binaries/src/tcoffee/t_coffee_source/util_job_handling.c

   1 #include <stdlib.h>
   2 #include <stdio.h>
   3 #include <math.h>
   4 #include <stdarg.h>
   5 #include <string.h>
   6
   7 #include "io_lib_header.h"
   8 #include "util_lib_header.h"
   9 #include "define_header.h"
  10 #include "dp_lib_header.h"
  11
  12
  13
  14 Job_TC* print_lib_job ( Job_TC *job,char *string, ...)
  15 {
  16   va_list ap;
  17   char **list;
  18   char **value;
  19   char **name;
  20   int a, np, n;
  21
  22   char bname[100];
  23   char bval[100];
  24
  25   list=string2list2(string, " =");
  26   n=atoi (list[0]);
  27
  28
  29   name =vcalloc ( (n-1)/2, sizeof (char*));
  30   value=vcalloc ( (n-1)/2, sizeof (char*));
  31
  32
  33   va_start (ap, string);
  34   for (a=1, np=0; a<n; a++)
  35     {
  36       if (list[a][0]=='%' && list[a][1]=='s')
  37         {
  38           value[np++]=duplicate_string (va_arg (ap,char *));
  39         }
  40       else if (list[a][0]=='%')
  41         {
  42           if ( list[a][1]=='d')sprintf (bval, "%d", va_arg (ap,int));
  43           else if ( list[a][1]=='f')sprintf (bval, "%lf",(float) va_arg (ap,double));
  44           else if ( list[a][1]=='p')sprintf (bval, "%ld", (long)va_arg (ap,void *));
  45           value[np++]=duplicate_string (bval);
  46         }
  47       else
  48         {
  49           sprintf (bname, "%s", list[a]);
  50           name[np]=duplicate_string (bname);
  51         }
  52     }
  53   free_arrayN((void**)list, 2);
  54
  55   va_end (ap);
  56
  57   return print_lib_job2 ( job,np,name,value);
  58 }
  59
  60 static int njobs;
  61 Job_TC *print_lib_job2 ( Job_TC* job, int n, char **name, char **value)
  62 {
  63   int a;
  64
  65   if ( job==NULL)
  66     {
  67       job=vcalloc ( 1, sizeof (Job_TC));
  68       job->pl=vcalloc (100, sizeof (char*));job->pl[job->np++]=(void*)job->pl;
  69       job->jobid=njobs++;
  70     }
  71
  72   for ( a=0; a< n; a++)
  73     {
  74       int string=0;
  75       if ( strstr(name[a], "control") && !job->control){job->control=vcalloc ( 1, sizeof (Job_control_TC));job->pl[job->np++]=(void*)job->control;}
  76       else if ( strstr(name[a], "io") && !job->io){job->io=vcalloc ( 1, sizeof (Job_io_TC));job->pl[job->np++]=(void*)job->io;}
  77       else if ( strstr(name[a], "param") && !job->param){job->param=vcalloc ( 1, sizeof (Job_param_TC));job->pl[job->np++]=(void*)job->param;}
  78
  79       if (           strm (name[a], "control"))                {job->control=(struct Job_control_TC*)atol(value[a]);string=0;}
  80       else if (      strm (name[a], "control->submitF"))       {(job->control) ->submitF=(struct Job_TC *(*)(struct Job_TC *))atol(value[a]);string=0;}
  81       else if (      strm (name[a], "control->retrieveF"))     {(job->control) ->retrieveF=(struct Job_TC *(*)(struct Job_TC *))atol(value[a]);string=0;}
  82       else if (      strm (name[a], "control->mode"))   {(job->control)->mode=value[a];string=1;}
  83
  84       else if ( strm (name[a], "param"))            {job->param=(struct Job_param_TC*)atol(value[a]);string=0;}
  85       else if ( strm (name[a], "param->method"))    {job->pl[job->np++]=((job->param)->method)=value[a];string=1;}
  86       else if ( strm (name[a], "param->TCM"))       {(job->param)->TCM= (TC_method *) atol(value[a]) ;string=0;}
  87       else if ( strm (name[a], "param->aln_c"))     {job->pl[job->np++]=(job->param)->aln_c=value[a] ;string=1;}
  88       else if ( strm (name[a], "param->seq_c"))     {job->pl[job->np++]=(job->param)->seq_c=value[a] ;string=1;}
  89
  90
  91       else if (           strm (name[a], "io"))                {job->io=(struct Job_io_TC*)atol(value[a]);string=0;}
  92       else if ( strm (name[a], "io->out")) {job->pl[job->np++]=(job->io)->out=value[a] ;string=1;}
  93       else if ( strm (name[a], "io->in" )) {job->pl[job->np++]=(job->io)->in =value[a] ;string=1;}
  94       else if ( strm (name[a], "io->CL"))  {(job->io)->CL=(Constraint_list*)atol (value[a]); string=0;}
  95       else
  96         {
  97           fprintf ( stderr, "ERROR: print_lib_job2: %s is unknown [FATAL:%s]", name[a], PROGRAM);
  98           myexit (EXIT_FAILURE);
  99         }
 100       if ( string==0) vfree ( value[a]);
 101     }
 102   vfree ( value);
 103   free_arrayN ((void **)name, 2);
 104   return job;
 105 }
 106
 107
 108
 109 /*Stack Manipulation*/
 110 Job_TC *queue_cat  (Job_TC *P, Job_TC *C)
 111 {
 112   if ( !P && !C) return NULL;
 113   else if (!P || P->jobid==-1)
 114     {
 115       vfree (P);
 116       C->p=NULL;
 117       return C;
 118     }
 119   else
 120     {
 121       P->c=C;
 122       if (C)C->p=P;
 123       return queue2last(P);
 124     }
 125   return NULL;
 126 }
 127 Job_TC *free_queue  (Job_TC *job)
 128 {
 129   return NULL;
 130   if (!job) return job;
 131   else
 132     {
 133       job=queue2last(job);
 134       while ( job)
 135         {
 136           job=free_job (job);
 137         }
 138       return job;
 139     }
 140 }
 141 Job_TC *free_job  (Job_TC *job)
 142   {
 143     int a;
 144     Job_TC *p;
 145
 146     if ( !job ) return job;
 147     else
 148       {
 149         for ( a=job->np-1; a>=0; a--)
 150           vfree ( job->pl[a]);
 151         p=job->p;
 152         job->p=job->c=NULL;
 153         vfree (job);
 154         return p;
 155       }
 156     return NULL;
 157   }
 158 Job_TC * queue2heap (Job_TC*job)
 159 {
 160
 161   while (job && job->p)
 162     job=job->p;
 163   return job;
 164 }
 165 Job_TC * queue2last (Job_TC*job)
 166 {
 167
 168   while (job && job->c)
 169     {
 170       job=job->c;
 171     }
 172   return job;
 173 }
 174
 175 int queue2n (Job_TC*job)
 176 {
 177   int n=0;
 178
 179
 180   job=queue2last (job);
 181   while (job && job->p)
 182     {
 183       n++;
 184       job=job->p;
 185
 186     }
 187   return n;
 188 }
 189
 190 Job_TC * descend_queue (Job_TC*job)
 191 {
 192
 193   if (!job ||!job->c)return job;
 194   else
 195     {
 196       (job->c)->p=job;
 197       job=job->c;
 198     }
 199   return job;
 200 }
 201
 202 Job_TC* delete_job (Job_TC *job)
 203 {
 204   Job_TC *p, *c;
 205
 206   p=job->p;
 207   c=job->c;
 208   free_job (job);
 209
 210   return queue_cat (p, c);
 211 }
 212
 213 Job_TC*** split_job_list (Job_TC *job, int ns)
 214 {
 215   int a,u,n,nj,split;
 216   Job_TC*** jl;
 217   Job_TC *ljob;
 218   //retun a pointer to ns splits for joblist
 219
 220
 221   if (ns==0)return NULL;
 222   job=queue2heap(job);
 223   jl=vcalloc(ns+1, sizeof (Job_TC**));
 224   jl[0]=vcalloc (2, sizeof (Job_TC*));
 225
 226   nj=queue2n(job);
 227
 228   if   (nj==0)return NULL;
 229   else split=(nj/ns)+1;
 230
 231   n=a=u=0;
 232   jl[a][0]=job;
 233   while (job)
 234     {
 235       ljob=job;
 236       if (n==split && a<ns)
 237         {
 238           jl[a][1]=job;
 239           if (a<ns-1)
 240             {
 241               jl[a+1]=vcalloc (2, sizeof (Job_TC*));
 242               jl[a+1][0]=job;
 243               u++;
 244             }
 245           a++;
 246           n=0;
 247         }
 248       n++;
 249       job=job->c;
 250     }
 251
 252   /*Display job details when debugging
 253   a=0;
 254   while (jl[a])
 255     {
 256       Job_TC *start,* end;
 257       int todo=0;
 258
 259       start=job=jl[a][0];
 260       end=jl[a][1];
 261       while (job!=end){todo++;job=job->c;}
 262       job=start;
 263       while (job!=end)
 264         {
 265           HERE ("--- %d %d %s",a, job, job->param->aln_c);
 266           job=job->c;
 267         }
 268       a++;
 269     }
 270
 271     a=0;
 272     while (jl[a]){HERE ("**** %d %d ", jl [a][0], jl[a][1]);a++;}
 273     myexit (0);
 274   */
 275   return jl;
 276 }
 277
 278
 279
 280
 281 /*Job Control*/
 282 Job_TC* submit_job ( Job_TC *job)
 283 {
 284
 285   if (!(job->control)->mode ||!(job->control)->mode[0] || 1==1)
 286     {
 287       return (job->control)->submitF (job);
 288     }
 289   else
 290     {
 291       fprintf ( stderr, "\n%s is an unkown mode for posting jobs [FATAL:%s]",(job->control)->mode, PROGRAM);
 292       myexit (EXIT_FAILURE);
 293       return NULL;
 294     }
 295
 296 }
 297
 298 Job_TC* retrieve_job ( Job_TC *job)
 299 {
 300   if (!(job->control)->mode ||!(job->control)->mode[0] || 1==1)
 301     {
 302       return (job->control)->retrieveF (job);
 303     }
 304   else
 305     {
 306       fprintf ( stderr, "\n%s is an unkown mode for posting jobs [FATAL:%s]",(job->control)->mode, PROGRAM);
 307       myexit (EXIT_FAILURE);
 308       return NULL;
 309     }
 310 }
 311 int **n2splits (int splits, int tot)
 312 {
 313   int **l;
 314   int a,b,delta;
 315
 316   if (splits==0)return NULL;
 317   else if ( tot==0)return NULL;
 318   else
 319     {
 320
 321       l=declare_int (splits,2);
 322       delta=tot/splits;
 323
 324       for (a=0,b=0; a<splits && b<tot; a++,b+=delta)
 325         {
 326           l[a][0]=b;
 327           l[a][1]=MIN((b+delta),tot);
 328         }
 329       l[splits-1][1]=MAX((l[splits-1][1]),tot);
 330       return l;
 331     }
 332 }
 333
 334 /******************************COPYRIGHT NOTICE*******************************/
 335 /*© Centro de Regulacio Genomica */
 336 /*and */
 337 /*Cedric Notredame */
 338 /*Fri Feb 18 08:27:45 CET 2011 - Revision 596. */
 339 /*All rights reserved.*/
 340 /*This file is part of T-COFFEE.*/
 341 /**/
 342 /*    T-COFFEE is free software; you can redistribute it and/or modify*/
 343 /*    it under the terms of the GNU General Public License as published by*/
 344 /*    the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or*/
 345 /*    (at your option) any later version.*/
 346 /**/
 347 /*    T-COFFEE is distributed in the hope that it will be useful,*/
 348 /*    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of*/
 349 /*    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the*/
 350 /*    GNU General Public License for more details.*/
 351 /**/
 352 /*    You should have received a copy of the GNU General Public License*/
 353 /*    along with Foobar; if not, write to the Free Software*/
 354 /*    Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307  USA*/
 355 /*...............................................                                                                                      |*/
 356 /*  If you need some more information*/
 357 /*  cedric.notredame@europe.com*/
 358 /*...............................................                                                                                                                                     |*/
 359 /**/
 360 /**/
 361 /*      */
 362 /******************************COPYRIGHT NOTICE*******************************/