binaries/linux_x64/fasta34/test_osx.sh

   1 #!/bin/csh -f
   2 echo ""
   3 echo "starting fasta34_t - protein" `date` "on" `hostname`
   4 echo `uname -a`
   5 echo ""
   6 fasta34_t -q -m 6 -Z 100000 mgstm1.aa:1-100 q > test_m1.ok2_t.html
   7 fasta34_t -S -q -z 11 -O test_m1.ok2_t_p25 -s P250 mgstm1.aa:100-218 q
   8 echo "done"
   9 echo "starting fastxy34_t" `date`
  10 fastx34_t -m 9 -S -q mgtt2_x.seq q > test_t2.xk2_t
  11 fasty34_t -S -q mgtt2_x.seq q > test_t2.yk2_t
  12 fastx34_t -m 9 -S -q -z 2 mgstm1.esq a > test_m1.xk2_tz2
  13 fasty34_t -S -q -z 2 mgstm1.esq a > test_m1.yk2_tz2
  14 echo "done"
  15 echo "starting fastxy34_t rev" `date`
  16 fastx34_t -m 9 -q -m 5 mgstm1.rev q > test_m1.xk2r_t
  17 fasty34_t -q -m 5 -M 200-300 -z 2 mgstm1.rev q > test_m1.yk2r_tz2
  18 fasty34_t -q -m 5 -z 11 mgstm1.rev q > test_m1.yk2rz11_t
  19 echo "done"
  20 echo "starting ssearch34_t" `date`
  21 ssearch34_t -m 9 -S -z 3 -q mgstm1.aa  q > test_m1.ss_tz3
  22 ssearch34_t -q -M 200-300 -z 2 -Z 100000 -s P250 mgstm1.aa q > test_m1.ss_t_p25
  23 echo "done"
  24 echo "starting fasta34_t - DNA" `date`
  25 fasta34_t -q -z 2 mgstm1.seq %M 4 > test_m1.ok4_tz2
  26 fasta34_t -q mgstm1.rev %M 4 > test_m1.ok4r_t
  27 echo "done"
  28 echo "starting tfasta34_t" `date`
  29 tfasta34_t -q mgstm1.aa %M > test_m1.tk2_t
  30 echo "done"
  31 echo "starting tfastxy34_t" `date`
  32 tfastx34_t -m 9 -q -i -3 -m 6 mgstm1.aa %m > test_m1.tx2_t.html
  33 tfasty34_t -q -3 -N 5000 mgstm1.aa %m > test_m1.ty2_t
  34 echo "done"
  35 echo "starting fastf34_t" `date`
  36 fastf34_t -q m1r.aa q > test_mf.ff_s
  37 echo "done"
  38 echo "starting tfastf34_t" `date`
  39 tfastf34_t -q m1r.aa %m > test_mf.tf_r
  40 echo "done"
  41 echo "starting fasts34_t" `date`
  42 fasts34_t -q n0.aa q > test_m1.fs_s
  43 echo "done"
  44 echo "starting tfasts34_t" `date`
  45 tfasts34_t -q n0.aa %m > test_m1.ts_r
  46 echo "done"
  47 echo "starting fasta34 - protein" `date`
  48 fasta34 -q -z 2 mgstm1.aa q > test_m1.ok2z2
  49 fasta34 -q -s P250 mgstm1.aa q > test_m1.ok2_p25
  50 echo "done"
  51 echo "starting fastx3" `date`
  52 fastx34 -m 9 -q mgstm1.esq q > test_m1.ok2x
  53 echo "done"
  54 echo "starting fasty3" `date`
  55 fasty34 -q mgstm1.esq q > test_m1.ok2y
  56 echo "done"
  57 echo "starting fasta34 - DNA " `date`
  58 fasta34 -m 9 -q mgstm1.seq %m 4 > test_m1.ok4
  59 echo "done"
  60 echo "starting ssearch3" `date`
  61 ssearch34 -S -q -z 2 mgstm1.aa q > test_m1.ss_z2
  62 ssearch34 -q -s P250 mgstm1.aa q > test_m1.ss_p25
  63 echo "done"
  64 echo "starting tfasta3" `date`
  65 tfasta34 -q mgstm1.aa %m > test_m1.tk2
  66 echo "done"
  67 echo "starting tfastxy3" `date`
  68 tfastx34 -q mgstm1.aa %m > test_m1.tx2
  69 tfasty34 -m 9 -q mgstm1.aa %m > test_m1.ty2
  70 echo "done" `date`