datamodel/compbio/data/sequence/SMERFSConstraints.java

   1 /* Copyright (c) 2011 Peter Troshin\r
   2  *  \r
   3  *  JAva Bioinformatics Analysis Web Services (JABAWS) @version: 2.0     \r
   4  * \r
   5  *  This library is free software; you can redistribute it and/or modify it under the terms of the\r
   6  *  Apache License version 2 as published by the Apache Software Foundation\r
   7  * \r
   8  *  This library is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY WARRANTY; without\r
   9  *  even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the Apache \r
  10  *  License for more details.\r
  11  * \r
  12  *  A copy of the license is in apache_license.txt. It is also available here:\r
  13  * @see: http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0.txt\r
  14  * \r
  15  * Any republication or derived work distributed in source code form\r
  16  * must include this copyright and license notice.\r
  17  */\r
  18 package compbio.data.sequence;\r
  19 \r
  20 /**\r
  21  * Enumeration defining two constraints for SMERFS columns score calculation.\r
  22  * MAX_SCORE gives the highest core of all the windows the column belongs to.\r
  23  * MID_SCORE gives the window score to the column in the middle.\r
  24  * \r
  25  * @author Agnieszka Golicz & Peter Troshin\r
  26  */\r
  27 public enum SMERFSConstraints {\r
  28 \r
  29         MAX_SCORE, MID_SCORE;\r
  30 \r
  31         /**\r
  32          * Default column scoring schema\r
  33          */\r
  34         public static final SMERFSConstraints DEFAULT_COLUMN_SCORE = SMERFSConstraints.MID_SCORE;\r
  35 \r
  36         /**\r
  37          * Default window size value for SMERFS algorithm\r
  38          */\r
  39         public static final int DEFAULT_WINDOW_SIZE = 7;\r
  40 \r
  41         /**\r
  42          * Default gap threshold value for SMERFS algorithm\r
  43          */\r
  44         public static final double DEFAULT_GAP_THRESHOLD = 0.1;\r
  45 \r
  46         public static SMERFSConstraints getSMERFSColumnScore(String score) {\r
  47 \r
  48                 score = score.trim().toLowerCase();\r
  49                 if (score.equalsIgnoreCase(SMERFSConstraints.MAX_SCORE.toString())) {\r
  50                         return SMERFSConstraints.MAX_SCORE;\r
  51                 }\r
  52                 if (score.equalsIgnoreCase(SMERFSConstraints.MID_SCORE.toString())) {\r
  53                         return SMERFSConstraints.MID_SCORE;\r
  54                 }\r
  55                 return null;\r
  56         }\r
  57 }\r