binaries/src/mafft/core/mltaln.h

   1 #define USE_XCED 0
   2
   3 #if USE_XCED
   4 #include "config.h"
   5 #include "share.h"
   6 #else
   7 #endif
   8
   9 #include "mafft.h"
  10 #include <stdio.h>
  11 #include <stdlib.h>
  12 #include <stddef.h>
  13 #include <sys/types.h>
  14 #include <string.h>
  15 #include <unistd.h>
  16 #include <math.h>
  17 #include <ctype.h>
  18 #include "mtxutl.h"
  19 //#include <double.h>
  20 #include <stdarg.h>
  21 #ifdef enablemultithread
  22 #include <pthread.h>
  23 #endif
  24 #ifndef mingw
  25 #include <sys/resource.h> // for setstacksize, 2016/Jun
  26 #endif
  27
  28 #define VERSION "7.310"
  29 #define SHOWVERSION reporterr( "%s (%s) Version " VERSION " alg=%c, model=%s, amax=%3.1f\n%d thread(s)\n\n", progName( argv[0] ), (dorp=='d')?"nuc":((nblosum==-2)?"text":"aa"), alg, modelname, specificityconsideration, nthread )
  30
  31 #define FFT_THRESHOLD  80
  32 #define FFT_WINSIZE_P   20
  33 #define FFT_WINSIZE_D   100
  34 #define DISPSEQF  60
  35 #define DISPSITEI    0
  36 #define MAXITERATION 500
  37 #define M  500000       /* njob no saidaiti */
  38 #define N 5000000       /* nlen no saidaiti */
  39 #define MAXSEG 100000
  40 #define B     256
  41 #define C     60       /*  1 gyou no mojisuu */
  42 #define D      6
  43 #define DFORMAT      "%#6.3f"
  44 #define rnd() ( ( 1.0 / ( RAND_MAX + 1.0 ) ) * rand() )
  45 #define MAX(X,Y)    ( ((X)>(Y))?(X):(Y) )
  46 #define MIN(X,Y)    ( ((X)<(Y))?(X):(Y) )
  47 #define G(X)        ( ((X)>(0))?(X):(0) )
  48 #define BEFF   1.0   /* 0.6 ni suruto zureru */
  49 #define WIN   3
  50 #define SGAPP -1000
  51 #define GETA2 0.001
  52 #define GETA3 0.001
  53 #define NOTSPECIFIED  100009
  54 #define SUEFF   0.1  /* upg/(spg+upg)  -> sueff.sed */
  55 #define DIVLOCAL 0
  56 #define INTMTXSCALE 1000000.0
  57 #define JTT 201
  58 #define TM  202
  59
  60 extern char modelname[500];
  61 extern int njob, nlenmax;
  62 extern int amino_n[0x100];
  63 extern char amino_grp[0x100];
  64 //extern int amino_dis[0x100][0x100];
  65 extern int **amino_dis;
  66 extern double **n_disLN;
  67 //extern double amino_dis_consweight_multi[0x100][0x100];
  68 extern double **amino_dis_consweight_multi;
  69 extern int **n_dis;
  70 extern int **n_disFFT;
  71 extern double **n_dis_consweight_multi;
  72 extern unsigned char amino[0x100];
  73 extern double polarity[0x100];
  74 extern double volume[0x100];
  75 extern int ribosumdis[37][37];
  76
  77 extern int ppid;
  78 extern double thrinter;
  79 extern double fastathreshold;
  80 extern int pslocal, ppslocal;
  81 extern int constraint;
  82 extern int divpairscore;
  83 extern int fmodel; // 1-> fmodel 0->default -1->raw
  84 extern int nblosum; // 45, 50, 62, 80
  85 extern int kobetsubunkatsu;
  86 extern int bunkatsu;
  87 extern int dorp;
  88 extern int niter;
  89 extern int contin;
  90 extern int calledByXced;
  91 extern int devide;
  92 extern int scmtd;
  93 extern int weight;
  94 extern int utree;
  95 extern int tbutree;
  96 extern int refine;
  97 extern int check;
  98 extern double cut;
  99 extern int cooling;
 100 extern int trywarp;
 101 extern int penalty, ppenalty, penaltyLN;
 102 extern int penalty_dist, ppenalty_dist;
 103 extern int RNApenalty, RNAppenalty;
 104 extern int RNApenalty_ex, RNAppenalty_ex;
 105 extern int penalty_ex, ppenalty_ex, penalty_exLN;
 106 extern int penalty_EX, ppenalty_EX;
 107 extern int penalty_OP, ppenalty_OP;
 108 extern int penalty_shift;
 109 extern double penalty_shift_factor;
 110 extern int offset, poffset, offsetLN, offsetFFT;
 111 extern int RNAthr, RNApthr;
 112 extern int scoremtx;
 113 extern int TMorJTT;
 114 extern char use_fft;
 115 extern char force_fft;
 116 extern int nevermemsave;
 117 extern int fftscore;
 118 extern int fftWinSize;
 119 extern int fftThreshold;
 120 extern int fftRepeatStop;
 121 extern int fftNoAnchStop;
 122 extern int divWinSize;
 123 extern int divThreshold;
 124 extern int disp;
 125 extern int outgap;
 126 extern char alg;
 127 extern int cnst;
 128 extern int mix;
 129 extern int tbitr;
 130 extern int tbweight;
 131 extern int tbrweight;
 132 extern int disopt;
 133 extern int pamN;
 134 extern int checkC;
 135 extern double geta2;
 136 extern int treemethod;
 137 extern int kimuraR;
 138 extern char *swopt;
 139 extern int fftkeika;
 140 extern int score_check;
 141 extern char *inputfile;
 142 extern char *addfile;
 143 extern int addprofile;
 144 extern double consweight_multi;
 145 extern double consweight_rna;
 146 extern char RNAscoremtx;
 147
 148 extern char *signalSM;
 149 extern FILE *prep_g;
 150 extern FILE *trap_g;
 151 extern char **seq_g;
 152 extern char **res_g;
 153 extern int rnakozo;
 154 extern char rnaprediction;
 155
 156 /* sengen no ichi ha koko dake de ha nai */
 157 extern void constants();
 158 extern char **Calignm1();
 159 extern char **Dalignm1();
 160 extern char **align0();
 161 extern double Cscore_m_1( char **, int, int, double ** );
 162 extern double score_m_1(  char **, int, int, double ** );
 163 extern double score_calc0( char **, int, double **, int );
 164 extern char seqcheck( char ** );
 165 extern double substitution( char *, char * );
 166 extern double substitution_score( char *, char * );
 167 extern double substitution_nid( char *, char * );
 168 extern double substitution_hosei( char *, char * );
 169 extern double ipower( double, int );
 170 extern double translate_and_Calign();
 171 extern double A__align();
 172 extern double A__align11();
 173 extern double A__align_gapmap();
 174 extern double partA__align();
 175 extern double L__align11( double **scoringmtx, double scoreoffset, char **seq1, char **seq2, int alloclen, int *off1pt, int *off2pt );
 176 extern double G__align11();
 177 extern double Falign();
 178 extern double Falign_localhom();
 179 extern double Conalign();
 180 extern double Aalign();
 181 extern double imp_match_out_sc( int, int );
 182 extern double part_imp_match_out_sc( int, int );
 183 extern void ErrorExit();
 184 extern void cpmx_calc();
 185 extern void intergroup_score( char **, char **, double *, double *, int, int, int, double * );
 186 extern int conjuctionfortbfast();
 187 extern int fastconjuction();
 188 extern char seqcheck( char ** );
 189
 190 typedef struct _LocalHom
 191 {
 192         struct _LocalHom *next;
 193         struct _LocalHom *last;
 194         int start1;
 195         int end1;
 196         int start2;
 197         int end2;
 198         double opt;
 199         int overlapaa;
 200         int extended;
 201         double importance;
 202         double rimportance;
 203 //      double fimportance;
 204 //      double wimportance;
 205         char korh;
 206         int nokori;
 207 } LocalHom;
 208
 209 typedef struct _NodeInCub
 210 {
 211         int step;
 212         int LorR;
 213 } NodeInCub;
 214
 215 typedef struct _Node
 216 {
 217         struct _Node *children[3];
 218         int tmpChildren[3];
 219         double length[3];
 220         double *weightptr[3];
 221         int top[3];
 222         int *members[3];
 223 } Node;
 224
 225 typedef struct _Segment
 226 {
 227         int start;
 228         int end;
 229         int center;
 230         double score;
 231         int skipForeward;
 232         int skipBackward;
 233         struct _Segment *pair;
 234         int  number;
 235 } Segment;
 236
 237 typedef struct _Segments
 238 {
 239         Segment group1;
 240         Segment group2;
 241         int number1;
 242         int number2;
 243 } Segments;
 244
 245 typedef struct _Bchain
 246 {
 247         struct _Bchain *next;
 248         struct _Bchain *prev;
 249         int pos;
 250 } Bchain;
 251
 252 typedef struct _Achain
 253 {
 254         int next;
 255         int prev;
 256 //      int curr;
 257 } Achain;
 258
 259
 260 typedef struct _Fukusosuu
 261 {
 262     double R;
 263     double I;
 264 } Fukusosuu;
 265
 266 typedef struct _Gappattern
 267 {
 268         int len;
 269         double freq;
 270 } Gappat;
 271
 272 typedef struct _RNApair
 273 {
 274         int uppos;
 275         double upscore;
 276         int downpos;
 277         double downscore;
 278         int bestpos;
 279         double bestscore;
 280 } RNApair;
 281
 282 typedef struct _Treedep
 283 {
 284         int child0;
 285         int child1;
 286         int done;
 287         double distfromtip;
 288 } Treedep;
 289
 290 typedef struct _Addtree
 291 {
 292         int nearest;
 293         double dist1;
 294         char *neighbors;
 295         double dist2;
 296 } Addtree;
 297
 298 #include "fft.h"
 299 #include "dp.h"
 300 #include "functions.h"
 301
 302 #ifdef enablemultithread
 303 #define TLS __thread
 304 #else
 305 #define TLS
 306 #endif
 307
 308 extern TLS int commonAlloc1;
 309 extern TLS int commonAlloc2;
 310 extern TLS int **commonIP;
 311 extern TLS int **commonJP;
 312 extern int nthread;
 313 extern int randomseed;
 314 extern int parallelizationstrategy;
 315 #define BESTFIRST 0
 316 #define BAATARI0 1
 317 #define BAATARI1 2
 318 #define BAATARI2 3
 319
 320 extern int scoreout;
 321 extern int spscoreout;
 322 extern int outnumber;
 323
 324 extern int legacygapcost;
 325 extern double minimumweight;
 326 extern int nwildcard;
 327
 328 extern TLS char *newgapstr;
 329
 330 extern int nalphabets;
 331 extern int nscoredalphabets;
 332 extern double specificityconsideration;
 333 extern int ndistclass, maxdistclass;
 334
 335 extern int gmsg;
 336
 337 extern double sueff_global;
 338 extern double lenfaca, lenfacb, lenfacc, lenfacd;
 339 int maxl, tsize;