runner/compbio/runner/msa/Probcons.java

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  17  */\r
  18 \r
  19 package compbio.runner.msa;\r
  20 \r
  21 import java.io.FileNotFoundException;\r
  22 import java.io.IOException;\r
  23 import java.util.Arrays;\r
  24 import java.util.List;\r
  25 \r
  26 import org.apache.log4j.Logger;\r
  27 \r
  28 import compbio.data.sequence.Alignment;\r
  29 import compbio.data.sequence.UnknownFileFormatException;\r
  30 import compbio.engine.client.PipedExecutable;\r
  31 import compbio.engine.client.SkeletalExecutable;\r
  32 import compbio.metadata.ResultNotAvailableException;\r
  33 import compbio.runner.Util;\r
  34 \r
  35 public class Probcons extends SkeletalExecutable<Probcons>\r
  36                 implements\r
  37                         PipedExecutable<Probcons> {\r
  38 \r
  39         private static Logger log = Logger.getLogger(Probcons.class);\r
  40 \r
  41         private final static String ANNOTATION = "annotation.txt";\r
  42 \r
  43         public static final String KEY_VALUE_SEPARATOR = Util.SPACE;\r
  44 \r
  45         /**\r
  46          */\r
  47         public Probcons() {\r
  48                 addParameters(Arrays.asList("-v", "-clustalw", "-annot", ANNOTATION));\r
  49                 /*\r
  50                  * Could either have probabilities or the alignment, but not both "-t",\r
  51                  * "probabilities"\r
  52                  */\r
  53         }\r
  54 \r
  55         @SuppressWarnings("unchecked")\r
  56         @Override\r
  57         public Alignment getResults(String workDirectory)\r
  58                         throws ResultNotAvailableException {\r
  59                 try {\r
  60                         return Util.readClustalFile(workDirectory, getOutput());\r
  61                 } catch (FileNotFoundException e) {\r
  62                         log.error(e.getMessage(), e.getCause());\r
  63                         throw new ResultNotAvailableException(e);\r
  64                 } catch (IOException e) {\r
  65                         log.error(e.getMessage(), e.getCause());\r
  66                         throw new ResultNotAvailableException(e);\r
  67                 } catch (UnknownFileFormatException e) {\r
  68                         log.error(e.getMessage(), e.getCause());\r
  69                         throw new ResultNotAvailableException(e);\r
  70                 } catch (NullPointerException e) {\r
  71                         log.error(e.getMessage(), e.getCause());\r
  72                         throw new ResultNotAvailableException(e);\r
  73                 }\r
  74         }\r
  75 \r
  76         @Override\r
  77         public List<String> getCreatedFiles() {\r
  78                 return Arrays.asList(getOutput(), ANNOTATION, getError());\r
  79         }\r
  80 \r
  81         @Override\r
  82         public Probcons setInput(String inFile) {\r
  83                 String input = getInput();\r
  84                 super.setInput(inFile);\r
  85                 // TODO replace with setLast\r
  86                 cbuilder.setParam(inFile);\r
  87                 return this;\r
  88         }\r
  89 \r
  90         @SuppressWarnings("unchecked")\r
  91         @Override\r
  92         public Class<Probcons> getType() {\r
  93                 return (Class<Probcons>) this.getClass();\r
  94         }\r
  95 }\r