runner/compbio/pipeline/_jpred/Hit.java

   1 /* Copyright (c) 2011 Peter Troshin\r
   2  *  \r
   3  *  JAva Bioinformatics Analysis Web Services (JABAWS) @version: 2.0     \r
   4  * \r
   5  *  This library is free software; you can redistribute it and/or modify it under the terms of the\r
   6  *  Apache License version 2 as published by the Apache Software Foundation\r
   7  * \r
   8  *  This library is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY WARRANTY; without\r
   9  *  even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the Apache \r
  10  *  License for more details.\r
  11  * \r
  12  *  A copy of the license is in apache_license.txt. It is also available here:\r
  13  * @see: http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0.txt\r
  14  * \r
  15  * Any republication or derived work distributed in source code form\r
  16  * must include this copyright and license notice.\r
  17  */\r
  18 package compbio.pipeline._jpred;\r
  19 \r
  20 import java.util.Comparator;\r
  21 \r
  22 public class Hit {\r
  23     String name;\r
  24     String number;\r
  25     String accession;\r
  26     String seq;\r
  27     String evalue;\r
  28 \r
  29     @Override\r
  30     public String toString() {\r
  31         return "accession=" + accession + ", name=" + name + ", num=" + number\r
  32                 + ", evalue=" + evalue + "\n"; // + ", seq=" + seq +\r
  33     }\r
  34 \r
  35     @Override\r
  36     public int hashCode() {\r
  37         final int prime = 31;\r
  38         int result = 1;\r
  39         result = prime * result + ((name == null) ? 0 : name.hashCode());\r
  40         return result;\r
  41     }\r
  42 \r
  43     @Override\r
  44     public boolean equals(Object obj) {\r
  45         if (this == obj)\r
  46             return true;\r
  47         if (obj == null)\r
  48             return false;\r
  49         if (getClass() != obj.getClass())\r
  50             return false;\r
  51         Hit other = (Hit) obj;\r
  52         if (name == null) {\r
  53             if (other.name != null)\r
  54                 return false;\r
  55         } else if (!name.equals(other.name))\r
  56             return false;\r
  57         return true;\r
  58     }\r
  59 \r
  60     public static final class NumberComporator implements Comparator<Hit> {\r
  61         @Override\r
  62         public int compare(Hit o1, Hit o2) {\r
  63             return Integer.valueOf(o1.number).compareTo(\r
  64                     Integer.valueOf(o2.number));\r
  65         }\r
  66     }\r
  67 \r
  68     public static final class EvalueComporator implements Comparator<Hit> {\r
  69         @Override\r
  70         public int compare(Hit o1, Hit o2) {\r
  71             return Double.valueOf(o1.evalue).compareTo(\r
  72                     Double.valueOf(o2.evalue));\r
  73         }\r
  74     }\r
  75 }