binaries/src/mafft/extensions/mxscarna_src/vienna/energy_par.h

   1 /*
   2    prototypes for energy_par.c
   3 */
   4
   5 #include "energy_const.h"
   6 namespace MXSCARNA {
   7 extern double lxc37;   /* parameter for logarithmic loop
   8                           energy extrapolation            */
   9
  10 extern int stack37[NBPAIRS+1][NBPAIRS+1];
  11 extern int enthalpies[NBPAIRS+1][NBPAIRS+1]; /* stack enthalpies */
  12 extern int entropies[NBPAIRS+1][NBPAIRS+1];  /* not used anymore */
  13
  14 extern int hairpin37[31];
  15 extern int bulge37[31];
  16 extern int internal_loop37[31];
  17 extern int internal2_energy;
  18 extern int old_mismatch_37[NBPAIRS+1][5][5];
  19 extern int mismatchI37[NBPAIRS+1][5][5];  /* interior loop mismatches */
  20 extern int mismatchH37[NBPAIRS+1][5][5];  /* same for hairpins */
  21 extern int mismatchM37[NBPAIRS+1][5][5];  /* same for multiloops */
  22 extern int mism_H[NBPAIRS+1][5][5];       /* mismatch enthalpies */
  23
  24 extern int dangle5_37[NBPAIRS+1][5];      /* 5' dangle exterior of pair */
  25 extern int dangle3_37[NBPAIRS+1][5];      /* 3' dangle */
  26 extern int dangle3_H[NBPAIRS+1][5];       /* corresponding enthalpies */
  27 extern int dangle5_H[NBPAIRS+1][5];
  28
  29 extern int int11_37[NBPAIRS+1][NBPAIRS+1][5][5]; /* 1x1 interior loops */
  30 extern int int11_H[NBPAIRS+1][NBPAIRS+1][5][5];
  31
  32 extern int int21_37[NBPAIRS+1][NBPAIRS+1][5][5][5]; /* 2x1 interior loops */
  33 extern int int21_H[NBPAIRS+1][NBPAIRS+1][5][5][5];
  34
  35 extern int int22_37[NBPAIRS+1][NBPAIRS+1][5][5][5][5]; /* 2x2 interior loops */
  36 extern int int22_H[NBPAIRS+1][NBPAIRS+1][5][5][5][5];
  37
  38 /* constants for linearly destabilizing contributions for multi-loops
  39    F = ML_closing + ML_intern*(k-1) + ML_BASE*u  */
  40 extern int ML_BASE37;
  41 extern int ML_closing37;
  42 extern int ML_intern37;
  43
  44 /* Ninio-correction for asymmetric internal loops with branches n1 and n2 */
  45 /*    ninio_energy = min{max_ninio, |n1-n2|*F_ninio[min{4.0, n1, n2}] } */
  46 extern int         MAX_NINIO;                   /* maximum correction */
  47 extern int F_ninio37[5];
  48
  49 /* penalty for helices terminated by AU (actually not GC) */
  50 extern int TerminalAU;
  51 /* penalty for forming bi-molecular duplex */
  52 extern int DuplexInit;
  53 /* stabilizing contribution due to special hairpins of size 4 (tetraloops) */
  54 extern char Tetraloops[];  /* string containing the special tetraloops */
  55 extern int  TETRA_ENERGY37[];  /* Bonus energy for special tetraloops */
  56 extern int  TETRA_ENTH37;
  57 extern char Triloops[];    /* string containing the special triloops */
  58 extern int  Triloop_E37[]; /* Bonus energy for special Triloops */
  59
  60 extern double Tmeasure;       /* temperature of param measurements */
  61 }