binaries/src/mafft/core/Makefile

   1 PREFIX = /usr/local
   2 LIBDIR = $(PREFIX)/libexec/mafft
   3 BINDIR = $(PREFIX)/bin
   4 MANDIR = $(PREFIX)/share/man/man1
   5 DESTDIR =
   6
   7 #MNO_CYGWIN = -mno-cygwin
   8
   9 ENABLE_MULTITHREAD = -Denablemultithread
  10 # Comment out the above line if your compiler
  11 # does not support TLS (thread-local strage).
  12
  13 CC = gcc
  14 CFLAGS = -O3 -std=c99
  15 #CFLAGS = -O3 -fPIC
  16 # add -fPIC when building .so files
  17
  18 #CC = icc
  19 #CFLAGS = -fast
  20 # if you have icc, use this.
  21
  22 #CFLAGS =  -O0  -fPIC -pedantic -Wall -std=c99 -g -pg -DMALLOC_CHECK_=3
  23 #CFLAGS =  -O0  -fPIC -pedantic -Wall -std=c99 -g -pg -DMALLOC_CHECK_=3  -fprofile-arcs -ftest-coverage
  24 #CFLAGS =  -O0  -fPIC -pedantic -Wall -std=c99 -g -DMALLOC_CHECK_=3 # for shark, valgrind
  25 #CFLAGS =  -O0  -fPIC -pedantic -Wall -std=c99 -g -DMALLOC_CHECK_=3 -lprofiler  # ?
  26
  27
  28 MYCFLAGS = $(MNO_CYGWIN) $(ENABLE_MULTITHREAD) $(CFLAGS)
  29
  30 ifdef ENABLE_MULTITHREAD
  31 LIBS = -lm  -lpthread
  32 else
  33 LIBS = -lm
  34 endif
  35
  36 INSTALL = install
  37
  38 PROGS = dvtditr dndfast7 dndblast sextet5 mafft-distance pairlocalalign \
  39                 multi2hat3s pairash addsingle \
  40         splittbfast disttbfast tbfast mafft-profile f2cl mccaskillwrap contrafoldwrap countlen \
  41                 seq2regtable regtable2seq score getlag dndpre setcore replaceu restoreu setdirection makedirectionlist version
  42 SOS = libdisttbfast.so
  43 DLLS = libdisttbfast.dll
  44 DYLIBS = libdisttbfast.dylib
  45
  46 PERLPROGS = mafftash_premafft.pl seekquencer_premafft.pl
  47 SCRIPTS = mafft mafft-homologs.rb mafft-sparsecore.rb
  48 OBJSETDIRECTION = mtxutl.o io.o setdirection.o defs.o mltaln9.o
  49 OBJREPLACEU = mtxutl.o io.o replaceu.o defs.o mltaln9.o
  50 OBJRESTOREU = mtxutl.o io.o restoreu.o defs.o mltaln9.o
  51 OBJREGTABLE2SEQ = mtxutl.o io.o regtable2seq.o defs.o mltaln9.o
  52 OBJSEQ2REGTABLE = mtxutl.o io.o seq2regtable.o defs.o
  53 OBJCOUNTLEN = mtxutl.o io.o countlen.o defs.o
  54 OBJF2CL = mtxutl.o io.o f2cl.o constants.o defs.o
  55 OBJMCCASKILLWRAP = mtxutl.o io.o mccaskillwrap.o constants.o defs.o mltaln9.o
  56 OBJCONTRAFOLDWRAP = mtxutl.o io.o contrafoldwrap.o constants.o defs.o mltaln9.o
  57 OBJMULTI2HAT3S = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o \
  58                                  multi2hat3s.o defs.o fft.o fftFunctions.o
  59 OBJPAIRASH = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Dalignmm.o \
  60                          Falign.o MSalignmm.o Galign11.o MSalign11.o suboptalign11.o genalign11.o Lalign11.o SAalignmm.o \
  61                          pairash.o defs.o fft.o fftFunctions.o
  62 OBJPAIRLOCALALIGN = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Dalignmm.o \
  63                             Falign.o MSalignmm.o Galign11.o MSalign11.o suboptalign11.o genalign11.o Lalign11.o SAalignmm.o \
  64                                         pairlocalalignmain.o pairlocalalign.o defs.o fft.o fftFunctions.o
  65 OBJDUMMY = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Dalignmm.o \
  66                     Falign.o Falign_localhom.o Galign11.o SAalignmm.o MSalignmm.o \
  67                         disttbfast_dummy.o dummy.o defs.o fft.o fftFunctions.o
  68 OBJSPLITFROMALN = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o  Dalignmm.o \
  69                     Falign.o Falign_localhom.o Galign11.o SAalignmm.o MSalignmm.o \
  70                         Lalign11.o splitfromaln.o defs.o fft.o fftFunctions.o
  71 OBJSPLITTBFAST = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o  Dalignmm.o \
  72                     Falign.o Falign_localhom.o Galign11.o SAalignmm.o MSalignmm.o \
  73                         Lalign11.o splittbfast.o defs.o fft.o fftFunctions.o
  74 OBJSPLITTBFAST2 = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o  Dalignmm.o \
  75                     Falign.o Falign_localhom.o Galign11.o SAalignmm.o MSalignmm.o \
  76                         Lalign11.o splittbfast2.o defs.o fft.o fftFunctions.o
  77 OBJSPLITTBFASTP = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Dalignmm.o \
  78                     Falign.o Falign_localhom.o Galign11.o SAalignmm.o MSalignmm.o \
  79                         Lalign11.o defs.o fft.o fftFunctions.o
  80 OBJDISTTBFAST = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Dalignmm.o \
  81                     Falign.o Falign_localhom.o Galign11.o SAalignmm.o MSalignmm.o \
  82                         disttbfast.o defs.o fft.o fftFunctions.o addfunctions.o
  83 OBJMAKEDIRECTIONLIST = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o  Dalignmm.o \
  84                     Falign.o Falign_localhom.o Galign11.o SAalignmm.o MSalignmm.o \
  85                         Lalign11.o makedirectionlist.o defs.o fft.o fftFunctions.o addfunctions.o
  86 OBJTBFAST = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o MSalignmm.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Dalignmm.o \
  87                     Falign.o Falign_localhom.o Galign11.o SAalignmm.o \
  88                         tbfast.o defs.o fft.o fftFunctions.o addfunctions.o \
  89                         pairlocalalign.o genalign11.o MSalign11.o Lalign11.o
  90 OBJADDSINGLE = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o MSalignmm.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Dalignmm.o \
  91                     Falign.o Falign_localhom.o Galign11.o SAalignmm.o \
  92                         addsingle.o defs.o fft.o fftFunctions.o addfunctions.o
  93 OBJTBFAST2 = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o  MSalignmm.o Dalignmm.o \
  94                     Falign.o Falign_localhom.o Galign11.o SAalignmm.o \
  95                         tbfast2.o defs.o fft.o fftFunctions.o
  96 OBJSETCORE = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Dalignmm.o \
  97                     Falign.o Falign_localhom.o Galign11.o SAalignmm.o MSalignmm.o \
  98                         setcore.o defs.o fft.o fftFunctions.o
  99 OBJTDITR = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o nj.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Dalignmm.o  \
 100                    Falign.o Falign_localhom.o Galign11.o fftFunctions.o fft.o  \
 101                    tditeration.o tditr.o defs.o SAalignmm.o treeOperation.o
 102 OBJDVTDITR = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o nj.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Dalignmm.o \
 103                         Falign.o Falign_localhom.o Galign11.o MSalignmm.o fftFunctions.o fft.o  \
 104                         tditeration.o dvtditr.o defs.o SAalignmm.o treeOperation.o addfunctions.o
 105 OBJGETLAG = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o  \
 106                     Falign.o Falign_localhom.o Galign11.o SAalignmm.o MSalignmm.o Dalignmm.o \
 107                         getlag.o defs.o fft.o fftFunctions.o
 108 OBJGAPFILL = mtxutl.o io.o constants.o gapfill.o defs.o
 109 OBJDNDFAST5 = dndfast5.o io.o constants.o mtxutl.o mltaln9.o tddis.o defs.o
 110 OBJDNDBLAST = dndblast.o io.o constants.o mtxutl.o mltaln9.o tddis.o defs.o
 111 OBJDNDFAST7 = dndfast7.o io.o constants.o mtxutl.o mltaln9.o tddis.o defs.o
 112 OBJDNDFAST6 = dndfast6.o io.o constants.o mtxutl.o mltaln9.o tddis.o defs.o
 113 OBJDNDFAST4 = dndfast4.o io.o constants.o mtxutl.o mltaln9.o tddis.o defs.o
 114 OBJDNDFAST6 = dndfast6.o io.o constants.o mtxutl.o mltaln9.o tddis.o defs.o
 115 OBJSEXTET5 = io.o constants.o mtxutl.o mltaln9.o tddis.o sextet5.o defs.o
 116 OBJDISTANCE = io.o constants.o mtxutl.o mltaln9.o tddis.o mafft-distance.o defs.o
 117 OBJTRIPLET6 = io.o constants.o mtxutl.o mltaln9.o tddis.o triplet6.o defs.o
 118 OBJTRIPLET5 = io.o constants.o mtxutl.o mltaln9.o tddis.o triplet5.o defs.o
 119 OBJOCTET4 = io.o constants.o mtxutl.o mltaln9.o tddis.o octet4.o defs.o
 120 OBJDNDPRE = dndpre.o io.o constants.o mtxutl.o mltaln9.o defs.o
 121 OBJGALN = io.o mtxutl.o mltaln9.o tddis.o constants.o partSalignmm.o MSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Dalignmm.o \
 122           SAalignmm.o Galign11.o Falign.o Falign_localhom.o fftFunctions.o fft.o mafft-profile.o defs.o
 123 OBJSCORE = io.o mtxutl.o mltaln9.o score.o constants.o defs.o
 124
 125 HEADER = mltaln.h mtxutl.h mafft.h
 126 FFTHEADER = fft.h
 127
 128 MANPAGES = mafft.1 mafft-homologs.1
 129
 130
 131
 132
 133 all : $(PERLPROGS) $(PROGS) $(SCRIPTS)
 134         cp $(SCRIPTS) ../scripts
 135         chmod 755 ../scripts/*
 136         cp $(PERLPROGS) $(PROGS) ../binaries
 137         chmod 755 ../binaries/*
 138         cp $(MANPAGES) ../binaries
 139         @echo done.
 140
 141 sos : $(SOS)
 142 dylibs : $(DYLIBS)
 143 dlls : $(DLLS)
 144
 145 univscript: univscript.tmpl Makefile
 146         sed "s:_PROGS:$(PROGS):" univscript.tmpl  > univscript
 147
 148 mafft: mafft.tmpl mltaln.h
 149         sed "s:_LIBDIR:$(LIBDIR):" mafft.tmpl  > mafft
 150
 151 mafft-homologs.rb: mafft-homologs.tmpl
 152 #       cp mafft-homologs.tmpl mafft-homologs.rb
 153         sed "s:_BINDIR:$(BINDIR):" mafft-homologs.tmpl  > mafft-homologs.rb
 154
 155 mafft-sparsecore.rb: mafft-sparsecore.tmpl
 156 #       cp mafft-sparsecore.tmpl mafft-sparsecore.rb
 157         sed "s:_BINDIR:$(BINDIR):" mafft-sparsecore.tmpl  > mafft-sparsecore.rb
 158
 159 mltaln.h : functions.h
 160         touch mltaln.h
 161
 162 version : version.c mltaln.h
 163         $(CC) -o $@ version.c $(MYCFLAGS) $(LDFLAGS)
 164
 165 tbfast : $(OBJTBFAST)
 166         $(CC) -o $@ $(OBJTBFAST) $(MYCFLAGS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
 167
 168 addsingle : $(OBJADDSINGLE)
 169         $(CC) -o $@ $(OBJADDSINGLE) $(MYCFLAGS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
 170
 171 tbfast2 : $(OBJTBFAST2)
 172         $(CC) -o $@ $(OBJTBFAST2) $(MYCFLAGS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
 173
 174 disttbfast : $(OBJDISTTBFAST)
 175         $(CC) -o $@ $(OBJDISTTBFAST) $(MYCFLAGS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
 176
 177 libdisttbfast.so : $(OBJDISTTBFAST)
 178         $(CC) -shared -o $@ $(OBJDISTTBFAST) $(MYCFLAGS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
 179
 180 libdisttbfast.dylib : $(OBJDISTTBFAST)
 181         $(CC) -dynamiclib -o $@ $(OBJDISTTBFAST) $(MYCFLAGS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
 182
 183 libdisttbfast.dll : $(OBJDISTTBFAST)
 184         $(CC) -shared -o $@ $(OBJDISTTBFAST) $(MYCFLAGS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
 185
 186 makedirectionlist : $(OBJMAKEDIRECTIONLIST)
 187         $(CC) -o $@ $(OBJMAKEDIRECTIONLIST) $(MYCFLAGS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
 188
 189 splittbfast : $(OBJSPLITTBFAST)
 190         $(CC) -o $@ $(OBJSPLITTBFAST) $(MYCFLAGS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
 191
 192 splitfromaln : $(OBJSPLITFROMALN)
 193         $(CC) -o $@ $(OBJSPLITFROMALN) $(MYCFLAGS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
 194
 195 splittbfast2 : $(OBJSPLITTBFAST2)
 196         $(CC) -o $@ $(OBJSPLITTBFAST2) $(MYCFLAGS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
 197
 198 dummy : $(OBJDUMMY)
 199         $(CC) -o $@ $(OBJDUMMY) $(MYCFLAGS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
 200
 201 setcore : $(OBJSETCORE)
 202         $(CC) -o $@ $(OBJSETCORE) $(MYCFLAGS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
 203
 204 countlen : $(OBJCOUNTLEN)
 205         $(CC) -o $@ $(OBJCOUNTLEN) $(MYCFLAGS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
 206
 207 seq2regtable : $(OBJSEQ2REGTABLE)
 208         $(CC) -o $@ $(OBJSEQ2REGTABLE) $(MYCFLAGS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
 209
 210 regtable2seq : $(OBJREGTABLE2SEQ)
 211         $(CC) -o $@ $(OBJREGTABLE2SEQ) $(MYCFLAGS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
 212
 213 setdirection : $(OBJSETDIRECTION)
 214         $(CC) -o $@ $(OBJSETDIRECTION) $(MYCFLAGS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
 215
 216 replaceu : $(OBJREPLACEU)
 217         $(CC) -o $@ $(OBJREPLACEU) $(MYCFLAGS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
 218
 219 restoreu : $(OBJRESTOREU)
 220         $(CC) -o $@ $(OBJRESTOREU) $(MYCFLAGS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
 221
 222 f2cl : $(OBJF2CL)
 223         $(CC) -o $@ $(OBJF2CL) $(MYCFLAGS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
 224
 225 mccaskillwrap : $(OBJMCCASKILLWRAP)
 226         $(CC) -o $@ $(OBJMCCASKILLWRAP) $(MYCFLAGS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
 227
 228 contrafoldwrap : $(OBJCONTRAFOLDWRAP)
 229         $(CC) -o $@ $(OBJCONTRAFOLDWRAP) $(MYCFLAGS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
 230
 231 pairlocalalign : $(OBJPAIRLOCALALIGN)
 232         $(CC) -o $@ $(OBJPAIRLOCALALIGN) $(MYCFLAGS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
 233
 234 pairash : $(OBJPAIRASH)
 235         $(CC) -o $@ $(OBJPAIRASH) $(MYCFLAGS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
 236
 237 multi2hat3s : $(OBJMULTI2HAT3S)
 238         $(CC) -o $@ $(OBJMULTI2HAT3S) $(MYCFLAGS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
 239
 240 getlag : $(OBJGETLAG)
 241         $(CC) -o $@ $(OBJGETLAG) $(MYCFLAGS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
 242
 243 tditr : $(OBJTDITR)
 244         $(CC) -o $@ $(OBJTDITR) $(MYCFLAGS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
 245
 246 dvtditr : $(OBJDVTDITR)
 247         $(CC) -o $@ $(OBJDVTDITR) $(MYCFLAGS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
 248
 249 mafft-profile : $(OBJGALN)
 250         $(CC) -o $@ $(OBJGALN) $(MYCFLAGS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
 251
 252 gapfill : $(OBJGAPFILL)
 253         $(CC) -o $@ $(OBJGAPFILL) $(MYCFLAGS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
 254
 255 dndfast4 : $(OBJDNDFAST4)
 256         $(CC) -o $@ $(OBJDNDFAST4) $(MYCFLAGS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
 257
 258 dndfast5 : $(OBJDNDFAST5)
 259         $(CC) -o $@ $(OBJDNDFAST5) $(MYCFLAGS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
 260
 261 dndfast6 : $(OBJDNDFAST6)
 262         $(CC) -o $@ $(OBJDNDFAST6) $(MYCFLAGS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
 263
 264 dndfast7 : $(OBJDNDFAST7)
 265         $(CC) -o $@ $(OBJDNDFAST7) $(MYCFLAGS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
 266
 267 dndblast : $(OBJDNDBLAST)
 268         $(CC) -o $@ $(OBJDNDBLAST) $(MYCFLAGS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
 269
 270 dndfast3 : $(OBJDNDFAST3)
 271         $(CC) -o $@ $(OBJDNDFAST3) $(MYCFLAGS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
 272
 273 triplet : $(OBJTRIPLET)
 274         $(CC) -o $@ $(OBJTRIPLET) $(MYCFLAGS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
 275
 276 triplet3 : $(OBJTRIPLET3)
 277         $(CC) -o $@ $(OBJTRIPLET3) $(MYCFLAGS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
 278
 279 sextet3 : $(OBJSEXTET3)
 280         $(CC) -o $@ $(OBJSEXTET3) $(MYCFLAGS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
 281
 282 sextet4 : $(OBJSEXTET4)
 283         $(CC) -o $@ $(OBJSEXTET4) $(MYCFLAGS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
 284
 285 sextet5 : $(OBJSEXTET5)
 286         $(CC) -o $@ $(OBJSEXTET5) $(MYCFLAGS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
 287
 288 mafft-distance : $(OBJDISTANCE)
 289         $(CC) -o $@ $(OBJDISTANCE) $(MYCFLAGS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
 290
 291 triplet5 : $(OBJTRIPLET5)
 292         $(CC) -o $@ $(OBJTRIPLET5) $(MYCFLAGS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
 293
 294 triplet6 : $(OBJTRIPLET6)
 295         $(CC) -o $@ $(OBJTRIPLET6) $(MYCFLAGS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
 296
 297 octet4 : $(OBJOCTET4)
 298         $(CC) -o $@ $(OBJOCTET4) $(MYCFLAGS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
 299
 300 dndpre : $(OBJDNDPRE)
 301         $(CC) -o $@ $(OBJDNDPRE) $(MYCFLAGS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
 302
 303 score : $(OBJSCORE)
 304         $(CC) -o $@ $(OBJSCORE) $(MYCFLAGS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
 305
 306 genMtx : $(OBJGENMTX)
 307         $(CC) -o $@ $(OBJGENMTX) $(MYCFLAGS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
 308
 309 mafftash_premafft.pl : mafftash_premafft.tmpl
 310         cp mafftash_premafft.tmpl mafftash_premafft.pl
 311
 312 seekquencer_premafft.pl : seekquencer_premafft.tmpl
 313         cp seekquencer_premafft.tmpl seekquencer_premafft.pl
 314
 315 gapfill.o : gapfill.c $(HEADER)
 316         $(CC) $(MYCFLAGS) -c gapfill.c
 317
 318 mltaln9.o : mltaln9.c $(HEADER)
 319         $(CC) $(MYCFLAGS) -c mltaln9.c
 320
 321 tddis.o : tddis.c $(HEADER)
 322         $(CC) $(MYCFLAGS) -c tddis.c
 323
 324 constants.o : constants.c miyata.h miyata5.h blosum.c DNA.h JTT.c $(HEADER)
 325         $(CC) $(MYCFLAGS) -c constants.c
 326
 327 defs.o : defs.c
 328         $(CC) $(MYCFLAGS) -c defs.c
 329
 330 #A+++alignmm.o : SA+++alignmm.c $(HEADER)
 331 #       $(CC) $(MYCFLAGS) -c SA+++alignmm.c -o A+++alignmm.o
 332
 333 Salignmm.o : Salignmm.c $(HEADER)
 334         $(CC) $(MYCFLAGS) -c Salignmm.c
 335
 336 Dalignmm.o : Dalignmm.c $(HEADER)
 337         $(CC) $(MYCFLAGS) -c Dalignmm.c
 338
 339 MSalignmm.o : MSalignmm.c $(HEADER)
 340         $(CC) $(MYCFLAGS) -c MSalignmm.c
 341
 342 partSalignmm.o : partSalignmm.c $(HEADER)
 343         $(CC) $(MYCFLAGS) -c partSalignmm.c
 344
 345 Lalign11.o : Lalign11.c $(HEADER)
 346         $(CC) $(MYCFLAGS) -c Lalign11.c
 347
 348 genalign11.o : genalign11.c $(HEADER)
 349         $(CC) $(MYCFLAGS) -c genalign11.c
 350
 351 suboptalign11.o : suboptalign11.c $(HEADER)
 352         $(CC) $(MYCFLAGS) -c suboptalign11.c
 353
 354 Galign11.o : Galign11.c $(HEADER)
 355         $(CC) $(MYCFLAGS) -c Galign11.c
 356
 357 MSalign11.o : MSalign11.c $(HEADER)
 358         $(CC) $(MYCFLAGS) -c MSalign11.c
 359
 360 SAalignmm.o : SAalignmm.c $(HEADER)
 361         $(CC) $(MYCFLAGS) -c SAalignmm.c -o SAalignmm.o
 362
 363 Lalignmm.o : Lalignmm.c $(HEADER)
 364         $(CC) $(MYCFLAGS) -c Lalignmm.c
 365
 366 rna.o : rna.c $(HEADER)
 367         $(CC) $(MYCFLAGS) -c rna.c
 368
 369 disttbfast.o : disttbfast.c $(HEADER) $(FFTHEADER)
 370         $(CC) $(MYCFLAGS) -c disttbfast.c
 371
 372 splitfromaln.o : splitfromaln.c $(HEADER) $(FFTHEADER)
 373         $(CC) $(MYCFLAGS) -c splitfromaln.c
 374
 375 splittbfast.o : splittbfast.c $(HEADER) $(FFTHEADER)
 376         $(CC) $(MYCFLAGS) -c splittbfast.c
 377
 378 splittbfast2.o : splittbfast2.c $(HEADER) $(FFTHEADER)
 379         $(CC) $(MYCFLAGS) -c splittbfast2.c
 380
 381 makedirectionlist.o : makedirectionlist.c $(HEADER) $(FFTHEADER)
 382         $(CC) $(MYCFLAGS) -c makedirectionlist.c
 383
 384 disttbfast_dummy.o : disttbfast_dummy.c $(HEADER) $(FFTHEADER)
 385         $(CC) $(MYCFLAGS) -c disttbfast_dummy.c
 386
 387 dummy.o : dummy.c $(HEADER) $(FFTHEADER)
 388         $(CC) $(MYCFLAGS) -c dummy.c
 389
 390 tbfast.o : tbfast.c $(HEADER) $(FFTHEADER)
 391         $(CC) $(MYCFLAGS) -c tbfast.c
 392
 393 addsingle.o : addsingle.c $(HEADER) $(FFTHEADER)
 394         $(CC) $(MYCFLAGS) -c addsingle.c
 395
 396 tbfast2.o : tbfast2.c $(HEADER) $(FFTHEADER)
 397         $(CC) $(MYCFLAGS) -c tbfast2.c
 398
 399 setcore.o : setcore.c $(HEADER) $(FFTHEADER)
 400         $(CC) $(MYCFLAGS) -c setcore.c
 401
 402 getlag.o : getlag.c $(HEADER) $(FFTHEADER)
 403         $(CC) $(MYCFLAGS) -c getlag.c
 404
 405 tditr.o : tditr.c $(HEADER)
 406          $(CC) $(MYCFLAGS) -c tditr.c
 407
 408 dvtditr.o : dvtditr.c $(HEADER)
 409          $(CC) $(MYCFLAGS) -c dvtditr.c
 410
 411 tditeration.o : tditeration.c $(HEADER)
 412          $(CC) $(MYCFLAGS) -c tditeration.c
 413
 414 mafft-profile.o : mafft-profile.c $(HEADER) $(MTXHEADER)
 415         $(CC) $(MYCFLAGS) -c mafft-profile.c
 416
 417 dndfast4.o : dndfast4.c $(HEADER) $(MTXHEADER)
 418         $(CC) $(MYCFLAGS) -c dndfast4.c
 419
 420 dndfast5.o : dndfast5.c $(HEADER) $(MTXHEADER)
 421         $(CC) $(MYCFLAGS) -c dndfast5.c
 422
 423 dndfast6.o : dndfast6.c $(HEADER) $(MTXHEADER)
 424         $(CC) $(MYCFLAGS) -c dndfast6.c
 425
 426 dndfast7.o : dndfast7.c $(HEADER) $(MTXHEADER)
 427         $(CC) $(MYCFLAGS) -c dndfast7.c
 428
 429 dndblast.o : dndblast.c $(HEADER) $(MTXHEADER)
 430         $(CC) $(MYCFLAGS) -c dndblast.c
 431
 432 dndfast3.o : dndfast3.c $(HEADER) $(MTXHEADER)
 433         $(CC) $(MYCFLAGS) -c dndfast3.c
 434
 435 dndpre.o : dndpre.c $(HEADER)
 436         $(CC) $(MYCFLAGS) -c dndpre.c
 437
 438 countlen.o : countlen.c $(HEADER)
 439         $(CC) $(MYCFLAGS) -c countlen.c
 440
 441 seq2regtable.o : seq2regtable.c $(HEADER)
 442         $(CC) $(MYCFLAGS) -c seq2regtable.c
 443
 444 regtable2seq.o : regtable2seq.c $(HEADER)
 445         $(CC) $(MYCFLAGS) -c regtable2seq.c
 446
 447 f2cl.o : f2cl.c $(HEADER)
 448         $(CC) $(MYCFLAGS) -c f2cl.c
 449
 450 setdirection.o : setdirection.c $(HEADER)
 451         $(CC) $(MYCFLAGS) -c setdirection.c
 452
 453 replaceu.o : replaceu.c $(HEADER)
 454         $(CC) $(MYCFLAGS) -c replaceu.c
 455
 456 restoreu.o : restoreu.c $(HEADER)
 457         $(CC) $(MYCFLAGS) -c restoreu.c
 458
 459 mccaskillwrap.o : mccaskillwrap.c $(HEADER)
 460         $(CC) $(MYCFLAGS) -c mccaskillwrap.c
 461
 462 contrafoldwrap.o : contrafoldwrap.c $(HEADER)
 463         $(CC) $(MYCFLAGS) -c contrafoldwrap.c
 464
 465 pairlocalalign.o : pairlocalalign.c $(HEADER) $(FFTHEADER)
 466         $(CC) $(MYCFLAGS) -c pairlocalalign.c
 467
 468 pairlocalalignmain.o : pairlocalalignmain.c $(HEADER) $(FFTHEADER)
 469         $(CC) $(MYCFLAGS) -c pairlocalalignmain.c
 470
 471 pairash.o : pairash.c $(HEADER) $(FFTHEADER)
 472         $(CC) $(MYCFLAGS) -c pairash.c
 473
 474 multi2hat3s.o : multi2hat3s.c $(HEADER) $(FFTHEADER)
 475         $(CC) $(MYCFLAGS) -c multi2hat3s.c
 476
 477 io.o : io.c $(HEADER) $(FFTHEADER)
 478         $(CC) $(MYCFLAGS) -c io.c
 479
 480 nj.o : nj.c $(HEADER)
 481         $(CC) $(MYCFLAGS) -c nj.c
 482
 483 treeOperation.o : treeOperation.c $(HEADER)
 484         $(CC) $(MYCFLAGS) -c treeOperation.c
 485
 486 sextet5.o : sextet5.c $(HEADER) $(MTXHEADER)
 487         $(CC) $(MYCFLAGS) -c sextet5.c
 488
 489 mafft-distance.o : mafft-distance.c $(HEADER) $(MTXHEADER)
 490         $(CC) $(MYCFLAGS) -c mafft-distance.c
 491
 492 triplet5.o : triplet5.c $(HEADER) $(MTXHEADER)
 493         $(CC) $(MYCFLAGS) -c triplet5.c
 494
 495 triplet6.o : triplet6.c $(HEADER) $(MTXHEADER)
 496         $(CC) $(MYCFLAGS) -c triplet6.c
 497
 498 fft.o : fft.c $(HEADER) $(FFTHEADER)
 499         $(CC) $(MYCFLAGS) -c fft.c
 500
 501 fftFunctions.o : fftFunctions.c $(HEADER) $(FFTHEADER)
 502         $(CC) $(MYCFLAGS) -c fftFunctions.c
 503
 504 Falign.o : Falign.c $(HEADER) $(FFTHEADER) $(MTXHEADER)
 505         $(CC) $(MYCFLAGS) -c Falign.c
 506
 507 Falign_localhom.o : Falign_localhom.c $(HEADER) $(FFTHEADER) $(MTXHEADER)
 508         $(CC) $(MYCFLAGS) -c Falign_localhom.c
 509
 510 mtxutl.o : mtxutl.c
 511         $(CC) $(MYCFLAGS) -c mtxutl.c
 512
 513 addfunctions.o : addfunctions.c $(HEADER)
 514         $(CC) $(MYCFLAGS) -c addfunctions.c
 515
 516 score.o : score.c $(HEADER)
 517         $(CC) $(MYCFLAGS) -c score.c
 518
 519 clean :
 520         rm -f *.o *.a *.exe *~ $(PERLPROGS) $(PROGS) $(SCRIPTS) $(SOS) $(DYLIBS) $(DLLS) *.gcda *.gcno
 521 #       rm -f ../binaries/* ../scripts/*
 522
 523 install : all
 524         mkdir -p $(DESTDIR)$(LIBDIR)
 525         chmod 755 $(DESTDIR)$(LIBDIR)
 526         mkdir -p $(DESTDIR)$(BINDIR)
 527         chmod 755 $(DESTDIR)$(BINDIR)
 528         chmod 755 $(SCRIPTS)
 529         $(INSTALL) $(SCRIPTS)  $(DESTDIR)$(BINDIR)
 530         chmod 755 $(PROGS) ||:     # in MinGW, it's ok if this fails
 531         $(INSTALL) -s $(PROGS) $(DESTDIR)$(LIBDIR)
 532         $(INSTALL) $(PERLPROGS) $(DESTDIR)$(LIBDIR)
 533         $(INSTALL) -m 644 $(MANPAGES) $(DESTDIR)$(LIBDIR)
 534
 535         ( cd $(DESTDIR)$(BINDIR); \
 536 rm -f linsi ginsi einsi fftns fftnsi nwns nwnsi xinsi qinsi; \
 537 rm -f mafft-linsi mafft-ginsi mafft-einsi mafft-fftns mafft-fftnsi mafft-nwns mafft-nwnsi mafft-xinsi mafft-qinsi mafft-randomcore.rb ; \
 538 ln -s mafft linsi; ln -s mafft ginsi; ln -s mafft fftns; \
 539 ln -s mafft fftnsi; ln -s mafft nwns; ln -s mafft nwnsi; \
 540 ln -s mafft einsi; \
 541 ln -s mafft mafft-linsi; ln -s mafft mafft-ginsi; ln -s mafft mafft-fftns; \
 542 ln -s mafft mafft-fftnsi; ln -s mafft mafft-nwns; ln -s mafft mafft-nwnsi; \
 543 ln -s mafft mafft-einsi; ln -s mafft mafft-xinsi; ln -s mafft mafft-qinsi;\
 544 rm -f mafft-profile mafft-profile.exe; ln -s $(LIBDIR)/mafft-profile .; \
 545 rm -f mafft-distance mafft-distance.exe; ln -s $(LIBDIR)/mafft-distance . )
 546
 547         mkdir -p $(DESTDIR)$(MANDIR)
 548         chmod 755 $(DESTDIR)$(MANDIR)
 549         $(INSTALL) -m 644 $(MANPAGES) $(DESTDIR)$(MANDIR)
 550 # remove incorrectly installed manpages by previous versions
 551 #       rm -f /usr/local/man/man1/mafft.1 /usr/local/man/man1/mafft-homologs.1