binaries/src/clustalo/src/clustalo-api-test.c

   1 /* -*- mode: c; tab-width: 4; c-basic-offset: 4;  indent-tabs-mode: nil -*- */
   2
   3 /*********************************************************************
   4  * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
   5  *
   6  * Copyright (C) 2010 University College Dublin
   7  *
   8  * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License as
  10  * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
  11  * License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * This file is part of Clustal-Omega.
  14  *
  15  ********************************************************************/
  16
  17 /*
  18  *  RCS $Id: clustalo-api-test.c 280 2013-05-16 16:04:12Z fabian $
  19  */
  20
  21
  22 #include <stdio.h>
  23
  24 /* see clustal-omega.c for documentation */
  25
  26 /* Include clustal-omega's header. That's all you need
  27  *
  28  * If you developing in C++, use the following instead:
  29  * extern "C" {
  30  * #include "clustal-omega.h"
  31  * }
  32  */
  33 #include "clustal-omega.h"
  34
  35
  36 int
  37 main(int argc, char **argv)
  38 {
  39     /* the multiple sequence structure */
  40     mseq_t *prMSeq = NULL;
  41     /* for openmp: number of threads to use */
  42     int iThreads = 1;
  43     /* alignment options to use */
  44     opts_t rAlnOpts;
  45     /* an input file */
  46     char *pcSeqInfile;
  47     int iAux;
  48
  49
  50     /* Must happen first: setup logger */
  51     LogDefaultSetup(&rLog);
  52
  53     SetDefaultAlnOpts(&rAlnOpts);
  54
  55     InitClustalOmega(iThreads);
  56
  57     /* Get sequence input file name from command line
  58      */
  59     if (argc!=2) {
  60         Log(&rLog, LOG_FATAL, "Need sequence file as argument");
  61     }
  62     pcSeqInfile = argv[1];
  63
  64     /* Read sequence file
  65      */
  66     NewMSeq(&prMSeq);
  67     if (ReadSequences(prMSeq, pcSeqInfile,
  68                       SEQTYPE_UNKNOWN,
  69                       INT_MAX, INT_MAX)) {
  70         Log(&rLog, LOG_FATAL, "Reading sequence file '%s' failed", pcSeqInfile);
  71     }
  72
  73     /* Dump some info about the sequences
  74      */
  75     for (iAux=0; iAux<prMSeq->nseqs; iAux++) {
  76         Log(&rLog, LOG_INFO,
  77              "Sequence no %d has the following name: %s",
  78              iAux, prMSeq->sqinfo[iAux].name);
  79         Log(&rLog, LOG_INFO,
  80              "Sequence no %d has the following residues: %s",
  81              iAux, prMSeq->seq[iAux]);
  82         /* more info can be found in prMSeq->sqinfo[iAux] */
  83     }
  84
  85
  86     /* Align the sequences without a profile (NULL)
  87      */
  88     if (Align(prMSeq, NULL, &rAlnOpts)) {
  89         Log(&rLog, LOG_FATAL, "A fatal error happended during the alignment process");
  90     }
  91
  92
  93     /* Output of final alignment to stdout (NULL) as aligned fasta/a2m
  94      */
  95 #define LINE_WRAP 60
  96     if (WriteAlignment(prMSeq, NULL, MSAFILE_A2M, LINE_WRAP)) {
  97         Log(&rLog, LOG_FATAL, "Could not save alignment");
  98     }
  99
 100     FreeMSeq(&prMSeq);
 101
 102     Log(&rLog, LOG_INFO, "Successfull program exit");
 103
 104     return EXIT_SUCCESS;
 105 }
 106 /***   end of main()   ***/