binaries/src/mafft/extensions/mxscarna_src/vienna/params.h

   1 #include "energy_const.h"
   2 typedef struct {
   3   int id;
   4   int stack[NBPAIRS+1][NBPAIRS+1];
   5   int hairpin[31];
   6   int bulge[MAXLOOP+1];
   7   int internal_loop[MAXLOOP+1];
   8   int mismatchI[NBPAIRS+1][5][5];
   9   int mismatchH[NBPAIRS+1][5][5];
  10   int mismatchM[NBPAIRS+1][5][5];
  11   int dangle5[NBPAIRS+1][5];
  12   int dangle3[NBPAIRS+1][5];
  13   int int11[NBPAIRS+1][NBPAIRS+1][5][5];
  14   int int21[NBPAIRS+1][NBPAIRS+1][5][5][5];
  15   int int22[NBPAIRS+1][NBPAIRS+1][5][5][5][5];
  16   int F_ninio[5];
  17   double lxc;
  18   int MLbase;
  19   int MLintern[NBPAIRS+1];
  20   int MLclosing;
  21   int TerminalAU;
  22   int DuplexInit;
  23   int TETRA_ENERGY[200];
  24   char Tetraloops[1401];
  25   int Triloop_E[40];
  26   char Triloops[241];
  27   double temperature;
  28 }  paramT;
  29
  30 extern paramT *scale_parameters(void);
  31 extern paramT *copy_parameters(void);
  32 extern paramT *set_parameters(paramT *dest);