binaries/src/ViennaRNA/doc/latex/group__subopt__fold.eps

   1 %!PS-Adobe-3.0
   2 %%Creator: graphviz version 2.26.0 (20091210.2329)
   3 %%Title: structs
   4 %%Pages: (atend)
   5 %%BoundingBox: (atend)
   6 %%EndComments
   7 save
   8 %%BeginProlog
   9 /DotDict 200 dict def
  10 DotDict begin
  11
  12 /setupLatin1 {
  13 mark
  14 /EncodingVector 256 array def
  15  EncodingVector 0
  16
  17 ISOLatin1Encoding 0 255 getinterval putinterval
  18 EncodingVector 45 /hyphen put
  19
  20 % Set up ISO Latin 1 character encoding
  21 /starnetISO {
  22         dup dup findfont dup length dict begin
  23         { 1 index /FID ne { def }{ pop pop } ifelse
  24         } forall
  25         /Encoding EncodingVector def
  26         currentdict end definefont
  27 } def
  28 /Times-Roman starnetISO def
  29 /Times-Italic starnetISO def
  30 /Times-Bold starnetISO def
  31 /Times-BoldItalic starnetISO def
  32 /Helvetica starnetISO def
  33 /Helvetica-Oblique starnetISO def
  34 /Helvetica-Bold starnetISO def
  35 /Helvetica-BoldOblique starnetISO def
  36 /Courier starnetISO def
  37 /Courier-Oblique starnetISO def
  38 /Courier-Bold starnetISO def
  39 /Courier-BoldOblique starnetISO def
  40 cleartomark
  41 } bind def
  42
  43 %%BeginResource: procset graphviz 0 0
  44 /coord-font-family /Times-Roman def
  45 /default-font-family /Times-Roman def
  46 /coordfont coord-font-family findfont 8 scalefont def
  47
  48 /InvScaleFactor 1.0 def
  49 /set_scale {
  50        dup 1 exch div /InvScaleFactor exch def
  51        scale
  52 } bind def
  53
  54 % styles
  55 /solid { [] 0 setdash } bind def
  56 /dashed { [9 InvScaleFactor mul dup ] 0 setdash } bind def
  57 /dotted { [1 InvScaleFactor mul 6 InvScaleFactor mul] 0 setdash } bind def
  58 /invis {/fill {newpath} def /stroke {newpath} def /show {pop newpath} def} bind def
  59 /bold { 2 setlinewidth } bind def
  60 /filled { } bind def
  61 /unfilled { } bind def
  62 /rounded { } bind def
  63 /diagonals { } bind def
  64
  65 % hooks for setting color
  66 /nodecolor { sethsbcolor } bind def
  67 /edgecolor { sethsbcolor } bind def
  68 /graphcolor { sethsbcolor } bind def
  69 /nopcolor {pop pop pop} bind def
  70
  71 /beginpage {    % i j npages
  72         /npages exch def
  73         /j exch def
  74         /i exch def
  75         /str 10 string def
  76         npages 1 gt {
  77                 gsave
  78                         coordfont setfont
  79                         0 0 moveto
  80                         (\() show i str cvs show (,) show j str cvs show (\)) show
  81                 grestore
  82         } if
  83 } bind def
  84
  85 /set_font {
  86         findfont exch
  87         scalefont setfont
  88 } def
  89
  90 % draw text fitted to its expected width
  91 /alignedtext {                  % width text
  92         /text exch def
  93         /width exch def
  94         gsave
  95                 width 0 gt {
  96                         [] 0 setdash
  97                         text stringwidth pop width exch sub text length div 0 text ashow
  98                 } if
  99         grestore
 100 } def
 101
 102 /boxprim {                              % xcorner ycorner xsize ysize
 103                 4 2 roll
 104                 moveto
 105                 2 copy
 106                 exch 0 rlineto
 107                 0 exch rlineto
 108                 pop neg 0 rlineto
 109                 closepath
 110 } bind def
 111
 112 /ellipse_path {
 113         /ry exch def
 114         /rx exch def
 115         /y exch def
 116         /x exch def
 117         matrix currentmatrix
 118         newpath
 119         x y translate
 120         rx ry scale
 121         0 0 1 0 360 arc
 122         setmatrix
 123 } bind def
 124
 125 /endpage { showpage } bind def
 126 /showpage { } def
 127
 128 /layercolorseq
 129         [       % layer color sequence - darkest to lightest
 130                 [0 0 0]
 131                 [.2 .8 .8]
 132                 [.4 .8 .8]
 133                 [.6 .8 .8]
 134                 [.8 .8 .8]
 135         ]
 136 def
 137
 138 /layerlen layercolorseq length def
 139
 140 /setlayer {/maxlayer exch def /curlayer exch def
 141         layercolorseq curlayer 1 sub layerlen mod get
 142         aload pop sethsbcolor
 143         /nodecolor {nopcolor} def
 144         /edgecolor {nopcolor} def
 145         /graphcolor {nopcolor} def
 146 } bind def
 147
 148 /onlayer { curlayer ne {invis} if } def
 149
 150 /onlayers {
 151         /myupper exch def
 152         /mylower exch def
 153         curlayer mylower lt
 154         curlayer myupper gt
 155         or
 156         {invis} if
 157 } def
 158
 159 /curlayer 0 def
 160
 161 %%EndResource
 162 %%EndProlog
 163 %%BeginSetup
 164 14 default-font-family set_font
 165 1 setmiterlimit
 166 % /arrowlength 10 def
 167 % /arrowwidth 5 def
 168
 169 % make sure pdfmark is harmless for PS-interpreters other than Distiller
 170 /pdfmark where {pop} {userdict /pdfmark /cleartomark load put} ifelse
 171 % make '<<' and '>>' safe on PS Level 1 devices
 172 /languagelevel where {pop languagelevel}{1} ifelse
 173 2 lt {
 174     userdict (<<) cvn ([) cvn load put
 175     userdict (>>) cvn ([) cvn load put
 176 } if
 177
 178 %%EndSetup
 179 setupLatin1
 180 %%Page: 1 1
 181 %%PageBoundingBox: 36 36 748 146
 182 %%PageOrientation: Portrait
 183 0 0 1 beginpage
 184 gsave
 185 36 36 712 110 boxprim clip newpath
 186 1 1 set_scale 0 rotate 40 41 translate
 187 % Node2
 188 gsave
 189 [ /Rect [ 433 79.5 683 102.5 ]
 190   /Border [ 0 0 0 ]
 191   /Action << /Subtype /URI /URI ($group__subopt__zuker.html) >>
 192   /Subtype /Link
 193 /ANN pdfmark
 194 1 setlinewidth
 195 0 0 0 nodecolor
 196 newpath 432.5 80 moveto
 197 432.5 102 lineto
 198 683.5 102 lineto
 199 683.5 80 lineto
 200 closepath stroke
 201 0 0 0 nodecolor
 202 10 /FreeSans set_font
 203 440.5 89 moveto 235 (Suboptimal structures according to Zuker et al. 1989) alignedtext
 204 grestore
 205 % Node0
 206 gsave
 207 0 0 0.74902 nodecolor
 208 newpath 204.5 40 moveto
 209 204.5 62 lineto
 210 375.5 62 lineto
 211 375.5 40 lineto
 212 closepath fill
 213 1 setlinewidth
 214 filled
 215 0 0 0 nodecolor
 216 newpath 204.5 40 moveto
 217 204.5 62 lineto
 218 375.5 62 lineto
 219 375.5 40 lineto
 220 closepath stroke
 221 0 0 0 nodecolor
 222 10 /FreeSans set_font
 223 212.5 49 moveto 155 (Enumerating Suboptimal Structures) alignedtext
 224 grestore
 225 % Node0->Node2
 226 gsave
 227 1 setlinewidth
 228 solid
 229 0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
 230 newpath 365.2 63.65 moveto
 231 380.67 66.16 396.85 68.72 412 71 curveto
 232 432.24 74.04 454.09 77.14 474.56 79.96 curveto
 233 stroke
 234 0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
 235 newpath 365.6 60.17 moveto
 236 355.16 62.01 lineto
 237 364.47 67.07 lineto
 238 closepath fill
 239 1 setlinewidth
 240 solid
 241 0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
 242 newpath 365.6 60.17 moveto
 243 355.16 62.01 lineto
 244 364.47 67.07 lineto
 245 closepath stroke
 246 grestore
 247 % Node4
 248 gsave
 249 [ /Rect [ 460 39.5 656 62.5 ]
 250   /Border [ 0 0 0 ]
 251   /Action << /Subtype /URI /URI ($group__subopt__stochbt.html) >>
 252   /Subtype /Link
 253 /ANN pdfmark
 254 1 setlinewidth
 255 0 0 0 nodecolor
 256 newpath 459.5 40 moveto
 257 459.5 62 lineto
 258 656.5 62 lineto
 259 656.5 40 lineto
 260 closepath stroke
 261 0 0 0 nodecolor
 262 10 /FreeSans set_font
 263 467.5 49 moveto 181 (Stochastic backtracking in the Ensemble) alignedtext
 264 grestore
 265 % Node0->Node4
 266 gsave
 267 1 setlinewidth
 268 solid
 269 0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
 270 newpath 385.66 51 moveto
 271 409.56 51 435.23 51 459.28 51 curveto
 272 stroke
 273 0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
 274 newpath 385.53 47.5 moveto
 275 375.53 51 lineto
 276 385.53 54.5 lineto
 277 closepath fill
 278 1 setlinewidth
 279 solid
 280 0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
 281 newpath 385.53 47.5 moveto
 282 375.53 51 lineto
 283 385.53 54.5 lineto
 284 closepath stroke
 285 grestore
 286 % Node3
 287 gsave
 288 [ /Rect [ 413 -.5 703 22.5 ]
 289   /Border [ 0 0 0 ]
 290   /Action << /Subtype /URI /URI ($group__subopt__wuchty.html) >>
 291   /Subtype /Link
 292 /ANN pdfmark
 293 1 setlinewidth
 294 0 0 0 nodecolor
 295 newpath 412.5 0 moveto
 296 412.5 22 lineto
 297 703.5 22 lineto
 298 703.5 0 lineto
 299 closepath stroke
 300 0 0 0 nodecolor
 301 10 /FreeSans set_font
 302 420.5 9 moveto 275 (Suboptimal structures within an energy band arround the MFE) alignedtext
 303 grestore
 304 % Node0->Node3
 305 gsave
 306 1 setlinewidth
 307 solid
 308 0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
 309 newpath 365.2 38.35 moveto
 310 380.67 35.84 396.85 33.28 412 31 curveto
 311 432.24 27.96 454.09 24.86 474.56 22.04 curveto
 312 stroke
 313 0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
 314 newpath 364.47 34.93 moveto
 315 355.16 39.99 lineto
 316 365.6 41.83 lineto
 317 closepath fill
 318 1 setlinewidth
 319 solid
 320 0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
 321 newpath 364.47 34.93 moveto
 322 355.16 39.99 lineto
 323 365.6 41.83 lineto
 324 closepath stroke
 325 grestore
 326 % Node1
 327 gsave
 328 [ /Rect [ 0 39.5 168 62.5 ]
 329   /Border [ 0 0 0 ]
 330   /Action << /Subtype /URI /URI ($group__folding__routines.html) >>
 331   /Subtype /Link
 332 /ANN pdfmark
 333 1 setlinewidth
 334 0 0 0 nodecolor
 335 newpath 0 40 moveto
 336 0 62 lineto
 337 168 62 lineto
 338 168 40 lineto
 339 closepath stroke
 340 0 0 0 nodecolor
 341 10 /FreeSans set_font
 342 8 49 moveto 152 (RNA Secondary Structure Folding) alignedtext
 343 grestore
 344 % Node1->Node0
 345 gsave
 346 1 setlinewidth
 347 solid
 348 0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
 349 newpath 178.2 51 moveto
 350 186.86 51 195.6 51 204.18 51 curveto
 351 stroke
 352 0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
 353 newpath 178.09 47.5 moveto
 354 168.09 51 lineto
 355 178.09 54.5 lineto
 356 closepath fill
 357 1 setlinewidth
 358 solid
 359 0.66667 0.77647 0.43922 edgecolor
 360 newpath 178.09 47.5 moveto
 361 168.09 51 lineto
 362 178.09 54.5 lineto
 363 closepath stroke
 364 grestore
 365 endpage
 366 showpage
 367 grestore
 368 %%PageTrailer
 369 %%EndPage: 1
 370 %%Trailer
 371 %%Pages: 1
 372 %%BoundingBox: 36 36 748 146
 373 end
 374 restore
 375 %%EOF