conf/Executable.properties

   1 ################################################################################\r
   2 # THIS IS JABAWS EXECUTABLE CONFIGURATION FILE                                 # \r
   3 ################################################################################\r
   4 \r
   5 ## Properties supported by all executables: \r
   6 \r
   7 ## Path to the native executable on windows, \r
   8 ## the path must be either absolute, or relative to JABAWS web application   \r
   9 # local.<execname>.bin.windows=binaries/windows/clustalw2.exe\r
  10 \r
  11 ## Path to the native executable not on windows (e.g. Linux, Mac)\r
  12 ## the path must be either absolute, or relative to JABAWS web application\r
  13 # local.<execname>.bin=binaries/src/clustalw/src/clustalw2\r
  14 \r
  15 ## Path to the native executable on the cluster (must be accessible from all \r
  16 ## cluster nodes which will run JABAWS jobs). The path must be absolute. \r
  17 # cluster.<execname>.bin=/homes/pvtroshin/workspace/jaba2/binaries/src/clustalw/src/clustalw2\r
  18 \r
  19 ## At least one of the path to the native executable should be defined!\r
  20  \r
  21 ## Application supported presets, absolute or relative to \r
  22 ## the JABAWS web application path to the file. Optional.\r
  23 # <execname>.presets.file=conf/settings/ClustalPresets.xml\r
  24 \r
  25 ## Application supported parameters, absolute or relative to \r
  26 ## the JABAWS web application path to the file. Optional. \r
  27 # <execname>.parameters.file=conf/settings/ClustalParameters.xml\r
  28 \r
  29 ## Application limits, absolute or relative to \r
  30 ## the JABAWS web application path to the file. Optional.\r
  31 ## Use this if you want to limit the size of the job to be accepted by a \r
  32 ## Webservice. The limits files we use in Dundee are provided with JABAWS. \r
  33 # <execname>.limits.file=conf/settings/ClustalLimits.xml\r
  34 \r
  35 ## Flags passed to the cluster batch manager for the application. Optional.\r
  36 ## This example sets a maximum execution time to 24 hours and maximum amount of \r
  37 ## memory per task to 6Gb for SGE and OGE cluster batch managers.\r
  38 ## Please note that all the examples of this parameter below are correct for \r
  39 ## Sun Grid Engine or Open Grid Engine (untested) only! If you use a different \r
  40 ## batch manager you would need to specify different flags.  \r
  41 # <execname>.cluster.settings=-l h_cpu=24:00:00 -l h_vmem=6000M -l ram=6000M\r
  42 \r
  43 ## Environmental variables required by native executables. Optional. \r
  44 ## Format: VARIABLE_NAME1#VARIABLE_VALUE1;VARIABLE_NAME2#VARIABLE_VALUE2; \r
  45 #<execname>.bin.env=MAFFT_BINARIES#binaries/src/mafft/binaries;FASTA_4_MAFFT#binaries/src/fasta34/fasta34;\r
  46 \r
  47 # Where <execname> is one of [clustalw, mafft, muscle, propcons, tcoffee,\r
  48 # iupred, jronn, globplot, disembl, aacon]\r
  49 \r
  50 \r
  51 ###  Parameters specific to the JAVA Jar executables.      ### \r
  52 \r
  53 ## Parameter supported by the executable Jar files, such as jronn and aacon, \r
  54 ## point to the location of the jar file. Also, local.<execname>.bin, \r
  55 ## local.<execname>.bin.windows properties are optional for these, if not \r
  56 ## provided they will be replaced to the java executable path from JAVA_HOME \r
  57 ## environmental variable. \r
  58 #<execname>.jar.file=binaries/windows/jronn3.1.jar\r
  59 \r
  60   \r
  61 \r
  62 \r
  63 ######                 CLUSTAL CONFIGURATION                ######\r
  64 local.clustalw.bin.windows=binaries/windows/clustalw2.exe\r
  65 local.clustalw.bin=binaries/src/clustalw/src/clustalw2\r
  66 #cluster.clustalw.bin=/homes/pvtroshin/workspace/jaba2/binaries/src/clustalw/src/clustalw2\r
  67 ## This parameters specifies the directory where the matrices files are stored   \r
  68 clustalw.-matrix.path=binaries/matrices\r
  69 clustalw.presets.file=conf/settings/ClustalPresets.xml\r
  70 clustalw.parameters.file=conf/settings/ClustalParameters.xml\r
  71 #clustalw.limits.file=conf/settings/ClustalLimits.xml\r
  72 #clustalw.cluster.settings=-l h_cpu=24:00:00 -l h_vmem=6000M -l ram=6000M\r
  73 \r
  74 \r
  75 ######                 CLUSTAL OMEGA CONFIGURATION                ######\r
  76 local.clustalo.bin.windows=binaries/windows/clustalo/clustalo.exe\r
  77 local.clustalo.bin=binaries/src/clustalo/src/clustalo\r
  78 cluster.clustalo.bin=/homes/pvtroshin/workspace/jaba2/binaries/src/clustalo/src/clustalo\r
  79 ## This parameters specifies the directory where the matrices files are stored   \r
  80 #clustalo.presets.file=conf/settings/ClustaloPresets.xml\r
  81 clustalo.parameters.file=conf/settings/ClustaloParameters.xml\r
  82 clustalo.limits.file=conf/settings/ClustaloLimits.xml\r
  83 ## ClustalO can be executed on multiple CPUs if run on the cluster. \r
  84 ## This parameter specifies the number of CPUs to use\r
  85 clustalo.cluster.cpunum=4\r
  86 ## This reserves a slot with CPUNUM on the cluster for the task\r
  87 clustalo.cluster.settings=-q 64bit-pri.q -pe smp 4 -l h_vmem=1700M -l ram=1700M -l h_cpu=24:00:00  \r
  88 \r
  89 \r
  90 ######                 MUSCLE CONFIGURATION                 ######\r
  91 local.muscle.bin.windows=binaries/windows/muscle.exe\r
  92 local.muscle.bin=binaries/src/muscle/muscle\r
  93 #cluster.muscle.bin=/homes/pvtroshin/workspace/jaba2/binaries/src/muscle/muscle\r
  94 ## This parameters specifies the directory where the matrices files are stored\r
  95 muscle.-matrix.path=binaries/matrices\r
  96 muscle.presets.file=conf/settings/MusclePresets.xml\r
  97 muscle.parameters.file=conf/settings/MuscleParameters.xml\r
  98 #muscle.limits.file=conf/settings/MuscleLimits.xml\r
  99 #muscle.cluster.settings=-l h_cpu=24:00:00 -l h_vmem=6000M -l ram=6000M\r
 100 \r
 101 \r
 102 #####                  MAFFT CONFIGURATION                  ######\r
 103 local.mafft.bin=binaries/src/mafft/scripts/mafft\r
 104 #cluster.mafft.bin=/homes/pvtroshin/workspace/jaba2/binaries/src/mafft/scripts/mafft\r
 105 # These paths will be converted to absolute if relative.\r
 106 mafft.bin.env=MAFFT_BINARIES#binaries/src/mafft/binaries;FASTA_4_MAFFT#binaries/src/fasta34/fasta34;\r
 107 ## This parameters specifies the directory where the matrices files are stored\r
 108 mafft.--aamatrix.path=binaries/matrices\r
 109 mafft.presets.file=conf/settings/MafftPresets.xml\r
 110 mafft.parameters.file=conf/settings/MafftParameters.xml\r
 111 #mafft.limits.file=conf/settings/MafftLimits.xml\r
 112 #mafft.cluster.settings=-l h_cpu=24:00:00 -l h_vmem=6000M -l ram=6000M\r
 113 \r
 114 \r
 115 #####                  TCOFFEE CONFIGURATION                ######\r
 116 local.tcoffee.bin=binaries/src/tcoffee/t_coffee_source/t_coffee\r
 117 #cluster.tcoffee.bin=/homes/pvtroshin/workspace/jaba2/binaries/src/tcoffee/t_coffee_source/t_coffee\r
 118 # This variable is required by tcoffee\r
 119 tcoffee.bin.env=HOME_4_TCOFFEE#jobsout;\r
 120 tcoffee.presets.file=conf/settings/TcoffeePresets.xml\r
 121 tcoffee.parameters.file=conf/settings/TcoffeeParameters.xml\r
 122 #tcoffee.limits.file=conf/settings/TcoffeeLimits.xml\r
 123 ## Tcoffee can be executed on multiple CPUs if run on the cluster. \r
 124 ## This parameter specifies the number of CPUs to use\r
 125 #tcoffee.cluster.cpunum=4\r
 126 ## This reserves a slot with CPUNUM on the cluster for the task\r
 127 #tcoffee.cluster.settings=-q 64bit-pri.q -pe smp 4 -l h_vmem=1700M -l ram=1700M -l h_cpu=24:00:00  \r
 128 \r
 129 \r
 130 #####                  PROBCONS CONFIGURATION                ######\r
 131 local.probcons.bin=binaries/src/probcons/probcons\r
 132 #cluster.probcons.bin=/homes/pvtroshin/workspace/jaba2/binaries/src/probcons/probcons\r
 133 probcons.parameters.file=conf/settings/ProbconsParameters.xml\r
 134 #probcons.limits.file=conf/settings/ProbconsLimits.xml\r
 135 #probcons.cluster.settings=-l h_cpu=24:00:00 -l h_vmem=6000M -l ram=6000M\r
 136 \r
 137 \r
 138 #####                  JRONN CONFIGURATION                   ######\r
 139 ## If no local path is specified, Java is loaded from JAVA_HOME environment \r
 140 ## variable for local execution. However, cluster.jronn.bin must be specified for \r
 141 ## running Jronn on the cluster.  \r
 142 #local.jronn.bin.windows=D:\\Java\\jdk1.6.0_24\\bin\\java.exe \r
 143 #local.jronn.bin=/sw/java/latest/bin/java\r
 144 #cluster.jronn.bin=/sw/java/latest/bin/java\r
 145 jronn.jar.file=binaries/windows/jronn3.1.jar\r
 146 #jronn.limits.file=conf/settings/JronnLimits.xml\r
 147 ## Jronn can use multiple CPUs\r
 148 ## This parameter specifies the number of CPU to use\r
 149 #jronn.cluster.cpunum=4\r
 150 ## This reserves a slot with CPUNUM on the cluster for the task\r
 151 #jronn.cluster.settings=-q 64bit-pri.q -pe smp 4 -l h_vmem=1700M -l ram=1700M -l h_cpu=24:00:00\r
 152 \r
 153 \r
 154 #####                  DISEMBL CONFIGURATION                 ###### \r
 155 local.disembl.bin=binaries/src/disembl/DisEMBL.py\r
 156 #cluster.disembl.bin=/homes/pvtroshin/workspace/jaba2/binaries/src/disembl/DisEMBL.py\r
 157 #disembl.limits.file=conf/settings/DisemblLimits.xml\r
 158 #disembl.cluster.settings=-l h_cpu=24:00:00 -l h_vmem=6000M -l ram=6000M\r
 159 \r
 160 \r
 161 #####                  GLOBPLOT CONFIGURATION                ###### \r
 162 local.globplot.bin=binaries/src/globplot/GlobPlot.py\r
 163 #cluster.globplot.bin=/homes/pvtroshin/workspace/jaba2/binaries/src/globplot/GlobPlot.py\r
 164 #globplot.bin.env=PYTHONPATH#/homes/pvtroshin/workspace/jaba2/binaries/src/globplot/biopython-1.50 \r
 165 globplot.limits.file=conf/settings/GlobPlotLimits.xml\r
 166 #globplot.cluster.settings=-l h_cpu=24:00:00 -l h_vmem=6000M -l ram=6000M\r
 167 \r
 168 \r
 169 #####                  IUPRED CONFIGURATION                  ###### \r
 170 local.iupred.bin.windows=binaries/windows/iupred/iupred.exe \r
 171 local.iupred.bin=binaries/src/iupred/iupred\r
 172 ## This must point to the directory where iupred binary is, with other files it \r
 173 ## depends on. This path will be converted to absolute if relative at runtime. \r
 174 iupred.bin.env=IUPred_PATH#binaries/src/iupred\r
 175 #cluster.iupred.bin=/homes/pvtroshin/workspace/jaba2/binaries/src/iupred/iupred\r
 176 iupred.parameters.file=conf/settings/IUPredParameters.xml\r
 177 #iupred.limits.file=conf/settings/IUPredLimits.xml\r
 178 #iupred.cluster.settings=-l h_cpu=24:00:00 -l h_vmem=6000M -l ram=6000M\r
 179 \r
 180 \r
 181 #####                   AACON CONFIGURATION                  ######\r
 182 # This is just a path to the standard java executable \r
 183 #local.aacon.bin.windows=D:\\Java\\jdk1.6.0_24\\bin\\java.exe \r
 184 #local.aacon.bin=/sw/java/latest/bin/java\r
 185 #cluster.aacon.bin=/sw/java/latest/bin/java\r
 186 # Path to the AACon library\r
 187 aacon.jar.file=binaries/windows/aaconservation.jar\r
 188 aacon.parameters.file=conf/settings/AAConParameters.xml\r
 189 aacon.presets.file=conf/settings/AAConPresets.xml\r
 190 #aacon.limits.file=conf/settings/AAConLimits.xml\r
 191 ## AACon can use multiple CPUs\r
 192 ## This parameter specifies the number of CPUs to use\r
 193 #aacon.cluster.cpunum=4\r
 194 ## This reserves a slot with CPUNUM on the cluster for the task\r
 195 #aacon.cluster.settings=-q 64bit-pri.q -pe smp 4 -l h_vmem=1700M -l ram=1700M -l h_cpu=24:00:00\r