WSTester updated to work plus hopefully all the other changes that need to go into...
[jabaws.git] / binaries / src / ViennaRNA / doc / html / 1_88_84__epars_8h.html
diff --git a/binaries/src/ViennaRNA/doc/html/1_88_84__epars_8h.html b/binaries/src/ViennaRNA/doc/html/1_88_84__epars_8h.html
new file mode 100644 (file)
index 0000000..7d221fe
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,97 @@
+<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
+<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
+<head>
+<meta http-equiv="Content-Type" content="text/xhtml;charset=UTF-8"/>
+<meta http-equiv="X-UA-Compatible" content="IE=9"/>
+<title>RNAlib-2.1.2: /home/mescalin/ronny/public_html/programs/ViennaRNA/lib/1.8.4_epars.h File Reference</title>
+<link href="tabs.css" rel="stylesheet" type="text/css"/>
+<script type="text/javascript" src="jquery.js"></script>
+<script type="text/javascript" src="dynsections.js"></script>
+<link href="navtree.css" rel="stylesheet" type="text/css"/>
+<script type="text/javascript" src="resize.js"></script>
+<script type="text/javascript" src="navtree.js"></script>
+<script type="text/javascript">
+  $(document).ready(initResizable);
+</script>
+<link href="doxygen.css" rel="stylesheet" type="text/css" />
+</head>
+<body>
+<div id="top"><!-- do not remove this div, it is closed by doxygen! -->
+<div id="titlearea">
+<table cellspacing="0" cellpadding="0">
+ <tbody>
+ <tr style="height: 56px;">
+  <td style="padding-left: 0.5em;">
+   <div id="projectname">RNAlib-2.1.2
+   </div>
+  </td>
+ </tr>
+ </tbody>
+</table>
+</div>
+<!-- end header part -->
+<!-- Generated by Doxygen 1.8.1.1 -->
+  <div id="navrow1" class="tabs">
+    <ul class="tablist">
+      <li><a href="index.html"><span>Main&#160;Page</span></a></li>
+      <li><a href="pages.html"><span>Related&#160;Pages</span></a></li>
+      <li><a href="modules.html"><span>Modules</span></a></li>
+      <li><a href="annotated.html"><span>Data&#160;Structures</span></a></li>
+      <li class="current"><a href="files.html"><span>Files</span></a></li>
+    </ul>
+  </div>
+  <div id="navrow2" class="tabs2">
+    <ul class="tablist">
+      <li><a href="files.html"><span>File&#160;List</span></a></li>
+      <li><a href="globals.html"><span>Globals</span></a></li>
+    </ul>
+  </div>
+</div><!-- top -->
+<div id="side-nav" class="ui-resizable side-nav-resizable">
+  <div id="nav-tree">
+    <div id="nav-tree-contents">
+    </div>
+  </div>
+  <div id="splitbar" style="-moz-user-select:none;" 
+       class="ui-resizable-handle">
+  </div>
+</div>
+<script type="text/javascript">
+$(document).ready(function(){initNavTree('1_88_84__epars_8h.html','');});
+</script>
+<div id="doc-content">
+<div class="header">
+  <div class="headertitle">
+<div class="title">1.8.4_epars.h File Reference</div>  </div>
+</div><!--header-->
+<div class="contents">
+
+<p>Free energy parameters for parameter file conversion.  
+<a href="#details">More...</a></p>
+
+<p><a href="1_88_84__epars_8h_source.html">Go to the source code of this file.</a></p>
+<hr/><a name="details" id="details"></a><h2>Detailed Description</h2>
+<div class="textblock"><p>Free energy parameters for parameter file conversion. </p>
+<p>This file contains the free energy parameters used in ViennaRNAPackage 1.8.4. They are summarized in:</p>
+<p>D.H.Mathews, J. Sabina, M. ZUker, D.H. Turner "Expanded sequence dependence of thermodynamic parameters improves
+    prediction of RNA secondary structure" JMB, 288, pp 911-940, 1999</p>
+<p>Enthalpies taken from:</p>
+<p>A. Walter, D Turner, J Kim, M Lyttle, P M"uller, D Mathews, M Zuker
+    "Coaxial stckaing of helices enhances binding of oligoribonucleotides.." PNAS, 91, pp 9218-9222, 1994</p>
+<p>D.H. Turner, N. Sugimoto, and S.M. Freier. "RNA Structure Prediction", Ann. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 17, 167-192, 1988.</p>
+<p>John A.Jaeger, Douglas H.Turner, and Michael Zuker. "Improved predictions of secondary structures for RNA", PNAS, 86, 7706-7710, October 1989.</p>
+<p>L. He, R. Kierzek, J. SantaLucia, A.E. Walter, D.H. Turner "Nearest-Neughbor Parameters for GU Mismatches...." Biochemistry 1991, 30 11124-11132</p>
+<p>A.E. Peritz, R. Kierzek, N, Sugimoto, D.H. Turner "Thermodynamic Study of Internal Loops in Oligoribonucleotides..." Biochemistry 1991, 30, 6428&ndash;6435 </p>
+</div></div><!-- contents -->
+</div><!-- doc-content -->
+<!-- start footer part -->
+<div id="nav-path" class="navpath"><!-- id is needed for treeview function! -->
+  <ul>
+    <li class="navelem"><a class="el" href="dir_97aefd0d527b934f1d99a682da8fe6a9.html">lib</a></li><li class="navelem"><a class="el" href="1_88_84__epars_8h.html">1.8.4_epars.h</a></li>
+    <li class="footer">Generated on Wed Jul 24 2013 13:38:59 for RNAlib-2.1.2 by
+    <a href="http://www.doxygen.org/index.html">
+    <img class="footer" src="doxygen.png" alt="doxygen"/></a> 1.8.1.1 </li>
+  </ul>
+</div>
+</body>
+</html>