git://source.jalview.org / jabaws.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
WSTester updated to work plus hopefully all the other changes that need to go into...
[jabaws.git] / binaries / src / ViennaRNA / lib / intl11.h
diff --git a/binaries/src/ViennaRNA/lib/intl11.h b/binaries/src/ViennaRNA/lib/intl11.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..6349efd
--- /dev/null
+++ b/binaries/src/ViennaRNA/lib/intl11.h
@@ -0,0 +1,393 @@
+PUBLIC int int11_37[NBPAIRS+1][NBPAIRS+1][5][5] =
+{{{{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  }
+ ,{{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  }
+ ,{{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  }
+ ,{{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  }
+ ,{{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  }
+ ,{{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  }
+ ,{{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  }
+ ,{{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  }
+ }
+,{{{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  }
+ ,{{    90,    90,    50,    50,    50}
+  ,{    90,    90,    50,    50,    50}
+  ,{    50,    50,    50,    50,    50}
+  ,{    50,    50,    50,  -140,    50}
+  ,{    50,    50,    50,    50,    40}
+  }
+ ,{{    90,    90,    50,    50,    60}
+  ,{    90,    90,   -40,    50,    50}
+  ,{    60,    30,    50,    50,    60}
+  ,{    50,   -10,    50,  -220,    50}
+  ,{    50,    50,     0,    50,   -10}
+  }
+ ,{{   120,   120,   120,   120,   120}
+  ,{   120,    60,    50,   120,   120}
+  ,{   120,   120,   120,   120,   120}
+  ,{   120,   -20,   120,  -140,   120}
+  ,{   120,   120,   100,   120,   110}
+  }
+ ,{{   220,   220,   170,   120,   120}
+  ,{   220,   220,   130,   120,   120}
+  ,{   170,   120,   170,   120,   120}
+  ,{   120,   120,   120,  -140,   120}
+  ,{   120,   120,   120,   120,   110}
+  }
+ ,{{   120,   120,   120,   120,   120}
+  ,{   120,   120,   120,   120,   120}
+  ,{   120,   120,   120,   120,   120}
+  ,{   120,   120,   120,  -140,   120}
+  ,{   120,   120,   120,   120,    80}
+  }
+ ,{{   120,   120,   120,   120,   120}
+  ,{   120,   120,   120,   120,   120}
+  ,{   120,   120,   120,   120,   120}
+  ,{   120,   120,   120,  -140,   120}
+  ,{   120,   120,   120,   120,   120}
+  }
+ ,{{   220,   220,   170,   120,   120}
+  ,{   220,   220,   130,   120,   120}
+  ,{   170,   120,   170,   120,   120}
+  ,{   120,   120,   120,  -140,   120}
+  ,{   120,   120,   120,   120,   120}
+  }
+ }
+,{{{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  }
+ ,{{    90,    90,    60,    50,    50}
+  ,{    90,    90,    30,   -10,    50}
+  ,{    50,   -40,    50,    50,     0}
+  ,{    50,    50,    50,  -220,    50}
+  ,{    60,    50,    60,    50,   -10}
+  }
+ ,{{    80,    80,    50,    50,    50}
+  ,{    80,    80,    50,    50,    50}
+  ,{    50,    50,    50,    50,    50}
+  ,{    50,    50,    50,  -230,    50}
+  ,{    50,    50,    50,    50,   -60}
+  }
+ ,{{   190,   190,   120,   150,   150}
+  ,{   190,   190,   120,   150,   120}
+  ,{   120,   120,   120,   120,   120}
+  ,{   120,   120,   120,  -140,   120}
+  ,{   150,   120,   120,   120,   150}
+  }
+ ,{{   160,   160,   120,   120,   120}
+  ,{   160,   160,   120,   100,   120}
+  ,{   120,   120,   120,   120,   120}
+  ,{   120,   120,   120,  -140,   120}
+  ,{   120,   120,   120,   120,    70}
+  }
+ ,{{   120,   120,   120,   120,   120}
+  ,{   120,   120,   120,   120,   120}
+  ,{   120,   120,   120,   120,   120}
+  ,{   120,   120,   120,  -140,   120}
+  ,{   120,   120,   120,   120,    80}
+  }
+ ,{{   120,   120,   120,   120,   120}
+  ,{   120,   120,   120,   120,   120}
+  ,{   120,   120,   120,   120,   120}
+  ,{   120,   120,   120,  -140,   120}
+  ,{   120,   120,   120,   120,   120}
+  }
+ ,{{   190,   190,   120,   150,   150}
+  ,{   190,   190,   120,   150,   120}
+  ,{   120,   120,   120,   120,   120}
+  ,{   120,   120,   120,  -140,   120}
+  ,{   150,   120,   120,   120,   150}
+  }
+ }
+,{{{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  }
+ ,{{   120,   120,   120,   120,   120}
+  ,{   120,    60,   120,   -20,   120}
+  ,{   120,    50,   120,   120,   100}
+  ,{   120,   120,   120,  -140,   120}
+  ,{   120,   120,   120,   120,   110}
+  }
+ ,{{   190,   190,   120,   120,   150}
+  ,{   190,   190,   120,   120,   120}
+  ,{   120,   120,   120,   120,   120}
+  ,{   150,   150,   120,  -140,   120}
+  ,{   150,   120,   120,   120,   150}
+  }
+ ,{{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   -70,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   120}
+  }
+ ,{{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   -70,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   160}
+  }
+ ,{{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   -70,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   120}
+  }
+ ,{{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   -70,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   160}
+  }
+ ,{{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   -70,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   160}
+  }
+ }
+,{{{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  }
+ ,{{   220,   220,   170,   120,   120}
+  ,{   220,   220,   120,   120,   120}
+  ,{   170,   130,   170,   120,   120}
+  ,{   120,   120,   120,  -140,   120}
+  ,{   120,   120,   120,   120,   110}
+  }
+ ,{{   160,   160,   120,   120,   120}
+  ,{   160,   160,   120,   120,   120}
+  ,{   120,   120,   120,   120,   120}
+  ,{   120,   100,   120,  -140,   120}
+  ,{   120,   120,   120,   120,    70}
+  }
+ ,{{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   -70,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   160}
+  }
+ ,{{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   -70,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   190}
+  }
+ ,{{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   -70,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   160}
+  }
+ ,{{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   -70,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   190}
+  }
+ ,{{   220,   220,   190,   190,   190}
+  ,{   220,   220,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   -70,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   190}
+  }
+ }
+,{{{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  }
+ ,{{   120,   120,   120,   120,   120}
+  ,{   120,   120,   120,   120,   120}
+  ,{   120,   120,   120,   120,   120}
+  ,{   120,   120,   120,  -140,   120}
+  ,{   120,   120,   120,   120,    80}
+  }
+ ,{{   120,   120,   120,   120,   120}
+  ,{   120,   120,   120,   120,   120}
+  ,{   120,   120,   120,   120,   120}
+  ,{   120,   120,   120,  -140,   120}
+  ,{   120,   120,   120,   120,    80}
+  }
+ ,{{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   -70,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   120}
+  }
+ ,{{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   -70,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   160}
+  }
+ ,{{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   -70,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   120}
+  }
+ ,{{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   -70,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   150}
+  }
+ ,{{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   -70,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   160}
+  }
+ }
+,{{{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  }
+ ,{{   120,   120,   120,   120,   120}
+  ,{   120,   120,   120,   120,   120}
+  ,{   120,   120,   120,   120,   120}
+  ,{   120,   120,   120,  -140,   120}
+  ,{   120,   120,   120,   120,   120}
+  }
+ ,{{   120,   120,   120,   120,   120}
+  ,{   120,   120,   120,   120,   120}
+  ,{   120,   120,   120,   120,   120}
+  ,{   120,   120,   120,  -140,   120}
+  ,{   120,   120,   120,   120,   120}
+  }
+ ,{{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   -70,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   160}
+  }
+ ,{{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   -70,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   190}
+  }
+ ,{{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   -70,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   150}
+  }
+ ,{{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   -70,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   170}
+  }
+ ,{{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   -70,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   190}
+  }
+ }
+,{{{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  }
+ ,{{   220,   220,   170,   120,   120}
+  ,{   220,   220,   120,   120,   120}
+  ,{   170,   130,   170,   120,   120}
+  ,{   120,   120,   120,  -140,   120}
+  ,{   120,   120,   120,   120,   120}
+  }
+ ,{{   190,   190,   120,   120,   150}
+  ,{   190,   190,   120,   120,   120}
+  ,{   120,   120,   120,   120,   120}
+  ,{   150,   150,   120,  -140,   120}
+  ,{   150,   120,   120,   120,   150}
+  }
+ ,{{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   -70,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   160}
+  }
+ ,{{   220,   220,   190,   190,   190}
+  ,{   220,   220,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   -70,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   190}
+  }
+ ,{{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   -70,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   160}
+  }
+ ,{{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   -70,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   190}
+  }
+ ,{{   220,   220,   190,   190,   190}
+  ,{   220,   220,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   -70,   190}
+  ,{   190,   190,   190,   190,   190}
+  }
+ }};