datamodel/compbio/data/sequence/MultiAnnotatedSequence.java

   1 package compbio.data.sequence;\r
   2 \r
   3 import java.util.ArrayList;\r
   4 import java.util.EnumMap;\r
   5 import java.util.List;\r
   6 import java.util.Map;\r
   7 \r
   8 import compbio.util.annotation.NotThreadSafe;\r
   9 \r
  10 /**\r
  11  * TODO complete\r
  12  * \r
  13  * @author pvtroshin\r
  14  * \r
  15  * @param <T>\r
  16  *            enum type\r
  17  */\r
  18 @NotThreadSafe\r
  19 // @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)\r
  20 public class MultiAnnotatedSequence<T extends Enum<T>> {\r
  21 \r
  22         private EnumMap<T, ArrayList<Float>> annotations;\r
  23 \r
  24         MultiAnnotatedSequence() {\r
  25                 // default constructor for JAXB\r
  26         }\r
  27 \r
  28         public MultiAnnotatedSequence(Class<T> enumeration) {\r
  29                 this.annotations = new EnumMap<T, ArrayList<Float>>(enumeration);\r
  30         }\r
  31 \r
  32         public void addAnnotation(T type, ArrayList<Float> annotation) {\r
  33                 assert type != null : "Type is expected";\r
  34                 assert annotation != null : "Not empty value is expected!";\r
  35                 if (!annotations.isEmpty()) {\r
  36                         assert annotations.values().iterator().next().size() == annotation\r
  37                                         .size() : "Annotations must contain the same number of elements!";\r
  38                 }\r
  39                 this.annotations.put(type, annotation);\r
  40         }\r
  41 \r
  42         public Map<T, List<Float>> getAnnotations() {\r
  43                 return new EnumMap<T, List<Float>>(this.annotations);\r
  44         }\r
  45 \r
  46         @Override\r
  47         public int hashCode() {\r
  48                 final int prime = 31;\r
  49                 int result = 1;\r
  50                 result = prime * result\r
  51                                 + ((annotations == null) ? 0 : annotations.hashCode());\r
  52                 return result;\r
  53         }\r
  54 \r
  55         @Override\r
  56         public boolean equals(Object obj) {\r
  57                 if (this == obj)\r
  58                         return true;\r
  59                 if (obj == null)\r
  60                         return false;\r
  61                 if (getClass() != obj.getClass())\r
  62                         return false;\r
  63                 MultiAnnotatedSequence other = (MultiAnnotatedSequence) obj;\r
  64                 if (annotations == null) {\r
  65                         if (other.annotations != null)\r
  66                                 return false;\r
  67                 } else if (!annotations.equals(other.annotations))\r
  68                         return false;\r
  69                 return true;\r
  70         }\r
  71 \r
  72         @Override\r
  73         public String toString() {\r
  74                 String value = "";\r
  75                 for (Map.Entry<T, ArrayList<Float>> annt : annotations.entrySet()) {\r
  76                         value += annt.getKey() + " ";\r
  77                         value += annt.getValue() + "\n";\r
  78                 }\r
  79                 return value;\r
  80         }\r
  81 \r
  82 }\r