binaries/src/mafft/extensions/mxscarna_src/probconsRNA/FileBuffer.h

   1 /////////////////////////////////////////////////////////////////
   2 // FileBuffer.h
   3 //
   4 // Buffered file reading.
   5 /////////////////////////////////////////////////////////////////
   6
   7
   8 #ifndef FILEBUFFER_H
   9 #define FILEBUFFER_H
  10
  11 #include <string>
  12 #include <fstream>
  13 #include <iostream>
  14
  15 using namespace std;
  16
  17 const int BufferSize = 1000;
  18
  19 /////////////////////////////////////////////////////////////////
  20 // FileBuffer
  21 //
  22 // Class for buffering file reading.
  23 /////////////////////////////////////////////////////////////////
  24 namespace MXSCARNA {
  25 class FileBuffer {
  26   ifstream file;
  27   char buffer[BufferSize];
  28   int currPos;
  29   int size;
  30   bool isEOF;
  31   bool isValid;
  32   bool canUnget;
  33
  34  public:
  35
  36   // Some common routines
  37
  38   FileBuffer (const char *filename) : file (filename), currPos (0), size (0), isEOF (false), isValid (!file.fail()), canUnget (false){}
  39   ~FileBuffer (){ close(); }
  40   bool fail () const { return !isValid; }
  41   bool eof () const { return (!isValid || isEOF); }
  42   void close(){ file.close(); isValid = false; }
  43
  44   /////////////////////////////////////////////////////////////////
  45   // FileBuffer::Get()
  46   //
  47   // Retrieve a character from the file buffer.  Returns true if
  48   // and only if a character is read.
  49   /////////////////////////////////////////////////////////////////
  50
  51   bool Get (char &ch){
  52
  53     // check to make sure that there's more stuff in the file
  54     if (!isValid || isEOF) return false;
  55
  56     // if the buffer is empty, it's time to reload it
  57     if (currPos == size){
  58       file.read (buffer, BufferSize);
  59       size = file.gcount();
  60       isEOF = (size == 0);
  61       currPos = 0;
  62       if (isEOF) return false;
  63     }
  64
  65     // store the read character
  66     ch = buffer[currPos++];
  67     canUnget = true;
  68     return true;
  69   }
  70
  71   /////////////////////////////////////////////////////////////////
  72   // FileBuffer::UnGet()
  73   //
  74   // Unretrieve the most recently read character from the file
  75   // buffer.  Note that this allows only a one-level undo.
  76   /////////////////////////////////////////////////////////////////
  77
  78   void UnGet (){
  79     assert (canUnget);
  80     assert (isValid);
  81     assert (currPos > 0);
  82     currPos--;
  83     assert (currPos < size);
  84     isEOF = false;
  85     canUnget = false;
  86   }
  87
  88   /////////////////////////////////////////////////////////////////
  89   // FileBuffer::GetLine()
  90   //
  91   // Retrieve characters of text until a newline character is
  92   // encountered.  Terminates properly on end-of-file condition.
  93   /////////////////////////////////////////////////////////////////
  94
  95   void GetLine (string &s){
  96     char ch;
  97     s = "";
  98     while (Get (ch) && ch != '\n')
  99       s += ch;
 100   }
 101
 102 };
 103 }
 104 #endif