conf/settings/AAConParameters.xml

   1 <?xml version="1.0" encoding="US-ASCII" standalone="yes"?>\r
   2 <runnerConfig>\r
   3   <runnerClassName>compbio.runner.conservation.AACon</runnerClassName>\r
   4   <options>\r
   5     <name>Normalize</name>\r
   6     <description>\r
   7     Normalize the results. Normalized results have values between 0 and 1. Please note however, \r
   8     that some results cannot be normalized. In such a case, the system returns not \r
   9     normalized value. The following formula is used for normalization n = (d - dmin)/(dmax - dmin)\r
  10     Negative results first converted to positive by adding a greatest absolute result value.\r
  11     </description>\r
  12     <optionNames>-n</optionNames>\r
  13     <defaultValue>-n</defaultValue>\r
  14     <furtherDetails>prog_docs/aacon.txt</furtherDetails>\r
  15   </options>\r
  16   <options><name>KABAT</name><description></description><optionNames>-m=KABAT</optionNames><furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#KABAT</furtherDetails></options>\r
  17   <options><name>JORES</name><description></description><optionNames>-m=JORES</optionNames><furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#JORES</furtherDetails></options>\r
  18   <options><name>SCHNEIDER</name><description></description><optionNames>-m=SCHNEIDER</optionNames><furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#SCHNEIDER</furtherDetails></options>\r
  19   <options><name>SHENKIN</name><description></description><optionNames>-m=SHENKIN</optionNames><furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#SHENKIN</furtherDetails><defaultValue>-m=SHENKIN</defaultValue></options>\r
  20   <options><name>GERSTEIN</name><description></description><optionNames>-m=GERSTEIN</optionNames><furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#GERSTEIN</furtherDetails></options>\r
  21   <options><name>TAYLOR_GAPS</name><description></description><optionNames>-m=TAYLOR_GAPS</optionNames><furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#TAYLOR_GAPS</furtherDetails></options>\r
  22   <options><name>TAYLOR_NO_GAPS</name><description></description><optionNames>-m=TAYLOR_NO_GAPS</optionNames><furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#TAYLOR_NO_GAPS</furtherDetails></options> \r
  23   <options><name>ZVELIBIL</name><description></description><optionNames>-m=ZVELIBIL</optionNames><furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#ZVELIBIL</furtherDetails></options>\r
  24   <options><name>KARLIN</name><description></description><optionNames>-m=KARLIN</optionNames><furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#KARLIN</furtherDetails></options>\r
  25   <options><name>ARMON</name><description></description><optionNames>-m=ARMON</optionNames><furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#ARMON</furtherDetails></options>\r
  26   <options><name>THOMPSON</name><description></description><optionNames>-m=THOMPSON</optionNames><furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#THOMPSON</furtherDetails></options>\r
  27   <options><name>NOT_LANCET</name><description></description><optionNames>-m=NOT_LANCET</optionNames><furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#NOT_LANCET</furtherDetails></options>\r
  28   <options><name>MIRNY</name><description></description><optionNames>-m=MIRNY</optionNames><furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#MIRNY</furtherDetails></options>\r
  29   <options><name>WILLIAMSON</name><description></description><optionNames>-m=WILLIAMSON</optionNames><furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#WILLIAMSON</furtherDetails></options> \r
  30   <options><name>LANDGRAF</name><description></description><optionNames>-m=LANDGRAF</optionNames><furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#LANDGRAF</furtherDetails></options>\r
  31   <options><name>SANDER</name><description></description><optionNames>-m=SANDER</optionNames><furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#SANDER</furtherDetails></options>\r
  32   <options><name>VALDAR</name><description></description><optionNames>-m=VALDAR</optionNames><furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#VALDAR</furtherDetails></options>\r
  33   <options><name>SMERFS</name><description></description><optionNames>-m=SMERFS</optionNames><furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#SMERFS</furtherDetails></options>\r
  34 \r
  35   <prmSeparator>=</prmSeparator>\r
  36   <parameters>\r
  37     <name>SMERFS Window Width</name>\r
  38     <description>The width of the window for SMERFS. Optional, defaults to 7</description>\r
  39     <optionNames>-smerfsWW</optionNames>\r
  40     <furtherDetails>prog_docs/aacon.txt</furtherDetails>\r
  41     <defaultValue>7</defaultValue>\r
  42     <validValue>\r
  43       <type>Integer</type>\r
  44       <min>3</min>\r
  45       <max>100</max>\r
  46     </validValue>\r
  47   </parameters>\r
  48 \r
  49   <parameters>\r
  50     <name>SMERFS Column Scoring Method</name>\r
  51     <description>SMERFS Column Score algorithm defines the window scores to \r
  52           columns allocation, two methods are possible: MID_SCORE - gives the window score to the middle column\r
  53           MAX_SCORE - gives the column the highest score of all the windows it belongs to. Optional defaults to MID_SCORE. </description>\r
  54     <optionNames>-smerfsCS</optionNames>\r
  55     <furtherDetails>prog_docs/aacon.txt</furtherDetails>\r
  56     <defaultValue>MID_SCORE</defaultValue>\r
  57     <possibleValues>MAX_SCORE</possibleValues>\r
  58         <possibleValues>MID_SCORE</possibleValues>\r
  59   </parameters>\r
  60 \r
  61   <parameters>\r
  62     <name>SMERFS Gap Threshhold</name>\r
  63     <description>a gap percentage cutoff - a float greater than 0 and smaller or equal 1. Optional defaults to 0.1</description>\r
  64     <optionNames>-smerfsGT</optionNames>\r
  65     <furtherDetails>prog_docs/aacon.txt</furtherDetails>\r
  66     <defaultValue>0.1</defaultValue>\r
  67     <validValue>\r
  68           <type>Float</type>\r
  69             <min>0.001</min>\r
  70             <max>1</max>\r
  71         </validValue>\r
  72   </parameters>\r
  73 \r
  74 </runnerConfig>\r