runner/compbio/pipeline/_jpred/BlastBlastComparator.java

   1 /* Copyright (c) 2011 Peter Troshin\r
   2  *  \r
   3  *  JAva Bioinformatics Analysis Web Services (JABAWS) @version: 2.0     \r
   4  * \r
   5  *  This library is free software; you can redistribute it and/or modify it under the terms of the\r
   6  *  Apache License version 2 as published by the Apache Software Foundation\r
   7  * \r
   8  *  This library is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY WARRANTY; without\r
   9  *  even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the Apache \r
  10  *  License for more details.\r
  11  * \r
  12  *  A copy of the license is in apache_license.txt. It is also available here:\r
  13  * @see: http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0.txt\r
  14  * \r
  15  * Any republication or derived work distributed in source code form\r
  16  * must include this copyright and license notice.\r
  17  */\r
  18 package compbio.pipeline._jpred;\r
  19 \r
  20 import java.io.FileNotFoundException;\r
  21 import java.util.HashSet;\r
  22 import java.util.Set;\r
  23 \r
  24 import javax.xml.stream.XMLStreamException;\r
  25 \r
  26 \r
  27 public class BlastBlastComparator {\r
  28 \r
  29     /**\r
  30      * args[0] is assumed to be the name of a Blast output file\r
  31      * \r
  32      * @throws XMLStreamException\r
  33      * @throws FileNotFoundException\r
  34      */\r
  35     public static void main(String[] args) throws FileNotFoundException,\r
  36             XMLStreamException {\r
  37         BlastParser res1 = new BlastParser(args[0]);\r
  38         BlastParser res2 = new BlastParser(args[1]);\r
  39         assert res1.iters.size() == res2.iters.size();\r
  40 \r
  41         for (Integer iterNum : res1.iters.keySet()) {\r
  42             Set<Hit> list = res1.iters.get(iterNum);\r
  43             Set<Hit> otherList = res2.iters.get(iterNum);\r
  44             System.out.print("Iter " + iterNum + " arg0: " + list.size());\r
  45             System.out.println(" arg1: " + otherList.size());\r
  46             BlastParser.printNames(getDiff(list, otherList));\r
  47             // System.out.println("Diffs: " + getDiff(list, otherList));\r
  48             // System.out.println("Diffs: " + getDiff(otherList, list));\r
  49 \r
  50         }\r
  51 \r
  52     }\r
  53 \r
  54     static Set<Hit> getDiff(Set<Hit> list, Set<Hit> otherList) {\r
  55         Set diff = new HashSet<Hit>();\r
  56         for (Hit pseq : list) {\r
  57             if (otherList.contains(pseq)) {\r
  58                 continue;\r
  59             }\r
  60             diff.add(pseq);\r
  61         }\r
  62         return diff;\r
  63     }\r
  64 \r
  65 }\r