binaries/src/mafft/core/makemergetable.rb

   1 #!/bin/env ruby
   2 require 'getopts'
   3
   4 seedoffset = 0
   5
   6 if getopts( "s:" ) == nil ||  ARGV.length == 0 || $OPT_h then
   7         puts "Usage: #{$0} [-s number_of_seeds] input_files"
   8         exit
   9 end
  10
  11 if $OPT_s
  12     seedoffset = $OPT_s.to_i
  13 end
  14
  15
  16 files = ARGV
  17
  18
  19 num = seedoffset + 1
  20 for file in files
  21         output = ""
  22         STDERR.puts file
  23         fp = File.open( file, "r" )
  24         while line = fp.gets
  25                 if line =~ /^>/ then
  26                         output += " " + num.to_s
  27                         num += 1
  28                 end
  29         end
  30         fp.close
  31         puts output + "  # " + file
  32 end