runner/compbio/pipeline/_jpred/BlastParser.java

   1 /* Copyright (c) 2011 Peter Troshin\r
   2  *  \r
   3  *  JAva Bioinformatics Analysis Web Services (JABAWS) @version: 2.0     \r
   4  * \r
   5  *  This library is free software; you can redistribute it and/or modify it under the terms of the\r
   6  *  Apache License version 2 as published by the Apache Software Foundation\r
   7  * \r
   8  *  This library is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY WARRANTY; without\r
   9  *  even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the Apache \r
  10  *  License for more details.\r
  11  * \r
  12  *  A copy of the license is in apache_license.txt. It is also available here:\r
  13  * @see: http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0.txt\r
  14  * \r
  15  * Any republication or derived work distributed in source code form\r
  16  * must include this copyright and license notice.\r
  17  */\r
  18 package compbio.pipeline._jpred;\r
  19 \r
  20 import java.io.BufferedInputStream;\r
  21 import java.io.File;\r
  22 import java.io.FileInputStream;\r
  23 import java.io.FileNotFoundException;\r
  24 import java.util.Collection;\r
  25 import java.util.HashMap;\r
  26 import java.util.HashSet;\r
  27 import java.util.Map;\r
  28 import java.util.Set;\r
  29 \r
  30 import javax.xml.stream.XMLInputFactory;\r
  31 import javax.xml.stream.XMLStreamException;\r
  32 import javax.xml.stream.XMLStreamReader;\r
  33 \r
  34 public class BlastParser {\r
  35 \r
  36     Map<Integer, Set<Hit>> iters;\r
  37 \r
  38     public BlastParser(String file) throws FileNotFoundException,\r
  39             XMLStreamException {\r
  40         XMLInputFactory f = XMLInputFactory.newInstance();\r
  41         XMLStreamReader r = f.createXMLStreamReader(new BufferedInputStream(\r
  42                 new FileInputStream(new File(file))));\r
  43         Set<Hit> pl = new HashSet<Hit>();\r
  44         Hit psi = null;\r
  45         this.iters = new HashMap<Integer, Set<Hit>>();\r
  46         Integer iternum = null;\r
  47         while (r.hasNext()) {\r
  48             int idx = r.next();\r
  49             if (r.isStartElement()) {\r
  50                 String name = r.getLocalName();\r
  51                 if (name.equals("Iteration_iter-num")) {\r
  52                     iternum = Integer.parseInt(r.getElementText().trim());\r
  53                     System.out.println("Iter " + iternum);\r
  54                 }\r
  55                 if (name.equals("Hit")) {\r
  56                     psi = new Hit();\r
  57                 }\r
  58                 if (name.equals("Hit_num")) {\r
  59                     psi.number = r.getElementText();\r
  60                 }\r
  61                 if (name.equals("Hit_accession")) {\r
  62                     psi.accession = r.getElementText();\r
  63                     // System.out.println(psi.id);\r
  64                 }\r
  65                 if (name.equals("Hit_def")) {\r
  66                     // System.out.println(r.getElementText());\r
  67                     psi.name = r.getElementText().split("\\s+")[0].trim();\r
  68                     // System.out.println(psi.id);\r
  69                 }\r
  70                 if (name.equals("Hsp_hseq")) {\r
  71                     psi.seq = r.getElementText();\r
  72                     // System.out.println(psi.seq);\r
  73                 }\r
  74                 if (name.equals("Hsp_evalue")) {\r
  75                     psi.evalue = r.getElementText();\r
  76                     // System.out.println(psi.seq);\r
  77                 }\r
  78 \r
  79             }\r
  80 \r
  81             if (r.isEndElement()) {\r
  82                 String name = r.getLocalName();\r
  83                 if (name.equals("Hit")) {\r
  84                     boolean replaced = pl.add(psi);\r
  85                     assert replaced : "Expect unique elements only!";\r
  86                     psi = null;\r
  87                 }\r
  88                 if (name.equals("Iteration")) {\r
  89                     iters.put(iternum, pl);\r
  90                     pl = new HashSet<Hit>();\r
  91                 }\r
  92             }\r
  93         }\r
  94 \r
  95     }\r
  96 \r
  97     /**\r
  98      * args[0] is assumed to be the name of a Blast output file\r
  99      * \r
 100      * @throws XMLStreamException\r
 101      * @throws FileNotFoundException\r
 102      */\r
 103     public static void main(String[] args) throws FileNotFoundException,\r
 104             XMLStreamException {\r
 105         BlastParser parser = new BlastParser(args[0]);\r
 106         printHits(parser.iters);\r
 107     }\r
 108 \r
 109     static final void printHits(Map<Integer, Set<Hit>> iterNumPsiSeqs) {\r
 110         for (Integer iterNum : iterNumPsiSeqs.keySet()) {\r
 111             System.out.println("Iteration " + iterNum);\r
 112             printHits(iterNumPsiSeqs.get(iterNum));\r
 113         }\r
 114     }\r
 115 \r
 116     static final void printHits(Collection<Hit> psiseqs) {\r
 117         assert psiseqs != null;\r
 118         System.out.println("Total hits: " + psiseqs.size());\r
 119         for (Hit pseq : psiseqs) {\r
 120             System.out.println("Hit: " + pseq.number + " Accession: "\r
 121                     + pseq.accession + " name " + pseq.name);\r
 122         }\r
 123     }\r
 124 \r
 125     static final void printNames(Collection<Hit> psiseqs) {\r
 126         assert psiseqs != null;\r
 127         System.out.println("Total hits: " + psiseqs.size());\r
 128         for (Hit pseq : psiseqs) {\r
 129             System.out.print(pseq.number + "     ");\r
 130             System.out.println(pseq.name);\r
 131         }\r
 132     }\r
 133 \r
 134 }\r