webservices/compbio/ws/server/DisemblWS.java

   1 /* Copyright (c) 2011 Peter Troshin\r
   2  *  \r
   3  *  JAva Bioinformatics Analysis Web Services (JABAWS) @version: 2.0     \r
   4  * \r
   5  *  This library is free software; you can redistribute it and/or modify it under the terms of the\r
   6  *  Apache License version 2 as published by the Apache Software Foundation\r
   7  * \r
   8  *  This library is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY WARRANTY; without\r
   9  *  even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the Apache \r
  10  *  License for more details.\r
  11  * \r
  12  *  A copy of the license is in apache_license.txt. It is also available here:\r
  13  * @see: http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0.txt\r
  14  * \r
  15  * Any republication or derived work distributed in source code form\r
  16  * must include this copyright and license notice.\r
  17  */\r
  18 package compbio.ws.server;\r
  19 \r
  20 import java.util.List;\r
  21 \r
  22 import javax.jws.WebService;\r
  23 \r
  24 import org.apache.log4j.Logger;\r
  25 \r
  26 import compbio.data.msa.JABAService;\r
  27 import compbio.data.msa.SequenceAnnotation;\r
  28 import compbio.data.sequence.FastaSequence;\r
  29 import compbio.metadata.JobSubmissionException;\r
  30 import compbio.metadata.LimitExceededException;\r
  31 import compbio.metadata.Option;\r
  32 import compbio.metadata.Preset;\r
  33 import compbio.metadata.UnsupportedRuntimeException;\r
  34 import compbio.metadata.WrongParameterException;\r
  35 import compbio.runner.disorder.Disembl;\r
  36 \r
  37 @WebService(endpointInterface = "compbio.data.msa.SequenceAnnotation", targetNamespace = JABAService.V2_SERVICE_NAMESPACE, serviceName = "DisemblWS")\r
  38 public class DisemblWS extends SequenceAnnotationService<Disembl>\r
  39                 implements\r
  40                         SequenceAnnotation<Disembl> {\r
  41 \r
  42         private static Logger log = Logger.getLogger(DisemblWS.class);\r
  43 \r
  44         public DisemblWS() {\r
  45                 super(new Disembl(), log);\r
  46         }\r
  47 \r
  48         /*\r
  49          * No options are supported, thus the result of this call will be as simple\r
  50          * call to analize without parameters\r
  51          */\r
  52         @Override\r
  53         public String customAnalize(List<FastaSequence> sequences,\r
  54                         List<Option<Disembl>> options) throws UnsupportedRuntimeException,\r
  55                         LimitExceededException, JobSubmissionException,\r
  56                         WrongParameterException {\r
  57                 return analize(sequences);\r
  58         }\r
  59 \r
  60         /*\r
  61          * No presets are supported, thus the result of this call will be as simple\r
  62          * call to analize without parameters\r
  63          */\r
  64         @Override\r
  65         public String presetAnalize(List<FastaSequence> sequences,\r
  66                         Preset<Disembl> preset) throws UnsupportedRuntimeException,\r
  67                         LimitExceededException, JobSubmissionException,\r
  68                         WrongParameterException {\r
  69 \r
  70                 return analize(sequences);\r
  71         }\r
  72 \r
  73 }\r