binaries/linux_x86/fasta34/test_z.sh

   1 #!/bin/csh -f
   2 echo "starting fasta34_t - protein" `date`
   3 foreach z ( 1 2 3 6 11 )
   4 fasta34_t -q  -z $z mgstm1.aa a > test_m1_a.ok2_t_${z}
   5 fasta34_t -q  -z $z oohu.aa a > test_m1_b.ok2_t_${z}
   6 fasta34_t -q -S -z $z prio_atepa.aa a > test_m1_c.ok2S_t_${z}
   7 fasta34_t -q -S -z $z h10_human.aa a > test_m1_d.ok2S_t_${z}
   8 end
   9 echo "done"
  10 echo "starting ssearch34_t" `date`
  11 foreach z ( 1 2 3 6 11 )
  12 ssearch34_t -q  -z $z mgstm1.aa a > test_m1_a.ssS_t_${z}
  13 ssearch34_t -q  -z $z oohu.aa a > test_m1_b.ssS_t_${z}
  14 ssearch34_t -q -sBL62 -S -f -11 -z $z prio_atepa.aa a > test_m1_c.ssSbl62_t_${z}
  15 ssearch34_t -q -sBL62 -S -f -11 -z $z h10_human.aa a > test_m1_d.ssSbl62_t_${z}
  16 end
  17 echo "done"
  18 echo "starting fasta34 - protein" `date`
  19 foreach z ( 1 2 3 6 11 )
  20 fasta34 -q  -z $z mgstm1.aa a > test_m1_a.ok2_${z}
  21 fasta34 -q  -z $z oohu.aa a > test_m1_b.ok2_${z}
  22 fasta34 -q -S -sBL62 -f -11 -z $z prio_atepa.aa a > test_m1_c.ok2Sbl62_${z}
  23 fasta34 -q -S -sBL62 -f -11 -z $z h10_human.aa a > test_m1_d.ok2Sbl62_${z}
  24 end
  25 echo "done"
  26 echo "starting ssearch3" `date`
  27 foreach z ( 1 2 3 6 11 )
  28 ssearch34 -q  -z $z mgstm1.aa a > test_m1_a.ssS_${z}
  29 ssearch34 -q  -z $z oohu.aa a > test_m1_b.ssS_${z}
  30 ssearch34 -q -S -z $z prio_atepa.aa a > test_m1_c.ssS_${z}
  31 ssearch34 -q -S -z $z h10_human.aa a > test_m1_d.ssS_${z}
  32 end
  33 echo "done" `date`