runner/compbio/runner/_impl/Tmhmm2.java

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  14  * \r
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  16  * must include this copyright and license notice.\r
  17  */\r
  18 package compbio.runner._impl;\r
  19 \r
  20 import java.util.List;\r
  21 \r
  22 import compbio.runner._SkeletalCommandBuilder;\r
  23 \r
  24 /*\r
  25  @see file:///(/homes/www-refine/SSPF_01/) Z:/bin/Brunak/TMHMM2/TMHMM2.0c/TMHMM2.0.html\r
  26  could have used decodeanhmm directly \r
  27  for more options @see ./decodeanhmm -h\r
  28  e.g. decodeanhmm -f <path>/TMHMM2.0.options -modelfile <path>/TMHMM2.0.model\r
  29  */\r
  30 class Tmhmm2 extends _SkeletalCommandBuilder {\r
  31 \r
  32         /*\r
  33          * This is a standard tmhmm binary, but slightly modified the only\r
  34          * difference is that it will always write results in $workDirectory/TMHMM\r
  35          */\r
  36         private static final String command = "/homes/www-refine/bin/Brunak/TMHMM2/TMHMM2.0c/bin/tmhmm_samedir";\r
  37         String input;\r
  38         String output;\r
  39         List<String> params;\r
  40 \r
  41         private final String workDirectory;\r
  42 \r
  43         public Tmhmm2(String workDirectory) {\r
  44                 this.workDirectory = workDirectory;\r
  45         }\r
  46 \r
  47         public static String getTestCommand() {\r
  48                 return command;\r
  49         }\r
  50 \r
  51         public String getCommandName() {\r
  52                 return "tmhmm";\r
  53         }\r
  54 \r
  55         @Override\r
  56         public List<String> getCreatedFiles() {\r
  57                 // TODO Auto-generated method stub\r
  58                 return null;\r
  59         }\r
  60 \r
  61         @Override\r
  62         public String getInput() {\r
  63                 // TODO Auto-generated method stub\r
  64                 return null;\r
  65         }\r
  66 \r
  67 }\r