conf/Executable.properties

   1 ###########################################################################################\r
   2 #                                                                                         #\r
   3 #            THIS IS JABAWS EXECUTABLE CONFIGURATION FILE                                 #\r
   4 #                                                                                         #\r
   5 ###########################################################################################\r
   6 \r
   7 ### Properties supported by executables.\r
   8 ### <execname> is one of the available applications:\r
   9 ### [clustalw, mafft, muscle, propcons, tcoffee, iupred, jronn, globplot, disembl, aacon, jpred]\r
  10 \r
  11 ### Path to the native executable on Windows must be either absolute,\r
  12 ### or relative to JABAWS web application\r
  13 # local.<execname>.bin.windows = binaries/windows/clustalw2.exe\r
  14 \r
  15 ### Path to the native executable not on Windows (e.g. Linux, Mac)\r
  16 ### must be either absolute, or relative to JABAWS web application\r
  17 # local.<execname>.bin = binaries/src/clustalw/src/clustalw2\r
  18 \r
  19 ### Path to the native executable on the Cluster (must be accessible from all\r
  20 ### Cluster nodes which will run JABAWS jobs). The path must be absolute.\r
  21 # cluster.<execname>.bin = /home/jabaws/binaries/src/clustalw/src/clustalw2\r
  22 \r
  23 ### At least one of the path to the native executable should be defined.\r
  24 \r
  25 ### If an application supports presets, the preset file can have either\r
  26 ### absolute or relative to the JABAWS web application path to the file.\r
  27 ### The file is optional.\r
  28 # <execname>.presets.file = conf/settings/ClustalPresets.xml\r
  29 \r
  30 ### If an application supports parameters, the parameter file can have either\r
  31 ### absolute or relative to the JABAWS web application path to the file.\r
  32 ### The file is optional.\r
  33 # <execname>.parameters.file = conf/settings/ClustalParameters.xml\r
  34 \r
  35 ## Application limits, absolute or relative to\r
  36 ## the JABAWS web application path to the file. Optional.\r
  37 ## Use this if you want to limit the size of the job to be accepted by a\r
  38 ## Webservice. The limits files we use in Dundee are provided with JABAWS.\r
  39 # <execname>.limits.file=conf/settings/ClustalLimits.xml\r
  40 \r
  41 ## Flags passed to the Cluster batch manager for the application. Optional.\r
  42 ## This example sets a maximum execution time to 24 hours and maximum amount of\r
  43 ## memory per task to 6Gb for SGE and OGE Cluster batch managers.\r
  44 ## Please note that all the examples of this parameter below are correct for\r
  45 ## Sun Grid Engine or Open Grid Engine (untested) only! If you use a different\r
  46 ## batch manager you would need to specify different flags.\r
  47 # <execname>.cluster.settings = -l h_cpu=24:00:00 -l h_vmem=6000M -l ram=6000M\r
  48 \r
  49 ## Environmental variables required by native executables. Optional.\r
  50 ## Format: VARIABLE_NAME1#VARIABLE_VALUE1;VARIABLE_NAME2#VARIABLE_VALUE2;\r
  51 # <execname>.bin.env = MAFFT_BINARIES#binaries/src/mafft/binaries;FASTA_4_MAFFT#binaries/src/fasta34/fasta34;\r
  52 \r
  53 ## Parameter supported by the executable Jar files, such as jronn and aacon,\r
  54 ## point to the location of the jar file. Also, local.<execname>.bin,\r
  55 ## local.<execname>.bin.windows properties are optional for these, if not\r
  56 ## provided they will be replaced to the java executable path from JAVA_HOME\r
  57 ## environmental variable.\r
  58 #<execname>.jar.file = binaries/windows/bj3.0.4p-jronn.jar\r
  59 \r
  60 ###########################################################################################\r
  61 #                             CLUSTAL W CONFIGURATION                                     #\r
  62 ###########################################################################################\r
  63 local.clustalw.bin.windows = binaries/windows/clustalw2.exe\r
  64 local.clustalw.bin         = binaries/src/clustalw/src/clustalw2\r
  65 cluster.clustalw.bin       = /homes/www-jws2/servers/tomcat-8.5.11_jaba-2.2/webapps/jabaws/binaries/src/clustalw/src/clustalw2\r
  66 ### This parameters specifies the directory where the matrices files are stored\r
  67 clustalw.-matrix.path      = binaries/matrices\r
  68 clustalw.presets.file      = conf/settings/ClustalPresets.xml\r
  69 clustalw.parameters.file   = conf/settings/ClustalParameters.xml\r
  70 clustalw.limits.file       = conf/settings/ClustalLimits.xml\r
  71 clustalw.cluster.settings  = -P webservices -R y -q 64bit-pri.q -q c6100.q -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M\r
  72 \r
  73 \r
  74 ###########################################################################################\r
  75 #                                  CLUSTAL OMEGA CONFIGURATION                            #\r
  76 ###########################################################################################\r
  77 local.clustalo.bin.windows = binaries/windows/clustalo/clustalo.exe\r
  78 local.clustalo.bin         = binaries/src/clustalo/src/clustalo\r
  79 cluster.clustalo.bin       = /homes/www-jws2/servers/tomcat-8.5.11_jaba-2.2/webapps/jabaws/binaries/src/clustalo/src/clustalo\r
  80 ### This parameters specifies the directory where the matrices files are stored\r
  81 #clustalo.presets.file      = conf/settings/ClustaloPresets.xml\r
  82 clustalo.parameters.file   = conf/settings/ClustaloParameters.xml\r
  83 clustalo.limits.file       = conf/settings/ClustaloLimits.xml\r
  84 ### ClustalO can be executed on multiple CPUs. This parameter specifies the number of CPUs:\r
  85 clustalo.cluster.cpunum    = 4\r
  86 ### This reserves a slot with CPUNUM on the Cluster for the task\r
  87 clustalo.cluster.settings  = -P webservices -R y -q 64bit-pri.q -q c6100.q -pe smp 4 -l h_cpu=24:00:00 -l ram=3400M\r
  88 \r
  89 \r
  90 ###########################################################################################\r
  91 #                                  MUSCLE CONFIGURATION                                   #\r
  92 ###########################################################################################\r
  93 local.muscle.bin.windows = binaries/windows/muscle.exe\r
  94 local.muscle.bin         = binaries/src/muscle/muscle\r
  95 cluster.muscle.bin       = /homes/www-jws2/servers/tomcat-8.5.11_jaba-2.2/webapps/jabaws/binaries/src/muscle/muscle\r
  96 ### This parameters specifies the directory where the matrices files are stored\r
  97 muscle.-matrix.path      = binaries/matrices\r
  98 muscle.presets.file      = conf/settings/MusclePresets.xml\r
  99 muscle.parameters.file   = conf/settings/MuscleParameters.xml\r
 100 muscle.limits.file       = conf/settings/MuscleLimits.xml\r
 101 muscle.cluster.settings  = -P webservices -R y -q 64bit-pri.q -q c6100.q -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M\r
 102 \r
 103 \r
 104 ###########################################################################################\r
 105 #                                  MAFFT CONFIGURATION                                    #\r
 106 ###########################################################################################\r
 107 local.mafft.bin         = binaries/src/mafft/scripts/mafft\r
 108 cluster.mafft.bin       = /homes/www-jws2/servers/tomcat-8.5.11_jaba-2.2/webapps/jabaws/binaries/src/mafft/scripts/mafft\r
 109 # These paths will be converted to absolute if relative.\r
 110 mafft.bin.env           = MAFFT_BINARIES#binaries/src/mafft/binaries;FASTA_4_MAFFT#binaries/src/fasta34/fasta34;\r
 111 ### This parameters specifies the directory where the matrices files are stored\r
 112 mafft.--aamatrix.path   = binaries/matrices\r
 113 mafft.presets.file      = conf/settings/MafftPresets.xml\r
 114 mafft.parameters.file   = conf/settings/MafftParameters.xml\r
 115 mafft.limits.file       = conf/settings/MafftLimits.xml\r
 116 mafft.cluster.settings  = -P webservices -R y -q 64bit-pri.q -q c6100.q -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M\r
 117 \r
 118 \r
 119 ###########################################################################################\r
 120 #                                  TCOFFEE CONFIGURATION                                  #\r
 121 ###########################################################################################\r
 122 local.tcoffee.bin         = binaries/src/tcoffee/t_coffee_source/t_coffee\r
 123 cluster.tcoffee.bin       = /homes/www-jws2/servers/tomcat-8.5.11_jaba-2.2/webapps/jabaws/binaries/src/tcoffee/t_coffee_source/t_coffee\r
 124 # This variable is required by tcoffee\r
 125 tcoffee.bin.env           = HOME_4_TCOFFEE#jobsout;\r
 126 tcoffee.presets.file      = conf/settings/TcoffeePresets.xml\r
 127 tcoffee.parameters.file   = conf/settings/TcoffeeParameters.xml\r
 128 tcoffee.limits.file       = conf/settings/TcoffeeLimits.xml\r
 129 ### Tcoffee can be executed on multiple CPUs. This parameter specifies the number of CPUs:\r
 130 tcoffee.cluster.cpunum    = 4\r
 131 ### This reserves a slot with CPUNUM on the Cluster for the task\r
 132 tcoffee.cluster.settings  = -P webservices -R y -q 64bit-pri.q -q c6100.q -pe smp 4 -l h_cpu=24:00:00 -l ram=3400M\r
 133 \r
 134 \r
 135 ###########################################################################################\r
 136 #                                  PROBCONS CONFIGURATION                                 #\r
 137 ###########################################################################################\r
 138 local.probcons.bin         = binaries/src/probcons/probcons\r
 139 cluster.probcons.bin       = /homes/www-jws2/servers/tomcat-8.5.11_jaba-2.2/webapps/jabaws/binaries/src/probcons/probcons\r
 140 probcons.parameters.file   = conf/settings/ProbconsParameters.xml\r
 141 probcons.limits.file       = conf/settings/ProbconsLimits.xml\r
 142 probcons.cluster.settings  = -P webservices -R y -q 64bit-pri.q -q c6100.q -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M\r
 143 \r
 144 \r
 145 ###########################################################################################\r
 146 #                                  JRONN CONFIGURATION                                    #\r
 147 ###########################################################################################\r
 148 ### If no local path is specified, Java is loaded from JAVA_HOME variable for local execution\r
 149 ### However, cluster.jronn.bin MUST be specified for running Jronn on the Cluster.\r
 150 #local.jronn.bin.windows  = D:\\Java\\jdk1.6.0_24\\bin\\java.exe\r
 151 local.jronn.bin          = /homes/www-jws2/java/jdk/bin/java\r
 152 cluster.jronn.bin        = /homes/www-jws2/java/jdk/bin/java\r
 153 jronn.jar.file           = binaries/windows/bj3.0.4p-jronn.jar\r
 154 jronn.limits.file        = conf/settings/JronnLimits.xml\r
 155 ### Jronn can use multiple CPUs. This parameter specifies the number of CPU:\r
 156 jronn.cluster.cpunum     = 4\r
 157 ### This reserves a slot with CPUNUM on the Cluster for the task\r
 158 jronn.cluster.settings   = -P webservices -R y -q 64bit-pri.q -q c6100.q -pe smp 4 -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M\r
 159 \r
 160 \r
 161 ###########################################################################################\r
 162 #                                  DISEMBL CONFIGURATION                                  #\r
 163 ###########################################################################################\r
 164 local.disembl.bin        = binaries/src/disembl/DisEMBL.py\r
 165 cluster.disembl.bin      = /homes/www-jws2/servers/tomcat-8.5.11_jaba-2.2/webapps/jabaws/binaries/src/disembl/DisEMBL.py\r
 166 disembl.limits.file      = conf/settings/DisemblLimits.xml\r
 167 disembl.cluster.settings = -P webservices -R y -q 64bit-pri.q -q c6100.q -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M\r
 168 \r
 169 \r
 170 ###########################################################################################\r
 171 #                                  GLOBPLOT CONFIGURATION                                 #\r
 172 ###########################################################################################\r
 173 local.globplot.bin        = binaries/src/globplot/GlobPlot.py\r
 174 cluster.globplot.bin      = /homes/www-jws2/servers/tomcat-8.5.11_jaba-2.2/webapps/jabaws/binaries/src/globplot/GlobPlot.py\r
 175 globplot.bin.env          = PYTHONPATH#/homes/www-jws2/servers/tomcat-8.5.11_jaba-2.2/webapps/jabaws/binaries/src/globplot/biopython-1.50\r
 176 globplot.limits.file      = conf/settings/GlobPlotLimits.xml\r
 177 globplot.cluster.settings = -P webservices -R y -q 64bit-pri.q -q c6100.q -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M\r
 178 \r
 179 \r
 180 ###########################################################################################\r
 181 #                                 IUPRED CONFIGURATION                                    #\r
 182 ###########################################################################################\r
 183 #local.iupred.bin.windows = binaries/windows/iupred/iupred.exe\r
 184 local.iupred.bin         = binaries/src/iupred/iupred\r
 185 ### This must point to the directory where iupred binary is, with other files it\r
 186 ### depends on. This path will be converted to absolute if relative at runtime.\r
 187 iupred.bin.env           = IUPred_PATH#binaries/src/iupred\r
 188 cluster.iupred.bin       = /homes/www-jws2/servers/tomcat-8.5.11_jaba-2.2/webapps/jabaws/binaries/src/iupred/iupred\r
 189 iupred.parameters.file   = conf/settings/IUPredParameters.xml\r
 190 iupred.limits.file       = conf/settings/IUPredLimits.xml\r
 191 iupred.cluster.settings  = -P webservices -R y -q 64bit-pri.q -q c6100.q -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M\r
 192 \r
 193 \r
 194 ###########################################################################################\r
 195 #                                  AACON CONFIGURATION                                    #\r
 196 ###########################################################################################\r
 197 ### This is just a path to the standard java executable\r
 198 local.aacon.bin          = /homes/www-jws2/java/jdk/bin/java\r
 199 cluster.aacon.bin        = /homes/www-jws2/java/jdk/bin/java\r
 200 ### Path to the AACon library\r
 201 aacon.jar.file           = binaries/windows/aaconservation.jar\r
 202 aacon.parameters.file    = conf/settings/AAConParameters.xml\r
 203 aacon.presets.file       = conf/settings/AAConPresets.xml\r
 204 aacon.limits.file        = conf/settings/AAConLimits.xml\r
 205 ### AACon can use multiple CPUs\r
 206 ### This parameter specifies the number of CPUs to use\r
 207 aacon.cluster.cpunum     = 4\r
 208 ### This reserves a slot with CPUNUM on the Cluster for the task\r
 209 aacon.cluster.settings   = -P webservices -R y -q 64bit-pri.q -q c6100.q -pe smp 4 -l h_cpu=24:00:00 -l ram=3400M\r
 210 \r
 211 ###########################################################################################\r
 212 #                               JPRED CONFIGURATION                                       #\r
 213 ###########################################################################################\r
 214 #local.jpred.bin        = binaries/src/jpred/jpred.pl\r
 215 #cluster.jpred.bin      = /homes/www-jws2/servers/tomcat-8.5.11_jaba-2.2/webapps/jabaws/binaries/src/jpred/jpred.pl\r
 216 ## These paths will be converted to absolute if relative.\r
 217 #jpred.bin.env          = BLASTMAT#binaries/src/jpred/data/blast\r
 218 ## The varible jpred.data.uniref.path define a path to Uniref90 files used by Jpred. If\r
 219 ## you install the database to a different path chenge the variable here\r
 220 #jpred.data.uniref.path = /homes/www-jpred/databases\r
 221 ## WARNING!!!\r
 222 ## Redefine jpred.data.uniref.name if you do undestand what the variable means\r
 223 #jpred.data.uniref.name = cluster\r
 224 #### This parameters specifies the directory where the matrices files are stored\r
 225 #jpred.presets.file     = conf/settings/JpredPresets.xml\r
 226 #jpred.parameters.file  = conf/settings/JpredParameters.xml\r
 227 #jpred.limits.file      = conf/settings/JpredLimits.xml\r
 228 #jpred.cluster.cpunum   = 4\r
 229 #jpred.cluster.settings = -P webservices -R y -q 64bit-pri.q -q c6100.q -pe smp 4 -l h_cpu=24:00:00 -l ram=8000M\r
 230 \r
 231 ###########################################################################################\r
 232 #                               RNAALIFOLD CONFIGURATION                                  #\r
 233 ###########################################################################################\r
 234 local.rnaalifold.bin.windows = binaries/windows/ViennaRNA/RNAalifold.exe\r
 235 local.rnaalifold.bin         = binaries/src/ViennaRNA/Progs/RNAalifold\r
 236 cluster.rnaalifold.bin       = /homes/www-jws2/servers/tomcat-8.5.11_jaba-2.2/webapps/jabaws/binaries/src/ViennaRNA/Progs/RNAalifold\r
 237 rnaalifold.parameters.file   = conf/settings/RNAalifoldParameters.xml\r
 238 rnaalifold.limits.file       = conf/settings/RNAalifoldLimits.xml\r
 239 rnaalifold.cluster.settings  = -P webservices -R y -q 64bit-pri.q -q c6100.q -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M\r
 240 \r
 241 ###########################################################################################\r
 242 #                                 MSAProbs CONFIGURATION                                  #\r
 243 ###########################################################################################\r
 244 local.msaprobs.bin         = binaries/src/MSAProbs-0.9.7/MSAProbs/msaprobs\r
 245 cluster.msaprobs.bin       = /homes/www-jws2/servers/tomcat-8.5.11_jaba-2.2/webapps/jabaws/binaries/src/MSAProbs-0.9.7/MSAProbs/msaprobs\r
 246 msaprobs.parameters.file   = conf/settings/MSAprobsParameters.xml\r
 247 msaprobs.limits.file       = conf/settings/MSAprobsLimits.xml\r
 248 msaprobs.cluster.settings  = -P webservices -R y -q 64bit-pri.q -q c6100.q -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M\r
 249 \r
 250 ###########################################################################################\r
 251 #                                  GLprobs CONFIGURATION                                  #\r
 252 ###########################################################################################\r
 253 local.glprobs.bin         = binaries/src/GLProbs-1.0/glprobs\r
 254 cluster.glprobs.bin       = /homes/www-jws2/servers/tomcat-8.5.11_jaba-2.2/webapps/jabaws/binaries/src/GLProbs-1.0/glprobs\r
 255 glprobs.parameters.file   = conf/settings/GLprobsParameters.xml\r
 256 glprobs.limits.file       = conf/settings/GLprobsLimits.xml\r
 257 glprobs.cluster.settings  = -P webservices -R y -q 64bit-pri.q -q c6100.q -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M\r