binaries/src/tcoffee/t_coffee_source/util_lib/aln_convertion_util.h

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   4 /*  Cedric Notredame                                                                        */
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  27 typedef struct
  28     {
  29       int   p1;
  30       int   p2;
  31       int   p3;
  32       int   p4;
  33       int   t;
  34       int   f;
  35       char  mode[20];//lower, unalign
  36       char  model[20];//fsa1 fsa2
  37 }
  38 OveralnP;
  39
  40 //RNA
  41 Constraint_list * seq2contacts (Sequence *S, Sequence *T,Constraint_list *CL, char *mode);
  42 Constraint_list * pdb2contacts (Sequence *S, Sequence *T,Constraint_list *CL, char *mode, float maxD);
  43 int vienna2template_file (char *outfile, Sequence *R, Sequence *ST);
  44 Constraint_list * vienna2tc_lib (char *outfile, Sequence *R, Sequence *ST);
  45
  46
  47 int ** alifold_list2cov_list (Alignment *A, int **list);
  48 int ** update_RNAfold_list (Alignment *A, int **pos, int s, int **l);
  49 int ** vienna2list ( char *seq);
  50 Alignment *compare_RNA_fold ( Alignment *A, Alignment *B);
  51 Alignment *trim_RNA (Alignment *RNA, Sequence *ST, int max);
  52 Alignment *sp3_evaluate (Alignment *A, Sequence *S);
  53 Alignment *alifold2analyze (Alignment *A, Alignment *ST, char *mode);
  54 Alignment *alifold2cov_aln (Alignment *A, int **l, int ug);
  55 Alignment *alifold2cov_stat (Alignment *A, int **l, int ug);
  56 Alignment *alifold2cov_list (Alignment *A, int **l, int ug);
  57 Alignment *alifold2cov_cache (Alignment *inA,  int **l, int ug);
  58
  59
  60 Alignment *add_alifold2aln  (Alignment *A, Alignment *ST);
  61 Alignment *aln2alifold(Alignment *A);
  62
  63 //end
  64 Alignment * aln2bootstrap (Alignment *A, int n);
  65 Alignment * aln2sample    (Alignment *A, int n);
  66 Alignment * aln2random_aln(Alignment *A, char *mode);
  67 Alignment * aln2scale     (Alignment *A, char *offset);
  68 Alignment * aln2case_aln  (Alignment *A, char *upper, char *lower);
  69 Alignment * aln2gap_cache (Alignment *A, int val);
  70 Alignment * score_aln2score_ascii_aln (Alignment *A, Alignment *C);
  71 int **aln2resindex ( Alignment *A, Alignment *B, FILE *fp);
  72 int **index_seq_res      ( Sequence *S1, Sequence *S2, int **name_index);
  73 int **index_seq_name ( Sequence *S1, Sequence *S2);
  74 int *get_name_index (char **l1, int n1, char **l2, int n2);
  75
  76 int* get_res_index (char *seq1, char *seq2);
  77 int * pos2list (int * pos, int len, int *nl);
  78   int *list2pos (int *list, int nl, int len);
  79
  80
  81 int change_residue_coordinate ( char *in_seq1, char *in_seq2, int v);
  82
  83 int ** minimise_repeat_coor (int **coor, int nseq, Sequence *S);
  84 int ** get_nol_seq( Constraint_list *CL,int **coor, int nseq, Sequence *S);
  85
  86
  87 int compare_pos_column( int **pos1,int p1, int **pos2,int p2, int nseq);
  88 char  * seq2alphabet (Sequence *S);
  89 double* seq2diaa (char *buf, double *v);
  90 double* seq2triaa(char *buf, double *v);
  91 double* seq2tetraa(char *buf, double *v);
  92
  93 char *aln2alphabet (Alignment *A);
  94 char *array2alphabet (char **array, int n, char *forbiden);
  95
  96
  97
  98
  99 //TM Predictions
 100 char* alnpos2hmmtop_pred (Alignment *A, Alignment *Pred, int pos, int mode);
 101 Alignment * aln2hmmtop_pred (Alignment *A);
 102 char * seq2tmstruc ( char *seq);
 103
 104 void set_blast_default_values();
 105 char      *  seq2pdb   ( Sequence *S);
 106 Alignment *  seq2blast ( Sequence *S);
 107
 108 Sequence * seq2unique_name_seq ( Sequence *S);
 109 Alignment * aln2unique_name_aln ( Alignment *S);
 110 int name_list2unique_name_list (int n, char **name);
 111 Sequence *seq2clean_seq ( Sequence *S, char *alp);//remove all alp characters from seq
 112 char**gene2exons    (char **seq, int nseq);
 113
 114 int       ** seq2aln_pos      (Alignment *A, int *n, int **ls);
 115 Alignment *padd_aln ( Alignment *A);
 116 char **padd_string ( char **string, int n,char pad);
 117
 118 Alignment *local_maln2global_maln (char *seq, Alignment *A);
 119
 120 Alignment * seq2profile (Sequence *S, int index);
 121
 122 Sequence *remove_empty_sequence (Sequence *S);
 123 Alignment *  aln2profile (Alignment * A);
 124 Alignment * aln2collapsed_aln (Alignment * A, int n, char **string);
 125 Alignment* remove_seq_from_aln (Alignment *A, char *seq);
 126
 127 Alignment* aln2sub_aln_file (Alignment *A, int n, char **string);
 128 Alignment* aln2sub_seq (Alignment *A, int n, char **string);
 129
 130 int       ** aln2inv_pos  (Alignment *A);
 131 int        * seq2inv_pos ( char *seq);
 132 int       ** aln2pos_simple   (Alignment *A, int n_nseq, ...);
 133 int       ** aln2pos_simple_2 (Alignment *A);
 134 Alignment ** split_seq_in_aln_list ( Alignment **aln, Sequence *S, int l_seq, char **seq_list);
 135
 136 Sequence * fill_sequence_struc ( int nseq, char **sequences, char **seq_name, Genomic_info *genome_co);
 137
 138 int  seq_list2in_file ( TC_method *M, Sequence *S, char *list, char *file);
 139 int  seq_list2fasta_file( Sequence *S,  char *list, char *file, char *outmode);
 140 Structure * seq2struc    ( Sequence *S, Structure *ST);
 141 Alignment *strings2aln (int nseq,...);
 142
 143 Alignment * seq2aln      ( Sequence *S, Alignment *A,int rm_gap);
 144 Alignment  *seq_coor2aln ( Sequence *S, Alignment *A, int **coor, int nseq);
 145
 146 Alignment *stack_aln (Alignment *A, Alignment *B);
 147 Alignment *chseqIaln(char *name, int seq_n, int start,int len,Sequence *S, int seqIaln, Alignment *A);
 148
 149
 150 char *dna_aln2cons_seq ( Alignment *A);
 151 char *aln2cons_seq ( Alignment *A, int ns, int *ls, int n_groups, char **group_list);
 152 char *aln2cons_maj ( Alignment *A, int ns, int *ls, int n_groups, char **group_list);
 153 Alignment *aln2conservation ( Alignment *A, int threshold,char *seq);
 154
 155 char *sub_aln2cons_seq_mat ( Alignment *A,int ns, int *ls, char *mat_name);
 156 char *aln2cons_seq_mat ( Alignment*A, char *mat_name);
 157 Alignment *aln2short_aln( Alignment *A, char *list, char *nnew, int spacer);
 158 Sequence  *keep_residues_in_seq ( Sequence *S,char *list, char replacement);
 159 Alignment *keep_residues_in_aln ( Alignment *A,char *list, char replacement);
 160 Alignment *filter_keep_residues_in_aln ( Alignment *A,Alignment *ST, int use_cons, int value, char *list, char replacement);
 161
 162 Alignment *aln_convert (Alignment *A, Alignment *ST, int use_cons, int value,int n, ...);
 163 Alignment *aln2number (Alignment *A);
 164 Alignment * filter_aln ( Alignment *A, Alignment *ST, int value);
 165 Alignment * filter_aln_lower_upper ( Alignment *A, Alignment *ST,int use_cons, int value);
 166 Alignment * filter_aln_upper_lower ( Alignment *A, Alignment *ST, int use_cons,int value);
 167 Alignment * filter_aln_switchcase ( Alignment *A, Alignment *ST, int use_cons, int value);
 168
 169 Alignment * STseq2STaln ( Alignment *A, Alignment *ST);
 170 Alignment * merge_annotation   ( Alignment *A, Alignment *ST, char *seq);
 171 Alignment * filter_aln_convert ( Alignment *A, Alignment *ST, int use_cons,int value, int n_symbol,char** symbol_list);
 172 int aln2ngap (Alignment *A);
 173
 174 int  * count_in_aln ( Alignment *A, Alignment *ST, int value, int n_symbol,char **symbol_list, int *table);
 175 void count_misc (Alignment*A, Alignment *B);
 176
 177 Alignment * trim_aln_with_seq ( Alignment *S, Alignment *P);
 178 Alignment * add_align_seq2aln ( Alignment *A, char *seq, char *seq_name);
 179 Alignment * aln2X (Alignment *A, int x);
 180 Sequence  * aln2seq    ( Alignment *A);
 181 Sequence  * aln2seq_main    ( Alignment *A, int mode);
 182 Alignment * thread_profile_files2aln (Alignment *A, char *template_file, Fname *F);
 183 Alignment * expand_aln (Alignment *A);
 184 Alignment * aln2expanded_aln (Alignment *A);
 185 Alignment * expand_number_aln (Alignment *A,Alignment *EA);
 186 Alignment * remove_gap_column ( Alignment *A, char *mode);
 187 Alignment*  ungap_sub_aln        ( Alignment *A, int nseq, int *ls);
 188 Sequence *  ungap_seq       ( Sequence *A);
 189 Alignment * insert_gap_col (Alignment *A, int p, int l);
 190 Alignment * unalign_residues (Alignment *A, int i1, int i2);
 191 Alignment * unalign_aln_2 (Alignment *A, Alignment *C, int t);
 192 Alignment * unalign_aln (Alignment *A, Alignment *C, int t);
 193 Alignment * unalign_aln_pos (Alignment *A, int s, int p, int l);
 194
 195 Alignment *degap_aln (Alignment *A);
 196
 197 Alignment * RmLowerInAln (Alignment *A, char *gap);
 198 Alignment * ungap_aln_n        ( Alignment *A, int n);
 199 Alignment * ungap_aln        ( Alignment *A);
 200 void compress_aln     ( Alignment *A);
 201 Alignment* condense_aln (Alignment *A);
 202
 203 Alignment * probabilistic_rm_aa ( Alignment *A, int pos, int len);
 204 Alignment * aln_gap2random_aa(Alignment *A);
 205 Alignment * make_random_aln(Alignment *A,int nseq, int len, char *alphabet);
 206 Alignment * add_random_sequence2aln( Alignment *A, char *alphabet);
 207
 208 int ** trim_aln_borders            ( char **seq1, char **seq2, int nseq);
 209 Sequence * trim_aln_seq      ( Alignment  *A, Alignment *B);
 210 Sequence * trim_aln_seq_name ( Alignment  *A, Alignment *B);
 211 Sequence *get_defined_residues( Alignment *A);
 212
 213
 214 Alignment *thread_defined_residues_on_aln ( Alignment *A, Sequence *S1);
 215 Sequence *seq2number (Sequence *S);
 216 Sequence * merge_seq    ( Sequence *IN, Sequence *OUT);
 217 char * seq_name2coor ( char *s, int *start, int *end, char sep);
 218 Alignment *seq_name2removed_seq_name(Sequence *S, Alignment *NA, float **diff);
 219 int seq_name2index (char *name, Sequence *S);
 220
 221 Sequence *extract_one_seq(char *n,int start, int end, Alignment *S,int keep_name);
 222 Sequence  * extract_sub_seq( Sequence  *COOR, Sequence *S);
 223
 224
 225 Sequence * add_prf2seq  (char *alnfile, Sequence *S);
 226 int prf_in_seq ( Sequence *S);
 227 Sequence * add_sequence ( Sequence *IN, Sequence *OUT, int i);
 228 Sequence  * trim_seq     ( Sequence   *A, Sequence  *B);
 229 Sequence  * reorder_seq  ( Sequence   *A, char **name, int nseq);
 230 Sequence  * reorder_seq_2  ( Sequence   *A, int **name,int field, int nseq);
 231
 232 char * concatenate_seq ( Sequence *S, char *conc, int *order);
 233 Sequence * swap_header ( Sequence *S, Sequence *H);
 234
 235 Alignment *aln2jacknife (Alignment *A, int nseq, int len);
 236 char ** name2random_subset (char **in_name, int n_in, int n_out);
 237 Alignment * aln2random_order   ( Alignment  *A);
 238 Alignment * aln2scramble_seq  ( Alignment  *A);
 239
 240 Alignment * reorder_aln        ( Alignment  *A, char **name, int nseq);
 241
 242 char ** rm_name_tag (char **name, int nseq, char *tag);
 243
 244 /******************************************************************************/
 245 /*                          TEMPLATE MANAGEMENENT                             */
 246 /******************************************************************************/
 247 char * string_contains_template_tag (char *string);
 248 Sequence * seq2template_type(Sequence *Seq);
 249
 250 Sequence * vremove_seq_template_files (Sequence *S);
 251 Sequence * display_seq_template_files (Sequence *S);
 252 Sequence * handle_seq_template_file (Sequence *S, char *mode);
 253 int handle_X_template_files ( X_template *T, char *mode);
 254
 255
 256 Sequence * seq2template_seq ( Sequence *S, char *template_file, Fname *F);
 257 char * seq2template_file (Sequence *S, char *file);
 258 int seq2template_file2 (Sequence *S, char *file, char *mode);
 259
 260 Sequence * profile_seq2template_seq ( Sequence *S, char *template_file, Fname *F);
 261 int seq2n_X_template ( Sequence *S, char *type);
 262
 263 struct X_template *fill_X_template (char *name, char *p, char *type);
 264 FILE * display_seq_template (Sequence *S, FILE *io);
 265 char *template_type2type_name (char *type);
 266 char *template_type2short_type_name (char *type);
 267
 268
 269 FILE * display_sequence_templates ( Sequence *S, int i, FILE *io);
 270 FILE * display_X_template (struct X_template *X, FILE *io);
 271
 272 struct X_template* free_X_template ( struct X_template *X);
 273
 274 struct X_template *fill_P_template (char *name, char *p, Sequence *S);
 275 struct X_template *fill_F_template (char *name, char *p, Sequence *S);
 276 struct X_template *fill_S_template ( char *name,char *p, Sequence *S);
 277 struct X_template *fill_R_template (char *name, char *p, Sequence *S);
 278 struct X_template *fill_G_template (char *name, char *p, Sequence *S);
 279 struct X_template *fill_T_template (char *name, char *p, Sequence *S);
 280 struct X_template *fill_E_template (char *name, char *p, Sequence *S);
 281 struct X_template *fill_U_template (char *name, char *p, Sequence *S);
 282
 283 char *seq2T_value ( Sequence *S, int i, char *param_name, char *template_type);
 284 char *profile2P_template_file (Sequence *S, int n);
 285 Alignment * seq2R_template_profile (Sequence *S, int n);
 286 char *seq2P_pdb_id (Sequence *S, int n);
 287 char      * seq2P_template_file (Sequence *S, int n);
 288 char      * seq2T_template_string (Sequence *S, int n);
 289 char      * seq2E_template_string (Sequence *S, int n);
 290 int       * seq2U_template (Sequence *S, int n);
 291
 292
 293 int seq2n_template (Sequence *S, char *type);
 294 struct X_template * seq_has_template ( Sequence *S, int n, char *type);
 295
 296 /******************************************************************************/
 297 /*                          ALIGNMENT MANIPULATION                            */
 298 /******************************************************************************/
 299
 300 char *aln_column2string (Alignment *A, int p);
 301 int **fix_seq_aln (Sequence *S, Alignment*A, int **cache);
 302 int **fix_seq_seq ( Sequence *S1, Sequence *S2);
 303 int **fix_aln_seq_new (Alignment *S1, Sequence *S2);
 304
 305 Alignment * fix_aln_seq  ( Alignment *A, Sequence *S);
 306 Alignment * rotate_aln ( Alignment *A, char *name);
 307 Alignment * invert_aln ( Alignment *A);
 308 Sequence  * invert_seq2 ( Sequence  *A);
 309 int invert_seq_file (char *seq);
 310 int invert_aln_file (char *seq);
 311
 312
 313 char * complement_string (char *s);
 314 Alignment * complement_aln ( Alignment *A);
 315 Alignment * extract_nol_local_aln( Alignment *A, int start, int max_end);
 316 Alignment * aln2block   (Alignment  *A, int start, int end, Alignment *B);
 317 Alignment * alnpos2block   (Alignment  *A, int*pos, Alignment *B);
 318
 319 Alignment * extract_aln          ( Alignment *A, int start, int end);
 320 Alignment * extract_aln2          ( Alignment *A, int start, int end, char *seq_name);
 321 Alignment * extract_aln3          ( Alignment *A, char *filename);
 322 Alignment * alnpos_list2block (Alignment *A, int n, char **in_list);
 323
 324 Alignment * trunkate_local_aln   ( Alignment *A);
 325 int get_nol_aln_border ( Alignment *A, int start, int direction);
 326 Alignment ** trim_local_aln ( Alignment *A, int **List, int ne, int **residue_list, Sequence *S);
 327
 328 Alignment * aln_cat ( Alignment *A, Alignment *B);
 329 Alignment * concatenate_aln ( Alignment *A, Alignment *B, char *sep);
 330 char * extract_defined_seq ( char *in, int in_of, int in_start, int *aa_def, int dir, int *out_start, char *out_seq);
 331 int verify_aln ( Alignment *A, Sequence *S, char * error);
 332 Alignment * remove_end (Alignment *A);
 333 Alignment * orthologous_concatenate_aln (Alignment *A, Sequence *S, char *mode);
 334 Alignment * aln2N_replicate (Alignment *A, char *nn, char *name);
 335 FILE *aln2replicate (Alignment *A, FILE *fp);
 336
 337 Alignment * voronoi_concatenate_aln (Alignment *A, Sequence *S);
 338
 339 Alignment *adjust_est_aln ( Alignment *PW, Alignment *M, int s);
 340 Alignment * rename_seq_in_aln (Alignment *A, char ***list);
 341 Sequence * rename_seq_in_seq (Sequence *A, char ***list);
 342 /********************************************************************/
 343 /*                                                                  */
 344 /*                   FLOAT SIMILARITIES                             */
 345 /*                                                                  */
 346 /*                                                                  */
 347 /*                                                                  */
 348 /********************************************************************/
 349 float get_seq_fsim ( char *string1, char *string2, char *ignore, char *similarity_groups, int **matrix, int mode);
 350 float get_seq_fsim2 ( char *string1, char *string2, char *ignore, char *in_mode);
 351 float ** get_fsim_aln_array ( Alignment *A, char *mode);
 352 /********************************************************************/
 353 /*                                                                  */
 354 /*                   ALIGNMENT ANALYSES                             */
 355 /*                                                                  */
 356 /*                                                                  */
 357 /*                                                                  */
 358 /********************************************************************/
 359 int **sim_array2dist_array ( int **p, int max);
 360 int **dist_array2sim_array ( int **p, int max);
 361 int **normalize_array (int **p, int max, int norm);
 362
 363 int aln2most_similar_sequence ( Alignment *A, char *mode);
 364 int aln2coverage ( Alignment *A, int ref_seq);
 365
 366 double aln2entropy (Alignment *A, int *in_ls, int in_ns, float gap_threshold);
 367 int sub_aln2sim ( Alignment *A, int *ns, int **ls, char *mode);
 368 int sub_aln2max_sim ( Alignment *A, int *ns, int **ls, char *mode);
 369 int aln2sim2    ( Alignment *A);
 370 int aln2sim     ( Alignment *A, char *mode);
 371 int seq2idscore_sim ( char *seq1, char *seq2);
 372
 373 int aln_is_aligned ( Alignment *A);
 374 int* get_cdna_seq_winsim ( int *cache, char *string1, char *string2, char *ignore, char *mode, int *w);
 375 int  get_cdna_seq_sim    ( int *cache, char *string1, char *string2, char *ignore, char *mode);
 376
 377 int seq2aln2sim    (char *seq1, char *seq2, char *mode_aln, char *mode_id);
 378 int* get_seq_winsim( char *string1, char *string2, char *ignore, char *mode, int *w);
 379 int  get_seq_sim ( char *string1, char *string2, char *ignore, char *mode);
 380 int  get_seq_sim_2 ( char *string1, char *string2, char *ignore, char **gr, int ng);
 381 int  get_seq_sim_3 ( char *string1, char *string2, char *ignore, int **mat);
 382
 383
 384 int *** get_winsim_aln_array ( Alignment *A, char *mode, int ***w);
 385 int ** get_sim_master_aln_array ( Alignment *A,int n, char *mode);
 386
 387 int ** seq2sim_mat (Sequence *S, char *mode);
 388 int ** seq2cov_mat (Sequence *S, char *mode);
 389 int ** seq2comp_mat (Sequence *S, char *mode, char *comp_mode);
 390
 391 int logid_score (int sim, int len);
 392 int ** fast_aln2sim_mat (Alignment *A, char *mode);
 393 int ** fast_aln2sim_list (Alignment *A, char *mode, int *ns, int **ls);
 394
 395 int ** aln2dist_mat(Alignment *A);
 396 int ** aln2dist_mat_gap (Alignment *A);
 397 int ** aln2sim_mat_km (Alignment *A, char *mode);
 398 int ** aln2sim_mat    (Alignment *A, char *mode);
 399 int **aln2cov (Alignment *A);
 400 int ** get_dist_aln_array ( Alignment *A, char *mode);
 401 int ** get_raw_sim_aln_array ( Alignment *A, char *mode);
 402 int ** get_sim_aln_array ( Alignment *A, char *mode);
 403 int generic_get_seq_sim  ( char *seq1, char *seq2, int *cache, char *mode);
 404 Alignment * grep_seq (Alignment *S,char *field, char *mode, char *string);
 405 Alignment* modify_seq (Alignment *S,char *field, char *string1, char *string2);
 406
 407 Sequence * seq2filter (Sequence *S_in, int min, int max);
 408 int ** get_cov_aln_array ( Alignment *A, char *mode);
 409 int ** get_cov_master_aln_array ( Alignment *A,int n, char *mode);
 410
 411
 412 int * get_aln_col_weight ( Alignment *A, char *mode);
 413 int analyse_aln_column   ( Alignment *B, int col);
 414
 415 int sub_aln2nseq_prf ( Alignment *A, int ns, int *ls);
 416 int **aln2count_mat   (Alignment *A);
 417 int **sub_aln2count_mat2   (Alignment *A, int ns, int *ls);
 418 int **sub_aln2count_mat3   (char **al, int n);
 419 int **aln2count_mat2   (Alignment *A);
 420 char *aln2random_seq (Alignment *A, int noise1, int noise2, int noise3, int gap_noise);
 421
 422 int * km2centroids (Alignment *A, int k, char *mode,int *keep);
 423 Alignment* km_seq (Alignment *S, int k, char *mode,char*name );
 424 Alignment** seq2kmeans_subset (Alignment *A, int k, int *n, char *mode);
 425 Alignment** seq2id_subset (Alignment *A, int k, int *n, char *mode);
 426
 427 int* seq2kmeans_class  (Alignment *A, int k, char *mode);
 428
 429 int aln2gap_trimmed (Alignment *A, int n, char *alnf, char *seqf);
 430 Alignment *gap_trim (Alignment *A, int f);
 431 Alignment * master_trimseq( Alignment *A, Sequence *S,char *mode);
 432 Alignment * trimseq( Alignment *A, Sequence *S, char *mode);
 433 Alignment *simple_trimseq (Alignment *A,Alignment*K, char *mode, char *seq, int **sim);
 434 Alignment *sim_filter (Alignment *A, char *in_mode, char *seq_list);
 435
 436 Sequence  * seq_weight2species_weight (Alignment *A, Sequence *S);
 437 Alignment * aln2voronoi_weights (Alignment *A);
 438 float ** get_weight ( Alignment *A, Sequence *S, char *mode);
 439 float **seq2pwsim (        Alignment *A, Sequence *S, char *mode);
 440 Alignment * trimseq( Alignment *A, Sequence *S,char *mode);
 441 Alignment * tc_trimseq( Alignment *A, Sequence *S,char *mode);
 442 Alignment* seq2subseq3( Alignment *A, Sequence *S,int use_aln, int lower_sim,int upper_sim, int min_nseq, int trim_direction, char *weight_mode, float ***sim_weight, int *seq_list);
 443 Alignment* seq2subseq2( Alignment *A, Sequence *S,int use_aln, int lower_sim,int upper_sim, int max_nseq, int trim_direction, char *weight_mode, float ***weight_table, int *seq_list);
 444 float extreme_seq (int direction, Alignment *A,float **sim_weight,int *seq_list, int *seq_index);
 445
 446
 447 Alignment* seq2subseq1( Alignment *A, Sequence *S,int use_aln, int percent,int max_nseq,int max_diff, char *weight_mode);
 448 /********************************************************************/
 449 /*                                                                  */
 450 /*                      AMINO ACID FUNCTIONS                        */
 451 /*                                                                  */
 452 /*                                                                  */
 453 /*                                                                  */
 454 /********************************************************************/
 455 char** string2alphabet (char *string, int depth, int *falp_size);
 456 int is_in_same_group_aa ( char r1, char r2, int n_group, char **gl, char *mode);
 457 int find_group_aa_distribution (char *col, int nseq,int n_group, char **gl,  int *distrib, char *mode );
 458 char** make_group_aa (int *ngroup, char *mode);
 459 char** make_group_aa_upgma (char *mat, int max_size);
 460
 461
 462 char * test_gene2prot (Constraint_list *CL, int s1);
 463 Alignment* gene2prot (Alignment *A);
 464 Alignment * dna_aln2_3frame_cdna_aln(Alignment *A,int *ns,int **l_s);
 465
 466 int ** get_sim_aln_array_normal_distribution ( Alignment *A, char *mode, int *STD, int *CENTER);
 467 double normal(double x, double mean, double std);
 468 int generic_get_seq_sim_normal_distribution ( char *seq1, char *seq2, int*cache, char *mode, int *STD, int *CENTER);
 469 int get_seq_sim_distribution ( char *string1, char *string2, char *ignore, char *in_mode, int *STD, int *CENTER);
 470
 471 Alignment *aln2clean_pw_aln (Alignment *A,OveralnP *F);
 472 char **pw_aln2clean_pw_aln (char ** aln,OveralnP *F);
 473 int  * pw_aln2clean_aln_weight ( char *seq1, char *seq2, int w, OveralnP *F);
 474
 475 float* aln2pred  ( Alignment *A, Alignment*B, char *mode);
 476 float* analyze_overaln ( Alignment *A, Alignment *B, char *mode, int f,int p1,int p2, int p3,int filter);
 477
 478
 479 Alignment * mark_exon_boundaries  (Alignment *A, Alignment *E);
 480 //simple_trimseq2
 481 //Creates Clusters
 482 //In each cluser there is a path between every pair of sequence
 483 //A path is made of edges connecting tow nodes with w>min_sim
 484 int ** simple_trimseq2 (int n, int **sim, int min_sim);