--- /dev/null
+## RNAfold parameter file v2.0
+
+/* This file contains energy parameters for folding DNA */
+/* The parameters were made available by David Mathews */
+/* and are identical to the ones distributed with RNAstructure */
+
+/* WARNING!! This file is still incomplete and largely untested */
+/* It does not contain: */
+/* terminal mismatch energies for 1xn and 2x3 loops */
+/* we currently still use dangling ends instead of terminal mismatches */
+/* in multi-loops and the exterior loop. */
+/* There's no special parameters for co-axial stacking */
+
+# stack
+/* CG GC GU UG AU UA @ */
+ -220 -190 -20 -60 -130 -160 0
+ -190 -220 DEF 0 -160 -130 0
+ -20 DEF 130 80 -10 40 0
+ -60 0 80 20 70 40 0
+ -130 -160 -10 70 -80 -100 0
+ -160 -130 40 40 -100 -60 0
+ 0 0 0 0 0 0 0
+
+# stack_enthalpies
+/* CG GC GU UG AU UA @ */
+ -980 -750 -240 -430 -580 -990 0
+ -750 -790 -240 430 -780 -850 0
+ -240 -240 500 800 -170 -90 0
+ -430 430 800 -670 370 -90 0
+ -580 -780 -170 370 -530 -720 0
+ -990 -850 -90 -90 -720 -670 0
+ 0 0 0 0 0 0 0
+
+# mismatch_hairpin
+ -40 -60 -40 -60 -60
+ -40 -60 -40 -60 -60
+ -40 -60 -40 -60 -60
+ -40 -60 -40 -60 -60
+ -40 -60 -40 -60 -60
+ DEF -100 DEF -60 -80
+ DEF -100 DEF -60 -80
+ DEF -100 DEF -60 -80
+ DEF -100 DEF -60 -80
+ DEF -100 DEF -60 -80
+ -30 -80 -30 -40 -60
+ -30 -80 -30 -40 -60
+ -30 -80 -30 -40 -60
+ -30 -80 -30 -40 -60
+ -30 -80 -30 -40 -60
+ -20 -20 -20 -40 -60
+ -20 -20 -20 -40 -60
+ -20 -20 -20 -40 -60
+ -20 -20 -20 -40 -60
+ -20 -20 -20 -40 -60
+ 90 -10 30 90 30
+ 90 -10 30 90 30
+ 90 -10 30 90 30
+ 90 -10 30 90 30
+ 90 -10 30 90 30
+ -20 -20 -20 -40 -60
+ -20 -20 -20 -40 -60
+ -20 -20 -20 -40 -60
+ -20 -20 -20 -40 -60
+ -20 -20 -20 -40 -60
+ 90 -10 30 90 30
+ 90 -10 30 90 30
+ 90 -10 30 90 30
+ 90 -10 30 90 30
+ 90 -10 30 90 30
+
+# mismatch_hairpin_enthalpies
+ -420 -460 -420 -470 -500
+ -420 -460 -420 -470 -500
+ -420 -460 -420 -470 -500
+ -420 -460 -420 -470 -500
+ -420 -460 -420 -470 -500
+ -90 -620 -330 -510 -90
+ -90 -620 -330 -510 -90
+ -90 -620 -330 -510 -90
+ -90 -620 -330 -510 -90
+ -90 -620 -330 -510 -90
+ 230 -300 -10 -190 230
+ 230 -300 -10 -190 230
+ 230 -300 -10 -190 230
+ 230 -300 -10 -190 230
+ 230 -300 -10 -190 230
+ 230 230 170 70 -580
+ 230 230 170 70 -580
+ 230 230 170 70 -580
+ 230 230 170 70 -580
+ 230 230 170 70 -580
+ 520 400 520 470 430
+ 520 400 520 470 430
+ 520 400 520 470 430
+ 520 400 520 470 430
+ 520 400 520 470 430
+ 230 230 170 70 -580
+ 230 230 170 70 -580
+ 230 230 170 70 -580
+ 230 230 170 70 -580
+ 230 230 170 70 -580
+ 520 400 520 470 430
+ 520 400 520 470 430
+ 520 400 520 470 430
+ 520 400 520 470 430
+ 520 400 520 470 430
+
+# mismatch_interior
+ -40 -60 -40 -60 -60
+ -40 -60 -40 -60 -60
+ -40 -60 -40 -60 -60
+ -40 -60 -40 -60 -60
+ -40 -60 -40 -60 -60
+ DEF -100 DEF -60 -80
+ DEF -100 DEF -60 -80
+ DEF -100 DEF -60 -80
+ DEF -100 DEF -60 -80
+ DEF -100 DEF -60 -80
+ -30 -80 -30 -40 -60
+ -30 -80 -30 -40 -60
+ -30 -80 -30 -40 -60
+ -30 -80 -30 -40 -60
+ -30 -80 -30 -40 -60
+ -20 -20 -20 -40 -60
+ -20 -20 -20 -40 -60
+ -20 -20 -20 -40 -60
+ -20 -20 -20 -40 -60
+ -20 -20 -20 -40 -60
+ 90 -10 30 90 30
+ 90 -10 30 90 30
+ 90 -10 30 90 30
+ 90 -10 30 90 30
+ 90 -10 30 90 30
+ -20 -20 -20 -40 -60
+ -20 -20 -20 -40 -60
+ -20 -20 -20 -40 -60
+ -20 -20 -20 -40 -60
+ -20 -20 -20 -40 -60
+ 90 -10 30 90 30
+ 90 -10 30 90 30
+ 90 -10 30 90 30
+ 90 -10 30 90 30
+ 90 -10 30 90 30
+
+# mismatch_interior_enthalpies
+ -420 -460 -420 -470 -500
+ -420 -460 -420 -470 -500
+ -420 -460 -420 -470 -500
+ -420 -460 -420 -470 -500
+ -420 -460 -420 -470 -500
+ -90 -620 -330 -510 -90
+ -90 -620 -330 -510 -90
+ -90 -620 -330 -510 -90
+ -90 -620 -330 -510 -90
+ -90 -620 -330 -510 -90
+ 230 -300 -10 -190 230
+ 230 -300 -10 -190 230
+ 230 -300 -10 -190 230
+ 230 -300 -10 -190 230
+ 230 -300 -10 -190 230
+ 230 230 170 70 -580
+ 230 230 170 70 -580
+ 230 230 170 70 -580
+ 230 230 170 70 -580
+ 230 230 170 70 -580
+ 520 400 520 470 430
+ 520 400 520 470 430
+ 520 400 520 470 430
+ 520 400 520 470 430
+ 520 400 520 470 430
+ 230 230 170 70 -580
+ 230 230 170 70 -580
+ 230 230 170 70 -580
+ 230 230 170 70 -580
+ 230 230 170 70 -580
+ 520 400 520 470 430
+ 520 400 520 470 430
+ 520 400 520 470 430
+ 520 400 520 470 430
+ 520 400 520 470 430
+
+# mismatch_interior_1n
+ -40 -60 -40 -60 -60
+ -40 -60 -40 -60 -60
+ -40 -60 -40 -60 -60
+ -40 -60 -40 -60 -60
+ -40 -60 -40 -60 -60
+ DEF -100 DEF -60 -80
+ DEF -100 DEF -60 -80
+ DEF -100 DEF -60 -80
+ DEF -100 DEF -60 -80
+ DEF -100 DEF -60 -80
+ -30 -80 -30 -40 -60
+ -30 -80 -30 -40 -60
+ -30 -80 -30 -40 -60
+ -30 -80 -30 -40 -60
+ -30 -80 -30 -40 -60
+ -20 -20 -20 -40 -60
+ -20 -20 -20 -40 -60
+ -20 -20 -20 -40 -60
+ -20 -20 -20 -40 -60
+ -20 -20 -20 -40 -60
+ 90 -10 30 90 30
+ 90 -10 30 90 30
+ 90 -10 30 90 30
+ 90 -10 30 90 30
+ 90 -10 30 90 30
+ -20 -20 -20 -40 -60
+ -20 -20 -20 -40 -60
+ -20 -20 -20 -40 -60
+ -20 -20 -20 -40 -60
+ -20 -20 -20 -40 -60
+ 90 -10 30 90 30
+ 90 -10 30 90 30
+ 90 -10 30 90 30
+ 90 -10 30 90 30
+ 90 -10 30 90 30
+
+# mismatch_interior_1n_enthalpies
+ -420 -460 -420 -470 -500
+ -420 -460 -420 -470 -500
+ -420 -460 -420 -470 -500
+ -420 -460 -420 -470 -500
+ -420 -460 -420 -470 -500
+ -90 -620 -330 -510 -90
+ -90 -620 -330 -510 -90
+ -90 -620 -330 -510 -90
+ -90 -620 -330 -510 -90
+ -90 -620 -330 -510 -90
+ 230 -300 -10 -190 230
+ 230 -300 -10 -190 230
+ 230 -300 -10 -190 230
+ 230 -300 -10 -190 230
+ 230 -300 -10 -190 230
+ 230 230 170 70 -580
+ 230 230 170 70 -580
+ 230 230 170 70 -580
+ 230 230 170 70 -580
+ 230 230 170 70 -580
+ 520 400 520 470 430
+ 520 400 520 470 430
+ 520 400 520 470 430
+ 520 400 520 470 430
+ 520 400 520 470 430
+ 230 230 170 70 -580
+ 230 230 170 70 -580
+ 230 230 170 70 -580
+ 230 230 170 70 -580
+ 230 230 170 70 -580
+ 520 400 520 470 430
+ 520 400 520 470 430
+ 520 400 520 470 430
+ 520 400 520 470 430
+ 520 400 520 470 430
+
+# mismatch_interior_23
+ -40 -60 -40 -60 -60
+ -40 -60 -40 -60 -60
+ -40 -60 -40 -60 -60
+ -40 -60 -40 -60 -60
+ -40 -60 -40 -60 -60
+ DEF -100 DEF -60 -80
+ DEF -100 DEF -60 -80
+ DEF -100 DEF -60 -80
+ DEF -100 DEF -60 -80
+ DEF -100 DEF -60 -80
+ -30 -80 -30 -40 -60
+ -30 -80 -30 -40 -60
+ -30 -80 -30 -40 -60
+ -30 -80 -30 -40 -60
+ -30 -80 -30 -40 -60
+ -20 -20 -20 -40 -60
+ -20 -20 -20 -40 -60
+ -20 -20 -20 -40 -60
+ -20 -20 -20 -40 -60
+ -20 -20 -20 -40 -60
+ 90 -10 30 90 30
+ 90 -10 30 90 30
+ 90 -10 30 90 30
+ 90 -10 30 90 30
+ 90 -10 30 90 30
+ -20 -20 -20 -40 -60
+ -20 -20 -20 -40 -60
+ -20 -20 -20 -40 -60
+ -20 -20 -20 -40 -60
+ -20 -20 -20 -40 -60
+ 90 -10 30 90 30
+ 90 -10 30 90 30
+ 90 -10 30 90 30
+ 90 -10 30 90 30
+ 90 -10 30 90 30
+
+# mismatch_interior_23_enthalpies
+ -420 -460 -420 -470 -500
+ -420 -460 -420 -470 -500
+ -420 -460 -420 -470 -500
+ -420 -460 -420 -470 -500
+ -420 -460 -420 -470 -500
+ -90 -620 -330 -510 -90
+ -90 -620 -330 -510 -90
+ -90 -620 -330 -510 -90
+ -90 -620 -330 -510 -90
+ -90 -620 -330 -510 -90
+ 230 -300 -10 -190 230
+ 230 -300 -10 -190 230
+ 230 -300 -10 -190 230
+ 230 -300 -10 -190 230
+ 230 -300 -10 -190 230
+ 230 230 170 70 -580
+ 230 230 170 70 -580
+ 230 230 170 70 -580
+ 230 230 170 70 -580
+ 230 230 170 70 -580
+ 520 400 520 470 430
+ 520 400 520 470 430
+ 520 400 520 470 430
+ 520 400 520 470 430
+ 520 400 520 470 430
+ 230 230 170 70 -580
+ 230 230 170 70 -580
+ 230 230 170 70 -580
+ 230 230 170 70 -580
+ 230 230 170 70 -580
+ 520 400 520 470 430
+ 520 400 520 470 430
+ 520 400 520 470 430
+ 520 400 520 470 430
+ 520 400 520 470 430
+
+# mismatch_multi
+/* @ A C G U */
+ -80 -140 -80 -100 -90
+ -130 -190 -130 -150 -140
+ -80 -140 -80 -100 -90
+ -90 -150 -90 -110 -100
+ -110 -170 -110 -130 -120
+ -40 -140 -70 -40 -90
+ -60 -160 -90 -60 -110
+ -40 -140 -70 -40 -90
+ -60 -160 -90 -60 -110
+ -60 -160 -90 -60 -110
+ -40 -140 -70 -40 -90
+ -60 -160 -90 -60 -110
+ -40 -140 -70 -40 -90
+ -60 -160 -90 -60 -110
+ -60 -160 -90 -60 -110
+ -80 -140 -80 -100 -90
+ -130 -190 -130 -150 -140
+ -80 -140 -80 -100 -90
+ -90 -150 -90 -110 -100
+ -110 -170 -110 -130 -120
+ -60 -80 -60 -90 -70
+ -60 -80 -60 -90 -70
+ -60 -80 -60 -90 -70
+ -80 -100 -80 -110 -90
+ -100 -120 -100 -130 -110
+ 120 80 120 80 90
+ 20 -20 20 -20 -10
+ 60 20 60 20 30
+ 120 80 120 80 90
+ 60 20 60 20 30
+ 120 80 120 80 90
+ 20 -20 20 -20 -10
+ 60 20 60 20 30
+ 120 80 120 80 90
+ 60 20 60 20 30
+
+# mismatch_multi_enthalpies
+/* @ A C G U */
+ -110 -280 -110 -490 -640
+ -640 -810 -640 -1020 -1170
+ -350 -520 -350 -730 -880
+ -530 -700 -530 -910 -1060
+ -110 -280 -110 -490 -640
+ -670 -1220 -670 -730 -810
+ -710 -1260 -710 -770 -850
+ -670 -1220 -670 -730 -810
+ -720 -1270 -720 -780 -860
+ -750 -1300 -750 -810 -890
+ -670 -1220 -670 -730 -810
+ -710 -1260 -710 -770 -850
+ -670 -1220 -670 -730 -810
+ -720 -1270 -720 -780 -860
+ -750 -1300 -750 -810 -890
+ -110 -280 -110 -490 -640
+ -640 -810 -640 -1020 -1170
+ -350 -520 -350 -730 -880
+ -530 -700 -530 -910 -1060
+ -110 -280 -110 -490 -640
+ 140 -590 140 -540 30
+ 110 -620 110 -570 0
+ 140 -590 140 -540 30
+ DEF -780 DEF -730 -160
+ -700 -1430 -700 -1380 -810
+ 830 630 830 450 460
+ 710 510 710 330 340
+ 830 630 830 450 460
+ 780 580 780 400 410
+ 740 540 740 360 370
+ 830 630 830 450 460
+ 710 510 710 330 340
+ 830 630 830 450 460
+ 780 580 780 400 410
+ 740 540 740 360 370
+
+# mismatch_exterior
+/* @ A C G U */
+ -80 -140 -80 -100 -90
+ -130 -190 -130 -150 -140
+ -80 -140 -80 -100 -90
+ -90 -150 -90 -110 -100
+ -110 -170 -110 -130 -120
+ -40 -140 -70 -40 -90
+ -60 -160 -90 -60 -110
+ -40 -140 -70 -40 -90
+ -60 -160 -90 -60 -110
+ -60 -160 -90 -60 -110
+ -40 -140 -70 -40 -90
+ -60 -160 -90 -60 -110
+ -40 -140 -70 -40 -90
+ -60 -160 -90 -60 -110
+ -60 -160 -90 -60 -110
+ -80 -140 -80 -100 -90
+ -130 -190 -130 -150 -140
+ -80 -140 -80 -100 -90
+ -90 -150 -90 -110 -100
+ -110 -170 -110 -130 -120
+ -60 -80 -60 -90 -70
+ -60 -80 -60 -90 -70
+ -60 -80 -60 -90 -70
+ -80 -100 -80 -110 -90
+ -100 -120 -100 -130 -110
+ 120 80 120 80 90
+ 20 -20 20 -20 -10
+ 60 20 60 20 30
+ 120 80 120 80 90
+ 60 20 60 20 30
+ 120 80 120 80 90
+ 20 -20 20 -20 -10
+ 60 20 60 20 30
+ 120 80 120 80 90
+ 60 20 60 20 30
+
+# mismatch_exterior_enthalpies
+/* @ A C G U */
+ -110 -280 -110 -490 -640
+ -640 -810 -640 -1020 -1170
+ -350 -520 -350 -730 -880
+ -530 -700 -530 -910 -1060
+ -110 -280 -110 -490 -640
+ -670 -1220 -670 -730 -810
+ -710 -1260 -710 -770 -850
+ -670 -1220 -670 -730 -810
+ -720 -1270 -720 -780 -860
+ -750 -1300 -750 -810 -890
+ -670 -1220 -670 -730 -810
+ -710 -1260 -710 -770 -850
+ -670 -1220 -670 -730 -810
+ -720 -1270 -720 -780 -860
+ -750 -1300 -750 -810 -890
+ -110 -280 -110 -490 -640
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+ -110 -280 -110 -490 -640
+ 140 -590 140 -540 30
+ 110 -620 110 -570 0
+ 140 -590 140 -540 30
+ DEF -780 DEF -730 -160
+ -700 -1430 -700 -1380 -810
+ 830 630 830 450 460
+ 710 510 710 330 340
+ 830 630 830 450 460
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+ 740 540 740 360 370
+ 830 630 830 450 460
+ 710 510 710 330 340
+ 830 630 830 450 460
+ 780 580 780 400 410
+ 740 540 740 360 370
+
+# dangle5
+/* @ A C G U */
+ DEF -100 DEF -60 -80
+ -40 -60 -40 -60 -60
+ -40 -60 -40 -60 -60
+ DEF -100 DEF -60 -80
+ -40 -40 -40 -60 -80
+ 70 -30 10 70 10
+ 70 -30 10 70 10
+
+# dangle5_enthalpies
+/* @ A C G U */
+ -90 -620 -330 -510 -90
+ -420 -460 -420 -470 -500
+ -420 -460 -420 -470 -500
+ -90 -620 -330 -510 -90
+ -60 -90 -60 -250 -900
+ 200 80 200 150 110
+ 200 80 200 150 110
+
+# dangle3
+/* @ A C G U */
+ -30 -90 -30 DEF -40
+ 0 -100 -30 0 DEF
+ 0 -100 -30 0 DEF
+ -30 -90 -30 DEF -40
+ -20 -40 -20 DEF -30
+ 50 10 50 10 20
+ 50 10 50 10 20
+
+# dangle3_enthalpies
+/* @ A C G U */
+ -20 -190 -20 -400 -550
+ -250 -800 -250 -310 -390
+ -250 -800 -250 -310 -390
+ -20 -190 -20 -400 -550
+ 200 -530 200 -480 90
+ 630 430 630 250 260
+ 630 430 630 250 260
+
+# int11
+/* CG..CG */
+ 160 90 160 90 90
+ 90 70 90 -20 90
+ 160 90 160 90 60
+ 90 -20 90 20 90
+ 90 90 60 90 0
+/* CG..GC */
+ 130 100 130 100 80
+ 50 50 10 -120 10
+ 130 100 130 100 80
+ 10 -40 10 -60 10
+ 100 100 70 100 70
+/* CG..GU */
+ 130 100 130 100 80
+ 50 50 10 -120 10
+ 130 100 130 100 80
+ 10 -40 10 -60 10
+ 100 100 70 100 70
+/* CG..UG */
+ 160 90 160 90 90
+ 90 70 90 -20 90
+ 160 90 160 90 60
+ 90 -20 90 20 90
+ 90 90 60 90 0
+/* CG..AU */
+ 180 120 180 120 110
+ 120 120 110 -80 110
+ 180 120 180 120 -60
+ 110 -10 110 -70 110
+ 120 120 0 120 -40
+/* CG..UA */
+ 220 140 220 140 170
+ 170 140 170 70 170
+ 220 140 220 140 120
+ 170 40 170 30 170
+ 140 140 120 140 80
+/* CG.. @ */
+ 220 140 220 140 170
+ 170 140 170 70 170
+ 220 140 220 140 120
+ 170 40 170 30 170
+ 140 140 120 140 80
+/* GC..CG */
+ 130 50 130 10 100
+ 100 50 100 -40 100
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+ 80 10 80 10 70
+/* GC..GC */
+ 100 40 100 40 90
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+ 100 40 100 40 70
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+ 90 40 70 40 90
+/* GC..GU */
+ 100 40 100 40 90
+ 40 20 40 -150 40
+ 100 40 100 40 70
+ 40 -150 40 -180 40
+ 90 40 70 40 90
+/* GC..UG */
+ 130 50 130 10 100
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+/* GC..AU */
+ 260 140 260 130 160
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+ 130 130 90 130 90
+/* GC..UA */
+ 200 120 200 120 170
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+ 200 120 200 120 40
+/* GC.. @ */
+ 260 140 260 130 170
+ 170 140 170 70 170
+ 260 130 260 130 160
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+ 200 130 200 130 90
+/* GU..CG */
+ 130 50 130 10 100
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+ 130 10 130 10 70
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+ 80 10 80 10 70
+/* GU..GC */
+ 100 40 100 40 90
+ 40 20 40 -150 40
+ 100 40 100 40 70
+ 40 -150 40 -180 40
+ 90 40 70 40 90
+/* GU..GU */
+ 100 40 100 40 90
+ 40 20 40 -150 40
+ 100 40 100 40 70
+ 40 -150 40 -180 40
+ 90 40 70 40 90
+/* GU..UG */
+ 130 50 130 10 100
+ 100 50 100 -40 100
+ 130 10 130 10 70
+ 100 -120 100 -60 100
+ 80 10 80 10 70
+/* GU..AU */
+ 260 140 260 130 160
+ 140 140 120 -20 120
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+ 120 10 120 -110 120
+ 130 130 90 130 90
+/* GU..UA */
+ 200 120 200 120 170
+ 170 70 170 70 170
+ 200 120 200 120 130
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+ 200 120 200 120 40
+/* GU.. @ */
+ 260 140 260 130 170
+ 170 140 170 70 170
+ 260 130 260 130 160
+ 170 40 170 50 170
+ 200 130 200 130 90
+/* UG..CG */
+ 160 90 160 90 90
+ 90 70 90 -20 90
+ 160 90 160 90 60
+ 90 -20 90 20 90
+ 90 90 60 90 0
+/* UG..GC */
+ 130 100 130 100 80
+ 50 50 10 -120 10
+ 130 100 130 100 80
+ 10 -40 10 -60 10
+ 100 100 70 100 70
+/* UG..GU */
+ 130 100 130 100 80
+ 50 50 10 -120 10
+ 130 100 130 100 80
+ 10 -40 10 -60 10
+ 100 100 70 100 70
+/* UG..UG */
+ 160 90 160 90 90
+ 90 70 90 -20 90
+ 160 90 160 90 60
+ 90 -20 90 20 90
+ 90 90 60 90 0
+/* UG..AU */
+ 180 120 180 120 110
+ 120 120 110 -80 110
+ 180 120 180 120 -60
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+ 120 120 0 120 -40
+/* UG..UA */
+ 220 140 220 140 170
+ 170 140 170 70 170
+ 220 140 220 140 120
+ 170 40 170 30 170
+ 140 140 120 140 80
+/* UG.. @ */
+ 220 140 220 140 170
+ 170 140 170 70 170
+ 220 140 220 140 120
+ 170 40 170 30 170
+ 140 140 120 140 80
+/* AU..CG */
+ 180 120 180 110 120
+ 120 120 120 -10 120
+ 180 110 180 110 0
+ 120 -80 120 -70 120
+ 110 110 -60 110 -40
+/* AU..GC */
+ 260 140 260 120 130
+ 140 140 130 10 130
+ 260 120 260 120 90
+ 130 -20 130 -110 130
+ 160 120 160 120 90
+/* AU..GU */
+ 260 140 260 120 130
+ 140 140 130 10 130
+ 260 120 260 120 90
+ 130 -20 130 -110 130
+ 160 120 160 120 90
+/* AU..UG */
+ 180 120 180 110 120
+ 120 120 120 -10 120
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+ 120 -80 120 -70 120
+ 110 110 -60 110 -40
+/* AU..AU */
+ 290 120 290 100 140
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+ 100 -40 100 -10 100
+ 140 120 60 100 140
+/* AU..UA */
+ 230 130 230 120 150
+ 150 130 150 50 150
+ 230 120 230 120 120
+ 150 0 150 40 150
+ 130 120 130 120 30
+/* AU.. @ */
+ 290 140 290 120 150
+ 150 140 150 50 150
+ 290 120 290 120 120
+ 150 0 150 40 150
+ 160 120 160 120 140
+/* UA..CG */
+ 220 170 220 170 140
+ 140 140 140 40 140
+ 220 170 220 170 120
+ 140 70 140 30 140
+ 170 170 120 170 80
+/* UA..GC */
+ 200 170 200 170 200
+ 120 70 120 40 120
+ 200 170 200 170 200
+ 120 70 120 50 120
+ 170 170 130 170 40
+/* UA..GU */
+ 200 170 200 170 200
+ 120 70 120 40 120
+ 200 170 200 170 200
+ 120 70 120 50 120
+ 170 170 130 170 40
+/* UA..UG */
+ 220 170 220 170 140
+ 140 140 140 40 140
+ 220 170 220 170 120
+ 140 70 140 30 140
+ 170 170 120 170 80
+/* UA..AU */
+ 230 150 230 150 130
+ 130 130 120 0 120
+ 230 150 230 150 130
+ 120 50 120 40 120
+ 150 150 120 150 30
+/* UA..UA */
+ 220 180 220 180 180
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+ 180 180 110 180 120
+/* UA.. @ */
+ 230 180 230 180 200
+ 180 160 180 90 180
+ 230 180 230 180 200
+ 180 90 180 100 180
+ 180 180 130 180 120
+/* @..CG */
+ 220 170 220 170 140
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+ 170 170 120 170 80
+/* @..GC */
+ 260 170 260 170 200
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+/* @..GU */
+ 260 170 260 170 200
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+ 260 170 260 170 200
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+ 170 170 160 170 90
+/* @..UG */
+ 220 170 220 170 140
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+/* @..AU */
+ 290 150 290 150 160
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+ 150 150 120 150 140
+/* @..UA */
+ 230 180 230 180 180
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+ 230 180 230 180 130
+ 180 90 180 100 180
+ 200 180 200 180 120
+/* @.. @ */
+ 290 180 290 180 200
+ 180 160 180 90 180
+ 290 180 290 180 200
+ 180 90 180 100 180
+ 200 180 200 180 140
+
+# int11_enthalpies
+/* CG..CG */
+ 610 610 510 610 510
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+ 610 610 510 10 510
+ 510 510 160 510 -270
+/* CG..GC */
+ 930 930 750 930 460
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+ 460 390 460 -90 460
+ 930 930 50 930 210
+/* CG..GU */
+ 930 930 750 930 460
+ 460 -60 460 130 460
+ 930 930 750 930 190
+ 460 390 460 -90 460
+ 930 930 50 930 210
+/* CG..UG */
+ 610 610 510 610 510
+ 610 400 510 610 510
+ 510 510 410 510 160
+ 610 610 510 10 510
+ 510 510 160 510 -270
+/* CG..AU */
+ 530 500 530 390 530
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+ 530 -630 530 -990 530
+ 390 390 -490 390 -750
+/* CG..UA */
+ 1320 1000 1320 1130 1320
+ 1320 1000 1320 1130 1320
+ 960 960 590 960 10
+ 1320 690 1320 -110 1320
+ 960 960 300 960 70
+/* CG.. @ */
+ 1320 1000 1320 1130 1320
+ 1320 1000 1320 1130 1320
+ 960 960 750 960 190
+ 1320 690 1320 10 1320
+ 960 960 300 960 210
+/* GC..CG */
+ 930 460 930 460 930
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+ 930 130 930 -90 930
+ 460 460 190 460 210
+/* GC..GC */
+ 600 390 600 390 390
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+ 390 390 -60 390 30
+/* GC..GU */
+ 600 390 600 390 390
+ 390 260 390 240 390
+ 600 390 600 390 -60
+ 390 240 390 -280 390
+ 390 390 -60 390 30
+/* GC..UG */
+ 930 460 930 460 930
+ 930 -60 930 390 930
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+ 460 460 190 460 210
+/* GC..AU */
+ 1280 1090 1280 1090 1160
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+/* GC..UA */
+ 1320 690 1320 1130 1320
+ 1320 -140 1320 1130 1320
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+/* GC.. @ */
+ 1320 1090 1320 1130 1320
+ 1320 1000 1320 1130 1320
+ 1290 1090 1290 1090 1160
+ 1320 890 1320 340 1320
+ 1090 1090 370 1090 210
+/* GU..CG */
+ 930 460 930 460 930
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+/* GU..GC */
+ 600 390 600 390 390
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+/* GU..GU */
+ 600 390 600 390 390
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+ 600 390 600 390 -60
+ 390 240 390 -280 390
+ 390 390 -60 390 30
+/* GU..UG */
+ 930 460 930 460 930
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+/* GU..AU */
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+/* GU..UA */
+ 1320 690 1320 1130 1320
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+/* GU.. @ */
+ 1320 1090 1320 1130 1320
+ 1320 1000 1320 1130 1320
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+/* UG..CG */
+ 610 610 510 610 510
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+ 510 510 160 510 -270
+/* UG..GC */
+ 930 930 750 930 460
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+ 930 930 50 930 210
+/* UG..GU */
+ 930 930 750 930 460
+ 460 -60 460 130 460
+ 930 930 750 930 190
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+ 930 930 50 930 210
+/* UG..UG */
+ 610 610 510 610 510
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+/* UG..AU */
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+/* UG..UA */
+ 1320 1000 1320 1130 1320
+ 1320 1000 1320 1130 1320
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+/* UG.. @ */
+ 1320 1000 1320 1130 1320
+ 1320 1000 1320 1130 1320
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+/* AU..CG */
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+/* AU..GU */
+ 1280 1000 1280 890 1090
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+/* AU..UG */
+ 530 530 390 530 390
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+/* AU..AU */
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+/* AU..UA */
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+/* AU.. @ */
+ 1470 1290 1470 1070 1090
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+/* UA..CG */
+ 1320 1320 960 1320 960
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+ 1320 1320 10 1320 70
+/* UA..GC */
+ 1320 1320 1290 1320 420
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+/* UA..GU */
+ 1320 1320 1290 1320 420
+ 690 -140 420 690 420
+ 1320 1320 1290 1320 370
+ 1130 1130 420 340 420
+ 1320 1320 -40 1320 -1000
+/* UA..UG */
+ 1320 1320 960 1320 960
+ 1000 1000 960 690 960
+ 1320 1320 590 1320 300
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+ 1320 1320 10 1320 70
+/* UA..AU */
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+/* UA..UA */
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+ 1430 1430 250 1430 620
+/* UA.. @ */
+ 1740 1430 1740 1430 1430
+ 1430 1290 1430 1190 1430
+ 1740 1430 1740 1430 370
+ 1430 1190 1430 840 1430
+ 1430 1430 250 1430 620
+/* @..CG */
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+/* @..GC */
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+/* @..GU */
+ 1320 1320 1290 1320 1090
+ 1090 1000 1090 890 1090
+ 1320 1320 1290 1320 370
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+ 1320 1320 1160 1320 210
+/* @..UG */
+ 1320 1320 960 1320 960
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+/* @..UA */
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+/* @.. @ */
+ 1740 1430 1740 1430 1430
+ 1430 1290 1430 1190 1430
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+ 1430 1430 1160 1430 620
+
+# int21
+/* CG.@..CG */
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+/* CG.A..CG */
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+/* CG.C..CG */
+ 540 470 540 470 440
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+ 470 470 470 470 440
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+/* CG.G..CG */
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+/* CG.@..GC */
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+/* CG.A..GC */
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+ 510 480 510 480 460
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+/* CG.G..GC */
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+/* CG.U..GC */
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+/* CG.@..GU */
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+/* CG.A..GU */
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+/* CG.C..GU */
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+/* CG.G..GU */
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+/* CG.U..GU */
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+ 480 480 450 480 450
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+/* CG.@..UG */
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+/* CG.A..UG */
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+/* CG.C..UG */
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+ 540 470 540 470 440
+ 470 470 470 470 440
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+/* CG.G..UG */
+ 470 360 470 400 470
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+/* CG.U..UG */
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+ 470 420 450 420 470
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+ 470 420 450 420 470
+/* GU.@..UG */
+ 510 430 510 390 480
+ 430 430 430 390 430
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+/* GU.A..UG */
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+/* GU.C..UG */
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+/* GU.G..UG */
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+/* GU.U..UG */
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+/* GU.@..AU */
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+/* GU.A..AU */
+ 520 520 500 360 500
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+/* GU.C..AU */
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+/* GU.G..AU */
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+/* GU.U..AU */
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+/* GU.A..UA */
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+/* GU.C..UA */
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+/* GU.G..UA */
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+/* GU.U..UA */
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+ 580 500 580 500 420
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+/* GU.@.. @ */
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+/* GU.A.. @ */
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+/* GU.C.. @ */
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+/* GU.G.. @ */
+ 550 420 550 430 550
+ 420 420 420 420 420
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+/* GU.U.. @ */
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+ 580 500 580 500 470
+ 510 510 500 510 470
+ 470 470 470 470 470
+/* UG.@..CG */
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+/* UG.A..CG */
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+/* UG.C..CG */
+ 540 470 540 470 440
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+ 540 470 540 470 440
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+/* UG.G..CG */
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+/* UG.U..CG */
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+/* UG.@..GC */
+ 510 480 510 480 460
+ 480 480 480 480 460
+ 510 480 510 480 460
+ 480 480 480 480 460
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+/* UG.A..GC */
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+ 430 430 390 260 390
+ 390 390 390 260 390
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+/* UG.C..GC */
+ 510 480 510 480 460
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+ 510 480 510 480 460
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+/* UG.G..GC */
+ 390 340 390 320 390
+ 340 340 340 320 340
+ 390 340 390 320 390
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+/* UG.U..GC */
+ 480 480 450 480 450
+ 480 480 450 480 450
+ 450 450 450 450 450
+ 480 480 450 480 450
+ 450 450 450 450 450
+/* UG.@..GU */
+ 510 480 510 480 460
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+/* UG.A..GU */
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+/* UG.C..GU */
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+/* UG.G..GU */
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+/* UG.U..GU */
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+/* UG.@..UG */
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+ 540 470 540 470 470
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+/* UG.A..UG */
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+/* UG.C..UG */
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+/* UG.G..UG */
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+/* UG.U..UG */
+ 470 470 440 470 380
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+ 440 440 440 440 380
+ 470 470 440 470 380
+ 380 380 380 380 380
+/* UG.@..AU */
+ 560 500 560 500 490
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+/* UG.A..AU */
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+/* UG.G..AU */
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+/* UG.U..AU */
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+ 500 500 380 500 340
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+ 500 500 380 500 340
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+/* UG.@..UA */
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+/* UG.A..UA */
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+/* UG.C..UA */
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+ 600 520 600 520 500
+ 520 520 520 520 500
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+/* UG.G..UA */
+ 550 420 550 410 550
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+ 410 410 410 410 410
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+/* UG.U..UA */
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+/* UG.@.. @ */
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+ 600 520 600 520 550
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+/* UG.A.. @ */
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+/* UG.C.. @ */
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+ 520 520 520 520 500
+ 600 520 600 520 500
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+ 500 500 500 500 500
+/* UG.G.. @ */
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+ 420 420 420 410 420
+ 550 420 550 410 550
+ 410 410 410 410 410
+ 550 420 550 410 550
+/* UG.U.. @ */
+ 520 520 500 520 460
+ 520 520 500 520 460
+ 500 500 500 500 460
+ 520 520 500 520 460
+ 460 460 460 460 460
+/* AU.@..CG */
+ 560 500 560 490 500
+ 500 500 500 490 500
+ 560 500 560 490 500
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+/* AU.A..CG */
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+ 500 500 500 370 500
+ 500 500 500 370 500
+ 370 370 370 370 370
+ 500 500 500 370 500
+/* AU.C..CG */
+ 560 490 560 490 380
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+ 560 490 560 490 380
+ 490 490 490 490 380
+ 380 380 380 380 380
+/* AU.G..CG */
+ 500 300 500 310 500
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+ 310 300 310 310 310
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+/* AU.U..CG */
+ 490 490 320 490 340
+ 490 490 320 490 340
+ 320 320 320 320 320
+ 490 490 320 490 340
+ 340 340 320 340 340
+/* AU.@..GC */
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+ 640 510 640 500 510
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+ 510 510 510 470 510
+/* AU.A..GC */
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+ 510 510 510 390 510
+/* AU.C..GC */
+ 640 500 640 500 470
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+ 640 500 640 500 470
+ 500 500 500 500 470
+ 470 470 470 470 470
+/* AU.G..GC */
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+ 510 360 510 270 510
+/* AU.U..GC */
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+ 640 550 640 550 580
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+/* @.A..GC */
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+/* @.C..GC */
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+/* @.G..GC */
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+/* @.U..GC */
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+/* @.@..GU */
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+/* @.A..GU */
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+/* @.C..GU */
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+/* @.G..GU */
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+/* @.U..GU */
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+
+# int21_enthalpies
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+/* CG.A..AU */
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+ 3210 3020 3210 3020 3210
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+/* CG.C..UA */
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+/* CG.U..UA */
+ 2850 2850 2190 2850 1960
+ 2850 2850 2190 2850 1960
+ 2190 2190 2190 2190 1960
+ 2850 2850 2190 2850 1960
+ 1960 1960 1960 1960 1960
+/* CG.@.. @ */
+ 3210 3020 3210 3020 3210
+ 3020 2890 2890 3020 2890
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+/* CG.A.. @ */
+ 3210 3020 3210 3020 3210
+ 3020 2890 2890 3020 2890
+ 3210 2890 3210 3020 3210
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+/* CG.C.. @ */
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+/* CG.G.. @ */
+ 3210 2580 3210 2500 3210
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+/* CG.U.. @ */
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+/* GC.@..CG */
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+/* GC.A..CG */
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+/* GC.C..CG */
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+/* GC.G..CG */
+ 2820 2020 2820 2020 2820
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+/* GC.U..CG */
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+/* GC.@..GC */
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+/* GC.A..GC */
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+/* GC.G..GC */
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+/* GC.U..GC */
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+/* GC.U..GU */
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+/* GC.U..UG */
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+/* GC.@..AU */
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+/* GC.G..AU */
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+/* GC.@..UA */
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+/* GC.G..UA */
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+/* GC.U..UA */
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+/* GC.A.. @ */
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+/* GC.C.. @ */
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+/* GC.G.. @ */
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+/* GC.U.. @ */
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+/* GU.C..GU */
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+/* GU.G..GU */
+ 2280 2130 2280 1610 2280
+ 2130 2130 2130 1610 2130
+ 2280 2130 2280 1610 2280
+ 1610 1610 1610 1610 1610
+ 2280 2130 2280 1610 2280
+/* GU.U..GU */
+ 2280 2280 2280 2280 2280
+ 2280 2280 2280 2280 2280
+ 2280 2280 1830 2280 1830
+ 2280 2280 2280 2280 2280
+ 2280 2280 1830 2280 1920
+/* GU.@..UG */
+ 2820 2350 2820 2350 2820
+ 2350 2350 2350 2350 2350
+ 2820 2350 2820 2350 2820
+ 2350 2350 2350 2350 2350
+ 2820 2350 2820 2350 2820
+/* GU.A..UG */
+ 2820 2280 2820 2280 2820
+ 2280 1830 1830 2280 1830
+ 2820 1830 2820 2280 2820
+ 2280 2280 2280 2280 2280
+ 2820 1830 2820 2280 2820
+/* GU.C..UG */
+ 2640 2350 2640 2350 2350
+ 2350 2350 2350 2350 2350
+ 2640 2350 2640 2350 1940
+ 2350 2350 2350 2350 2350
+ 2350 2350 1940 2350 1940
+/* GU.G..UG */
+ 2820 2020 2820 2020 2820
+ 2020 2020 2020 2020 2020
+ 2820 2020 2820 1800 2820
+ 2020 2020 1800 1800 1800
+ 2820 2020 2820 1800 2820
+/* GU.U..UG */
+ 2350 2350 2350 2350 2350
+ 2350 2350 2350 2350 2350
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+/* GU.@..AU */
+ 3170 2980 3170 2980 3050
+ 2980 2980 2980 2980 2980
+ 3170 2980 3170 2980 3050
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+/* GU.A..AU */
+ 2890 2890 2340 2340 2340
+ 2890 2890 2300 2340 2300
+ 2340 2300 2300 2340 2300
+ 2340 2340 2340 2340 2340
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+/* GU.C..AU */
+ 3170 2980 3170 2980 3050
+ 2980 2980 2980 2980 2980
+ 3170 2980 3170 2980 3050
+ 2980 2980 2980 2980 2980
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+/* GU.G..AU */
+ 2780 2780 2780 1390 2780
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+/* GU.U..AU */
+ 2980 2980 2020 2980 2020
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+/* GU.@..UA */
+ 3210 3020 3210 3020 3210
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+/* GU.A..UA */
+ 3210 3020 3210 3020 3210
+ 1750 1750 1750 1750 1750
+ 3210 1750 3210 3020 3210
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+/* GU.C..UA */
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+ 2310 2310 2310 2310 2310
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+ 2310 2310 2310 2310 2310
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+/* GU.G..UA */
+ 3210 2580 3210 2580 3210
+ 2580 2580 2580 2580 2580
+ 3210 2580 3210 2230 3210
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+/* GU.U..UA */
+ 2310 2310 2310 2310 890
+ 2310 2310 2310 2310 890
+ 2310 2310 2260 2310 890
+ 2310 2310 2310 2310 890
+ 890 890 890 890 890
+/* GU.@.. @ */
+ 3210 3020 3210 3020 3210
+ 2980 2980 2980 2980 2980
+ 3210 2980 3210 3020 3210
+ 3020 3020 3020 3020 3020
+ 3210 2980 3210 3020 3210
+/* GU.A.. @ */
+ 3210 3020 3210 3020 3210
+ 2890 2890 2300 2340 2300
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+/* GU.C.. @ */
+ 3180 2980 3180 2980 3050
+ 2980 2980 2980 2980 2980
+ 3180 2980 3180 2980 3050
+ 2980 2980 2980 2980 2980
+ 3050 2980 3050 2980 3050
+/* GU.G.. @ */
+ 3210 2780 3210 2580 3210
+ 2780 2780 2780 2580 2780
+ 3210 2780 3210 2230 3210
+ 2580 2580 2230 2230 2230
+ 3210 2780 3210 2230 3210
+/* GU.U.. @ */
+ 2980 2980 2350 2980 2350
+ 2980 2980 2350 2980 2350
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+ 2350 2350 2100 2350 2100
+/* UG.@..CG */
+ 2500 2500 2500 2500 2500
+ 2500 2500 2500 2500 2500
+ 2500 2500 2400 2500 2400
+ 2500 2500 2500 2500 2500
+ 2500 2500 2400 2500 2400
+/* UG.A..CG */
+ 2500 2500 2500 2500 2500
+ 2500 2290 2290 2500 2290
+ 2500 2290 2400 2500 2400
+ 2500 2500 2500 2500 2500
+ 2500 2290 2400 2500 2400
+/* UG.C..CG */
+ 2400 2400 2400 2400 2050
+ 2400 2400 2400 2400 2050
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+ 2400 2400 2400 2400 2050
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+/* UG.G..CG */
+ 2500 2500 2500 2500 2500
+ 2500 2500 2500 2500 2500
+ 2500 2500 2400 1900 2400
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+/* UG.U..CG */
+ 2400 2400 2050 2400 1620
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+/* UG.@..GC */
+ 2820 2820 2820 2820 2350
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+/* UG.A..GC */
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+/* UG.C..GC */
+ 2820 2820 2820 2820 2080
+ 2820 2820 2820 2820 2080
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+/* UG.G..GC */
+ 2350 2280 2350 1800 2350
+ 2280 2280 2280 1800 2280
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+ 1800 1800 1800 1800 1800
+ 2350 2280 2350 1800 2350
+/* UG.U..GC */
+ 2820 2820 2100 2820 2100
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+ 2100 2100 2100 2100 2100
+/* UG.@..GU */
+ 2820 2820 2820 2820 2350
+ 2820 2820 2820 2820 2350
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+/* UG.A..GU */
+ 2350 2350 2350 2020 2350
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+/* UG.C..GU */
+ 2820 2820 2820 2820 2080
+ 2820 2820 2820 2820 2080
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+/* UG.G..GU */
+ 2350 2280 2350 1800 2350
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+ 2350 2280 2350 1800 2350
+/* UG.U..GU */
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+ 2820 2820 1940 2820 2100
+ 2100 2100 2100 2100 2100
+/* UG.@..UG */
+ 2500 2500 2500 2500 2500
+ 2500 2500 2500 2500 2500
+ 2500 2500 2400 2500 2400
+ 2500 2500 2500 2500 2500
+ 2500 2500 2400 2500 2400
+/* UG.A..UG */
+ 2500 2500 2500 2500 2500
+ 2500 2290 2290 2500 2290
+ 2500 2290 2400 2500 2400
+ 2500 2500 2500 2500 2500
+ 2500 2290 2400 2500 2400
+/* UG.C..UG */
+ 2400 2400 2400 2400 2050
+ 2400 2400 2400 2400 2050
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+/* UG.G..UG */
+ 2500 2500 2500 2500 2500
+ 2500 2500 2500 2500 2500
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+ 2500 2500 2400 1900 2400
+/* UG.U..UG */
+ 2400 2400 2050 2400 1620
+ 2400 2400 2050 2400 1620
+ 2050 2050 2050 2050 1620
+ 2400 2400 2050 2400 1620
+ 1620 1620 1620 1620 1620
+/* UG.@..AU */
+ 2420 2420 2420 2280 2420
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+/* UG.A..AU */
+ 2420 2420 2420 1670 2420
+ 2420 2390 2420 1670 2420
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+/* UG.C..AU */
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+/* UG.G..AU */
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+/* UG.U..AU */
+ 2280 2280 1400 2280 1140
+ 2280 2280 1400 2280 1140
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+/* UG.@..UA */
+ 3210 3020 3210 3020 3210
+ 3020 2890 2890 3020 2890
+ 3210 2890 3210 3020 3210
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+ 3210 2890 3210 3020 3210
+/* UG.A..UA */
+ 3210 3020 3210 3020 3210
+ 3020 2890 2890 3020 2890
+ 3210 2890 3210 3020 3210
+ 3020 3020 3020 3020 3020
+ 3210 2890 3210 3020 3210
+/* UG.C..UA */
+ 2850 2850 2850 2850 1900
+ 2850 2850 2850 2850 1900
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+/* UG.G..UA */
+ 3210 2580 3210 1780 3210
+ 2580 2580 2580 1780 2580
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+ 1780 1780 1780 1780 1780
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+/* UG.U..UA */
+ 2850 2850 2190 2850 1960
+ 2850 2850 2190 2850 1960
+ 2190 2190 2190 2190 1960
+ 2850 2850 2190 2850 1960
+ 1960 1960 1960 1960 1960
+/* UG.@.. @ */
+ 3210 3020 3210 3020 3210
+ 3020 2890 2890 3020 2890
+ 3210 2890 3210 3020 3210
+ 3020 3020 3020 3020 3020
+ 3210 2890 3210 3020 3210
+/* UG.A.. @ */
+ 3210 3020 3210 3020 3210
+ 3020 2890 2890 3020 2890
+ 3210 2890 3210 3020 3210
+ 3020 3020 3020 3020 3020
+ 3210 2890 3210 3020 3210
+/* UG.C.. @ */
+ 2850 2850 2850 2850 2080
+ 2850 2850 2850 2850 2080
+ 2850 2850 2640 2850 2080
+ 2850 2850 2850 2850 2080
+ 2080 2080 2080 2080 2080
+/* UG.G.. @ */
+ 3210 2580 3210 2500 3210
+ 2580 2580 2580 2500 2580
+ 3210 2580 3210 1900 3210
+ 2500 2500 1900 1900 1900
+ 3210 2580 3210 1900 3210
+/* UG.U.. @ */
+ 2850 2850 2190 2850 2100
+ 2850 2850 2190 2850 2100
+ 2190 2190 2190 2190 1960
+ 2850 2850 2190 2850 2100
+ 2100 2100 2100 2100 2100
+/* AU.@..CG */
+ 2420 2420 2420 2420 2390
+ 2420 2420 2420 2420 2390
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+/* AU.A..CG */
+ 2390 2390 2390 1260 2390
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+ 2280 2280 2280 1260 2280
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+ 2280 2280 2280 1260 2280
+/* AU.C..CG */
+ 2420 2420 2420 2420 1400
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+/* AU.G..CG */
+ 2280 1670 2280 1670 2280
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+/* AU.U..CG */
+ 2420 2420 660 2420 1140
+ 2420 2420 660 2420 1140
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+/* AU.@..GC */
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+/* AU.A..GC */
+ 2980 2980 2980 2780 2980
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+/* AU.C..GC */
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+/* AU.G..GC */
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+/* AU.U..GC */
+ 3050 2300 3050 2300 1940
+ 2300 2300 2300 2300 1940
+ 3050 2300 3050 2300 1940
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+/* AU.@..GU */
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+/* AU.A..GU */
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+/* AU.C..GU */
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+/* AU.G..GU */
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+/* AU.U..GU */
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+ 2300 2300 2300 2300 1940
+ 3050 2300 3050 2300 1940
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+/* AU.@..UG */
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+/* AU.A..UG */
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+/* AU.C..UG */
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+/* AU.G..UG */
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+/* AU.U..UG */
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+/* AU.@..AU */
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+ 2870 2870 2870 2870 2870
+ 2870 2870 2870 2870 2870
+ 2870 2870 2870 2870 2870
+ 2870 2870 2870 2870 2870
+/* AU.A..AU */
+ 2870 2870 2870 2600 2870
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+/* AU.C..AU */
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+ 2320 2320 2320 2320 2320
+/* AU.G..AU */
+ 2870 2600 2870 2600 2870
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+ 2870 2600 2870 2300 2870
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+ 2870 2600 2870 2300 2870
+/* AU.U..AU */
+ 2870 2870 2320 2870 2870
+ 2870 2870 2320 2870 2870
+ 2320 2320 2320 2320 2320
+ 2870 2870 2320 2870 2870
+ 2870 2870 2320 2870 2460
+/* AU.@..UA */
+ 3360 3180 3360 2960 3180
+ 3180 3180 3180 2960 3180
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+ 3180 3180 2040 2960 2040
+/* AU.A..UA */
+ 3180 3180 3180 2960 3180
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+/* AU.C..UA */
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+/* AU.G..UA */
+ 2070 2070 2070 2070 2070
+ 2070 2070 2070 2070 2070
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+/* AU.U..UA */
+ 2930 2930 2930 2930 1410
+ 2930 2930 2930 2930 1410
+ 2930 2930 2240 2930 1410
+ 2930 2930 2930 2930 1410
+ 1410 1410 1410 1410 1410
+/* AU.@.. @ */
+ 3360 3180 3360 2960 3180
+ 3180 3180 3180 2960 3180
+ 3360 3180 3360 2960 2980
+ 2960 2960 2960 2960 2960
+ 3180 3180 2980 2960 2980
+/* AU.A.. @ */
+ 3180 3180 3180 2960 3180
+ 3180 3180 3180 2960 3180
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+ 2960 2960 2960 2960 2960
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+/* AU.C.. @ */
+ 3360 2930 3360 2930 2930
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+/* AU.G.. @ */
+ 2980 2600 2980 2600 2980
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+/* AU.U.. @ */
+ 3050 2930 3050 2930 2870
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+/* UA.@..CG */
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+/* UA.A..CG */
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+/* UA.C..CG */
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+/* UA.G..CG */
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+/* UA.U..CG */
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+ 3210 3210 3210 3210 3210
+ 3210 3210 3210 3210 3210
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+ 3210 3210 2310 3210 2310
+/* UA.A..GC */
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+/* UA.C..GC */
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+/* UA.G..GC */
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+/* UA.U..GC */
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+ 3210 3210 1850 3210 890
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+/* UA.@..GU */
+ 3210 3210 3210 3210 3210
+ 3210 3210 3210 3210 3210
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+/* UA.A..GU */
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+ 2580 1750 2310 2580 2310
+/* UA.C..GU */
+ 3210 3210 3210 3210 3210
+ 3210 3210 3210 3210 3210
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+/* UA.G..GU */
+ 3020 3020 3020 2230 3020
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+/* UA.U..GU */
+ 3210 3210 1850 3210 890
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+/* UA.@..UG */
+ 3210 3210 3210 3210 3020
+ 3210 3210 3210 3210 3020
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+/* UA.A..UG */
+ 2890 2890 2890 2580 2890
+ 2890 2890 2890 2580 2890
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+/* UA.C..UG */
+ 3210 3210 3210 3210 2190
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+ 3210 3210 2480 3210 2190
+ 3210 3210 3210 3210 2190
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+/* UA.G..UG */
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+ 3020 3020 3020 1780 3020
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+/* UA.U..UG */
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+ 1960 1900 1900 1900 1960
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+/* UA.@..AU */
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+/* UA.A..AU */
+ 3180 3180 2930 2070 2930
+ 3180 3180 2930 2070 2930
+ 2930 2930 2930 2070 2930
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+/* UA.C..AU */
+ 3360 2240 3360 2240 2240
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+/* UA.G..AU */
+ 2960 2960 2960 2050 2960
+ 2960 2960 2960 2050 2960
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+/* UA.U..AU */
+ 2040 2040 1730 2040 1410
+ 2040 2040 1730 2040 1410
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+/* UA.@..UA */
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+/* UA.A..UA */
+ 3320 3100 3320 3080 3320
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+/* UA.C..UA */
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+/* UA.G..UA */
+ 3320 3080 3320 3080 3320
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+/* UA.U..UA */
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+/* UA.@.. @ */
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+/* UA.A.. @ */
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+/* UA.C.. @ */
+ 3630 3320 3630 3320 3210
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+/* UA.G.. @ */
+ 3320 3080 3320 3080 3320
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+/* UA.U.. @ */
+ 3320 3320 2140 3320 2510
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+/* @.@..CG */
+ 3210 3210 3210 3210 3020
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+/* @.A..CG */
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+/* @.C..CG */
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+/* @.G..CG */
+ 3020 3020 3020 2500 3020
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+/* @.U..CG */
+ 3210 3210 2350 3210 2350
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+/* @.@..GC */
+ 3210 3210 3210 3210 3210
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+/* @.A..GC */
+ 2980 2980 2980 2780 2980
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+/* @.C..GC */
+ 3210 3210 3210 3210 3210
+ 3210 3210 3210 3210 3210
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+/* @.G..GC */
+ 3020 3020 3020 2230 3020
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+/* @.U..GC */
+ 3210 3210 3050 3210 2280
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+/* @.@..GU */
+ 3210 3210 3210 3210 3210
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+/* @.A..GU */
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+/* @.C..GU */
+ 3210 3210 3210 3210 3210
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+/* @.G..GU */
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+/* @.U..GU */
+ 3210 3210 3050 3210 2280
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+ 3210 3210 2300 3210 2280
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+/* @.@..UG */
+ 3210 3210 3210 3210 3020
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+/* @.A..UG */
+ 2890 2890 2890 2580 2890
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+/* @.C..UG */
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+/* @.G..UG */
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+/* @.U..UG */
+ 3210 3210 2350 3210 2350
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+/* @.C..AU */
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+/* @.G..AU */
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+/* @.U..AU */
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+/* @.@.. @ */
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+/* @.G.. @ */
+ 3320 3080 3320 3080 3320
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+/* @.U.. @ */
+ 3320 3320 3050 3320 2870
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+
+# int22
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+/* CG.AC..CG */
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+/* CG.AG..CG */
+ 130 150 130 130
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+ 490 520 330 -320
+ 490 520 330 -320
+ 490 520 330 -320
+ 490 520 330 -320
+/* UA.UG..UA */
+ 300 330 140 -510
+ 300 330 140 -510
+ 300 330 140 -510
+ 300 330 140 -510
+/* UA.UU..UA */
+ -350 -320 -510 -1160
+ -350 -320 -510 -1160
+ -350 -320 -510 -1160
+ -350 -320 -510 -1160
+
+# hairpin
+ INF INF INF 340 340 350 420 420 420 430
+ 440 450 460 470 480 500 510 520 530 540
+ 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640
+ 650
+
+# hairpin_enthalpies
+ INF INF INF 0 0 0 0 0 0 0
+ 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+ 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+ 0
+
+# bulge
+ INF 380 280 320 350 380 400 420 430 440
+ 450 460 470 480 490 500 500 510 520 520
+ 530 530 540 540 550 550 560 560 560 570
+ 570
+
+# bulge_enthalpies
+ INF 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+ 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+ 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+ 0
+
+# interior
+ INF INF INF INF 250 270 290 310 320 340
+ 350 360 370 380 390 390 400 410 410 420
+ 420 430 430 440 440 450 450 460 460 460
+ 470
+
+# interior_enthalpies
+ INF INF INF INF 0 0 0 0 0 0
+ 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+ 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+ 0
+
+# NINIO
+/* Ninio = MIN(max, m*|n1-n2| */
+/* m m_dH max */
+ 60 0 300
+
+# ML_params
+/* F = cu*n_unpaired + cc + ci*loop_degree (+TermAU) */
+/* cu cu_dH cc cc_dH ci ci_dH */
+ 0 0 1280 0 -60 0
+
+# Misc
+/* all parameters are pairs of 'energy enthalpy' */
+/* DuplexInit TerminalAU LXC */
+ 410 0 20 0 107.856000 0
+
+# Triloops
+ CGCAG -50 -400
+ CUUUG 50 -400
+ AUAAU 440 -400
+ CGCAG -50 -400
+ CTTTG 50 -400
+ ATAAT 440 -400
+
+# Tetraloops
+ GGUCAC 160 -1020
+ GGCUAC 170 -1020
+ GGAAAC 240 -1020
+ CUUUUG 220 -900
+ CAAAAG 280 -860
+ AUUUUU -10 30
+ AAAAAU 260 0
+ UUAAUA 160 -980
+ GAAAAC 180 -1020
+ GUAAUC 180 -490
+ CUUUUG 80 -900
+ GGTCAC 160 -1020
+ GGCTAC 170 -1020
+ GGAAAC 240 -1020
+ CTTTTG 220 -900
+ CAAAAG 280 -860
+ ATTTTT -10 30
+ AAAAAT 260 0
+ TTAATA 160 -980
+ GAAAAC 180 -1020
+ GTAATC 180 -490
+ CTTTTG 80 -900
+ CAAAAG 190 -860
+ CAAAAG 190 -860
+
+# Hexaloops
+
+
+# END
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