binaries/muscle3.7.txt

   1 MUSCLE v3.7 by Robert C. Edgar\r
   2 \r
   3 http://www.drive5.com/muscle\r
   4 This software is donated to the public domain.\r
   5 Please cite: Edgar, R.C. Nucleic Acids Res 32(5), 1792-97.\r
   6 \r
   7 \r
   8 Basic usage\r
   9 \r
  10     muscle -in <inputfile> -out <outputfile>\r
  11 \r
  12 Common options (for a complete list please see the User Guide):\r
  13 \r
  14     -in <inputfile>    Input file in FASTA format (default stdin)\r
  15     -out <outputfile>  Output alignment in FASTA format (default stdout)\r
  16     -diags             Find diagonals (faster for similar sequences)\r
  17     -maxiters <n>      Maximum number of iterations (integer, default 16)\r
  18     -maxhours <h>      Maximum time to iterate in hours (default no limit)\r
  19     -maxmb <m>         Maximum memory to allocate in Mb (default 80% of RAM)\r
  20     -html              Write output in HTML format (default FASTA)\r
  21     -msf               Write output in GCG MSF format (default FASTA)\r
  22     -clw               Write output in CLUSTALW format (default FASTA)\r
  23     -clwstrict         As -clw, with 'CLUSTAL W (1.81)' header\r
  24     -log[a] <logfile>  Log to file (append if -loga, overwrite if -log)\r
  25     -quiet             Do not write progress messages to stderr\r
  26     -stable            Output sequences in input order (default is -group)\r
  27     -group             Group sequences by similarity (this is the default)\r
  28     -version           Display version information and exit\r
  29 \r
  30 Without refinement (very fast, avg accuracy similar to T-Coffee): -maxiters 2\r
  31 Fastest possible (amino acids): -maxiters 1 -diags -sv -distance1 kbit20_3\r
  32 Fastest possible (nucleotides): -maxiters 1 -diags\r