binaries/src/ViennaRNA/doc/latex/group__consensus__fold.eps

   1 %!PS-Adobe-3.0
   2 %%Creator: graphviz version 2.26.0 (20091210.2329)
   3 %%Title: structs
   4 %%Pages: (atend)
   5 %%BoundingBox: (atend)
   6 %%EndComments
   7 save
   8 %%BeginProlog
   9 /DotDict 200 dict def
  10 DotDict begin
  11
  12 /setupLatin1 {
  13 mark
  14 /EncodingVector 256 array def
  15  EncodingVector 0
  16
  17 ISOLatin1Encoding 0 255 getinterval putinterval
  18 EncodingVector 45 /hyphen put
  19
  20 % Set up ISO Latin 1 character encoding
  21 /starnetISO {
  22         dup dup findfont dup length dict begin
  23         { 1 index /FID ne { def }{ pop pop } ifelse
  24         } forall
  25         /Encoding EncodingVector def
  26         currentdict end definefont
  27 } def
  28 /Times-Roman starnetISO def
  29 /Times-Italic starnetISO def
  30 /Times-Bold starnetISO def
  31 /Times-BoldItalic starnetISO def
  32 /Helvetica starnetISO def
  33 /Helvetica-Oblique starnetISO def
  34 /Helvetica-Bold starnetISO def
  35 /Helvetica-BoldOblique starnetISO def
  36 /Courier starnetISO def
  37 /Courier-Oblique starnetISO def
  38 /Courier-Bold starnetISO def
  39 /Courier-BoldOblique starnetISO def
  40 cleartomark
  41 } bind def
  42
  43 %%BeginResource: procset graphviz 0 0
  44 /coord-font-family /Times-Roman def
  45 /default-font-family /Times-Roman def
  46 /coordfont coord-font-family findfont 8 scalefont def
  47
  48 /InvScaleFactor 1.0 def
  49 /set_scale {
  50        dup 1 exch div /InvScaleFactor exch def
  51        scale
  52 } bind def
  53
  54 % styles
  55 /solid { [] 0 setdash } bind def
  56 /dashed { [9 InvScaleFactor mul dup ] 0 setdash } bind def
  57 /dotted { [1 InvScaleFactor mul 6 InvScaleFactor mul] 0 setdash } bind def
  58 /invis {/fill {newpath} def /stroke {newpath} def /show {pop newpath} def} bind def
  59 /bold { 2 setlinewidth } bind def
  60 /filled { } bind def
  61 /unfilled { } bind def
  62 /rounded { } bind def
  63 /diagonals { } bind def
  64
  65 % hooks for setting color
  66 /nodecolor { sethsbcolor } bind def
  67 /edgecolor { sethsbcolor } bind def
  68 /graphcolor { sethsbcolor } bind def
  69 /nopcolor {pop pop pop} bind def
  70
  71 /beginpage {    % i j npages
  72         /npages exch def
  73         /j exch def
  74         /i exch def
  75         /str 10 string def
  76         npages 1 gt {
  77                 gsave
  78                         coordfont setfont
  79                         0 0 moveto
  80                         (\() show i str cvs show (,) show j str cvs show (\)) show
  81                 grestore
  82         } if
  83 } bind def
  84
  85 /set_font {
  86         findfont exch
  87         scalefont setfont
  88 } def
  89
  90 % draw text fitted to its expected width
  91 /alignedtext {                  % width text
  92         /text exch def
  93         /width exch def
  94         gsave
  95                 width 0 gt {
  96                         [] 0 setdash
  97                         text stringwidth pop width exch sub text length div 0 text ashow
  98                 } if
  99         grestore
 100 } def
 101
 102 /boxprim {                              % xcorner ycorner xsize ysize
 103                 4 2 roll
 104                 moveto
 105                 2 copy
 106                 exch 0 rlineto
 107                 0 exch rlineto
 108                 pop neg 0 rlineto
 109                 closepath
 110 } bind def
 111
 112 /ellipse_path {
 113         /ry exch def
 114         /rx exch def
 115         /y exch def
 116         /x exch def
 117         matrix currentmatrix
 118         newpath
 119         x y translate
 120         rx ry scale
 121         0 0 1 0 360 arc
 122         setmatrix
 123 } bind def
 124
 125 /endpage { showpage } bind def
 126 /showpage { } def
 127
 128 /layercolorseq
 129         [       % layer color sequence - darkest to lightest
 130                 [0 0 0]
 131                 [.2 .8 .8]
 132                 [.4 .8 .8]
 133                 [.6 .8 .8]
 134                 [.8 .8 .8]
 135         ]
 136 def
 137
 138 /layerlen layercolorseq length def
 139
 140 /setlayer {/maxlayer exch def /curlayer exch def
 141         layercolorseq curlayer 1 sub layerlen mod get
 142         aload pop sethsbcolor
 143         /nodecolor {nopcolor} def
 144         /edgecolor {nopcolor} def
 145         /graphcolor {nopcolor} def
 146 } bind def
 147
 148 /onlayer { curlayer ne {invis} if } def
 149
 150 /onlayers {
 151         /myupper exch def
 152         /mylower exch def
 153         curlayer mylower lt
 154         curlayer myupper gt
 155         or
 156         {invis} if
 157 } def
 158
 159 /curlayer 0 def
 160
 161 %%EndResource
 162 %%EndProlog
 163 %%BeginSetup
 164 14 default-font-family set_font
 165 1 setmiterlimit
 166 % /arrowlength 10 def
 167 % /arrowwidth 5 def
 168
 169 % make sure pdfmark is harmless for PS-interpreters other than Distiller
 170 /pdfmark where {pop} {userdict /pdfmark /cleartomark load put} ifelse
 171 % make '<<' and '>>' safe on PS Level 1 devices
 172 /languagelevel where {pop languagelevel}{1} ifelse
 173 2 lt {
 174     userdict (<<) cvn ([) cvn load put
 175     userdict (>>) cvn ([) cvn load put
 176 } if
 177
 178 %%EndSetup
 179 setupLatin1
 180 %%Page: 1 1
 181 %%PageBoundingBox: 36 36 896 186
 182 %%PageOrientation: Portrait
 183 0 0 1 beginpage
 184 gsave
 185 36 36 860 150 boxprim clip newpath
 186 1 1 set_scale 0 rotate 40 41 translate
 187 % Node0
 188 gsave
 189 0 0 0.74902 nodecolor
 190 newpath 204 60 moveto
 191 204 82 lineto
 192 448 82 lineto
 193 448 60 lineto
 194 closepath fill
 195 1 setlinewidth
 196 filled
 197 0 0 0 nodecolor
 198 newpath 204 60 moveto
 199 204 82 lineto
 200 448 82 lineto
 201 448 60 lineto
 202 closepath stroke
 203 0 0 0 nodecolor
 204 10 /FreeSans set_font
 205 212 69 moveto 228 (Predicting Consensus Structures from Alignment\(s\)) alignedtext
 206 grestore
 207 % Node3
 208 gsave
 209 [ /Rect [ 499 119.5 837 142.5 ]
 210   /Border [ 0 0 0 ]
 211   /Action << /Subtype /URI /URI ($group__consensus__pf__fold.html) >>
 212   /Subtype /Link
 213 /ANN pdfmark
 214 1 setlinewidth
 215 0 0 0 nodecolor
 216 newpath 498.5 120 moveto
 217 498.5 142 lineto
 218 837.5 142 lineto
 219 837.5 120 lineto
 220 closepath stroke
 221 0 0 0 nodecolor
 222 10 /FreeSans set_font
 223 506.5 129 moveto 323 (Partition Function and Base Pair Probabilities for Sequence Alignment\(s\)) alignedtext
 224 grestore
 225 % Node0->Node3
 226 gsave
 227 1 setlinewidth
 228 solid
 229 0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
 230 newpath 373.09 84.76 moveto
 231 404.3 93.42 446.31 104.21 484 111 curveto
 232 503.45 114.5 524.17 117.47 544.44 119.97 curveto
 233 stroke
 234 0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
 235 newpath 373.92 81.36 moveto
 236 363.35 82.03 lineto
 237 372.03 88.1 lineto
 238 closepath fill
 239 1 setlinewidth
 240 solid
 241 0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
 242 newpath 373.92 81.36 moveto
 243 363.35 82.03 lineto
 244 372.03 88.1 lineto
 245 closepath stroke
 246 grestore
 247 % Node5
 248 gsave
 249 [ /Rect [ 529 79.5 807 102.5 ]
 250   /Border [ 0 0 0 ]
 251   /Action << /Subtype /URI /URI ($group__local__consensus__fold.html) >>
 252   /Subtype /Link
 253 /ANN pdfmark
 254 1 setlinewidth
 255 0 0 0 nodecolor
 256 newpath 529 80 moveto
 257 529 102 lineto
 258 807 102 lineto
 259 807 80 lineto
 260 closepath stroke
 261 0 0 0 nodecolor
 262 10 /FreeSans set_font
 263 537 89 moveto 262 (Local MFE consensus structures for Sequence Alignments) alignedtext
 264 grestore
 265 % Node0->Node5
 266 gsave
 267 1 setlinewidth
 268 solid
 269 0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
 270 newpath 458.23 78.73 moveto
 271 481.37 80.09 505.52 81.5 528.84 82.86 curveto
 272 stroke
 273 0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
 274 newpath 458.21 75.23 moveto
 275 448.02 78.14 lineto
 276 457.8 82.21 lineto
 277 closepath fill
 278 1 setlinewidth
 279 solid
 280 0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
 281 newpath 458.21 75.23 moveto
 282 448.02 78.14 lineto
 283 457.8 82.21 lineto
 284 closepath stroke
 285 grestore
 286 % Node4
 287 gsave
 288 [ /Rect [ 484 39.5 852 62.5 ]
 289   /Border [ 0 0 0 ]
 290   /Action << /Subtype /URI /URI ($group__consensus__stochbt.html) >>
 291   /Subtype /Link
 292 /ANN pdfmark
 293 1 setlinewidth
 294 0 0 0 nodecolor
 295 newpath 484 40 moveto
 296 484 62 lineto
 297 852 62 lineto
 298 852 40 lineto
 299 closepath stroke
 300 0 0 0 nodecolor
 301 10 /FreeSans set_font
 302 492 49 moveto 352 (Stochastic Backtracking of Consensus Structures from Sequence Alignment\(s\)) alignedtext
 303 grestore
 304 % Node0->Node4
 305 gsave
 306 1 setlinewidth
 307 solid
 308 0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
 309 newpath 458.25 63.27 moveto
 310 466.69 62.77 475.26 62.27 483.88 61.77 curveto
 311 stroke
 312 0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
 313 newpath 457.8 59.79 moveto
 314 448.02 63.86 lineto
 315 458.21 66.77 lineto
 316 closepath fill
 317 1 setlinewidth
 318 solid
 319 0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
 320 newpath 457.8 59.79 moveto
 321 448.02 63.86 lineto
 322 458.21 66.77 lineto
 323 closepath stroke
 324 grestore
 325 % Node2
 326 gsave
 327 [ /Rect [ 538 -.5 798 22.5 ]
 328   /Border [ 0 0 0 ]
 329   /Action << /Subtype /URI /URI ($group__consensus__mfe__fold.html) >>
 330   /Subtype /Link
 331 /ANN pdfmark
 332 1 setlinewidth
 333 0 0 0 nodecolor
 334 newpath 538 0 moveto
 335 538 22 lineto
 336 798 22 lineto
 337 798 0 lineto
 338 closepath stroke
 339 0 0 0 nodecolor
 340 10 /FreeSans set_font
 341 546 9 moveto 244 (MFE Consensus Structures for Sequence Alignment\(s\)) alignedtext
 342 grestore
 343 % Node0->Node2
 344 gsave
 345 1 setlinewidth
 346 solid
 347 0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
 348 newpath 373.09 57.24 moveto
 349 404.3 48.58 446.31 37.79 484 31 curveto
 350 503.45 27.5 524.17 24.53 544.44 22.03 curveto
 351 stroke
 352 0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
 353 newpath 372.03 53.9 moveto
 354 363.35 59.97 lineto
 355 373.92 60.64 lineto
 356 closepath fill
 357 1 setlinewidth
 358 solid
 359 0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
 360 newpath 372.03 53.9 moveto
 361 363.35 59.97 lineto
 362 373.92 60.64 lineto
 363 closepath stroke
 364 grestore
 365 % Node1
 366 gsave
 367 [ /Rect [ 0 59.5 168 82.5 ]
 368   /Border [ 0 0 0 ]
 369   /Action << /Subtype /URI /URI ($group__folding__routines.html) >>
 370   /Subtype /Link
 371 /ANN pdfmark
 372 1 setlinewidth
 373 0 0 0 nodecolor
 374 newpath 0 60 moveto
 375 0 82 lineto
 376 168 82 lineto
 377 168 60 lineto
 378 closepath stroke
 379 0 0 0 nodecolor
 380 10 /FreeSans set_font
 381 8 69 moveto 152 (RNA Secondary Structure Folding) alignedtext
 382 grestore
 383 % Node1->Node0
 384 gsave
 385 1 setlinewidth
 386 solid
 387 0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
 388 newpath 178.35 71 moveto
 389 186.66 71 195.16 71 203.66 71 curveto
 390 stroke
 391 0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
 392 newpath 178.3 67.5 moveto
 393 168.3 71 lineto
 394 178.3 74.5 lineto
 395 closepath fill
 396 1 setlinewidth
 397 solid
 398 0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
 399 newpath 178.3 67.5 moveto
 400 168.3 71 lineto
 401 178.3 74.5 lineto
 402 closepath stroke
 403 grestore
 404 endpage
 405 showpage
 406 grestore
 407 %%PageTrailer
 408 %%EndPage: 1
 409 %%Trailer
 410 %%Pages: 1
 411 %%BoundingBox: 36 36 896 186
 412 end
 413 restore
 414 %%EOF