binaries/src/ViennaRNA/doc/latex/refman.bbl

   1 \begin{thebibliography}{10}
   2
   3 \bibitem{bernhart:2008}
   4 S.H. Bernhart, I.L. Hofacker, S.~Will, A.R. Gruber, and P.F. Stadler.
   5 \newblock {RNAalifold}: Improved consensus structure prediction for {RNA}
   6   alignments.
   7 \newblock {\em BMC bioinformatics}, 9(1):474, 2008.
   8
   9 \bibitem{bernhart:2006}
  10 S.H. Bernhart, H.~Tafer, U.~M{\"u}ckstein, C.~Flamm, P.F. Stadler, and I.L.
  11   Hofacker.
  12 \newblock Partition function and base pairing probabilities of {RNA}
  13   heterodimers.
  14 \newblock {\em Algorithms for Molecular Biology}, 1(1):3, 2006.
  15
  16 \bibitem{fontana:1993b}
  17 W.~Fontana, P.F. Stadler, E.G. Bornberg-Bauer, T.~Griesmacher, I.L. Hofacker,
  18   M.~Tacker, P.~Tarazona, E.D. Weinberger, and P.~Schuster.
  19 \newblock {RNA} folding and combinatory landscapes.
  20 \newblock {\em Physical review E}, 47(3):2083, 1993.
  21
  22 \bibitem{hofacker:2002}
  23 I.L. Hofacker, M.~Fekete, and P.F. Stadler.
  24 \newblock Secondary structure prediction for aligned {RNA} sequences.
  25 \newblock {\em Journal of molecular biology}, 319(5):1059--1066, 2002.
  26
  27 \bibitem{hofacker:1994}
  28 I.L. Hofacker, W.~Fontana, P.F. Stadler, L.S. Bonhoeffer, M.~Tacker, and
  29   P.~Schuster.
  30 \newblock Fast folding and comparison of {RNA} secondary structures.
  31 \newblock {\em Monatshefte f{\"u}r Chemie/Chemical Monthly}, 125(2):167--188,
  32   1994.
  33
  34 \bibitem{hofacker:2006}
  35 I.L. Hofacker and P.F. Stadler.
  36 \newblock Memory efficient folding algorithms for circular {RNA} secondary
  37   structures.
  38 \newblock {\em Bioinformatics}, 22(10):1172--1176, 2006.
  39
  40 \bibitem{lorenz:2011}
  41 Ronny Lorenz, Stephan~H. Bernhart, Christian H{\"o}ner~zu Siederdissen, Hakim
  42   Tafer, Christoph Flamm, Peter~F. Stadler, and Ivo~L. Hofacker.
  43 \newblock {ViennaRNA} package 2.0.
  44 \newblock {\em Algorithms for Molecular Biology}, 6(1):26, 2011.
  45
  46 \bibitem{lorenz:2009}
  47 Ronny Lorenz, Christoph Flamm, and Ivo~L. Hofacker.
  48 \newblock 2d projections of {RNA} folding landscapes.
  49 \newblock In Ivo Grosse, Steffen Neumann, Stefan Posch, Falk Schreiber, and
  50   Peter~F. Stadler, editors, {\em German Conference on Bioinformatics 2009},
  51   volume 157 of {\em Lecture Notes in Informatics}, pages 11--20, Bonn,
  52   September 2009. Gesellschaft f.\ Informatik.
  53
  54 \bibitem{mathews:2004}
  55 D.H. Mathews, M.D. Disney, J.L. Childs, S.J. Schroeder, M.~Zuker, and D.H.
  56   Turner.
  57 \newblock Incorporating chemical modification constraints into a dynamic
  58   programming algorithm for prediction of {RNA} secondary structure.
  59 \newblock {\em Proceedings of the National Academy of Sciences of the United
  60   States of America}, 101(19):7287, 2004.
  61
  62 \bibitem{mccaskill:1990}
  63 J.S. McCaskill.
  64 \newblock The equilibrium partition function and base pair binding
  65   probabilities for {RNA} secondary structure.
  66 \newblock {\em Biopolymers}, 29(6-7):1105--1119, 1990.
  67
  68 \bibitem{shapiro:1988}
  69 B.A. Shapiro.
  70 \newblock An algorithm for comparing multiple {RNA} secondary structures.
  71 \newblock {\em Computer applications in the biosciences: CABIOS},
  72   4(3):387--393, 1988.
  73
  74 \bibitem{turner:2010}
  75 D.H. Turner and D.H. Mathews.
  76 \newblock {NNDB}: The nearest neighbor parameter database for predicting
  77   stability of nucleic acid secondary structure.
  78 \newblock {\em Nucleic Acids Research}, 38(suppl 1):D280--D282, 2010.
  79
  80 \bibitem{zuker:1981}
  81 M.~Zuker and P.~Stiegler.
  82 \newblock Optimal computer folding of large {RNA} sequences using
  83   thermodynamics and auxiliary information.
  84 \newblock {\em Nucleic acids research}, 9(1):133--148, 1981.
  85
  86 \end{thebibliography}