dundee-conf/settings/MuscleParameters.xml

   1 <?xml version="1.0" encoding="US-ASCII" standalone="yes"?>\r
   2 <runnerConfig>\r
   3  <runnerClassName>compbio.runner.muscle.Muscle</runnerClassName>\r
   4     <options isRequired="false">\r
   5         <name>Group sequences</name>\r
   6         <description>Group sequences by similarity (this is the default) or preserve the input order</description>\r
   7         <optionNames>-group</optionNames>\r
   8         <optionNames>-stable</optionNames>\r
   9         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
  10         <defaultValue>-stable</defaultValue>\r
  11     </options>\r
  12     <options isRequired="false">\r
  13         <name>Anchor optimisation</name>\r
  14         <description>Enable/disable anchor optimization in tree dependent refinement iterations</description>\r
  15         <optionNames>-anchors</optionNames>\r
  16         <optionNames>-noanchors</optionNames>\r
  17         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
  18         <defaultValue>-anchors</defaultValue>\r
  19     </options>\r
  20     <options isRequired="false">\r
  21         <name>Root alignment computation method</name>\r
  22         <description>Use Steven Brenner's method for computing the root alignment.</description>\r
  23         <optionNames>-brenner</optionNames>\r
  24         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
  25     </options>\r
  26        <!-- This option make sense only in conjunction with -tree which we do not currently support\r
  27    <options isRequired="false">\r
  28         <name>Fast clustering of input sequences</name>\r
  29         <description>Perform fast clustering of input sequences.</description>\r
  30         <optionNames>-cluster</optionNames>\r
  31         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
  32    </options>\r
  33    -->\r
  34    <options isRequired="false">\r
  35         <name>dimer</name>\r
  36         <description>Use dimer approximation for the SP score (faster, slightly less accurate)</description>\r
  37         <optionNames>-dimer</optionNames>\r
  38         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
  39    </options>\r
  40     <options isRequired="false">\r
  41         <name>Diagonal</name>\r
  42         <description>Use diagonal optimizations. Faster, especially for closely related sequences, but may be less accurate.</description>\r
  43         <optionNames>-diags</optionNames>\r
  44     </options>\r
  45     <options isRequired="false">\r
  46         <name>Diagonal 1</name>\r
  47         <description>Use diagonal optimizations in first iteration (faster for similar sequences)</description>\r
  48         <optionNames>-diags1</optionNames>\r
  49     </options>\r
  50    <options isRequired="false">\r
  51         <name>Profile scoring method</name>\r
  52         <description>le - use log-expectation profile score VTML240 (default for amino acid sequences.)\r
  53                                  sp - use sum-of-pairs protein profile score (PAM200).\r
  54                                  sv - use sum-of-pairs profile score (VTML240)</description>\r
  55         <optionNames>-le</optionNames>\r
  56         <optionNames>-sp</optionNames>\r
  57         <optionNames>-sv</optionNames>\r
  58         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
  59                 <defaultValue>-le</defaultValue>\r
  60     </options>\r
  61     <prmSeparator> </prmSeparator>\r
  62         <parameters isRequired="false">\r
  63         <name>Sequence type</name>\r
  64         <description>Sequence type - Amino acid/Nucleotide </description>\r
  65         <optionNames>-seqtype</optionNames>\r
  66         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
  67         <defaultValue>auto</defaultValue>\r
  68         <possibleValues>auto</possibleValues>\r
  69         <possibleValues>protein</possibleValues>\r
  70         <possibleValues>nucleo</possibleValues>\r
  71     </parameters>\r
  72         <parameters isRequired="false">\r
  73         <name>Maxiters</name>\r
  74         <description>Maximum number of iterations (integer, default 16)</description>\r
  75         <optionNames>-maxiters</optionNames>\r
  76         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
  77         <defaultValue>16</defaultValue>\r
  78         <validValue>\r
  79                 <type>Integer</type>\r
  80             <min>1</min>\r
  81             <max>100</max>\r
  82         </validValue>\r
  83     </parameters>\r
  84         <parameters isRequired="false">\r
  85         <name>Matrix</name>\r
  86         <description>Substitution Matrix to use</description>\r
  87         <optionNames>-matrix</optionNames>\r
  88         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
  89         <defaultValue>BLOSUM62</defaultValue>\r
  90                 <possibleValues>BLOSUM100</possibleValues>\r
  91                 <possibleValues>BLOSUM30</possibleValues>\r
  92                 <possibleValues>BLOSUM35</possibleValues>\r
  93                 <possibleValues>BLOSUM40</possibleValues>\r
  94                 <possibleValues>BLOSUM45</possibleValues>\r
  95                 <possibleValues>BLOSUM50</possibleValues>\r
  96                 <possibleValues>BLOSUM55</possibleValues>\r
  97                 <possibleValues>BLOSUM60</possibleValues>\r
  98                 <possibleValues>BLOSUM62</possibleValues>\r
  99                 <possibleValues>BLOSUM65</possibleValues>\r
 100                 <possibleValues>BLOSUM70</possibleValues>\r
 101                 <possibleValues>BLOSUM75</possibleValues>\r
 102                 <possibleValues>BLOSUM80</possibleValues>\r
 103                 <possibleValues>BLOSUM85</possibleValues>\r
 104                 <possibleValues>BLOSUM90</possibleValues>\r
 105                 <possibleValues>BLOSUMN</possibleValues>\r
 106                 <possibleValues>DAYHOFF</possibleValues>\r
 107                 <possibleValues>GONNET</possibleValues>\r
 108                 <possibleValues>IDENTITY</possibleValues>\r
 109                 <possibleValues>MATCH</possibleValues>\r
 110                 <possibleValues>NUC.4.2</possibleValues>\r
 111                 <possibleValues>NUC.4.4</possibleValues>\r
 112                 <possibleValues>PAM10</possibleValues>\r
 113                 <possibleValues>PAM100</possibleValues>\r
 114                 <possibleValues>PAM110</possibleValues>\r
 115                 <possibleValues>PAM120</possibleValues>\r
 116                 <possibleValues>PAM130</possibleValues>\r
 117                 <possibleValues>PAM140</possibleValues>\r
 118                 <possibleValues>PAM150</possibleValues>\r
 119                 <possibleValues>PAM160</possibleValues>\r
 120                 <possibleValues>PAM170</possibleValues>\r
 121                 <possibleValues>PAM180</possibleValues>\r
 122                 <possibleValues>PAM190</possibleValues>\r
 123                 <possibleValues>PAM20</possibleValues>\r
 124                 <possibleValues>PAM200</possibleValues>\r
 125                 <possibleValues>PAM210</possibleValues>\r
 126                 <possibleValues>PAM220</possibleValues>\r
 127                 <possibleValues>PAM230</possibleValues>\r
 128                 <possibleValues>PAM240</possibleValues>\r
 129                 <possibleValues>PAM250</possibleValues>\r
 130                 <possibleValues>PAM260</possibleValues>\r
 131                 <possibleValues>PAM270</possibleValues>\r
 132                 <possibleValues>PAM280</possibleValues>\r
 133                 <possibleValues>PAM290</possibleValues>\r
 134                 <possibleValues>PAM30</possibleValues>\r
 135                 <possibleValues>PAM300</possibleValues>\r
 136                 <possibleValues>PAM310</possibleValues>\r
 137                 <possibleValues>PAM320</possibleValues>\r
 138                 <possibleValues>PAM330</possibleValues>\r
 139                 <possibleValues>PAM340</possibleValues>\r
 140                 <possibleValues>PAM350</possibleValues>\r
 141                 <possibleValues>PAM360</possibleValues>\r
 142                 <possibleValues>PAM370</possibleValues>\r
 143                 <possibleValues>PAM380</possibleValues>\r
 144                 <possibleValues>PAM390</possibleValues>\r
 145                 <possibleValues>PAM40</possibleValues>\r
 146                 <possibleValues>PAM400</possibleValues>\r
 147                 <possibleValues>PAM410</possibleValues>\r
 148                 <possibleValues>PAM420</possibleValues>\r
 149                 <possibleValues>PAM430</possibleValues>\r
 150                 <possibleValues>PAM440</possibleValues>\r
 151                 <possibleValues>PAM450</possibleValues>\r
 152                 <possibleValues>PAM460</possibleValues>\r
 153                 <possibleValues>PAM470</possibleValues>\r
 154                 <possibleValues>PAM480</possibleValues>\r
 155                 <possibleValues>PAM490</possibleValues>\r
 156                 <possibleValues>PAM50</possibleValues>\r
 157                 <possibleValues>PAM500</possibleValues>\r
 158                 <possibleValues>PAM60</possibleValues>\r
 159                 <possibleValues>PAM70</possibleValues>\r
 160                 <possibleValues>PAM80</possibleValues>\r
 161                 <possibleValues>PAM90</possibleValues>\r
 162     </parameters>\r
 163     <parameters>\r
 164         <name>Gap open penalty</name>\r
 165         <description>Gap opening penalty.  Must be negative</description>\r
 166         <optionNames>-gapopen</optionNames>\r
 167         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
 168         <defaultValue>-12.0</defaultValue>\r
 169         <validValue>\r
 170                 <type>Float</type>\r
 171             <min>-100</min>\r
 172             <max>0</max>\r
 173         </validValue>\r
 174     </parameters>\r
 175     <parameters>\r
 176         <name>Gap extension penalty</name>\r
 177         <description>Gap extension penalty.  Must be negative</description>\r
 178         <optionNames>-gapextend</optionNames>\r
 179         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
 180         <defaultValue>-1.0</defaultValue>\r
 181         <validValue>\r
 182                 <type>Float</type>\r
 183             <min>-100</min>\r
 184             <max>0</max>\r
 185         </validValue>\r
 186     </parameters>\r
 187     <parameters>\r
 188         <name>Center</name>\r
 189         <description>Center parameter. Should be negative.</description>\r
 190         <optionNames>-center</optionNames>\r
 191         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
 192         <defaultValue>0.0</defaultValue>\r
 193         <validValue>\r
 194                 <type>Float</type>\r
 195             <min>-100</min>\r
 196             <max>0</max>\r
 197         </validValue>\r
 198     </parameters>\r
 199     <parameters>\r
 200         <name>Hydro</name>\r
 201         <description>Window size for determining whether a region is hydrophobic.</description>\r
 202         <optionNames>-hydro</optionNames>\r
 203         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
 204         <defaultValue>5</defaultValue>\r
 205         <validValue>\r
 206                 <type>Integer</type>\r
 207             <min>0</min>\r
 208             <max>100</max>\r
 209         </validValue>\r
 210     </parameters>\r
 211     <parameters>\r
 212         <name>Hydrofactor</name>\r
 213         <description>Multiplier for gap open/close penalties in hydrophobic regions.</description>\r
 214         <optionNames>-hydrofactor</optionNames>\r
 215         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
 216         <defaultValue>1.2</defaultValue>\r
 217         <validValue>\r
 218                 <type>Float</type>\r
 219             <min>0</min>\r
 220             <max>10</max>\r
 221         </validValue>\r
 222     </parameters>\r
 223         <parameters isRequired="false">\r
 224         <name>cluster1</name>\r
 225         <description>Clustering method to use on the iteration 1</description>\r
 226         <optionNames>-cluster1</optionNames>\r
 227         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
 228         <defaultValue>upgma</defaultValue>\r
 229         <possibleValues>upgma</possibleValues>\r
 230     </parameters>\r
 231         <parameters isRequired="false">\r
 232         <name>cluster2</name>\r
 233         <description>Clustering method to use on the iteration 2 and all subsequent itarations</description>\r
 234         <optionNames>-cluster2</optionNames>\r
 235         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
 236         <defaultValue>upgmb</defaultValue>\r
 237         <possibleValues>upgmb</possibleValues>\r
 238         <possibleValues>neighborjoining</possibleValues>\r
 239     </parameters>\r
 240     <parameters isRequired="false">\r
 241         <name>Sequence weighting scheme 1</name>\r
 242         <description>Sequence weighting scheme to use on the iteration 1 and 2 \r
 243                 none=all sequences have equal weight.\r
 244                 henikoff=Henikoff &amp; Henikoff weighting scheme.\r
 245                 henikoffpb=Modified Henikoff scheme as used in PSI-BLAST.\r
 246                 clustalw=CLUSTALW method.\r
 247                 threeway=Gotoh three-way method</description>\r
 248         <optionNames>-weight1</optionNames>\r
 249         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
 250         <defaultValue>clustalw</defaultValue>\r
 251         <possibleValues>none</possibleValues>\r
 252         <possibleValues>henikoff</possibleValues>\r
 253         <possibleValues>henikoffpb</possibleValues>\r
 254         <possibleValues>gsc</possibleValues>\r
 255         <possibleValues>clustalw</possibleValues>\r
 256         <possibleValues>threeway</possibleValues>\r
 257     </parameters>\r
 258     <parameters isRequired="false">\r
 259         <name>Sequence weighting scheme 2</name>\r
 260         <description>Sequence weighting scheme to use on the iteration 3 and all subsequent \r
 261         iterations for tree-dependent refinement.\r
 262                 none=all sequences have equal weight.\r
 263                 henikoff=Henikoff &amp; Henikoff weighting scheme.\r
 264                 henikoffpb=Modified Henikoff scheme as used in PSI-BLAST.\r
 265                 clustalw=CLUSTALW method.\r
 266                 threeway=Gotoh three-way method</description>\r
 267         <optionNames>-weight2</optionNames>\r
 268         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
 269         <defaultValue>clustalw</defaultValue>\r
 270         <possibleValues>none</possibleValues>\r
 271         <possibleValues>henikoff</possibleValues>\r
 272         <possibleValues>henikoffpb</possibleValues>\r
 273         <possibleValues>gsc</possibleValues>\r
 274         <possibleValues>clustalw</possibleValues>\r
 275         <possibleValues>threeway</possibleValues>\r
 276     </parameters>\r
 277         <parameters isRequired="false">\r
 278         <name>Distance1</name>\r
 279         <description>Distance measure for iteration 1. Defaults Kmer6_6 (for amino ) or Kmer4_6 (for nucleo)</description>\r
 280         <optionNames>-distance1</optionNames>\r
 281         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
 282         <defaultValue>kmer6_6</defaultValue>\r
 283         <possibleValues>kmer6_6</possibleValues>\r
 284         <possibleValues>kmer20_3</possibleValues>\r
 285         <possibleValues>kbit20_3</possibleValues>\r
 286         <possibleValues>kmer20_4</possibleValues>\r
 287         <possibleValues>kmer4_6</possibleValues>\r
 288     </parameters>\r
 289 </runnerConfig>\r