binaries/src/mafft/core/defs.c

   1 #include <stdio.h>
   2 #include "dp.h"
   3 #include "mltaln.h"
   4
   5 int TLS commonAlloc1 = 0;
   6 int TLS commonAlloc2 = 0;
   7 int TLS **commonIP = NULL;
   8 int TLS **commonJP = NULL;
   9 int nthread = 1;
  10 int randomseed = 0;
  11 int parallelizationstrategy = BAATARI1;
  12
  13
  14 char modelname[100];
  15 int njob, nlenmax;
  16 int amino_n[0x80];
  17 char amino_grp[0x80];
  18 int amino_dis[0x80][0x80];
  19 int amino_disLN[0x80][0x80];
  20 double amino_dis_consweight_multi[0x80][0x80];
  21 int n_dis[26][26];
  22 int n_disFFT[26][26];
  23 float n_dis_consweight_multi[26][26];
  24 char amino[26];
  25 double polarity[20];
  26 double volume[20];
  27 int ribosumdis[37][37];
  28
  29 int ppid;
  30 double thrinter;
  31 double fastathreshold;
  32 int pslocal, ppslocal;
  33 int constraint;
  34 int divpairscore;
  35 int fmodel; // 1-> fmodel 0->default -1->raw
  36 int nblosum; // 45, 50, 62, 80
  37 int kobetsubunkatsu;
  38 int bunkatsu;
  39 int dorp;
  40 int niter;
  41 int contin;
  42 int calledByXced;
  43 int devide;
  44 int scmtd;
  45 int weight;
  46 int utree;
  47 int tbutree;
  48 int refine;
  49 int check;
  50 double cut;
  51 int cooling;
  52 int penalty, ppenalty, penaltyLN;
  53 int RNApenalty, RNAppenalty;
  54 int RNApenalty_ex, RNAppenalty_ex;
  55 int penalty_ex, ppenalty_ex, penalty_exLN;
  56 int penalty_EX, ppenalty_EX;
  57 int penalty_OP, ppenalty_OP;
  58 int RNAthr, RNApthr;
  59 int offset, poffset, offsetLN, offsetFFT;
  60 int scoremtx;
  61 int TMorJTT;
  62 char use_fft;
  63 char force_fft;
  64 int nevermemsave;
  65 int fftscore;
  66 int fftWinSize;
  67 int fftThreshold;
  68 int fftRepeatStop;
  69 int fftNoAnchStop;
  70 int divWinSize;
  71 int divThreshold;
  72 int disp;
  73 int outgap = 1;
  74 char alg;
  75 int cnst;
  76 int mix;
  77 int tbitr;
  78 int tbweight;
  79 int tbrweight;
  80 int disopt;
  81 int pamN;
  82 int checkC;
  83 float geta2;
  84 int treemethod;
  85 int kimuraR;
  86 char *swopt;
  87 int fftkeika;
  88 int score_check;
  89 int makedistmtx;
  90 char *inputfile;
  91 char *addfile;
  92 int addprofile = 1;
  93 int rnakozo;
  94 char rnaprediction;
  95 int scoreout = 0;
  96 int outnumber = 0;
  97
  98 char *signalSM;
  99 FILE *prep_g;
 100 FILE *trap_g;
 101 char **seq_g;
 102 char **res_g;
 103
 104 float consweight_multi = 1.0;
 105 float consweight_rna = 0.0;
 106 char RNAscoremtx = 'n';
 107
 108 char *newgapstr = "-";