muscle</i>\r
1184   started). The number in parentheses is the fraction of physical memory (see \96<i>maxmb</i>\r
1185   option for more discussion).</p>\r
1186   </td>\r
1187  </tr>\r
1188  <tr>\r
1189   <td style="width: 88.2pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="118">\r
1190   <p class="Code" style="page-break-after:avoid">Iter 2</p>\r
1191   </td>\r
1192   <td style="width: 306.05pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="408">\r
1193   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">Iteration currently in\r
1194   progress.</p>\r
1195   </td>\r
1196  </tr>\r
1197  <tr>\r
1198   <td style="width: 88.2pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="118">\r
1199   <p class="Code" style="page-break-after:avoid">87.20%</p>\r
1200   </td>\r
1201   <td style="width: 306.05pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="408">\r
1202   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">How much of the current step\r
1203   has been completed (percentage).</p>\r
1204   </td>\r
1205  </tr>\r
1206  <tr>\r
1207   <td style="width: 88.2pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="118">\r
1208   <p class="Code">Build...</p>\r
1209   </td>\r
1210   <td style="width: 306.05pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="408">\r
1211   <p class="MsoNormal">A brief description of the current step.</p>\r
1212   </td>\r
1213  </tr>\r
1214 </tbody></table>\r
1215 \r
1216 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
1217 \r
1218 <p class="MsoNormal">The \96<i>quiet</i> command-line option disables writing\r
1219 progress messages to standard error. If the \96<i>verbose</i> command-line option\r
1220 is specified, a progress message will be written to the log file when each\r
1221 iteration completes. So \96<i>quiet</i> and \96<i>verbose</i> are not\r
1222 contradictory.</p>\r
1223 \r
1224 <h2 style="margin-left:0in;text-indent:0in"><a name="_Toc260497048">4.11 Running\r
1225 out of memory</a></h2>\r
1226 \r
1227 <p class="MsoNormal">The <i>muscle</i> code tries to deal gracefully with\r
1228 low-memory conditions by using the following technique. A block of "emergency\r
1229 reserve" memory is allocated when <i>muscle</i> starts. If a later request\r
1230 to allocate memory fails, this reserve block is made available, and <i>muscle</i>\r
1231 attempts to save the current alignment. With luck, the reserved memory will be\r
1232 enough to allow <i>muscle</i> to save the alignment and exit gracefully with an\r
1233 informative error message.</p>\r
1234 \r
1235 <h2 style="margin-left:0in;text-indent:0in"><a name="_Toc260497049">4.12 Troubleshooting</a></h2>\r
1236 \r
1237 <p class="MsoNormal">Here is some general advice on what to do if <i>muscle</i>\r
1238 fails and you don't understand what happened. The code is designed to fail\r
1239 gracefully with an informative error message when something goes wrong, but\r
1240 there will no doubt be situations I haven't anticipated (not to mention bugs).</p>\r
1241 \r
1242 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
1243 \r
1244 <p class="MsoNormal">Check the MUSCLE web site for updates, bug reports and other\r
1245 relevant information.</p>\r
1246 \r
1247 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
1248 \r
1249 <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="http://www.drive5.com/muscle">http://www.drive5.com/muscle</a></p>\r
1250 \r
1251 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
1252 \r
1253 <p class="MsoNormal">Check the input file to make sure it is in valid FASTA\r
1254 format. Try giving it to another sequence analysis program that can accept\r
1255 large FASTA files (e.g., the NCBI <i>formatdb</i> utility) to see if you get an\r
1256 informative error message. Try dividing the file into two halves and using each\r
1257 half individually as input. If one half fails and the other does not, repeat\r
1258 until the problem is localized as far as possible.</p>\r
1259 \r
1260 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
1261 \r
1262 <p class="MsoNormal">Use \96<i>log</i> or \96<i>loga</i> and \96\ad<i>verbose</i> and\r
1263 check the log file to see if there are any messages that give you a hint about the\r
1264 problem. Look at the peak memory requirements (reported in progress messages)\r
1265 to see if you may be exceeding the physical or virtual memory capacity of your\r
1266 computer.</p>\r
1267 \r
1268 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
1269 \r
1270 <p class="MsoNormal">If <i>muscle</i> crashes without giving an error message, or\r
1271 hangs, then you may need to refer to the source code or use a debugger. A\r
1272 "debug" version, <i>muscled</i>, may be provided. This is built from\r
1273 the same source code but with the DEBUG macro defined and without compiler\r
1274 optimizations. This version runs much more slowly (perhaps by a factor of three\r
1275 or more), but does a lot more internal checking and may be able to catch\r
1276 something that is going wrong in the code. The \96\ad<i>core</i> option specifies\r
1277 that <i>muscle</i> should not catch exceptions. When \96<i>core</i> is specified,\r
1278 an exception may result in a debugger trap or a core dump, depending on the\r
1279 execution environment. The \96<i>nocore</i> option has the opposite effect. In <i>muscle</i>,\r
1280 \96<i>nocore</i> is the default, \96\ad<i>core</i> is the default in <i>muscled</i>.</p>\r
1281 \r
1282 <h2 style="margin-left:0in;text-indent:0in"><a name="_Toc260497050">4.13 Technical\r
1283 support</a></h2>\r
1284 \r
1285 <p class="MsoNormal">I am happy to provide support. But I am busy, and am\r
1286 offering this program at no charge, so I ask you to make a reasonable effort to\r
1287 figure things out for yourself before <a href="mailto:robert@drive5.com">contacting\r
1288 me</a>.</p>\r
1289 \r
1290 <h1 style="margin-left:0in;text-indent:0in"><a name="_Toc260497051">5 Command Line\r
1291 Reference</a></h1>\r
1292 \r
1293 <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">&nbsp;</p>\r
1294 \r
1295 <table class="MsoNormalTable" style="border-collapse: collapse;" border="0" cellpadding="0" cellspacing="0">\r
1296  <thead>\r
1297   <tr>\r
1298    <td style="width: 82.85pt; border-width: medium medium 1pt; border-style: none none solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color windowtext; -moz-border-top-colors: none; -moz-border-right-colors: none; -moz-border-bottom-colors: none; -moz-border-left-colors: none; -moz-border-image: none; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="110">\r
1299    <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><b><span style="font-size:\r
1300    9.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">Value option</span></b></p>\r
1301    </td>\r
1302    <td style="width: 84.8pt; border-width: medium medium 1pt; border-style: none none solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color windowtext; -moz-border-top-colors: none; -moz-border-right-colors: none; -moz-border-bottom-colors: none; -moz-border-left-colors: none; -moz-border-image: none; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="113">\r
1303    <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><b><span style="font-size:\r
1304    9.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">Legal values</span></b></p>\r
1305    </td>\r
1306    <td style="width: 77.35pt; border-width: medium medium 1pt; border-style: none none solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color windowtext; -moz-border-top-colors: none; -moz-border-right-colors: none; -moz-border-bottom-colors: none; -moz-border-left-colors: none; -moz-border-image: none; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="103">\r
1307    <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><b><span style="font-size:\r
1308    9.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">Default</span></b></p>\r
1309    </td>\r
1310    <td style="width: 197.8pt; border-width: medium medium 1pt; border-style: none none solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color windowtext; -moz-border-top-colors: none; -moz-border-right-colors: none; -moz-border-bottom-colors: none; -moz-border-left-colors: none; -moz-border-image: none; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="264">\r
1311    <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><b><span style="font-size:\r
1312    9.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">Description</span></b></p>\r
1313    </td>\r
1314   </tr>\r
1315  </thead>\r
1316  <tbody><tr>\r
1317   <td style="width: 82.85pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="110">\r
1318   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><span style="font-size:\r
1319   8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">anchorspacing</span></p>\r
1320   </td>\r
1321   <td style="width: 84.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="113">\r
1322   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">Integer</p>\r
1323   </td>\r
1324   <td style="width: 77.35pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="103">\r
1325   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><span style="font-size:\r
1326   8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">32</span></p>\r
1327   </td>\r
1328   <td style="width: 197.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="264">\r
1329   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">Minimum spacing between\r
1330   anchor columns.</p>\r
1331   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">&nbsp;</p>\r
1332   </td>\r
1333  </tr>\r
1334  <tr>\r
1335   <td style="width: 82.85pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="110">\r
1336   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><span style="font-size:\r
1337   8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">center</span></p>\r
1338   </td>\r
1339   <td style="width: 84.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="113">\r
1340   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">Floating point</p>\r
1341   </td>\r
1342   <td style="width: 77.35pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="103">\r
1343   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">[1]</p>\r
1344   </td>\r
1345   <td style="width: 197.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="264">\r
1346   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">Center parameter. Should be\r
1347   negative.</p>\r
1348   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">&nbsp;</p>\r
1349   </td>\r
1350  </tr>\r
1351  <tr>\r
1352   <td style="width: 82.85pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="110">\r
1353   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><span style="font-size:\r
1354   8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">cluster1</span></p>\r
1355   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><span style="font-size:\r
1356   8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">cluster2</span></p>\r
1357   </td>\r
1358   <td style="width: 84.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="113">\r
1359   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><span style="font-size:\r
1360   8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">upgma</span></p>\r
1361   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><span style="font-size:\r
1362   8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">upgmb</span></p>\r
1363   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><span style="font-size:\r
1364   8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">neighborjoining</span></p>\r
1365   </td>\r
1366   <td style="width: 77.35pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="103">\r
1367   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><span style="font-size:\r
1368   8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">upgmb</span></p>\r
1369   </td>\r
1370   <td style="width: 197.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="264">\r
1371   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">Clustering method. cluster1\r
1372   is used in iteration 1 and 2, cluster2 in later iterations.</p>\r
1373   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">&nbsp;</p>\r
1374   </td>\r
1375  </tr>\r
1376  <tr>\r
1377   <td style="width: 82.85pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="110">\r
1378   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><span style="font-size:\r
1379   8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">clwout</span></p>\r
1380   </td>\r
1381   <td style="width: 84.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="113">\r
1382   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><span style="font-size:\r
1383   8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">File name</span></p>\r
1384   </td>\r
1385   <td style="width: 77.35pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="103">\r
1386   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><span style="font-size:\r
1387   8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">None</span></p>\r
1388   </td>\r
1389   <td style="width: 197.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="264">\r
1390   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">Write output in CLUSTALW\r
1391   format to given file name.</p>\r
1392   </td>\r
1393  </tr>\r
1394  <tr>\r
1395   <td style="width: 82.85pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="110">\r
1396   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><span style="font-size:\r
1397   8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">clwout</span></p>\r
1398   </td>\r
1399   <td style="width: 84.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="113">\r
1400   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><span style="font-size:\r
1401   8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">File name</span></p>\r
1402   </td>\r
1403   <td style="width: 77.35pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="103">\r
1404   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><span style="font-size:\r
1405   8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">None</span></p>\r
1406   </td>\r
1407   <td style="width: 197.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="264">\r
1408   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">As <i>-clwout</i>, except\r
1409   that header is strictly compatible with CLUSTALW 1.81.</p>\r
1410   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">&nbsp;</p>\r
1411   </td>\r
1412  </tr>\r
1413  <tr>\r
1414   <td style="width: 82.85pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="110">\r
1415   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">diagbreak</span></p>\r
1416   </td>\r
1417   <td style="width: 84.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="113">\r
1418   <p class="MsoNormal">Integer</p>\r
1419   </td>\r
1420   <td style="width: 77.35pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="103">\r
1421   <p class="MsoNormal">1</p>\r
1422   </td>\r
1423   <td style="width: 197.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="264">\r
1424   <p class="MsoNormal">Maximum distance between two diagonals that allows them to\r
1425   merge into one diagonal.</p>\r
1426   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
1427   </td>\r
1428  </tr>\r
1429  <tr>\r
1430   <td style="width: 82.85pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="110">\r
1431   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><span style="font-size:\r
1432   8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">diaglength</span></p>\r
1433   </td>\r
1434   <td style="width: 84.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="113">\r
1435   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">Integer</p>\r
1436   </td>\r
1437   <td style="width: 77.35pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="103">\r
1438   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><span style="font-size:\r
1439   8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">24</span></p>\r
1440   </td>\r
1441   <td style="width: 197.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="264">\r
1442   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">Minimum length of diagonal.</p>\r
1443   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">&nbsp;</p>\r
1444   </td>\r
1445  </tr>\r
1446  <tr>\r
1447   <td style="width: 82.85pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="110">\r
1448   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><span style="font-size:\r
1449   8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">diagmargin</span></p>\r
1450   </td>\r
1451   <td style="width: 84.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="113">\r
1452   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">Integer</p>\r
1453   </td>\r
1454   <td style="width: 77.35pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="103">\r
1455   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><span style="font-size:\r
1456   8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">5</span></p>\r
1457   </td>\r
1458   <td style="width: 197.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="264">\r
1459   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">Discard this many positions\r
1460   at ends of diagonal.</p>\r
1461   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">&nbsp;</p>\r
1462   </td>\r
1463  </tr>\r
1464  <tr>\r
1465   <td style="width: 82.85pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="110">\r
1466   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">distance1</span></p>\r
1467   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">&nbsp;</span></p>\r
1468   </td>\r
1469   <td style="width: 84.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="113">\r
1470   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">kmer6_6</span></p>\r
1471   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">kmer20_3</span></p>\r
1472   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">kmer20_4</span></p>\r
1473   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">kbit20_3</span></p>\r
1474   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">kmer4_6</span></p>\r
1475   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">&nbsp;</span></p>\r
1476   </td>\r
1477   <td style="width: 77.35pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="103">\r
1478   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">Kmer6_6\r
1479   (amino) or Kmer4_6 (nucleo)</span></p>\r
1480   </td>\r
1481   <td style="width: 197.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="264">\r
1482   <p class="MsoNormal">Distance measure for iteration 1.</p>\r
1483   </td>\r
1484  </tr>\r
1485  <tr>\r
1486   <td style="width: 82.85pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="110">\r
1487   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">distance2</span></p>\r
1488   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">&nbsp;</span></p>\r
1489   </td>\r
1490   <td style="width: 84.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="113">\r
1491   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">pctid_kimura</span></p>\r
1492   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">pctid_log</span></p>\r
1493   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">&nbsp;</span></p>\r
1494   </td>\r
1495   <td style="width: 77.35pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="103">\r
1496   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">pctid_kimura</span></p>\r
1497   </td>\r
1498   <td style="width: 197.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="264">\r
1499   <p class="MsoNormal">Distance measure for iterations 2, 3 ...</p>\r
1500   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
1501   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
1502   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
1503   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
1504   </td>\r
1505  </tr>\r
1506  <tr>\r
1507   <td style="width: 82.85pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="110">\r
1508   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">fastaout</span></p>\r
1509   </td>\r
1510   <td style="width: 84.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="113">\r
1511   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">File\r
1512   name</span></p>\r
1513   </td>\r
1514   <td style="width: 77.35pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="103">\r
1515   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">None</span></p>\r
1516   </td>\r
1517   <td style="width: 197.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="264">\r
1518   <p class="MsoNormal">Write output in FASTA format to the given file.</p>\r
1519   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
1520   </td>\r
1521  </tr>\r
1522  <tr>\r
1523   <td style="width: 82.85pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="110">\r
1524   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">gapopen</span></p>\r
1525   </td>\r
1526   <td style="width: 84.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="113">\r
1527   <p class="MsoNormal">Floating point</p>\r
1528   </td>\r
1529   <td style="width: 77.35pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="103">\r
1530   <p class="MsoNormal">[1]</p>\r
1531   </td>\r
1532   <td style="width: 197.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="264">\r
1533   <p class="MsoNormal">The gap open score. Must be negative.</p>\r
1534   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
1535   </td>\r
1536  </tr>\r
1537  <tr>\r
1538   <td style="width: 82.85pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="110">\r
1539   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">hydro</span></p>\r
1540   </td>\r
1541   <td style="width: 84.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="113">\r
1542   <p class="MsoNormal">Integer</p>\r
1543   </td>\r
1544   <td style="width: 77.35pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="103">\r
1545   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">5</span></p>\r
1546   </td>\r
1547   <td style="width: 197.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="264">\r
1548   <p class="MsoNormal">Window size for determining whether a region is hydrophobic.</p>\r
1549   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
1550   </td>\r
1551  </tr>\r
1552  <tr>\r
1553   <td style="width: 82.85pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="110">\r
1554   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">hydrofactor</span></p>\r
1555   </td>\r
1556   <td style="width: 84.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="113">\r
1557   <p class="MsoNormal">Floating point</p>\r
1558   </td>\r
1559   <td style="width: 77.35pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="103">\r
1560   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">1.2</span></p>\r
1561   </td>\r
1562   <td style="width: 197.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="264">\r
1563   <p class="MsoNormal">Multiplier for gap open/close penalties in hydrophobic\r
1564   regions.</p>\r
1565   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
1566   </td>\r
1567  </tr>\r
1568  <tr>\r
1569   <td style="width: 82.85pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="110">\r
1570   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">in</span></p>\r
1571   </td>\r
1572   <td style="width: 84.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="113">\r
1573   <p class="MsoNormal">Any file name</p>\r
1574   </td>\r
1575   <td style="width: 77.35pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="103">\r
1576   <p class="MsoNormal">standard input</p>\r
1577   </td>\r
1578   <td style="width: 197.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="264">\r
1579   <p class="MsoNormal">Where to find the input sequences.</p>\r
1580   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
1581   </td>\r
1582  </tr>\r
1583  <tr>\r
1584   <td style="width: 82.85pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="110">\r
1585   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">in1</span></p>\r
1586   </td>\r
1587   <td style="width: 84.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="113">\r
1588   <p class="MsoNormal">Any file name</p>\r
1589   </td>\r
1590   <td style="width: 77.35pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="103">\r
1591   <p class="MsoNormal">None</p>\r
1592   </td>\r
1593   <td style="width: 197.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="264">\r
1594   <p class="MsoNormal">Where to find an input alignment.</p>\r
1595   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
1596   </td>\r
1597  </tr>\r
1598  <tr>\r
1599   <td style="width: 82.85pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="110">\r
1600   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">in2</span></p>\r
1601   </td>\r
1602   <td style="width: 84.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="113">\r
1603   <p class="MsoNormal">Any file name</p>\r
1604   </td>\r
1605   <td style="width: 77.35pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="103">\r
1606   <p class="MsoNormal">None</p>\r
1607   </td>\r
1608   <td style="width: 197.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="264">\r
1609   <p class="MsoNormal">Where to find an input alignment.</p>\r
1610   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
1611   </td>\r
1612  </tr>\r
1613  <tr>\r
1614   <td style="width: 82.85pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="110">\r
1615   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">log</span></p>\r
1616   </td>\r
1617   <td style="width: 84.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="113">\r
1618   <p class="MsoNormal">File name</p>\r
1619   </td>\r
1620   <td style="width: 77.35pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="103">\r
1621   <p class="MsoNormal">None.</p>\r
1622   </td>\r
1623   <td style="width: 197.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="264">\r
1624   <p class="MsoNormal">Log file name (delete existing file).</p>\r
1625   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
1626   </td>\r
1627  </tr>\r
1628  <tr>\r
1629   <td style="width: 82.85pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="110">\r
1630   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">loga</span></p>\r
1631   </td>\r
1632   <td style="width: 84.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="113">\r
1633   <p class="MsoNormal">File name</p>\r
1634   </td>\r
1635   <td style="width: 77.35pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="103">\r
1636   <p class="MsoNormal">None.</p>\r
1637   </td>\r
1638   <td style="width: 197.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="264">\r
1639   <p class="MsoNormal">Log file name (append to existing file).</p>\r
1640   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
1641   </td>\r
1642  </tr>\r
1643  <tr>\r
1644   <td style="width: 82.85pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="110">\r
1645   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">matrix</span></p>\r
1646   </td>\r
1647   <td style="width: 84.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="113">\r
1648   <p class="MsoNormal">File name</p>\r
1649   </td>\r
1650   <td style="width: 77.35pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="103">\r
1651   <p class="MsoNormal">None</p>\r
1652   </td>\r
1653   <td style="width: 197.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="264">\r
1654   <p class="MsoNormal">File name for substitution matrix in NCBI or WU-BLAST\r
1655   format. If you specify your own matrix, you should also specify:</p>\r
1656   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
1657   <p class="MsoNormal">-gapopen &lt;g&gt;, -gapextend &lt;e&gt; -center 0.0</p>\r
1658   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
1659   <p class="MsoNormal">Note that &lt;g&gt; and &lt;e&gt; MUST be negative.</p>\r
1660   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
1661   </td>\r
1662  </tr>\r
1663  <tr>\r
1664   <td style="width: 82.85pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="110">\r
1665   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">maxhours</span></p>\r
1666   </td>\r
1667   <td style="width: 84.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="113">\r
1668   <p class="MsoNormal">Floating point</p>\r
1669   </td>\r
1670   <td style="width: 77.35pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="103">\r
1671   <p class="MsoNormal">None.</p>\r
1672   </td>\r
1673   <td style="width: 197.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="264">\r
1674   <p class="MsoNormal">Maximum time to run in hours. The actual time may exceed\r
1675   the requested limit by a few minutes. Decimals are allowed, so 1.5 means one\r
1676   hour and 30 minutes.</p>\r
1677   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
1678   </td>\r
1679  </tr>\r
1680  <tr>\r
1681   <td style="width: 82.85pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="110">\r
1682   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">maxiters</span></p>\r
1683   </td>\r
1684   <td style="width: 84.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="113">\r
1685   <p class="MsoNormal">Integer 1, 2 ...</p>\r
1686   </td>\r
1687   <td style="width: 77.35pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="103">\r
1688   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">16</span></p>\r
1689   </td>\r
1690   <td style="width: 197.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="264">\r
1691   <p class="MsoNormal">Maximum number of iterations.</p>\r
1692   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
1693   </td>\r
1694  </tr>\r
1695  <tr>\r
1696   <td style="width: 82.85pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="110">\r
1697   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">maxtrees</span></p>\r
1698   </td>\r
1699   <td style="width: 84.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="113">\r
1700   <p class="MsoNormal">Integer</p>\r
1701   </td>\r
1702   <td style="width: 77.35pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="103">\r
1703   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">1</span></p>\r
1704   </td>\r
1705   <td style="width: 197.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="264">\r
1706   <p class="MsoNormal">Maximum number of new trees to build in iteration 2.</p>\r
1707   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
1708   </td>\r
1709  </tr>\r
1710  <tr>\r
1711   <td style="width: 82.85pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="110">\r
1712   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><span style="font-size:\r
1713   8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">minbestcolscore</span></p>\r
1714   </td>\r
1715   <td style="width: 84.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="113">\r
1716   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">Floating point </p>\r
1717   </td>\r
1718   <td style="width: 77.35pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="103">\r
1719   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">[1]</p>\r
1720   </td>\r
1721   <td style="width: 197.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="264">\r
1722   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">Minimum score a column must\r
1723   have to be an anchor.</p>\r
1724   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">&nbsp;</p>\r
1725   </td>\r
1726  </tr>\r
1727  <tr>\r
1728   <td style="width: 82.85pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="110">\r
1729   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><span style="font-size:\r
1730   8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">minsmoothscore</span></p>\r
1731   </td>\r
1732   <td style="width: 84.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="113">\r
1733   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">Floating point</p>\r
1734   </td>\r
1735   <td style="width: 77.35pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="103">\r
1736   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">[1]</p>\r
1737   </td>\r
1738   <td style="width: 197.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="264">\r
1739   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">Minimum smoothed score a\r
1740   column must have to be an anchor.</p>\r
1741   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">&nbsp;</p>\r
1742   </td>\r
1743  </tr>\r
1744  <tr>\r
1745   <td style="width: 82.85pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="110">\r
1746   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><span style="font-size:\r
1747   8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">msaout</span></p>\r
1748   </td>\r
1749   <td style="width: 84.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="113">\r
1750   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">File name</p>\r
1751   </td>\r
1752   <td style="width: 77.35pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="103">\r
1753   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">None</p>\r
1754   </td>\r
1755   <td style="width: 197.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="264">\r
1756   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">Write output to given file\r
1757   name in MSF format.</p>\r
1758   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">&nbsp;</p>\r
1759   </td>\r
1760  </tr>\r
1761  <tr>\r
1762   <td style="width: 82.85pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="110">\r
1763   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">objscore</span></p>\r
1764   </td>\r
1765   <td style="width: 84.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="113">\r
1766   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">sp</span></p>\r
1767   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">ps</span></p>\r
1768   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">dp</span></p>\r
1769   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">xp</span></p>\r
1770   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">spf</span></p>\r
1771   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">spm</span></p>\r
1772   </td>\r
1773   <td style="width: 77.35pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="103">\r
1774   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">spm</span></p>\r
1775   </td>\r
1776   <td style="width: 197.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="264">\r
1777   <p class="MsoNormal">Objective score used by tree dependent refinement.</p>\r
1778   <p class="MsoNormal">sp=sum-of-pairs score.</p>\r
1779   <p class="MsoNormal">spf=sum-of-pairs score (dimer approximation)</p>\r
1780   <p class="MsoNormal">spm=sp for &lt; 100 seqs, otherwise spf</p>\r
1781   <p class="MsoNormal">dp=dynamic programming score.</p>\r
1782   <p class="MsoNormal">ps=average profile-sequence score.</p>\r
1783   <p class="MsoNormal">xp=cross profile score.</p>\r
1784   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
1785   </td>\r
1786  </tr>\r
1787  <tr>\r
1788   <td style="width: 82.85pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="110">\r
1789   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">out</span></p>\r
1790   </td>\r
1791   <td style="width: 84.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="113">\r
1792   <p class="MsoNormal">File name</p>\r
1793   </td>\r
1794   <td style="width: 77.35pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="103">\r
1795   <p class="MsoNormal">standard output</p>\r
1796   </td>\r
1797   <td style="width: 197.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="264">\r
1798   <p class="MsoNormal">Where to write the alignment.</p>\r
1799   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
1800   </td>\r
1801  </tr>\r
1802  <tr>\r
1803   <td style="width: 82.85pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="110">\r
1804   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">phyiout</span></p>\r
1805   </td>\r
1806   <td style="width: 84.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="113">\r
1807   <p class="MsoNormal">File name</p>\r
1808   </td>\r
1809   <td style="width: 77.35pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="103">\r
1810   <p class="MsoNormal">None</p>\r
1811   </td>\r
1812   <td style="width: 197.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="264">\r
1813   <p class="MsoNormal">Write output in Phylip interleaved format to given file\r
1814   name.</p>\r
1815   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
1816   </td>\r
1817  </tr>\r
1818  <tr>\r
1819   <td style="width: 82.85pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="110">\r
1820   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">physout</span></p>\r
1821   </td>\r
1822   <td style="width: 84.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="113">\r
1823   <p class="MsoNormal">File name</p>\r
1824   </td>\r
1825   <td style="width: 77.35pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="103">\r
1826   <p class="MsoNormal">None</p>\r
1827   </td>\r
1828   <td style="width: 197.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="264">\r
1829   <p class="MsoNormal">Write output in Phylip sequential format to given file\r
1830   name.</p>\r
1831   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
1832   </td>\r
1833  </tr>\r
1834  <tr>\r
1835   <td style="width: 82.85pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="110">\r
1836   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">refinewindow</span></p>\r
1837   </td>\r
1838   <td style="width: 84.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="113">\r
1839   <p class="MsoNormal">Integer</p>\r
1840   </td>\r
1841   <td style="width: 77.35pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="103">\r
1842   <p class="MsoNormal">200</p>\r
1843   </td>\r
1844   <td style="width: 197.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="264">\r
1845   <p class="MsoNormal">Length of window for <i>-refinew</i>.</p>\r
1846   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
1847   </td>\r
1848  </tr>\r
1849  <tr>\r
1850   <td style="width: 82.85pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="110">\r
1851   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">root1</span></p>\r
1852   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">root2</span></p>\r
1853   </td>\r
1854   <td style="width: 84.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="113">\r
1855   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">pseudo</span></p>\r
1856   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">midlongestspan</span></p>\r
1857   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">minavgleafdist</span></p>\r
1858   </td>\r
1859   <td style="width: 77.35pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="103">\r
1860   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">psuedo</span></p>\r
1861   </td>\r
1862   <td style="width: 197.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="264">\r
1863   <p class="MsoNormal">Method used to root tree; root1 is used in iteration 1 and\r
1864   2, root2 in later iterations.</p>\r
1865   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
1866   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
1867   </td>\r
1868  </tr>\r
1869  <tr>\r
1870   <td style="width: 82.85pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="110">\r
1871   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">scorefile</span></p>\r
1872   </td>\r
1873   <td style="width: 84.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="113">\r
1874   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">File\r
1875   name</span></p>\r
1876   </td>\r
1877   <td style="width: 77.35pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="103">\r
1878   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">None</span></p>\r
1879   </td>\r
1880   <td style="width: 197.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="264">\r
1881   <p class="MsoNormal">File name where to write a score file. This contains one\r
1882   line for each column in the alignment. The line contains the letters in the\r
1883   column followed by the average BLOSUM62 score over pairs of letters in the column.</p>\r
1884   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
1885   </td>\r
1886  </tr>\r
1887  <tr>\r
1888   <td style="width: 82.85pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="110">\r
1889   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">seqtype</span></p>\r
1890   </td>\r
1891   <td style="width: 84.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="113">\r
1892   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">protein</span></p>\r
1893   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">dna</span></p>\r
1894   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">rna</span></p>\r
1895   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">auto</span></p>\r
1896   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">&nbsp;</span></p>\r
1897   </td>\r
1898   <td style="width: 77.35pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="103">\r
1899   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">auto</span></p>\r
1900   </td>\r
1901   <td style="width: 197.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="264">\r
1902   <p class="MsoNormal">Sequence type.</p>\r
1903   </td>\r
1904  </tr>\r
1905  <tr>\r
1906   <td style="width: 82.85pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="110">\r
1907   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">smoothscoreceil</span></p>\r
1908   </td>\r
1909   <td style="width: 84.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="113">\r
1910   <p class="MsoNormal">Floating point</p>\r
1911   </td>\r
1912   <td style="width: 77.35pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="103">\r
1913   <p class="MsoNormal">[1]</p>\r
1914   </td>\r
1915   <td style="width: 197.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="264">\r
1916   <p class="MsoNormal">Maximum value of column score for smoothing purposes.</p>\r
1917   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
1918   </td>\r
1919  </tr>\r
1920  <tr>\r
1921   <td style="width: 82.85pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="110">\r
1922   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">smoothwindow</span></p>\r
1923   </td>\r
1924   <td style="width: 84.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="113">\r
1925   <p class="MsoNormal">Integer</p>\r
1926   </td>\r
1927   <td style="width: 77.35pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="103">\r
1928   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">7</span></p>\r
1929   </td>\r
1930   <td style="width: 197.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="264">\r
1931   <p class="MsoNormal">Window used for anchor column smoothing.</p>\r
1932   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
1933   </td>\r
1934  </tr>\r
1935  <tr>\r
1936   <td style="width: 82.85pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="110">\r
1937   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">spscore</span></p>\r
1938   </td>\r
1939   <td style="width: 84.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="113">\r
1940   <p class="MsoNormal">File name</p>\r
1941   </td>\r
1942   <td style="width: 77.35pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="103">\r
1943   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">&nbsp;</span></p>\r
1944   </td>\r
1945   <td style="width: 197.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="264">\r
1946   <p class="MsoNormal">Compute SP objective score of multiple alignment.</p>\r
1947   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
1948   </td>\r
1949  </tr>\r
1950  <tr>\r
1951   <td style="width: 82.85pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="110">\r
1952   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">SUEFF</span></p>\r
1953   </td>\r
1954   <td style="width: 84.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="113">\r
1955   <p class="MsoNormal">Floating point value between 0 and 1.</p>\r
1956   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
1957   </td>\r
1958   <td style="width: 77.35pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="103">\r
1959   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">0.1</span></p>\r
1960   </td>\r
1961   <td style="width: 197.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="264">\r
1962   <p class="MsoNormal">Constant used in UPGMB clustering. Determines the relative\r
1963   fraction of average linkage (SUEFF) vs. nearest-neighbor linkage (1 \96 SUEFF).<br>\r
1964   <br>\r
1965   </p>\r
1966   </td>\r
1967  </tr>\r
1968  <tr>\r
1969   <td style="width: 82.85pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="110">\r
1970   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">tree1</span></p>\r
1971   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">tree2</span></p>\r
1972   </td>\r
1973   <td style="width: 84.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="113">\r
1974   <p class="MsoNormal">File name</p>\r
1975   </td>\r
1976   <td style="width: 77.35pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="103">\r
1977   <p class="MsoNormal">None</p>\r
1978   </td>\r
1979   <td style="width: 197.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="264">\r
1980   <p class="MsoNormal">Save tree produced in first or second iteration to given\r
1981   file in Newick (Phylip-compatible) format.</p>\r
1982   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
1983   </td>\r
1984  </tr>\r
1985  <tr>\r
1986   <td style="width: 82.85pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="110">\r
1987   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">usetree</span></p>\r
1988   </td>\r
1989   <td style="width: 84.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="113">\r
1990   <p class="MsoNormal">File name</p>\r
1991   </td>\r
1992   <td style="width: 77.35pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="103">\r
1993   <p class="MsoNormal">None</p>\r
1994   </td>\r
1995   <td style="width: 197.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="264">\r
1996   <p class="MsoNormal">Use given tree as guide tree. Must by in Newick\r
1997   (Phyip-compatible) format.</p>\r
1998   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
1999   </td>\r
2000  </tr>\r
2001  <tr>\r
2002   <td style="width: 82.85pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="110">\r
2003   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><span style="font-size:\r
2004   8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">weight1</span></p>\r
2005   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><span style="font-size:\r
2006   8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">weight2</span></p>\r
2007   </td>\r
2008   <td style="width: 84.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="113">\r
2009   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><span style="font-size:\r
2010   8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">none</span></p>\r
2011   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><span style="font-size:\r
2012   8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">henikoff</span></p>\r
2013   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><span style="font-size:\r
2014   8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">henikoffpb</span></p>\r
2015   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><span style="font-size:\r
2016   8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">gsc</span></p>\r
2017   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><span style="font-size:\r
2018   8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">clustalw</span></p>\r
2019   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><span style="font-size:\r
2020   8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">threeway</span></p>\r
2021   </td>\r
2022   <td style="width: 77.35pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="103">\r
2023   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><span style="font-size:\r
2024   8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">clustalw</span></p>\r
2025   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">&nbsp;</p>\r
2026   </td>\r
2027   <td style="width: 197.8pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="264">\r
2028   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">Sequence weighting scheme.</p>\r
2029   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">weight1 is used in\r
2030   iterations 1 and 2.</p>\r
2031   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">weight2 is used for\r
2032   tree-dependent refinement.</p>\r
2033   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">none=all sequences have\r
2034   equal weight.</p>\r
2035   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">henikoff=Henikoff &amp;\r
2036   Henikoff weighting scheme.</p>\r
2037   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">henikoffpb=Modified\r
2038   Henikoff scheme as used in PSI-BLAST.</p>\r
2039   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">clustalw=CLUSTALW method.</p>\r
2040   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">threeway=Gotoh three-way\r
2041   method.</p>\r
2042   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">&nbsp;</p>\r
2043   </td>\r
2044  </tr>\r
2045 </tbody></table>\r
2046 \r
2047 <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
2048 \r
2049 <table class="MsoNormalTable" style="border-collapse: collapse;" border="0" cellpadding="0" cellspacing="0">\r
2050  <thead>\r
2051   <tr>\r
2052    <td style="width: 102.6pt; border-width: medium medium 1pt; border-style: none none solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color windowtext; -moz-border-top-colors: none; -moz-border-right-colors: none; -moz-border-bottom-colors: none; -moz-border-left-colors: none; -moz-border-image: none; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="137">\r
2053    <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><b><span style="font-size:\r
2054    9.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">Flag option</span></b></p>\r
2055    </td>\r
2056    <td style="width: 1.1in; border-width: medium medium 1pt; border-style: none none solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color windowtext; -moz-border-top-colors: none; -moz-border-right-colors: none; -moz-border-bottom-colors: none; -moz-border-left-colors: none; -moz-border-image: none; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="106">\r
2057    <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><b><span style="font-size:\r
2058    9.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">Set by default?</span></b></p>\r
2059    </td>\r
2060    <td style="width: 261pt; border-width: medium medium 1pt; border-style: none none solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color windowtext; -moz-border-top-colors: none; -moz-border-right-colors: none; -moz-border-bottom-colors: none; -moz-border-left-colors: none; -moz-border-image: none; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="348">\r
2061    <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><b><span style="font-size:\r
2062    9.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">Description</span></b></p>\r
2063    </td>\r
2064   </tr>\r
2065  </thead>\r
2066  <tbody><tr style="height: 6.25pt;">\r
2067   <td style="width: 102.6pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="137">\r
2068   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><span style="font-size:\r
2069   8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">anchors</span></p>\r
2070   </td>\r
2071   <td style="width: 1.1in; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="106">\r
2072   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">yes</p>\r
2073   </td>\r
2074   <td style="width: 261pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="348">\r
2075   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">Use anchor optimization in\r
2076   tree dependent refinement iterations.</p>\r
2077   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">&nbsp;</p>\r
2078   </td>\r
2079  </tr>\r
2080  <tr style="height: 6.25pt;">\r
2081   <td style="width: 102.6pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="137">\r
2082   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><span style="font-size:\r
2083   8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">brenner</span></p>\r
2084   </td>\r
2085   <td style="width: 1.1in; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="106">\r
2086   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">no</p>\r
2087   </td>\r
2088   <td style="width: 261pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="348">\r
2089   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">Use Steven Brenner's method\r
2090   for computing the root alignment.</p>\r
2091   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">&nbsp;</p>\r
2092   </td>\r
2093  </tr>\r
2094  <tr style="height: 6.25pt;">\r
2095   <td style="width: 102.6pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="137">\r
2096   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><span style="font-size:\r
2097   8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">cluster</span></p>\r
2098   </td>\r
2099   <td style="width: 1.1in; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="106">\r
2100   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">no</p>\r
2101   </td>\r
2102   <td style="width: 261pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="348">\r
2103   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">Perform fast clustering of\r
2104   input sequences. Use the \96<i>tree1</i> option to save the tree.</p>\r
2105   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">&nbsp;</p>\r
2106   </td>\r
2107  </tr>\r
2108  <tr style="height: 6.25pt;">\r
2109   <td style="width: 102.6pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="137">\r
2110   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><span style="font-size:\r
2111   8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">dimer</span></p>\r
2112   </td>\r
2113   <td style="width: 1.1in; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="106">\r
2114   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">no</p>\r
2115   </td>\r
2116   <td style="width: 261pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="348">\r
2117   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">Use dimer approximation for\r
2118   the SP score (faster, slightly less accurate).</p>\r
2119   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">&nbsp;</p>\r
2120   </td>\r
2121  </tr>\r
2122  <tr style="height: 6.25pt;">\r
2123   <td style="width: 102.6pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="137">\r
2124   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><span style="font-size:\r
2125   8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">clw</span></p>\r
2126   </td>\r
2127   <td style="width: 1.1in; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="106">\r
2128   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">no</p>\r
2129   </td>\r
2130   <td style="width: 261pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="348">\r
2131   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">Write output in CLUSTALW\r
2132   format (default is FASTA).</p>\r
2133   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">&nbsp;</p>\r
2134   </td>\r
2135  </tr>\r
2136  <tr style="height: 6.25pt;">\r
2137   <td style="width: 102.6pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="137">\r
2138   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><span style="font-size:\r
2139   8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">clwstrict</span></p>\r
2140   </td>\r
2141   <td style="width: 1.1in; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="106">\r
2142   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">no</p>\r
2143   </td>\r
2144   <td style="width: 261pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="348">\r
2145   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">Write output in CLUSTALW\r
2146   format with the "CLUSTAL W (1.81)" header rather than the MUSCLE\r
2147   version. This is useful when a post-processing step is picky about the file\r
2148   header.</p>\r
2149   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">&nbsp;</p>\r
2150   </td>\r
2151  </tr>\r
2152  <tr style="height: 6.25pt;">\r
2153   <td style="width: 102.6pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="137">\r
2154   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><span style="font-size:\r
2155   8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">core</span></p>\r
2156   </td>\r
2157   <td style="width: 1.1in; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="106">\r
2158   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">yes in muscle,</p>\r
2159   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">no in muscled.</p>\r
2160   </td>\r
2161   <td style="width: 261pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="348">\r
2162   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">Do not catch exceptions.</p>\r
2163   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">&nbsp;</p>\r
2164   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">&nbsp;</p>\r
2165   </td>\r
2166  </tr>\r
2167  <tr style="height: 6.25pt;">\r
2168   <td style="width: 102.6pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="137">\r
2169   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><span style="font-size:\r
2170   8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">diags</span></p>\r
2171   </td>\r
2172   <td style="width: 1.1in; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="106">\r
2173   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">no</p>\r
2174   </td>\r
2175   <td style="width: 261pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="348">\r
2176   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">Use diagonal optimizations.\r
2177   Faster, especially for closely related sequences, but may be less accurate.</p>\r
2178   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">&nbsp;</p>\r
2179   </td>\r
2180  </tr>\r
2181  <tr style="height: 6.25pt;">\r
2182   <td style="width: 102.6pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="137">\r
2183   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><span style="font-size:\r
2184   8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">diags1</span></p>\r
2185   </td>\r
2186   <td style="width: 1.1in; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="106">\r
2187   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">no</p>\r
2188   </td>\r
2189   <td style="width: 261pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="348">\r
2190   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">Use diagonal optimizations\r
2191   in first iteration.</p>\r
2192   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">&nbsp;</p>\r
2193   </td>\r
2194  </tr>\r
2195  <tr style="height: 6.25pt;">\r
2196   <td style="width: 102.6pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="137">\r
2197   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><span style="font-size:\r
2198   8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">diags2</span></p>\r
2199   </td>\r
2200   <td style="width: 1.1in; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="106">\r
2201   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">no</p>\r
2202   </td>\r
2203   <td style="width: 261pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="348">\r
2204   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">Use diagonal optimizations\r
2205   in second iteration.</p>\r
2206   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">&nbsp;</p>\r
2207   </td>\r
2208  </tr>\r
2209  <tr style="height: 6.25pt;">\r
2210   <td style="width: 102.6pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="137">\r
2211   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><span style="font-size:\r
2212   8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">fasta</span></p>\r
2213   </td>\r
2214   <td style="width: 1.1in; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="106">\r
2215   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">yes</p>\r
2216   </td>\r
2217   <td style="width: 261pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="348">\r
2218   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">Write output in FASTA\r
2219   format.</p>\r
2220   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">&nbsp;</p>\r
2221   </td>\r
2222  </tr>\r
2223  <tr style="height: 6.25pt;">\r
2224   <td style="width: 102.6pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="137">\r
2225   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><span style="font-size:\r
2226   8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">group</span></p>\r
2227   </td>\r
2228   <td style="width: 1.1in; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="106">\r
2229   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">yes</p>\r
2230   </td>\r
2231   <td style="width: 261pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="348">\r
2232   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">Group similar sequences\r
2233   together in the output. This is the default. See also \96<i>stable</i>.</p>\r
2234   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">&nbsp;</p>\r
2235   </td>\r
2236  </tr>\r
2237  <tr style="height: 6.25pt;">\r
2238   <td style="width: 102.6pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="137">\r
2239   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><span style="font-size:\r
2240   8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">html</span></p>\r
2241   </td>\r
2242   <td style="width: 1.1in; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="106">\r
2243   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">no</p>\r
2244   </td>\r
2245   <td style="width: 261pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="348">\r
2246   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">Write output in HTML format\r
2247   (default is FASTA).</p>\r
2248   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid">&nbsp;</p>\r
2249   </td>\r
2250  </tr>\r
2251  <tr>\r
2252   <td style="width: 102.6pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="137">\r
2253   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><span style="font-size:\r
2254   8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">le</span></p>\r
2255   </td>\r
2256   <td style="width: 1.1in; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="106">\r
2257   <p class="MsoNormal">maybe</p>\r
2258   </td>\r
2259   <td style="width: 261pt; padding: 0in 5.4pt;" valign="top" width="348">\r
2260   <p class="MsoNormal">Use log-expectation profile score (VTML240). Alternatives\r
2261   are to use \96<i>sp</i> or <i>\96sv</i>. This is the default for amino acid\r
2262   sequences.</p>\r
2263   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
2264   </td>\r
2265  </tr>\r
2266  <tr style="height: 6.25pt;">\r
2267   <td style="width: 102.6pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="137">\r
2268   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">msf</span></p>\r
2269   </td>\r
2270   <td style="width: 1.1in; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="106">\r
2271   <p class="MsoNormal">no</p>\r
2272   </td>\r
2273   <td style="width: 261pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="348">\r
2274   <p class="MsoNormal">Write output in MSF format (default is FASTA). Designed to\r
2275   be compatible with the GCG package.</p>\r
2276   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
2277   </td>\r
2278  </tr>\r
2279  <tr style="height: 6.25pt;">\r
2280   <td style="width: 102.6pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="137">\r
2281   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">noanchors</span></p>\r
2282   </td>\r
2283   <td style="width: 1.1in; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="106">\r
2284   <p class="MsoNormal">no</p>\r
2285   </td>\r
2286   <td style="width: 261pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="348">\r
2287   <p class="MsoNormal">Disable anchor optimization. Default is \96<i>anchors</i>.</p>\r
2288   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
2289   </td>\r
2290  </tr>\r
2291  <tr style="height: 6.25pt;">\r
2292   <td style="width: 102.6pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="137">\r
2293   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">nocore</span></p>\r
2294   </td>\r
2295   <td style="width: 1.1in; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="106">\r
2296   <p class="MsoNormal">no in muscle,</p>\r
2297   <p class="MsoNormal">yes in muscled.</p>\r
2298   </td>\r
2299   <td style="width: 261pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="348">\r
2300   <p class="MsoNormal">Catch exceptions and give an error message if possible.</p>\r
2301   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
2302   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
2303   </td>\r
2304  </tr>\r
2305  <tr style="height: 6.25pt;">\r
2306   <td style="width: 102.6pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="137">\r
2307   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">phyi</span></p>\r
2308   </td>\r
2309   <td style="width: 1.1in; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="106">\r
2310   <p class="MsoNormal">no</p>\r
2311   </td>\r
2312   <td style="width: 261pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="348">\r
2313   <p class="MsoNormal">Write output in Phylip interleaved format.</p>\r
2314   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
2315   </td>\r
2316  </tr>\r
2317  <tr style="height: 6.25pt;">\r
2318   <td style="width: 102.6pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="137">\r
2319   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">phys</span></p>\r
2320   </td>\r
2321   <td style="width: 1.1in; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="106">\r
2322   <p class="MsoNormal">no</p>\r
2323   </td>\r
2324   <td style="width: 261pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="348">\r
2325   <p class="MsoNormal">Write output in Phylip sequential format.</p>\r
2326   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
2327   </td>\r
2328  </tr>\r
2329  <tr style="height: 6.25pt;">\r
2330   <td style="width: 102.6pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="137">\r
2331   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">profile</span></p>\r
2332   </td>\r
2333   <td style="width: 1.1in; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="106">\r
2334   <p class="MsoNormal">no</p>\r
2335   </td>\r
2336   <td style="width: 261pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="348">\r
2337   <p class="MsoNormal">Compute profile-profile alignment. Input alignments must\r
2338   be given using \96<i>in1</i> and \96<i>in2</i> options.</p>\r
2339   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
2340   </td>\r
2341  </tr>\r
2342  <tr style="height: 6.25pt;">\r
2343   <td style="width: 102.6pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="137">\r
2344   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">quiet</span></p>\r
2345   </td>\r
2346   <td style="width: 1.1in; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="106">\r
2347   <p class="MsoNormal">no</p>\r
2348   </td>\r
2349   <td style="width: 261pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="348">\r
2350   <p class="MsoNormal">Do not display progress messages.</p>\r
2351   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
2352   </td>\r
2353  </tr>\r
2354  <tr style="height: 6.25pt;">\r
2355   <td style="width: 102.6pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="137">\r
2356   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">refine</span></p>\r
2357   </td>\r
2358   <td style="width: 1.1in; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="106">\r
2359   <p class="MsoNormal">no</p>\r
2360   </td>\r
2361   <td style="width: 261pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="348">\r
2362   <p class="MsoNormal">Input file is already aligned, skip first two iterations\r
2363   and begin tree dependent refinement.</p>\r
2364   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
2365   </td>\r
2366  </tr>\r
2367  <tr style="height: 6.25pt;">\r
2368   <td style="width: 102.6pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="137">\r
2369   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">refinew</span></p>\r
2370   </td>\r
2371   <td style="width: 1.1in; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="106">\r
2372   <p class="MsoNormal">no</p>\r
2373   </td>\r
2374   <td style="width: 261pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="348">\r
2375   <p class="MsoNormal">Refine an alignment by dividing it into non-overlapping\r
2376   windows and re-aligning each window. Typically used for whole-genome\r
2377   nucleotide alignments.</p>\r
2378   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
2379   </td>\r
2380  </tr>\r
2381  <tr style="height: 6.25pt;">\r
2382   <td style="width: 102.6pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="137">\r
2383   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><span style="font-size:\r
2384   8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">sp</span></p>\r
2385   </td>\r
2386   <td style="width: 1.1in; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="106">\r
2387   <p class="MsoNormal">no</p>\r
2388   </td>\r
2389   <td style="width: 261pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="348">\r
2390   <p class="MsoNormal">Use sum-of-pairs protein profile score (PAM200). Default\r
2391   is \96<i>le.</i></p>\r
2392   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
2393   </td>\r
2394  </tr>\r
2395  <tr style="height: 6.25pt;">\r
2396   <td style="width: 102.6pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="137">\r
2397   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><span style="font-size:\r
2398   8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">spscore</span></p>\r
2399   </td>\r
2400   <td style="width: 1.1in; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="106">\r
2401   <p class="MsoNormal">no</p>\r
2402   </td>\r
2403   <td style="width: 261pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="348">\r
2404   <p class="MsoNormal">Compute alignment score of profile-profile alignment.\r
2405   Input alignments must be given using \96<i>in1</i> and \96<i>in2</i> options.\r
2406   These must be pre-aligned with gapped columns as needed, i.e. must be of the\r
2407   same length (have same number of columns).</p>\r
2408   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
2409   </td>\r
2410  </tr>\r
2411  <tr style="height: 6.25pt;">\r
2412   <td style="width: 102.6pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="137">\r
2413   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><span style="font-size:\r
2414   8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">spn</span></p>\r
2415   </td>\r
2416   <td style="width: 1.1in; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="106">\r
2417   <p class="MsoNormal">maybe</p>\r
2418   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
2419   </td>\r
2420   <td style="width: 261pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="348">\r
2421   <p class="MsoNormal">Use sum-of-pairs nucleotide profile score. This is the\r
2422   only option for nucleotides, and is therefore the default. The substitution\r
2423   scores and gap penalty scores are "borrowed" from BLASTZ.</p>\r
2424   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
2425   </td>\r
2426  </tr>\r
2427  <tr style="height: 6.25pt;">\r
2428   <td style="width: 102.6pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="137">\r
2429   <p class="MsoNormal" style="page-break-after:avoid"><span style="font-size:\r
2430   8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">stable</span></p>\r
2431   </td>\r
2432   <td style="width: 1.1in; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="106">\r
2433   <p class="MsoNormal">no</p>\r
2434   </td>\r
2435   <td style="width: 261pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="348">\r
2436   <p class="MsoNormal">Preserve input order of sequences in output file. Default\r
2437   is to group sequences by similarity (\96<i>group</i>).</p>\r
2438   <p class="MsoNormal"><b><span style="background:yellow">WARNING THIS OPTION WAS\r
2439   BUGGY AND IS NOT SUPPORTED IN v3.8.</span> </b>Go to this link for more\r
2440   information:&nbsp; <a href="http://drive5.com/muscle/stable.html">http://drive5.com/muscle/stable.html</a></p>\r
2441   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
2442   </td>\r
2443  </tr>\r
2444  <tr style="height: 6.25pt;">\r
2445   <td style="width: 102.6pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="137">\r
2446   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">sv</span></p>\r
2447   </td>\r
2448   <td style="width: 1.1in; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="106">\r
2449   <p class="MsoNormal">no</p>\r
2450   </td>\r
2451   <td style="width: 261pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="348">\r
2452   <p class="MsoNormal">Use sum-of-pairs profile score (VTML240). Default is \96<i>le.</i></p>\r
2453   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
2454   </td>\r
2455  </tr>\r
2456  <tr style="height: 6.25pt;">\r
2457   <td style="width: 102.6pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="137">\r
2458   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">termgaps4</span></p>\r
2459   </td>\r
2460   <td style="width: 1.1in; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="106">\r
2461   <p class="MsoNormal">yes</p>\r
2462   </td>\r
2463   <td style="width: 261pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="348">\r
2464   <p class="MsoNormal">Use 4-way test for treatment of terminal gaps. (Cannot be\r
2465   disabled in this version).</p>\r
2466   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
2467   </td>\r
2468  </tr>\r
2469  <tr style="height: 6.25pt;">\r
2470   <td style="width: 102.6pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="137">\r
2471   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">termgapsfull</span></p>\r
2472   </td>\r
2473   <td style="width: 1.1in; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="106">\r
2474   <p class="MsoNormal">no</p>\r
2475   </td>\r
2476   <td style="width: 261pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="348">\r
2477   <p class="MsoNormal">Terminal gaps penalized with full penalty.</p>\r
2478   <p class="MsoNormal">[1] Not fully supported in this version.</p>\r
2479   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
2480   </td>\r
2481  </tr>\r
2482  <tr style="height: 6.25pt;">\r
2483   <td style="width: 102.6pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="137">\r
2484   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">termgapshalf</span></p>\r
2485   </td>\r
2486   <td style="width: 1.1in; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="106">\r
2487   <p class="MsoNormal">yes</p>\r
2488   </td>\r
2489   <td style="width: 261pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="348">\r
2490   <p class="MsoNormal">Terminal gaps penalized with half penalty.</p>\r
2491   <p class="MsoNormal">[1] Not fully supported in this version.</p>\r
2492   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
2493   </td>\r
2494  </tr>\r
2495  <tr style="height: 6.25pt;">\r
2496   <td style="width: 102.6pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="137">\r
2497   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">termgapshalflonger</span></p>\r
2498   </td>\r
2499   <td style="width: 1.1in; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="106">\r
2500   <p class="MsoNormal">no</p>\r
2501   </td>\r
2502   <td style="width: 261pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="348">\r
2503   <p class="MsoNormal">Terminal gaps penalized with half penalty if gap relative\r
2504   to </p>\r
2505   <p class="MsoNormal">longer sequence, otherwise with full penalty.</p>\r
2506   <p class="MsoNormal">[1] Not fully supported in this version.</p>\r
2507   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
2508   </td>\r
2509  </tr>\r
2510  <tr style="height: 6.25pt;">\r
2511   <td style="width: 102.6pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="137">\r
2512   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">verbose</span></p>\r
2513   </td>\r
2514   <td style="width: 1.1in; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="106">\r
2515   <p class="MsoNormal">no</p>\r
2516   </td>\r
2517   <td style="width: 261pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="348">\r
2518   <p class="MsoNormal">Write parameter settings and progress messages to log\r
2519   file.</p>\r
2520   <p class="MsoNormal">&nbsp;</p>\r
2521   </td>\r
2522  </tr>\r
2523  <tr style="height: 6.25pt;">\r
2524   <td style="width: 102.6pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="137">\r
2525   <p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;font-family:&quot;Courier New&quot;">version</span></p>\r
2526   </td>\r
2527   <td style="width: 1.1in; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="106">\r
2528   <p class="MsoNormal">no</p>\r
2529   </td>\r
2530   <td style="width: 261pt; padding: 0in 5.4pt; height: 6.25pt;" valign="top" width="348">\r
2531   <p class="MsoNormal">Write version string to stdout and exit.</p>\r
2532   </td>\r
2533  </tr>\r
2534 </tbody></table>\r
2535 \r
2536 <p class="MsoNormal"><i>&nbsp;</i></p>\r
2537 \r
2538 <p class="MsoNormal"><i>Notes</i></p>\r
2539 \r
2540 <p class="MsoNormal">[1] Default depends on the profile scoring function. To\r
2541 determine the default, use \96<i>verbose \96log</i> and check the log file.</p>\r
2542 \r
2543 <p class="MsoNormal"><u><span style="text-decoration:none">&nbsp;</span></u></p>\r
2544 \r
2545 </div>\r
2546 \r
2547 \r
2548 \r
2549 \r
2550 </body></html>