runner/compbio/runner/_SkeletalCommandBuilder.java

   1 /* Copyright (c) 2011 Peter Troshin\r
   2  *  \r
   3  *  JAva Bioinformatics Analysis Web Services (JABAWS) @version: 2.0     \r
   4  * \r
   5  *  This library is free software; you can redistribute it and/or modify it under the terms of the\r
   6  *  Apache License version 2 as published by the Apache Software Foundation\r
   7  * \r
   8  *  This library is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY WARRANTY; without\r
   9  *  even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the Apache \r
  10  *  License for more details.\r
  11  * \r
  12  *  A copy of the license is in apache_license.txt. It is also available here:\r
  13  * @see: http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0.txt\r
  14  * \r
  15  * Any republication or derived work distributed in source code form\r
  16  * must include this copyright and license notice.\r
  17  */\r
  18 package compbio.runner;\r
  19 \r
  20 import java.util.ArrayList;\r
  21 import java.util.Arrays;\r
  22 import java.util.List;\r
  23 \r
  24 import compbio.engine.client.CommandBuilder;\r
  25 import compbio.engine.client.Executable;\r
  26 import compbio.engine.client.RunConfiguration;\r
  27 import compbio.metadata.Limit;\r
  28 import compbio.metadata.LimitsManager;\r
  29 \r
  30 @Deprecated\r
  31 public abstract class _SkeletalCommandBuilder\r
  32                 implements\r
  33                         Executable<_SkeletalCommandBuilder> {\r
  34 \r
  35         String tmpDirectory;\r
  36         String name;\r
  37         String email;\r
  38         List<String> params = new ArrayList<String>();\r
  39 \r
  40         public _SkeletalCommandBuilder setEmail(String email) {\r
  41                 this.email = email;\r
  42                 return this;\r
  43         }\r
  44 \r
  45         public _SkeletalCommandBuilder setName(String name) {\r
  46                 this.name = name;\r
  47                 return this;\r
  48         }\r
  49 \r
  50         public String getName() {\r
  51                 return name;\r
  52         }\r
  53 \r
  54         public String getEmail() {\r
  55                 return email;\r
  56         }\r
  57 \r
  58         public _SkeletalCommandBuilder addParameters(String[] parameters) {\r
  59                 this.params.addAll(Arrays.asList(parameters));\r
  60                 return this;\r
  61         }\r
  62 \r
  63         public _SkeletalCommandBuilder addParameters(List<String> parameters) {\r
  64                 this.params.addAll(parameters);\r
  65                 return this;\r
  66         }\r
  67 \r
  68         @Override\r
  69         public CommandBuilder<_SkeletalCommandBuilder> getParameters(\r
  70                         ExecProvider provider) {\r
  71                 return null;\r
  72         }\r
  73 \r
  74         public _SkeletalCommandBuilder addParameter(String parameter) {\r
  75                 params.add(parameter);\r
  76                 return this;\r
  77         }\r
  78 \r
  79         @Override\r
  80         public <V> V getResults(String directory) {\r
  81                 // TODO Auto-generated method stub\r
  82                 return null;\r
  83         }\r
  84 \r
  85         @Override\r
  86         public Executable<?> loadRunConfiguration(RunConfiguration rconfig) {\r
  87                 // TODO Auto-generated method stub\r
  88                 return null;\r
  89         }\r
  90 \r
  91         @Override\r
  92         public String getOutput() {\r
  93                 // TODO Auto-generated method stub\r
  94                 return null;\r
  95         }\r
  96 \r
  97         @Override\r
  98         public String getError() {\r
  99                 // TODO Auto-generated method stub\r
 100                 return null;\r
 101         }\r
 102 \r
 103         @Override\r
 104         public Limit<_SkeletalCommandBuilder> getLimit(String presetName) {\r
 105                 // TODO Auto-generated method stub\r
 106                 return null;\r
 107         }\r
 108 \r
 109         @Override\r
 110         public LimitsManager<_SkeletalCommandBuilder> getLimits() {\r
 111                 // TODO Auto-generated method stub\r
 112                 return null;\r
 113         }\r
 114 \r
 115         @Override\r
 116         public String getClusterJobSettings() {\r
 117                 // TODO Auto-generated method stub\r
 118                 return null;\r
 119         }\r
 120 \r
 121 }\r