binaries/mafft_manual.htm

   1 <html><head>\r
   2 <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=ISO-8859-1"><title>Manpage of MAFFT</title>\r
   3 <link rel="stylesheet" type="text/css" href="mafft_manual_files/tt.css">\r
   4 </head><body>\r
   5 <h1>MAFFT</h1>\r
   6 Section: Mafft Manual (1)<br>Updated: 2007-06-09<br><a href="#index">Index</a>\r
   7 <a href="http://align.bmr.kyushu-u.ac.jp/mafft/software/">Return to Main Contents</a><hr>\r
   8 \r
   9 \r
  10 \r
  11 \r
  12 \r
  13 <a name="lbAB">&nbsp;</a>\r
  14 <h2>NAME</h2>\r
  15 \r
  16 <dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
  17 mafft - Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences\r
  18 </dd></dl>\r
  19 \r
  20 <a name="lbAC">&nbsp;</a>\r
  21 <h2>SYNOPSIS</h2>\r
  22 \r
  23 <dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
  24 <dl compact="compact">\r
  25 <dt>\r
  26 <b>mafft</b> [<b>options</b>] <i>input</i> [&gt;&nbsp;<i>output</i>]\r
  27 </dt><dt>\r
  28 <b>linsi</b> <i>input</i> [&gt;&nbsp;<i>output</i>]\r
  29 </dt><dt>\r
  30 <b>ginsi</b> <i>input</i> [&gt;&nbsp;<i>output</i>]\r
  31 </dt><dt>\r
  32 <b>einsi</b> <i>input</i> [&gt;&nbsp;<i>output</i>]\r
  33 </dt><dt>\r
  34 <b>fftnsi</b> <i>input</i> [&gt;&nbsp;<i>output</i>]\r
  35 </dt><dt>\r
  36 <b>fftns</b> <i>input</i> [&gt;&nbsp;<i>output</i>]\r
  37 </dt><dt>\r
  38 <b>nwns</b> <i>input</i> [&gt;&nbsp;<i>output</i>]\r
  39 </dt><dt>\r
  40 <b>nwnsi</b> <i>input</i> [&gt;&nbsp;<i>output</i>]\r
  41 </dt><dt>\r
  42 <b>mafft-profile</b> <i>group1</i> <i>group2</i> [&gt;&nbsp;<i>output</i>]\r
  43 </dt><dt>\r
  44 <p>\r
  45 <i>input</i>, <i>group1</i> and <i>group2</i> must be in FASTA format.\r
  46 </p></dt></dl>\r
  47 </dd></dl>\r
  48 \r
  49 <a name="lbAD">&nbsp;</a>\r
  50 <h2>DESCRIPTION</h2>\r
  51 \r
  52 <dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
  53 <b>MAFFT</b> is a multiple sequence alignment program for unix-like operating systems. It offers a range of multiple alignment methods.\r
  54 </dd></dl>\r
  55 <a name="lbAE">&nbsp;</a>\r
  56 <h3>Accuracy-oriented methods:</h3>\r
  57 \r
  58 <p>\r
  59 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
  60 *L-INS-i (probably most accurate; recommended for &lt;200 sequences;\r
  61 iterative refinement method incorporating local pairwise alignment\r
  62 information):\r
  63 <dl compact="compact">\r
  64 <dt>\r
  65 <b>mafft</b> <b>--localpair</b> <b>--maxiterate</b>&nbsp;<i>1000</i> <i>input</i> [&gt;&nbsp;<i>output</i>]\r
  66 </dt><dt>\r
  67 <b>linsi</b> <i>input</i> [&gt;&nbsp;<i>output</i>]\r
  68 </dt></dl>\r
  69 </dd></dl>\r
  70 \r
  71 <p>\r
  72 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>*G-INS-i (suitable for sequences\r
  73 of similar lengths; recommended for &lt;200 sequences; iterative\r
  74 refinement method incorporating global pairwise alignment information):\r
  75 <dl compact="compact">\r
  76 <dt>\r
  77 <b>mafft</b> <b>--globalpair</b> <b>--maxiterate</b>&nbsp;<i>1000</i> <i>input</i> [&gt;&nbsp;<i>output</i>]\r
  78 </dt><dt>\r
  79 <b>ginsi</b> <i>input</i> [&gt;&nbsp;<i>output</i>]\r
  80 </dt></dl>\r
  81 </dd></dl>\r
  82 \r
  83 <p>\r
  84 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
  85 *E-INS-i (suitable for sequences containing large unalignable regions; recommended for &lt;200 sequences):\r
  86 <dl compact="compact">\r
  87 <dt>\r
  88 <b>mafft</b> <b>--ep</b>&nbsp;<i>0</i> <b>--genafpair</b> <b>--maxiterate</b>&nbsp;<i>1000</i> <i>input</i> [&gt;&nbsp;<i>output</i>]\r
  89 </dt><dt>\r
  90 <b>einsi</b> <i>input</i> [&gt;&nbsp;<i>output</i>]\r
  91 </dt><dd>\r
  92 <p>\r
  93 </p></dd><dd>For E-INS-i, the\r
  94 <b>--ep</b>\r
  95 <i>0</i>\r
  96 option is recommended to allow large gaps.\r
  97 </dd></dl>\r
  98 </dd></dl>\r
  99 \r
 100 <a name="lbAF">&nbsp;</a>\r
 101 <h3>Speed-oriented methods:</h3>\r
 102 \r
 103 <p>\r
 104 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 105 *FFT-NS-i (iterative refinement method; two cycles only):\r
 106 <dl compact="compact">\r
 107 <dt>\r
 108 <b>mafft</b> <b>--retree</b>&nbsp;<i>2</i> <b>--maxiterate</b>&nbsp;<i>2</i> <i>input</i> [&gt;&nbsp;<i>output</i>]\r
 109 </dt><dt>\r
 110 <b>fftnsi</b> <i>input</i> [&gt;&nbsp;<i>output</i>]\r
 111 </dt></dl>\r
 112 </dd></dl>\r
 113 \r
 114 <p>\r
 115 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 116 *FFT-NS-i (iterative refinement method; max. 1000 iterations):\r
 117 <dl compact="compact">\r
 118 <dt>\r
 119 <b>mafft</b> <b>--retree</b>&nbsp;<i>2</i> <b>--maxiterate</b>&nbsp;<i>1000</i> <i>input</i> [&gt;&nbsp;<i>output</i>]\r
 120 </dt></dl>\r
 121 </dd></dl>\r
 122 \r
 123 <p>\r
 124 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 125 *FFT-NS-2 (fast; progressive method):\r
 126 <dl compact="compact">\r
 127 <dt>\r
 128 <b>mafft</b> <b>--retree</b>&nbsp;<i>2</i> <b>--maxiterate</b>&nbsp;<i>0</i> <i>input</i> [&gt;&nbsp;<i>output</i>]\r
 129 </dt><dt>\r
 130 <b>fftns</b> <i>input</i> [&gt;&nbsp;<i>output</i>]\r
 131 </dt></dl>\r
 132 </dd></dl>\r
 133 \r
 134 <p>\r
 135 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 136 *FFT-NS-1 (very fast; recommended for &gt;2000 sequences; progressive method with a rough guide tree):\r
 137 <dl compact="compact">\r
 138 <dt>\r
 139 <b>mafft</b> <b>--retree</b>&nbsp;<i>1</i> <b>--maxiterate</b>&nbsp;<i>0</i> <i>input</i> [&gt;&nbsp;<i>output</i>]\r
 140 </dt></dl>\r
 141 </dd></dl>\r
 142 \r
 143 <p>\r
 144 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 145 *NW-NS-i (iterative refinement method without FFT approximation; two cycles only):\r
 146 <dl compact="compact">\r
 147 <dt>\r
 148 <b>mafft</b> <b>--retree</b>&nbsp;<i>2</i> <b>--maxiterate</b>&nbsp;<i>2</i> <b>--nofft</b>&nbsp;<i>input</i> [&gt;&nbsp;<i>output</i>]\r
 149 </dt><dt>\r
 150 <b>nwnsi</b> <i>input</i> [&gt;&nbsp;<i>output</i>]\r
 151 </dt></dl>\r
 152 </dd></dl>\r
 153 \r
 154 <p>\r
 155 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 156 *NW-NS-2 (fast; progressive method without the FFT approximation):\r
 157 <dl compact="compact">\r
 158 <dt>\r
 159 <b>mafft</b> <b>--retree</b>&nbsp;<i>2</i> <b>--maxiterate</b>&nbsp;<i>0</i> <b>--nofft</b>&nbsp;<i>input</i> [&gt;&nbsp;<i>output</i>]\r
 160 </dt><dt>\r
 161 <b>nwns</b> <i>input</i> [&gt;&nbsp;<i>output</i>]\r
 162 </dt></dl>\r
 163 </dd></dl>\r
 164 \r
 165 <p>\r
 166 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 167 *NW-NS-PartTree-1 (recommended for ~10,000 to ~50,000 sequences; progressive method with the PartTree algorithm):\r
 168 <dl compact="compact">\r
 169 <dt>\r
 170 <b>mafft</b> <b>--retree</b>&nbsp;<i>1</i> <b>--maxiterate</b>&nbsp;<i>0</i> <b>--nofft</b>&nbsp;<b>--parttree</b> <i>input</i> [&gt;&nbsp;<i>output</i>]\r
 171 </dt></dl>\r
 172 </dd></dl>\r
 173 \r
 174 <a name="lbAG">&nbsp;</a>\r
 175 <h3>Group-to-group alignments</h3>\r
 176 \r
 177 <dl compact="compact">\r
 178 <dt>\r
 179 </dt><dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 180 <b>mafft-profile</b> <i>group1</i> <i>group2</i> [&gt;&nbsp;<i>output</i>]\r
 181 <p>\r
 182 </p></dd><dd>or:\r
 183 <p>\r
 184 <b>mafft</b> <b>--maxiterate</b>&nbsp;<i>1000</i> <b>--seed</b>&nbsp;<i>group1</i> <b>--seed</b>&nbsp;<i>group2</i> /dev/null [&gt;&nbsp;<i>output</i>]\r
 185 </p></dd></dl>\r
 186 \r
 187 \r
 188 \r
 189 </dl>\r
 190 <a name="lbAH">&nbsp;</a>\r
 191 <h2>OPTIONS</h2>\r
 192 \r
 193 <a name="lbAI">&nbsp;</a>\r
 194 <h3>Algorithm</h3>\r
 195 \r
 196 <dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 197 <p>\r
 198 \r
 199 <b>--auto</b>\r
 200 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 201 Automatically selects an appropriate strategy from L-INS-i, FFT-NS-i and FFT-NS-2, according to data \r
 202 size.  Default: off (always FFT-NS-2)\r
 203 </dd></dl>\r
 204 \r
 205 <p>\r
 206 \r
 207 <b>--6merpair</b>\r
 208 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 209 Distance is calculated based on the number of shared 6mers.  Default: on\r
 210 </dd></dl>\r
 211 \r
 212 <p>\r
 213 \r
 214 <b>--globalpair</b>\r
 215 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 216 All pairwise alignments are computed with the Needleman-Wunsch\r
 217 algorithm.  More accurate but slower \r
 218 than --6merpair.  Suitable for a set of\r
 219 globally alignable sequences.  Applicable to \r
 220 up to ~200 sequences.  A combination with --maxiterate 1000 is recommended (G-INS-i).  Default: off (6mer distance is used)\r
 221 </dd></dl>\r
 222 \r
 223 <p>\r
 224 \r
 225 <b>--localpair</b>\r
 226 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 227 All pairwise alignments are computed with the Smith-Waterman\r
 228 algorithm.  More accurate but slower\r
 229 than --6merpair.  Suitable for a set of \r
 230 locally alignable sequences.  Applicable to \r
 231 up to ~200 sequences.  A combination with --maxiterate 1000 is recommended (L-INS-i).  Default: off (6mer distance is used)\r
 232 </dd></dl>\r
 233 \r
 234 <p>\r
 235 \r
 236 <b>--genafpair</b>\r
 237 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 238 All pairwise alignments are computed with a local\r
 239 algorithm with the generalized affine gap cost\r
 240 (Altschul 1998).  More accurate but slower\r
 241 than --6merpair.  Suitable when large internal gaps\r
 242 are expected.  Applicable to \r
 243 up to ~200 sequences.  A combination with --maxiterate 1000 is recommended (E-INS-i).  Default: off (6mer distance is used)\r
 244 </dd></dl>\r
 245 \r
 246 \r
 247 \r
 248 \r
 249 \r
 250 \r
 251 \r
 252 <p>\r
 253 \r
 254 <b>--fastapair</b>\r
 255 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 256 All pairwise alignments are computed with FASTA (Pearson and Lipman 1988).\r
 257 FASTA is required.  Default: off (6mer distance is used)\r
 258 </dd></dl>\r
 259 \r
 260 \r
 261 \r
 262 \r
 263 \r
 264 \r
 265 \r
 266 <p>\r
 267 \r
 268 <b>--weighti</b> <i>number</i>\r
 269 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 270 Weighting factor for the consistency term calculated from pairwise alignments.  Valid when \r
 271 either of --blobalpair, --localpair,  --genafpair, --fastapair or \r
 272 --blastpair is selected.  Default: 2.7\r
 273 </dd></dl>\r
 274 \r
 275 <p>\r
 276 \r
 277 <b>--retree</b> <i>number</i>\r
 278 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 279 Guide tree is built <i>number</i> times in the \r
 280 progressive stage.  Valid with 6mer distance.  Default: 2\r
 281 </dd></dl>\r
 282 \r
 283 <p>\r
 284 \r
 285 <b>--maxiterate</b> <i>number</i>\r
 286 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 287 <i>number</i> cycles of iterative refinement are performed.  Default: 0\r
 288 </dd></dl>\r
 289 \r
 290 <p>\r
 291 \r
 292 <b>--fft</b>\r
 293 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 294 Use FFT approximation in group-to-group alignment.  Default: on\r
 295 </dd></dl>\r
 296 \r
 297 <p>\r
 298 \r
 299 <b>--nofft</b>\r
 300 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 301 Do not use FFT approximation in group-to-group alignment.  Default: off\r
 302 </dd></dl>\r
 303 \r
 304 <p>\r
 305 \r
 306 <b>--noscore</b>\r
 307 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 308 Alignment score is not checked in the iterative refinement stage.  Default: off (score is checked)\r
 309 </dd></dl>\r
 310 \r
 311 <p>\r
 312 \r
 313 <b>--memsave</b>\r
 314 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 315 Use the Myers-Miller (1988) algorithm.  Default: automatically turned on when the alignment length exceeds 10,000 (aa/nt).\r
 316 </dd></dl>\r
 317 \r
 318 <p>\r
 319 \r
 320 <b>--parttree</b>\r
 321 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 322 Use a fast tree-building method (PartTree, Katoh and Toh 2007) with\r
 323 the 6mer distance.  Recommended for a large number (&gt; ~10,000) \r
 324 of sequences are input.  Default: off\r
 325 </dd></dl>\r
 326 \r
 327 <p>\r
 328 \r
 329 <b>--dpparttree</b>\r
 330 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 331 The PartTree algorithm is used with distances based on DP.  Slightly\r
 332 more accurate and slower than --parttree.  Recommended for a large\r
 333 number (&gt; ~10,000) of sequences are input.   Default: off\r
 334 </dd></dl>\r
 335 \r
 336 <p>\r
 337 \r
 338 <b>--fastaparttree</b>\r
 339 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>The PartTree algorithm is used\r
 340 with distances based on FASTA. Slightly more accurate and slower than\r
 341 --parttree. Recommended for a large number (&gt; ~10,000) of sequences\r
 342 are input. FASTA is required. Default: off\r
 343 </dd></dl>\r
 344 \r
 345 <p>\r
 346 \r
 347 <b>--partsize</b> <i>number</i>\r
 348 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 349 The number of partitions in the PartTree algorithm.  Default: 50\r
 350 </dd></dl>\r
 351 \r
 352 <p>\r
 353 \r
 354 <b>--groupsize</b> <i>number</i>\r
 355 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 356 Do not make alignment larger than <i>number</i> sequences. Valid only with the --*parttree options.  Default: the number of input sequences\r
 357 </dd></dl>\r
 358 \r
 359 </dd></dl>\r
 360 \r
 361 <a name="lbAJ">&nbsp;</a>\r
 362 <h3>Parameter</h3>\r
 363 \r
 364 <dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 365 <p>\r
 366 \r
 367 <b>--op</b> <i>number</i>\r
 368 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 369 Gap opening penalty at group-to-group alignment.  Default: 1.53\r
 370 </dd></dl>\r
 371 \r
 372 <p>\r
 373 \r
 374 <b>--ep</b> <i>number</i>\r
 375 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 376 Offset value, which works like gap extension penalty, for\r
 377 group-to-group alignment.  Deafult: 0.123\r
 378 </dd></dl>\r
 379 \r
 380 <p>\r
 381 \r
 382 <b>--lop</b> <i>number</i>\r
 383 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 384 Gap opening penalty at local pairwise \r
 385 alignment.  Valid when\r
 386 the --localpair or --genafpair option is selected.  Default: -2.00\r
 387 </dd></dl>\r
 388 \r
 389 <p>\r
 390 \r
 391 <b>--lep</b> <i>number</i>\r
 392 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 393 Offset value at local pairwise alignment.  Valid when\r
 394 the --localpair or --genafpair option is selected.  Default: 0.1\r
 395 </dd></dl>\r
 396 \r
 397 <p>\r
 398 \r
 399 <b>--lexp</b> <i>number</i>\r
 400 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 401 Gap extension penalty at local pairwise alignment.  Valid when\r
 402 the --localpair or --genafpair option is selected.  Default: -0.1\r
 403 </dd></dl>\r
 404 \r
 405 <p>\r
 406 \r
 407 <b>--LOP</b> <i>number</i>\r
 408 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 409 Gap opening penalty to skip the alignment.  Valid when the\r
 410 --genafpair option is selected.   Default: -6.00\r
 411 </dd></dl>\r
 412 \r
 413 <p>\r
 414 \r
 415 <b>--LEXP</b> <i>number</i>\r
 416 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 417 Gap extension penalty to skip the alignment.  Valid when the\r
 418 --genafpair option is selected.   Default: 0.00\r
 419 </dd></dl>\r
 420 \r
 421 <p>\r
 422 \r
 423 <b>--bl</b> <i>number</i>\r
 424 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 425 BLOSUM <i>number</i> matrix (Henikoff and Henikoff 1992) is used.  <i>number</i>=30, 45, 62 or 80.  Default: 62\r
 426 </dd></dl>\r
 427 \r
 428 <p>\r
 429 \r
 430 <b>--jtt</b> <i>number</i>\r
 431 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 432 JTT PAM <i>number</i> (Jones et al. 1992) matrix is used.  <i>number</i>&gt;0.  Default: BLOSUM62\r
 433 </dd></dl>\r
 434 \r
 435 <p>\r
 436 \r
 437 <b>--tm</b> <i>number</i>\r
 438 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 439 Transmembrane PAM <i>number</i> (Jones et al. 1994) matrix is used.  <i>number</i>&gt;0.  Default: BLOSUM62\r
 440 </dd></dl>\r
 441 \r
 442 <p>\r
 443 \r
 444 <b>--aamatrix</b> <i>matrixfile</i>\r
 445 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 446 Use a user-defined AA scoring matrix.  The format of <i>matrixfile</i> is\r
 447 the same to that of BLAST.  Ignored when nucleotide sequences are input.   Default: BLOSUM62\r
 448 </dd></dl>\r
 449 \r
 450 <p>\r
 451 \r
 452 <b>--fmodel</b>\r
 453 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 454 Incorporate the AA/nuc composition information into\r
 455 the scoring matrix.  Deafult: off\r
 456 </dd></dl>\r
 457 \r
 458 </dd></dl>\r
 459 \r
 460 <a name="lbAK">&nbsp;</a>\r
 461 <h3>Output</h3>\r
 462 \r
 463 <dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 464 <p>\r
 465 \r
 466 <b>--clustalout</b>\r
 467 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 468 Output format: clustal format.  Default: off (fasta format)\r
 469 </dd></dl>\r
 470 \r
 471 <p>\r
 472 \r
 473 <b>--inputorder</b>\r
 474 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 475 Output order: same as input.  Default: on\r
 476 </dd></dl>\r
 477 \r
 478 <p>\r
 479 \r
 480 <b>--reorder</b>\r
 481 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 482 Output order: aligned.  Default: off (inputorder)\r
 483 </dd></dl>\r
 484 \r
 485 <p>\r
 486 \r
 487 <b>--treeout</b>\r
 488 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 489 Guide tree is output to the <i>input</i>.tree file.  Default: off\r
 490 </dd></dl>\r
 491 \r
 492 <p>\r
 493 \r
 494 <b>--quiet</b>\r
 495 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 496 Do not report progress.  Default: off\r
 497 </dd></dl>\r
 498 \r
 499 </dd></dl>\r
 500 \r
 501 <a name="lbAL">&nbsp;</a>\r
 502 <h3>Input</h3>\r
 503 \r
 504 <dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 505 <p>\r
 506 \r
 507 <b>--nuc</b>\r
 508 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 509 Assume the sequences are nucleotide.  Deafult: auto\r
 510 </dd></dl>\r
 511 \r
 512 <p>\r
 513 \r
 514 <b>--amino</b>\r
 515 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 516 Assume the sequences are amino acid.  Deafult: auto\r
 517 </dd></dl>\r
 518 \r
 519 <p>\r
 520 \r
 521 <b>--seed</b> <i>alignment1</i> [<b>--seed</b> <i>alignment2</i> <b>--seed</b> <i>alignment3</i> ...]\r
 522 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 523 Seed alignments given in <i>alignment_n</i> (fasta format) are aligned with \r
 524 sequences in <i>input</i>.  The alignment within every seed is preserved.  \r
 525 </dd></dl>\r
 526 \r
 527 </dd></dl>\r
 528 \r
 529 <a name="lbAM">&nbsp;</a>\r
 530 <h2>FILES</h2>\r
 531 \r
 532 <dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 533 <p>\r
 534 \r
 535 Mafft stores the input sequences and other files in a temporary directory, which by default is located in\r
 536 <i>/tmp</i>.\r
 537 </p></dd></dl>\r
 538 \r
 539 <a name="lbAN">&nbsp;</a>\r
 540 <h2>ENVIONMENT</h2>\r
 541 \r
 542 <dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 543 <p>\r
 544 \r
 545 <b>MAFFT_BINARIES</b>\r
 546 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 547 Indicates the location of the binary files used by mafft. By default, they are searched in\r
 548 <i>/usr/local/lib/mafft</i>, but on Debian systems, they are searched in\r
 549 <i>/usr/lib/mafft</i>.\r
 550 </dd></dl>\r
 551 \r
 552 <p>\r
 553 \r
 554 <b>FASTA_4_MAFFT</b>\r
 555 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 556 This variable can be set to indicate to mafft the location to the fasta34 program if it is not in the PATH.\r
 557 </dd></dl>\r
 558 \r
 559 </dd></dl>\r
 560 \r
 561 <a name="lbAO">&nbsp;</a>\r
 562 <h2>SEE ALSO</h2>\r
 563 \r
 564 <dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 565 <p>\r
 566 \r
 567 </p><p>\r
 568 <b><a href="http://align.bmr.kyushu-u.ac.jp/mafft/software/manual/mafft-homologs2.1.html">mafft-homologs</a></b>(1)\r
 569 </p></dd></dl>\r
 570 \r
 571 <a name="lbAP">&nbsp;</a>\r
 572 <h2>REFERENCES</h2>\r
 573 \r
 574 <dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 575 </dd></dl>\r
 576 <a name="lbAQ">&nbsp;</a>\r
 577 <h3>In English</h3>\r
 578 \r
 579 <p>\r
 580 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>*Katoh and Toh (Bioinformatics\r
 581 23:372-374, 2007) PartTree: an algorithm to build an approximate tree\r
 582 from a large number of unaligned sequences (describes the PartTree\r
 583 algorithm).\r
 584 </dd></dl>\r
 585 \r
 586 <p>\r
 587 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>*Katoh, Kuma, Toh and Miyata\r
 588 (Nucleic Acids Res. 33:511-518, 2005) MAFFT version 5: improvement in\r
 589 accuracy of multiple sequence alignment (describes [ancestral versions\r
 590 of] the G-INS-i, L-INS-i and E-INS-i strategies)\r
 591 </dd></dl>\r
 592 \r
 593 <p>\r
 594 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>*Katoh, Misawa, Kuma and Miyata\r
 595 (Nucleic Acids Res. 30:3059-3066, 2002) MAFFT: a novel method for rapid\r
 596 multiple sequence alignment based on fast Fourier transform (describes\r
 597 the FFT-NS-1, FFT-NS-2 and FFT-NS-i strategies)\r
 598 </dd></dl>\r
 599 \r
 600 <a name="lbAR">&nbsp;</a>\r
 601 <h3>In Japanese</h3>\r
 602 \r
 603 <p>\r
 604 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 605 *Katoh and Misawa (Seibutsubutsuri 46:312-317, 2006) Multiple Sequence Alignments: the Next Generation\r
 606 </dd></dl>\r
 607 \r
 608 <p>\r
 609 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 610 *Katoh and Kuma (Kagaku to Seibutsu 44:102-108, 2006) Jissen-teki Multiple Alignment\r
 611 </dd></dl>\r
 612 \r
 613 \r
 614 <a name="lbAS">&nbsp;</a>\r
 615 <h2>AUTHORS</h2>\r
 616 \r
 617 <dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 618 <p>\r
 619 \r
 620 <b>Kazutaka Katoh</b> &lt;katoh_at_bioreg.kyushu-u.ac.jp&gt;\r
 621 </p><p>\r
 622 </p><dl compact="compact">\r
 623 <dt></dt><dd>\r
 624 Wrote Mafft.\r
 625 </dd></dl>\r
 626 <p>\r
 627 \r
 628 <b>Charles Plessy</b> &lt;charles-debian-nospam_at_plessy.org&gt;\r
 629 </p><p>\r
 630 </p><dl compact="compact">\r
 631 <dt></dt><dd>\r
 632 Wrote this manpage in DocBook XML for the Debian distribution, using Mafft's homepage as a template.\r
 633 </dd></dl>\r
 634 </dd></dl>\r
 635 \r
 636 <a name="lbAT">&nbsp;</a>\r
 637 <h2>COPYRIGHT</h2>\r
 638 \r
 639 <dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 640 Copyright © 2002-2007 Kazutaka Katoh (mafft)\r
 641 <br>\r
 642 \r
 643 Copyright © 2007 Charles Plessy (this manpage)\r
 644 <br>\r
 645 \r
 646 <p>\r
 647 \r
 648 Mafft and its manpage are offered under the following conditions:\r
 649 </p><p>Redistribution and use in source and binary forms, with or\r
 650 without modification, are permitted provided that the following\r
 651 conditions are met:\r
 652 </p><p>\r
 653 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd>\r
 654  1.Redistributions of source code must retain the above copyright notice, this list of conditions and the following disclaimer.\r
 655 </dd></dl>\r
 656 \r
 657 <p>\r
 658 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd> 2.Redistributions in binary\r
 659 form must reproduce the above copyright notice, this list of conditions\r
 660 and the following disclaimer in the documentation and/or other\r
 661 materials provided with the distribution.\r
 662 </dd></dl>\r
 663 \r
 664 <p>\r
 665 </p><dl compact="compact"><dt></dt><dd> 3.The name of the author may\r
 666 not be used to endorse or promote products derived from this software\r
 667 without specific prior written permission.\r
 668 </dd></dl>\r
 669 \r
 670 <p>THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE AUTHOR "AS IS" AND ANY EXPRESS OR\r
 671 IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE IMPLIED\r
 672 WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE ARE\r
 673 DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL THE AUTHOR BE LIABLE FOR ANY DIRECT,\r
 674 INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES\r
 675 (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR\r
 676 SERVICES; LOSS OF USE, DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION)\r
 677 HOWEVER CAUSED AND ON ANY THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT,\r
 678 STRICT LIABILITY, OR TORT (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING\r
 679 IN ANY WAY OUT OF THE USE OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE\r
 680 POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.\r
 681 <br>\r
 682 \r
 683 </p></dd></dl>\r
 684 \r
 685 <p>\r
 686 \r
 687 </p><hr>\r
 688 <a name="index">&nbsp;</a><h2>Index</h2>\r
 689 <dl>\r
 690 <dt><a href="#lbAB">NAME</a></dt><dd>\r
 691 </dd><dt><a href="#lbAC">SYNOPSIS</a></dt><dd>\r
 692 </dd><dt><a href="#lbAD">DESCRIPTION</a></dt><dd>\r
 693 <dl>\r
 694 <dt><a href="#lbAE">Accuracy-oriented methods:</a></dt><dd>\r
 695 </dd><dt><a href="#lbAF">Speed-oriented methods:</a></dt><dd>\r
 696 </dd><dt><a href="#lbAG">Group-to-group alignments</a></dt><dd>\r
 697 </dd></dl>\r
 698 </dd><dt><a href="#lbAH">OPTIONS</a></dt><dd>\r
 699 <dl>\r
 700 <dt><a href="#lbAI">Algorithm</a></dt><dd>\r
 701 </dd><dt><a href="#lbAJ">Parameter</a></dt><dd>\r
 702 </dd><dt><a href="#lbAK">Output</a></dt><dd>\r
 703 </dd><dt><a href="#lbAL">Input</a></dt><dd>\r
 704 </dd></dl>\r
 705 </dd><dt><a href="#lbAM">FILES</a></dt><dd>\r
 706 </dd><dt><a href="#lbAN">ENVIONMENT</a></dt><dd>\r
 707 </dd><dt><a href="#lbAO">SEE ALSO</a></dt><dd>\r
 708 </dd><dt><a href="#lbAP">REFERENCES</a></dt><dd>\r
 709 <dl>\r
 710 <dt><a href="#lbAQ">In English</a></dt><dd>\r
 711 </dd><dt><a href="#lbAR">In Japanese</a></dt><dd>\r
 712 </dd></dl>\r
 713 </dd><dt><a href="#lbAS">AUTHORS</a></dt><dd>\r
 714 </dd><dt><a href="#lbAT">COPYRIGHT</a></dt><dd>\r
 715 </dd></dl>\r
 716 <hr>\r
 717 This document was created by\r
 718 man2html,\r
 719 using the manual pages.<br>\r
 720 Time: 02:26:04 GMT, August 14, 2007\r
 721 </body></html>