WSTester updated to work plus hopefully all the other changes that need to go into...
[jabaws.git] / binaries / src / ViennaRNA / doc / html / navtree.js
diff --git a/binaries/src/ViennaRNA/doc/html/navtree.js b/binaries/src/ViennaRNA/doc/html/navtree.js
new file mode 100644 (file)
index 0000000..5ff697d
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,458 @@
+var NAVTREE =
+[
+  [ "RNAlib-2.1.2", "index.html", [
+    [ "ViennaRNA Package core - RNAlib", "index.html", null ],
+    [ "Parsing and Comparing - Functions to Manipulate Structures", "mp_parse.html", null ],
+    [ "Utilities - Odds and Ends", "mp_utils.html", [
+      [ "Producing secondary structure graphs", "mp_utils.html#utils_ss", null ],
+      [ "Producing (colored) dot plots for base pair probabilities", "mp_utils.html#utils_dot", null ],
+      [ "Producing (colored) alignments", "mp_utils.html#utils_aln", null ],
+      [ "RNA sequence related utilities", "mp_utils.html#utils_seq", null ],
+      [ "RNA secondary structure related utilities", "mp_utils.html#utils_struc", null ],
+      [ "Miscellaneous Utilities", "mp_utils.html#utils_misc", null ]
+    ] ],
+    [ "Example - A Small Example Program", "mp_example.html", null ],
+    [ "Deprecated List", "deprecated.html", null ],
+    [ "Bibliographic References", "citelist.html", null ],
+    [ "Modules", "modules.html", "modules" ],
+    [ "Data Structures", null, [
+      [ "Data Structures", "annotated.html", "annotated" ],
+      [ "Data Structure Index", "classes.html", null ],
+      [ "Data Fields", "functions.html", [
+        [ "All", "functions.html", null ],
+        [ "Variables", "functions_vars.html", null ]
+      ] ]
+    ] ],
+    [ "Files", null, [
+      [ "File List", "files.html", "files" ],
+      [ "Globals", "globals.html", [
+        [ "All", "globals.html", "globals_dup" ],
+        [ "Functions", "globals_func.html", null ],
+        [ "Variables", "globals_vars.html", null ],
+        [ "Macros", "globals_defs.html", null ]
+      ] ]
+    ] ]
+  ] ]
+];
+
+var NAVTREEINDEX =
+[
+"1_88_84__epars_8h.html",
+"fold_8h.html#ga567530678f6260a1a649a5beca5da4c5",
+"group__mfe__fold.html#ga4ac63ab3e8d9a80ced28b8052d94e423",
+"structLIST.html#aa8ef0c815c847631884b650f6c7247aa",
+"structinteract.html#a030ab45056342e12cb3955e4defd3904",
+"utils_8h.html#ad7e1e137b3bf1f7108933d302a7f0177",
+];
+
+var navTreeSubIndices = new Array();
+
+function getData(varName)
+{
+  var i = varName.lastIndexOf('/');
+  var n = i>=0 ? varName.substring(i+1) : varName;
+  return eval(n.replace(/\-/g,'_'));
+}
+
+function stripPath(uri)
+{
+  return uri.substring(uri.lastIndexOf('/')+1);
+}
+
+function stripPath2(uri)
+{
+  var i = uri.lastIndexOf('/');
+  var s = uri.substring(i+1);
+  var m = uri.substring(0,i+1).match(/\/d\w\/d\w\w\/$/);
+  return m ? uri.substring(i-6) : s;
+}
+
+function getScript(scriptName,func,show)
+{
+  var head = document.getElementsByTagName("head")[0]; 
+  var script = document.createElement('script');
+  script.id = scriptName;
+  script.type = 'text/javascript';
+  script.onload = func; 
+  script.src = scriptName+'.js'; 
+  if ($.browser.msie && $.browser.version<=8) { 
+    // script.onload does work with older versions of IE
+    script.onreadystatechange = function() {
+      if (script.readyState=='complete' || script.readyState=='loaded') { 
+        func(); if (show) showRoot(); 
+      }
+    }
+  }
+  head.appendChild(script); 
+}
+
+function createIndent(o,domNode,node,level)
+{
+  if (node.parentNode && node.parentNode.parentNode) {
+    createIndent(o,domNode,node.parentNode,level+1);
+  }
+  var imgNode = document.createElement("img");
+  imgNode.width = 16;
+  imgNode.height = 22;
+  if (level==0 && node.childrenData) {
+    node.plus_img = imgNode;
+    node.expandToggle = document.createElement("a");
+    node.expandToggle.href = "javascript:void(0)";
+    node.expandToggle.onclick = function() {
+      if (node.expanded) {
+        $(node.getChildrenUL()).slideUp("fast");
+        if (node.isLast) {
+          node.plus_img.src = node.relpath+"ftv2plastnode.png";
+        } else {
+          node.plus_img.src = node.relpath+"ftv2pnode.png";
+        }
+        node.expanded = false;
+      } else {
+        expandNode(o, node, false, false);
+      }
+    }
+    node.expandToggle.appendChild(imgNode);
+    domNode.appendChild(node.expandToggle);
+  } else {
+    domNode.appendChild(imgNode);
+  }
+  if (level==0) {
+    if (node.isLast) {
+      if (node.childrenData) {
+        imgNode.src = node.relpath+"ftv2plastnode.png";
+      } else {
+        imgNode.src = node.relpath+"ftv2lastnode.png";
+        domNode.appendChild(imgNode);
+      }
+    } else {
+      if (node.childrenData) {
+        imgNode.src = node.relpath+"ftv2pnode.png";
+      } else {
+        imgNode.src = node.relpath+"ftv2node.png";
+        domNode.appendChild(imgNode);
+      }
+    }
+  } else {
+    if (node.isLast) {
+      imgNode.src = node.relpath+"ftv2blank.png";
+    } else {
+      imgNode.src = node.relpath+"ftv2vertline.png";
+    }
+  }
+  imgNode.border = "0";
+}
+
+function newNode(o, po, text, link, childrenData, lastNode)
+{
+  var node = new Object();
+  node.children = Array();
+  node.childrenData = childrenData;
+  node.depth = po.depth + 1;
+  node.relpath = po.relpath;
+  node.isLast = lastNode;
+
+  node.li = document.createElement("li");
+  po.getChildrenUL().appendChild(node.li);
+  node.parentNode = po;
+
+  node.itemDiv = document.createElement("div");
+  node.itemDiv.className = "item";
+
+  node.labelSpan = document.createElement("span");
+  node.labelSpan.className = "label";
+
+  createIndent(o,node.itemDiv,node,0);
+  node.itemDiv.appendChild(node.labelSpan);
+  node.li.appendChild(node.itemDiv);
+
+  var a = document.createElement("a");
+  node.labelSpan.appendChild(a);
+  node.label = document.createTextNode(text);
+  node.expanded = false;
+  a.appendChild(node.label);
+  if (link) {
+    var url;
+    if (link.substring(0,1)=='^') {
+      url = link.substring(1);
+      link = url;
+    } else {
+      url = node.relpath+link;
+    }
+    a.className = stripPath(link.replace('#',':'));
+    if (link.indexOf('#')!=-1) {
+      var aname = '#'+link.split('#')[1];
+      var srcPage = stripPath($(location).attr('pathname'));
+      var targetPage = stripPath(link.split('#')[0]);
+      a.href = srcPage!=targetPage ? url : '#';
+      a.onclick = function(){
+        if (!$(a).parent().parent().hasClass('selected'))
+        {
+          $('.item').removeClass('selected');
+          $('.item').removeAttr('id');
+          $(a).parent().parent().addClass('selected');
+          $(a).parent().parent().attr('id','selected');
+        }
+        var pos, anchor = $(aname), docContent = $('#doc-content');
+        if (anchor.parent().attr('class')=='memItemLeft') {
+          pos = anchor.parent().position().top;
+        } else if (anchor.position()) {
+          pos = anchor.position().top;
+        }
+        if (pos) {
+          var dist = Math.abs(Math.min(
+                     pos-docContent.offset().top,
+                     docContent[0].scrollHeight-
+                     docContent.height()-docContent.scrollTop()));
+          docContent.animate({
+            scrollTop: pos + docContent.scrollTop() - docContent.offset().top
+          },Math.max(50,Math.min(500,dist)),function(){
+            window.location.replace(aname);
+          });
+        }
+      };
+    } else {
+      a.href = url;
+    }
+  } else {
+    if (childrenData != null) 
+    {
+      a.className = "nolink";
+      a.href = "javascript:void(0)";
+      a.onclick = node.expandToggle.onclick;
+    }
+  }
+
+  node.childrenUL = null;
+  node.getChildrenUL = function() {
+    if (!node.childrenUL) {
+      node.childrenUL = document.createElement("ul");
+      node.childrenUL.className = "children_ul";
+      node.childrenUL.style.display = "none";
+      node.li.appendChild(node.childrenUL);
+    }
+    return node.childrenUL;
+  };
+
+  return node;
+}
+
+function showRoot()
+{
+  var headerHeight = $("#top").height();
+  var footerHeight = $("#nav-path").height();
+  var windowHeight = $(window).height() - headerHeight - footerHeight;
+  (function (){ // retry until we can scroll to the selected item
+    try {
+      var navtree=$('#nav-tree');
+      navtree.scrollTo('#selected',0,{offset:-windowHeight/2});
+    } catch (err) {
+      setTimeout(arguments.callee, 0);
+    }
+  })();
+}
+
+function expandNode(o, node, imm, showRoot)
+{
+  if (node.childrenData && !node.expanded) {
+    if (typeof(node.childrenData)==='string') {
+      var varName    = node.childrenData;
+      getScript(node.relpath+varName,function(){
+        node.childrenData = getData(varName);
+        expandNode(o, node, imm, showRoot);
+      }, showRoot);
+    } else {
+      if (!node.childrenVisited) {
+        getNode(o, node);
+      } if (imm || ($.browser.msie && $.browser.version>8)) { 
+        // somehow slideDown jumps to the start of tree for IE9 :-(
+        $(node.getChildrenUL()).show();
+      } else {
+        $(node.getChildrenUL()).slideDown("fast");
+      }
+      if (node.isLast) {
+        node.plus_img.src = node.relpath+"ftv2mlastnode.png";
+      } else {
+        node.plus_img.src = node.relpath+"ftv2mnode.png";
+      }
+      node.expanded = true;
+    }
+  }
+}
+
+function glowEffect(n,duration)
+{
+  n.addClass('glow').delay(duration).queue(function(next){
+    $(this).removeClass('glow');next();
+  });
+}
+
+function highlightAnchor()
+{
+  var anchor = $($(location).attr('hash'));
+  if (anchor.parent().attr('class')=='memItemLeft'){
+    var rows = $('.memberdecls tr[class$="'+
+               window.location.hash.substring(1)+'"]');
+    glowEffect(rows.children(),300); // member without details
+  } else if (anchor.parents().slice(2).prop('tagName')=='TR') {
+    glowEffect(anchor.parents('div.memitem'),1000); // enum value
+  } else if (anchor.parent().is(":header")) {
+    glowEffect(anchor.parent(),1000); // section header
+  } else {
+    glowEffect(anchor.next(),1000); // normal member
+  }
+}
+
+function selectAndHighlight(n)
+{
+  var a;
+  if ($(location).attr('hash')) {
+    var link=stripPath($(location).attr('pathname'))+':'+
+      $(location).attr('hash').substring(1);
+    a=$('.item a[class$="'+link+'"]');
+  }
+  if (a && a.length) {
+    a.parent().parent().addClass('selected');
+    a.parent().parent().attr('id','selected');
+    highlightAnchor();
+  } else if (n) {
+    $(n.itemDiv).addClass('selected');
+    $(n.itemDiv).attr('id','selected');
+  }
+  showRoot();
+}
+
+function showNode(o, node, index)
+{
+  if (node && node.childrenData) {
+    if (typeof(node.childrenData)==='string') {
+      var varName    = node.childrenData;
+      getScript(node.relpath+varName,function(){
+        node.childrenData = getData(varName);
+        showNode(o,node,index);
+      },true);
+    } else {
+      if (!node.childrenVisited) {
+        getNode(o, node);
+      }
+      $(node.getChildrenUL()).show();
+      if (node.isLast) {
+        node.plus_img.src = node.relpath+"ftv2mlastnode.png";
+      } else {
+        node.plus_img.src = node.relpath+"ftv2mnode.png";
+      }
+      node.expanded = true;
+      var n = node.children[o.breadcrumbs[index]];
+      if (index+1<o.breadcrumbs.length) {
+        showNode(o,n,index+1);
+      } else {
+        if (typeof(n.childrenData)==='string') {
+          var varName = n.childrenData;
+          getScript(n.relpath+varName,function(){
+            n.childrenData = getData(varName);
+            node.expanded=false;
+            showNode(o,node,index); // retry with child node expanded
+          },true);
+        } else {
+          var rootBase = o.toroot.replace(/\..+$/, '');
+          if (rootBase=="index" || rootBase=="pages") {
+            expandNode(o, n, true, true);
+          }
+          selectAndHighlight(n);
+        }
+      }
+    }
+  } else {
+    selectAndHighlight();
+  }
+}
+
+function getNode(o, po)
+{
+  po.childrenVisited = true;
+  var l = po.childrenData.length-1;
+  for (var i in po.childrenData) {
+    var nodeData = po.childrenData[i];
+    po.children[i] = newNode(o, po, nodeData[0], nodeData[1], nodeData[2],
+      i==l);
+  }
+}
+
+function gotoNode(o,subIndex,root,hash,relpath)
+{
+  var nti = navTreeSubIndices[subIndex][root+hash];
+  o.breadcrumbs = nti ? nti : navTreeSubIndices[subIndex][root];
+  if (!o.breadcrumbs && root!=NAVTREE[0][1]) { // fallback: show index
+    navTo(o,NAVTREE[0][1],"",relpath);
+    $('.item').removeClass('selected');
+    $('.item').removeAttr('id');
+  }
+  if (o.breadcrumbs) {
+    o.breadcrumbs.unshift(0); // add 0 for root node
+    showNode(o, o.node, 0);
+  }
+}
+
+function navTo(o,root,hash,relpath)
+{
+  if (hash.match(/^#l\d+$/)) {
+    var anchor=$('a[name='+hash.substring(1)+']');
+    glowEffect(anchor.parent(),1000); // line number
+    hash=''; // strip line number anchors
+  }
+  var url=root+hash;
+  var i=-1;
+  while (NAVTREEINDEX[i+1]<=url) i++;
+  if (navTreeSubIndices[i]) {
+    gotoNode(o,i,root,hash,relpath)
+  } else {
+    getScript(relpath+'navtreeindex'+i,function(){
+      navTreeSubIndices[i] = eval('NAVTREEINDEX'+i);
+      if (navTreeSubIndices[i]) {
+        gotoNode(o,i,root,hash,relpath);
+      }
+    },true);
+  }
+}
+
+function initNavTree(toroot,relpath)
+{
+  var o = new Object();
+  o.toroot = toroot;
+  o.node = new Object();
+  o.node.li = document.getElementById("nav-tree-contents");
+  o.node.childrenData = NAVTREE;
+  o.node.children = new Array();
+  o.node.childrenUL = document.createElement("ul");
+  o.node.getChildrenUL = function() { return o.node.childrenUL; };
+  o.node.li.appendChild(o.node.childrenUL);
+  o.node.depth = 0;
+  o.node.relpath = relpath;
+  o.node.expanded = false;
+  o.node.isLast = true;
+  o.node.plus_img = document.createElement("img");
+  o.node.plus_img.src = relpath+"ftv2pnode.png";
+  o.node.plus_img.width = 16;
+  o.node.plus_img.height = 22;
+
+  navTo(o,toroot,window.location.hash,relpath);
+
+  $(window).bind('hashchange', function(){
+     if (window.location.hash && window.location.hash.length>1){
+       var a;
+       if ($(location).attr('hash')){
+         var clslink=stripPath($(location).attr('pathname'))+':'+
+                               $(location).attr('hash').substring(1);
+         a=$('.item a[class$="'+clslink+'"]');
+       }
+       if (a==null || !$(a).parent().parent().hasClass('selected')){
+         $('.item').removeClass('selected');
+         $('.item').removeAttr('id');
+       }
+       var link=stripPath2($(location).attr('pathname'));
+       navTo(o,link,$(location).attr('hash'),relpath);
+     }
+  })
+
+  $(window).load(showRoot);
+}
+