git://source.jalview.org / jabaws.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
WSTester updated to work plus hopefully all the other changes that need to go into...
[jabaws.git] / binaries / src / ViennaRNA / lib / intl11dH.h
diff --git a/binaries/src/ViennaRNA/lib/intl11dH.h b/binaries/src/ViennaRNA/lib/intl11dH.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..85b7f47
--- /dev/null
+++ b/binaries/src/ViennaRNA/lib/intl11dH.h
@@ -0,0 +1,393 @@
+PUBLIC int int11_dH[NBPAIRS+1][NBPAIRS+1][5][5] =
+{{{{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  }
+ ,{{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  }
+ ,{{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  }
+ ,{{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  }
+ ,{{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  }
+ ,{{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  }
+ ,{{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  }
+ ,{{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  }
+ }
+,{{{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  }
+ ,{{ -1050, -1050, -1050, -1050, -1050}
+  ,{ -1050, -1050, -1050, -1050, -1050}
+  ,{ -1050, -1050, -1050, -1050, -1050}
+  ,{ -1050, -1050, -1050, -1840, -1050}
+  ,{ -1050, -1050, -1050, -1050, -1050}
+  }
+ ,{{ -1050, -1050, -1050, -1050, -1050}
+  ,{ -1050, -1050, -1050, -1050, -1050}
+  ,{ -1050, -1050, -1050, -1050, -1050}
+  ,{ -1050, -1050, -1050, -1840, -1050}
+  ,{ -1050, -1050, -1050, -1050, -1390}
+  }
+ ,{{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550, -1340,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -890}
+  }
+ ,{{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550, -1340,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  }
+ ,{{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550, -1340,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -890}
+  }
+ ,{{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550, -1340,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  }
+ ,{{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550, -1340,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  }
+ }
+,{{{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  }
+ ,{{ -1050, -1050, -1050, -1050, -1050}
+  ,{ -1050, -1050, -1050, -1050, -1050}
+  ,{ -1050, -1050, -1050, -1050, -1050}
+  ,{ -1050, -1050, -1050, -1840, -1050}
+  ,{ -1050, -1050, -1050, -1050, -1390}
+  }
+ ,{{ -1050, -1050, -1050, -1050, -1050}
+  ,{ -1050, -1050, -1050, -1050, -1050}
+  ,{ -1050, -1050, -1050, -1050, -1050}
+  ,{ -1050, -1050, -1050, -1840, -1050}
+  ,{ -1050, -1050, -1050, -1050, -1730}
+  }
+ ,{{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550, -1340,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550, -1230}
+  }
+ ,{{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550, -1340,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -890}
+  }
+ ,{{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550, -1340,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550, -1230}
+  }
+ ,{{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550, -1340,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -890}
+  }
+ ,{{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550, -1340,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -890}
+  }
+ }
+,{{{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  }
+ ,{{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550, -1340,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -890}
+  }
+ ,{{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550, -1340,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550, -1230}
+  }
+ ,{{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,  -830,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,  -730}
+  }
+ ,{{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,  -830,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,  -390}
+  }
+ ,{{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,  -830,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,  -730}
+  }
+ ,{{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,  -830,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,  -390}
+  }
+ ,{{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,  -830,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,  -390}
+  }
+ }
+,{{{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  }
+ ,{{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550, -1340,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  }
+ ,{{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550, -1340,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -890}
+  }
+ ,{{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,  -830,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,  -390}
+  }
+ ,{{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,  -830,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  }
+ ,{{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,  -830,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,  -390}
+  }
+ ,{{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,  -830,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  }
+ ,{{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,  -830,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  }
+ }
+,{{{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  }
+ ,{{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550, -1340,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -890}
+  }
+ ,{{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550, -1340,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550, -1230}
+  }
+ ,{{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,  -830,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,  -730}
+  }
+ ,{{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,  -830,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,  -390}
+  }
+ ,{{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,  -830,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,  -730}
+  }
+ ,{{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,  -830,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,  -390}
+  }
+ ,{{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,  -830,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,  -390}
+  }
+ }
+,{{{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  }
+ ,{{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550, -1340,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  }
+ ,{{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550, -1340,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -890}
+  }
+ ,{{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,  -830,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,  -390}
+  }
+ ,{{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,  -830,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  }
+ ,{{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,  -830,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,  -390}
+  }
+ ,{{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,  -830,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  }
+ ,{{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,  -830,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  }
+ }
+,{{{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
+  }
+ ,{{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550, -1340,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  }
+ ,{{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550, -1340,  -550}
+  ,{  -550,  -550,  -550,  -550,  -890}
+  }
+ ,{{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,  -830,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,  -390}
+  }
+ ,{{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,  -830,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  }
+ ,{{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,  -830,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,  -390}
+  }
+ ,{{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,  -830,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  }
+ ,{{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,  -830,   -50}
+  ,{   -50,   -50,   -50,   -50,   -50}
+  }
+ }};