runner/compbio/runner/_impl/NetNglyc.java

   1 /* Copyright (c) 2011 Peter Troshin\r
   2  *  \r
   3  *  JAva Bioinformatics Analysis Web Services (JABAWS) @version: 2.0     \r
   4  * \r
   5  *  This library is free software; you can redistribute it and/or modify it under the terms of the\r
   6  *  Apache License version 2 as published by the Apache Software Foundation\r
   7  * \r
   8  *  This library is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY WARRANTY; without\r
   9  *  even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the Apache \r
  10  *  License for more details.\r
  11  * \r
  12  *  A copy of the license is in apache_license.txt. It is also available here:\r
  13  * @see: http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0.txt\r
  14  * \r
  15  * Any republication or derived work distributed in source code form\r
  16  * must include this copyright and license notice.\r
  17  */\r
  18 package compbio.runner._impl;\r
  19 \r
  20 import java.util.Arrays;\r
  21 import java.util.List;\r
  22 \r
  23 import compbio.engine.client.CommandBuilder;\r
  24 import compbio.engine.client.Executable;\r
  25 import compbio.engine.client.RunConfiguration;\r
  26 import compbio.metadata.Limit;\r
  27 import compbio.metadata.LimitsManager;\r
  28 \r
  29 /*\r
  30  @see http://www.cbs.dtu.dk/cgi-bin/nph-runsafe?man=netNglyc\r
  31  */\r
  32 public class NetNglyc implements Executable<NetNglyc> {\r
  33 \r
  34         private static final String command = "/homes/www-refine/bin/Brunak/NOBACK/netNglyc-1.0a/netNglyc";\r
  35 \r
  36         List<String> params;\r
  37 \r
  38         public NetNglyc() {\r
  39         }\r
  40 \r
  41         @Override\r
  42         public CommandBuilder<NetNglyc> getParameters(ExecProvider provider) {\r
  43                 return null; // Arrays.asList(new String[] { "-a", "-f" }); // "-g"\r
  44                 // potentially\r
  45         }\r
  46 \r
  47         public static List<String> getTestArgs() {\r
  48                 return Arrays.asList(new String[] { "-a", "-f" });\r
  49         }\r
  50 \r
  51         @Override\r
  52         public NetNglyc addParameters(List<String> parameters) {\r
  53                 this.params = parameters;\r
  54                 return this;\r
  55         }\r
  56 \r
  57         public static String getTestCommand() {\r
  58                 return command;\r
  59         }\r
  60 \r
  61         public String getCommandName() {\r
  62                 return "netNglyc";\r
  63         }\r
  64 \r
  65         @Override\r
  66         public List<String> getCreatedFiles() {\r
  67                 // TODO Auto-generated method stub\r
  68                 return null;\r
  69         }\r
  70 \r
  71         @Override\r
  72         public String getInput() {\r
  73                 // TODO Auto-generated method stub\r
  74                 return null;\r
  75         }\r
  76 \r
  77         @Override\r
  78         public <V> V getResults(String directory) {\r
  79                 // TODO Auto-generated method stub\r
  80                 return null;\r
  81         }\r
  82 \r
  83         @Override\r
  84         public Executable<?> loadRunConfiguration(RunConfiguration rconfig) {\r
  85                 // TODO Auto-generated method stub\r
  86                 return null;\r
  87         }\r
  88 \r
  89         @Override\r
  90         public String getOutput() {\r
  91                 // TODO Auto-generated method stub\r
  92                 return null;\r
  93         }\r
  94 \r
  95         @Override\r
  96         public String getError() {\r
  97                 // TODO Auto-generated method stub\r
  98                 return null;\r
  99         }\r
 100 \r
 101         @Override\r
 102         public Limit<NetNglyc> getLimit(String presetName) {\r
 103                 // TODO Auto-generated method stub\r
 104                 return null;\r
 105         }\r
 106 \r
 107         @Override\r
 108         public LimitsManager<NetNglyc> getLimits() {\r
 109                 // TODO Auto-generated method stub\r
 110                 return null;\r
 111         }\r
 112         @Override\r
 113         public String getClusterJobSettings() {\r
 114                 // TODO Auto-generated method stub\r
 115                 return null; \r
 116         }\r
 117 }\r