testsrc/testdata/RNAalifoldParameters.xml

   1 <?xml version="1.0" encoding="US-ASCII" standalone="yes"?>
   2 <runnerConfig>
   3         <runnerClassName>compbio.runner.structure.RNAalifold</runnerClassName>
   4         <options isRequired='false'>
   5                 <name>Endgaps</name>
   6                 <description>Score pairs with endgaps same as gap-gap pairs</description>
   7                 <optionNames>-E</optionNames>
   8                 <optionNames>--endgaps</optionNames>
   9                 <defaultValue>-E</defaultValue>
  10         </options>
  11         <options isRequired='false'>
  12                 <name>Most Informative Sequence</name>
  13                 <description>Ouput Set of nucleotides with frequency > average</description>
  14                 <optionNames>--mis</optionNames>
  15         </options>
  16         <options isRequired='false'>
  17                 <name>Partition Function</name>
  18                 <description>Output partition function and probability matrix</description>
  19                 <optionNames>-p</optionNames>
  20         </options>
  21         <options isRequired='false'>
  22                 <name>color</name>
  23                 <description>Consensus structure plot is colored</description>
  24                 <optionNames>--color</optionNames>
  25         </options>
  26         <options isRequired='false'>
  27                 <name>Alignment</name>
  28                 <description>Output structure annotated alignment</description>
  29                 <optionNames>--aln</optionNames>
  30         </options>
  31         <options isRequired='false'>
  32                 <name>No Postscript</name>
  33                 <description>Do not produce postscript output</description>
  34                 <optionNames>--noPS</optionNames>
  35         </options>
  36         <options isRequired='false'>
  37                 <name>Partition Function</name>
  38                 <description>Output partition function and probability matrix</description>
  39                 <optionNames>-p</optionNames>
  40         </options>
  41         <options isRequired='false'>
  42                 <name>Circular</name>
  43                 <description>Assume circular RNA molecule</description>
  44                 <optionNames>-c</optionNames>
  45                 <optionNames>--circ</optionNames>
  46                 <defaultValue>-c</defaultValue>
  47         </options>
  48         <!--  Not Currently available with circular structures (-c) -->
  49         <options isRequired='false'>
  50                 <name>G-Quadruplex</name>
  51                 <description>Incorporate G-Quadruplex formation into prediction algorithm</description>
  52                 <optionNames>-g</optionNames>
  53                 <optionNames>--gquad</optionNames>
  54                 <defaultValue>-g</defaultValue>
  55         </options>
  56         <options isRequired='false'>
  57                 <name>Dangling End Preset</name>
  58                 <description>dangling energies will be added for the bases adjacent to a helix on both sides</description>
  59                 <optionNames>-d2</optionNames>
  60         </options>
  61         <options isRequired='false'>
  62                 <name>No LP</name>
  63                 <description>Produce Structures without lonely pairs</description>
  64                 <optionNames>--noLP</optionNames>
  65         </options>
  66         <options isRequired='false'>
  67                 <name>No GU</name>
  68                 <description>Do not allow GU pairs</description>
  69                 <optionNames>--noGU</optionNames>
  70         </options>
  71         <options isRequired='false'>
  72                 <name>No Closing GU</name>
  73                 <description>Do not allow GU pairs at the end of sequences</description>
  74                 <optionNames>--noClosingGU</optionNames>
  75         </options>
  76         <options isRequired='false'>
  77                 <name>old</name>
  78                 <description>Use old energy evaluation, treating gaps as characters</description>
  79                 <optionNames>--old</optionNames>
  80         </options>
  81         <options isRequired='false'>
  82                 <name>Ribosum Scoring</name>
  83                 <description>Use Ribosum Scoring Matrix</description>
  84                 <optionNames>-r</optionNames>
  85                 <optionNames>--ribosum_scoring</optionNames>
  86                 <defaultValue>-r</defaultValue>
  87         </options>
  88 <!-- Constraints are entered on the command line followed by the input .aln file
  89          Causing problems for a batch RNAalifold execution system -->
  90 <!--
  91         <option isRequired='false'>
  92                 <name>Constraints</name>
  93                 <description>Structures calculated subject to constraints</description>
  94                 <optionNames>-C</optionNames>
  95                 <validValue>
  96                         <type>String</type>
  97                 </validValue>
  98         </option> -->
  99         <parameters isRequired='false'>
 100                 <name>MEA structure</name>
 101                 <description>Maximum Expected Accuracy Structure</description>
 102                 <optionNames>--MEA</optionNames>
 103                 <defaultValue>1</defaultValue>
 104                 <validValue>
 105                         <type>Float</type>
 106                 </validValue>
 107         </parameters>
 108 <!--  ?Will Jabaws recognize that arguments for the following params must
 109 be of the form -s INT and &dash-stochBT=INT -->
 110         <parameters isRequired='false'>
 111                 <name>Stochastic Backtrack</name>
 112                 <description>Compute a number of random structures</description>
 113                 <optionNames>-s</optionNames>
 114                 <!-- Having multiple optionNames requires a default value but
 115                         in a parameter defaultValue refers to the argument -->
 116 <!--            <optionNames>-stochBT</optionNames> -->
 117                 <defaultValue>5</defaultValue>  <!-- arbitrary -->
 118                 <validValue>
 119                         <type>Int</type>
 120                 </validValue>
 121         </parameters>
 122         <parameters isRequired='false'>
 123                 <name>stochBT_en</name>
 124                 <description>Print Backtrack structures</description>
 125                 <optionNames>--stochBT_en</optionNames>
 126                 <defaultValue>5</defaultValue>  <!-- arbitrary -->
 127                 <validValue>
 128                         <type>Int</type>
 129                 </validValue>
 130         </parameters>
 131         <parameters isRequired='false'>
 132                 <name>scaling factor</name>
 133                 <description>In calculating pf use scale*mfe as estimate for ensemble free energy]</description>
 134                 <optionNames>-S</optionNames>
 135 <!--            <optionNames>-pfScale</optionNames> -->
 136                 <defaultValue>1.07</defaultValue>
 137                 <validValue>
 138                         <type>Float</type>
 139                 </validValue>
 140         </parameters>
 141         <parameters isRequired='false'>
 142                 <name>bppmThreshold</name>
 143                 <description>Threshold for base pair probabilities</description>
 144                 <optionNames>--bppmThreshold</optionNames>
 145                 <defaultValue>1e-6</defaultValue>
 146         </parameters>
 147         <parameters isRequired='false'>
 148                 <name>Temperature</name>
 149                 <description>Rescale Energy parameterss to Temperature</description>
 150                 <optionNames>-T</optionNames>
 151 <!--            <optionNames>-temp</optionNames> -->
 152                 <defaultValue>37</defaultValue>
 153                 <validValue>
 154                         <type>Double</type>
 155                 </validValue>
 156         </parameters>
 157         <parameters isRequired='false'>
 158                 <name>Dangling End</name>
 159                 <description>How to treat Dangling End energies for bases adjacent to helices</description>
 160                 <optionNames>-d</optionNames>
 161 <!--            <optionNames>-dangles</optionNames> -->
 162                 <defaultValue>2</defaultValue>
 163                 <validValue>
 164                         <type>Int</type>
 165                 </validValue>
 166         </parameters>
 167         <parameters isRequired='false'>
 168                 <name>cfactor</name>
 169                 <description>weight of covariance term</description>
 170                 <optionNames>--cfactor</optionNames>
 171                 <defaultValue>1.0</defaultValue>
 172                 <validValue>
 173                         <type>Double</type>
 174                 </validValue>
 175         </parameters>
 176         <parameters isRequired='false'>
 177                 <name>nfactor</name>
 178                 <description>penalty for non-compatible sequences in covariance term</description>
 179                 <optionNames>--nfactor</optionNames>
 180                 <defaultValue>1.0</defaultValue>
 181                 <validValue>
 182                         <type>Double</type>
 183                 </validValue>
 184         </parameters>
 185
 186 <!--     How to deal with default/possible values for parameter files? -->
 187 <!--    <parameters isRequired='false'> -->
 188 <!--            <name>Ribosum File</name> -->
 189 <!--            <description>Use Specified Ribosum Matrix</description> -->
 190 <!--            <optionNames>-R</optionNames> -->
 191 <!--            <optionNames>-ribosum_file</optionNames> --> <!-- commentx2 -->
 192 <!--    </parameters> -->
 193 <!--    <parameters isRequired='false'> -->
 194 <!--            <name>Paramfile</name> -->
 195 <!--            <description>Use Energy parameters from a file</description> -->
 196 <!--            <optionNames>-P</optionNames> -->
 197 <!--            <optionNames>-paramFile</optionNames> --> <!-- commentx2 -->
 198 <!--            <validValue> -->
 199 <!--                    <type>String</type> -->
 200 <!--            </validValue> -->
 201 <!--    </parameters> -->
 202
 203         <parameters isRequired='false'>
 204                 <name>Allow Pairs</name>
 205                 <descrition>allow pairs in addition to AU, GC and GU</descrition>
 206                 <optionNames>--nsp</optionNames>
 207                 <defaultValue>-GA</defaultValue>
 208                 <validValue>
 209                         <type>String</type>
 210                 </validValue>
 211         </parameters>
 212         <parameters isRequired='false'>
 213                 <name>betaScale</name>
 214                 <description>Set scaling of Boltzmann factors</description>
 215                 <optionNames>--betaScale</optionNames>
 216                 <defaultValue>1.0</defaultValue>
 217                 <validValue>
 218                         <type>Double</type>
 219                 </validValue>
 220         </parameters>
 221 </runnerConfig>