Adding DisEMBL dependency Tisean executable
[jabaws.git] / binaries / src / disembl / Tisean_3.0.1 / source_c / routines / tsa.h
1 /*
2  *   This file is part of TISEAN
3  *
4  *   Copyright (c) 1998-2007 Rainer Hegger, Holger Kantz, Thomas Schreiber
5  *
6  *   TISEAN is free software; you can redistribute it and/or modify
7  *   it under the terms of the GNU General Public License as published by
8  *   the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
9  *   (at your option) any later version.
10  *
11  *   TISEAN is distributed in the hope that it will be useful,
12  *   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
13  *   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
14  *   GNU General Public License for more details.
15  *
16  *   You should have received a copy of the GNU General Public License
17  *   along with TISEAN; if not, write to the Free Software
18  *   Foundation, Inc., 51 Franklin St, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA
19  */
20 /*Author: Rainer Hegger Last modified: Sep 3, 1999 */
21
22 #ifndef _TSA_ROUTINES_H
23 #define _TSA_ROUTINES_H
24
25 #ifndef _TISEAN_CEC_H
26 #include "tisean_cec.h"
27 #endif
28
29 /* size of the string which reads the input data
30    if your lines are longer than some 500 reals, increase the value
31    */
32 #define INPUT_SIZE 1024
33
34 /* The possible names of the verbosity levels */
35 #define VER_INPUT 0x1
36 #define VER_USR1 0x2
37 #define VER_USR2 0x4
38 #define VER_USR3 0x8
39 #define VER_USR4 0x10
40 #define VER_USR5 0x20
41 #define VER_USR6 0x40
42 #define VER_FIRST_LINE 0x80
43
44 /* Uncomment the variable to get rid of the initial Version message */
45 /*#define OMIT_WHAT_I_DO*/
46
47 #define sqr(x) ((x)*(x))
48
49 #ifdef __cplusplus
50 extern "C" {
51 #endif
52
53 extern int scan_help(int,char**);
54 extern double *get_series(char *,unsigned long *,unsigned long,
55                        unsigned int,unsigned int);
56 extern double **get_multi_series(char *,unsigned long *,unsigned long,
57                                  unsigned int *,char *,char,unsigned int);
58 extern void rescale_data(double *,unsigned long,double *,double *);
59 extern void variance(double *,unsigned long,double *,double *);
60 extern void make_box(double *,long **,long *,unsigned long,
61                         unsigned int,unsigned int,unsigned int,double);
62 extern unsigned long find_neighbors(double *,long **,long *,double *,
63                                     unsigned long,unsigned int,unsigned int,
64                                     unsigned int,double,unsigned long *);
65 extern char* search_datafile(int, char**,unsigned int*,unsigned int);
66 extern char* check_option(char**,int,int,int);
67 extern void  solvele(double**,double *,unsigned int);
68 extern void test_outfile(char*);
69 extern double** invert_matrix(double**,unsigned int);
70 extern unsigned long exclude_interval(unsigned long,long,long,
71                                       unsigned long*,unsigned long*);
72 extern void make_multi_box(double **,long **,long *,unsigned long,
73                            unsigned int,unsigned int,unsigned int,
74                            unsigned int,double);
75   /*only used for nrlazy. Will be removed with nrlazy */
76 extern void make_multi_box2(double **,long **,long *,unsigned long,
77                            unsigned int,unsigned int,unsigned int,
78                            unsigned int,double);
79 extern unsigned long find_multi_neighbors(double **,long **,long *,double **,
80                                           unsigned long,unsigned int,
81                                           unsigned int,unsigned int,
82                                           unsigned int,double,unsigned long *);
83 extern unsigned int** make_multi_index(unsigned int,unsigned int,unsigned int);
84
85 extern void check_alloc(void *);
86 extern char* myfgets(char *,int *,FILE *,unsigned int);
87 extern void what_i_do(char *, char *);
88 extern double* rand_arb_dist(double *,unsigned long,unsigned long,
89                              unsigned int,unsigned long);
90
91 /* routines from rand.c */
92 extern void rnd_init(unsigned long);
93 extern unsigned long rnd_long();
94 extern unsigned long rnd_1279();
95 extern unsigned long rnd69069();
96 extern double gaussian(double);
97
98 /* routines from eigen.c */
99 extern void eigen(double**,unsigned long,double*);
100
101 #ifdef __cplusplus
102 }
103 #endif
104
105 #endif