testsrc/compbio/metadata/AllTestSuit.java

   1 /* Copyright (c) 2009 Peter Troshin\r
   2  * Copyright (c) 2013 Alexander Sherstnev\r
   3  *  \r
   4  *  JAva Bioinformatics Analysis Web Services (JABAWS)\r
   5  *   @version: 2.5     \r
   6  * \r
   7  *  This library is free software; you can redistribute it and/or modify it under the terms of the\r
   8  *  Apache License version 2 as published by the Apache Software Foundation\r
   9  * \r
  10  *  This library is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY WARRANTY; without\r
  11  *  even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the Apache \r
  12  *  License for more details.\r
  13  * \r
  14  *  A copy of the license is in apache_license.txt. It is also available here:\r
  15  * @see: http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0.txt\r
  16  * \r
  17  * Any republication or derived work distributed in source code form\r
  18  * must include this copyright and license notice.\r
  19  */\r
  20 \r
  21 package compbio.metadata;\r
  22 \r
  23 import java.io.File;\r
  24 import compbio.util.SysPrefs;\r
  25 \r
  26 public class AllTestSuit {\r
  27         public final static String test_group_cluster = "cluster";\r
  28         public final static String test_group_runner = "runner";\r
  29         public final static String test_group_non_windows = "non_windows";\r
  30         public final static String test_group_windows_only = "windows_only";\r
  31         public final static String test_group_engine = "engine";\r
  32         public final static String test_group_long = "performance";\r
  33         public final static String test_group_webservices = "webservices";\r
  34 \r
  35         // For this to work execution must start from the project directory!\r
  36         public static final String CURRENT_DIRECTORY = SysPrefs.getCurrentDirectory() + File.separator;\r
  37         public static final String TEST_DATA_PATH = "testsrc" + File.separator + "testdata" + File.separator;\r
  38         public static final String TEST_DATA_PATH_ABSOLUTE = AllTestSuit.CURRENT_DIRECTORY + TEST_DATA_PATH;\r
  39 \r
  40         // For cluster execution paths MUST BE ABSOLUTE as cluster hosts will not be\r
  41         // able to access the task otherwise\r
  42         public static final String OUTPUT_DIR_ABSOLUTE = AllTestSuit.CURRENT_DIRECTORY + "local_jobsout" + File.separator;\r
  43         public static final String RUNNER_TEST_LOGGER = "RunnerLogger";\r
  44 \r
  45         public static final String test_input = AllTestSuit.TEST_DATA_PATH_ABSOLUTE + "TO1381.fasta";\r
  46         public static final String test_alignment_input = AllTestSuit.TEST_DATA_PATH_ABSOLUTE + "TO1381.fasta.aln";\r
  47         public static final String test_input_real = AllTestSuit.TEST_DATA_PATH_ABSOLUTE + "50x500Protein.fasta";\r
  48         public static final String test_input_dna = AllTestSuit.TEST_DATA_PATH_ABSOLUTE + "3dnaseqs.fasta";\r
  49         public static final String test_input_large = AllTestSuit.TEST_DATA_PATH_ABSOLUTE + "1000x3000Dna.fasta";\r
  50         \r
  51         public static final String test_input_aln = AllTestSuit.TEST_DATA_PATH_ABSOLUTE + "unfolded_RF00031.aln";\r
  52 \r
  53 }\r