runner/compbio/pipeline/_jpred/Jpred4.java

   1 /* Copyright (c) 2011 Peter Troshin\r
   2  *  \r
   3  *  JAva Bioinformatics Analysis Web Services (JABAWS) @version: 2.0     \r
   4  * \r
   5  *  This library is free software; you can redistribute it and/or modify it under the terms of the\r
   6  *  Apache License version 2 as published by the Apache Software Foundation\r
   7  * \r
   8  *  This library is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY WARRANTY; without\r
   9  *  even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the Apache \r
  10  *  License for more details.\r
  11  * \r
  12  *  A copy of the license is in apache_license.txt. It is also available here:\r
  13  * @see: http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0.txt\r
  14  * \r
  15  * Any republication or derived work distributed in source code form\r
  16  * must include this copyright and license notice.\r
  17  */\r
  18 package compbio.pipeline._jpred;\r
  19 \r
  20 import java.util.List;\r
  21 \r
  22 import compbio.data.sequence.FastaSequence;\r
  23 \r
  24 /**\r
  25  * \r
  26  * jpred --sequence <fasta file> OR --alignment <clustalW alignment> [--db\r
  27  * <database>] [--pred-nohits] [--logLevel=(ERROR|INFO|DEBUG)] [--help]\r
  28  * \r
  29  * jpred4 --sequence <fasta file> The path to the sequence (in FASTA format) you\r
  30  * want to predict OR\r
  31  * \r
  32  * [--alignment <clustalW alignment>] The alignment which to use for prediction\r
  33  * \r
  34  * [--profile=<path to HMM profile>]\r
  35  * \r
  36  * [--db <database>] Database to use for PSI-BLAST querying. Default: uniref90 (\r
  37  * /homes/www-jpred/databases/uniref90.filt) Please note that database must be\r
  38  * psi-blast indexed\r
  39  * \r
  40  * [--pred-nohits] Toggle allowing Jpred to make predictions even when there are\r
  41  * no PSI-BLAST hits.\r
  42  * \r
  43  * [--logLevel=(ERROR|INFO|DEBUG)] one of ERROR, INFO, DEBUG [--help]\r
  44  * \r
  45  * \r
  46  * @author pvtroshin\r
  47  * \r
  48  */\r
  49 public class Jpred4 {\r
  50 \r
  51         List<FastaSequence> readFastaSequence() {\r
  52                 return null;\r
  53         }\r
  54 \r
  55         public void runPsiBlast() {\r
  56         };\r
  57 \r
  58 }\r