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[jabaws.git] / binaries / src / ViennaRNA / doc / html / formula.repository

diff --git a/binaries/src/ViennaRNA/doc/html/formula.repository b/binaries/src/ViennaRNA/doc/html/formula.repository
new file mode 100644 (file)
index 0000000..31c7c8d
--- /dev/null
+++ b/binaries/src/ViennaRNA/doc/html/formula.repository
@@ -0,0 +1,30 @@
+\form#0:$q1k(k) = Q(1, k)$
+\form#1:$qln(l) = Q(l, n)$
+\form#2:$ e^{-E/(\alpha \cdot K \cdot T)} $
+\form#3:$ p(i,j) = S_i + S_j - p_ij*ln(p_ij) $
+\form#4:$\Sigma$
+\form#5:$ \Sigma = \{A,U,C,G\} $
+\form#6:$\mathrm{strlen}(\mathrm{sequence})+1$
+\form#7:$exp{((-F/kT)/length)}$
+\form#8:$F$
+\form#9:$-kT \cdot \log(p)$
+\form#10:$p$
+\form#11:$\Delta G$
+\form#12:$10^{-2} * \mathrm{kcal}/\mathrm{mol}$
+\form#13:$e^{-\Delta G/kT} $
+\form#14:$(n+m)$
+\form#15:\[ A(S) = \sum_{(i,j) \in S} 2 \gamma p_{ij} + \sum_{i \notin S} p^u_i \]
+\form#16:$\gamma$
+\form#17:$ exp(-\Delta G / kT) $
+\form#18:$Q$
+\form#19:$G = -RT \cdot \log(Q) $
+\form#20:$ <d(S)> = \sum_{(i,j) \in S} (1-p_{ij}) + \sum_{(i,j) \notin S} p_{ij} $
+\form#21:$p_ij>0.5$
+\form#22:$<d> = \sum_{a,b} p_a p_b d(S_a,S_b)$
+\form#23:$p_ij$
+\form#24:$<d> = \sum_{ij} p_{ij}(1-p_{ij})$
+\form#25:$P^t$
+\form#26:$rs$
+\form#27:$[0,1]$
+\form#28:$ P^{t}_x[i] = X[i] * rs$
+\form#29:$P^{t}_y[i] = Y[i] * rs$