binaries/linux_x64/fasta34/test2.bat

   1 rem ""
   2 rem "starting fasta34_t - protein on win32"
   3 rem ""
   4 fasta34_t -q -m 6 -Z 100000 mgstm1.aa:1-100 q > test_m1.ok2_t.html
   5 fasta34_t -S -q -z 11 -O test_m1.ok2_t_p25 -s P250 mgstm1.aa:100-218 q
   6 rem "done"
   7 rem "starting fastxy34_t"
   8 fastx34_t -m 9c -S -q mgtt2_x.seq q 1 > test_t2.xk1_t
   9 fasty34_t -S -q mgtt2_x.seq q > test_t2.yk2_t
  10 fastx34_t -m 9c -S -q -z 2 mgstm1.esq a > test_m1.xk2_tz2
  11 fasty34_t -S -q -z 2 mgstm1.esq a > test_m1.yk2_tz2
  12 rem "done"
  13 rem "starting fastxy34_t rev"
  14 fastx34_t -m 9c -q -m 5 mgstm1.rev q > test_m1.xk2r_t
  15 fasty34_t -q -m 5 -M 200-300 -z 2 mgstm1.rev q > test_m1.yk2r_tz2
  16 fasty34_t -q -m 5 -z 11 mgstm1.rev q > test_m1.yk2rz11_t
  17 rem "done"
  18 rem "starting ssearch34_t"
  19 ssearch34_t -m 9c -S -z 3 -q mgstm1.aa  q > test_m1.ss_tz3
  20 ssearch34_t -q -M 200-300 -z 2 -Z 100000 -s P250 mgstm1.aa q > test_m1.ss_t_p25
  21 rem "starting ssearch34_t"
  22 ssearch34sse2_t -m 9c -S -z 3 -q mgstm1.aa  q > test_m1.ss_tz3sse2
  23 ssearch34sse2_t -q -M 200-300 -z 2 -Z 100000 -s P250 mgstm1.aa q > test_m1.ss_t_p25sse2
  24 rem "done"
  25 rem "starting prss34"
  26 prss34_t -q -k 1000 -A mgstm1.aa xurt8c.aa  > test_m1.rss
  27 prfx34_t -q -k 1000 -A mgstm1.esq xurt8c.aa > test_m1.rfx
  28 rem "done"
  29 rem "starting fasta34_t - DNA"
  30 fasta34_t -S -q -z 2 mgstm1.seq %M 4 > test_m1.ok4_tz2
  31 fasta34_t -S -q mgstm1.rev %M 4 > test_m1.ok4r_t
  32 rem "done"
  33 rem "starting tfastxy34_t"
  34 tfastx34_t -m 9c -q -i -3 -m 6 mgstm1.aa %p > test_m1.tx2_t.html
  35 tfasty34_t -q -i -3 -N 5000 mgstm1.aa %p > test_m1.ty2_t
  36 rem "done"
  37 rem "starting fastf34_t"
  38 fastf34_t -q m1r.aa q > test_mf.ff_t
  39 fastf34 -q m1r.aa q > test_mf.ff_s
  40 rem "done"
  41 rem "starting tfastf34_t"
  42 tfastf34_t -q m1r.aa %r > test_mf.tf_tr
  43 rem "done"
  44 rem "starting fasts34_t"
  45 fasts34_t -q -V '*?@' ngts.aa q > test_m1.fs1_t
  46 fasts34_t -q ngt.aa q > test_m1.fs_t
  47 fasts34_t -q -n mgstm1.nts m > test_m1.nfs_t
  48 rem "done"
  49 rem "starting tfasts34_t"
  50 tfasts34_t -q n0.aa %r > test_m1.ts_r
  51 rem "done"
  52 rem "starting fasta34 - protein"
  53 fasta34 -q -z 2 mgstm1.aa q 1 > test_m1.ok1z2
  54 fasta34 -q -s P250 mgstm1.aa q > test_m1.ok2_p25
  55 rem "done"
  56 rem "starting fastx3"
  57 fastx34 -m 9c -q mgstm1.esq q > test_m1.ok2x
  58 rem "done"
  59 rem "starting fasty3"
  60 fasty34 -q mgstm1.esq q > test_m1.ok2y
  61 rem "done"
  62 rem "starting fasta34 - DNA "
  63 fasta34 -m 9c -q mgstm1.seq M 4 > test_m1.ok4
  64 rem "done"
  65 rem "starting ssearch3"
  66 ssearch34 -S -q -z 2 mgstm1.aa q > test_m1.ss_z2
  67 ssearch34 -q -s P250 mgstm1.aa q > test_m1.ss_p25
  68 ssearch34sse2 -S -q -z 2 mgstm1.aa q > test_m1.ss_z2_sse2
  69 ssearch34sse2 -q -s P250 mgstm1.aa q > test_m1.ss_p25_sse2
  70 rem "done"
  71 rem "starting tfastxy3"
  72 tfastx34 -q mgstm1.aa M > test_m1.tx2
  73 tfasty34 -m 9c -q mgstm1.aa M > test_m1.ty2
  74 rem "done"
  75 rem "starting fasts34"
  76 fasts34 -q -V '@?*' ngts.aa q > test_m1.fs1
  77 fasts34 -q ngt.aa q > test_m1.fs
  78 rem "done"